Doublet Group distance statistics: 49722

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7	A	0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1	A	0, -0.003, 0.014, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C2	A	0, -0.004, 0.014, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C4	A	0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N3	A	0, -0.004, 0.014, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.018
N6	A	0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N9	A	0, -0.002, 0.018, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.021
C1'	A	0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.022
C8	A	0, -0.003, 0.023, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.026
N2	B	0, 0.080, 0.278, 0.476, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.278 std_dev=0.198
C2	B	0, 0.089, 0.333, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.333 std_dev=0.243
N3	B	0, 0.088, 0.344, 0.601, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.344 std_dev=0.256
C4	B	0, 0.095, 0.397, 0.700, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.397 std_dev=0.302
N9	B	0, 0.095, 0.431, 0.767, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.431 std_dev=0.336
N1	B	0, 0.091, 0.443, 0.795, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.443 std_dev=0.352
C1'	B	0, 0.077, 0.462, 0.846, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.462 std_dev=0.385
C5	B	0, 0.095, 0.489, 0.883, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.489 std_dev=0.394
C8	B	0, 0.102, 0.501, 0.899, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.501 std_dev=0.398
O2'	B	0, 0.045, 0.479, 0.913, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.479 std_dev=0.434
C6	B	0, 0.086, 0.542, 0.997, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.542 std_dev=0.456
N7	B	0, 0.097, 0.557, 1.017, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.557 std_dev=0.460
C2'	B	0, 0.064, 0.525, 0.986, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.525 std_dev=0.461
O4'	A	0, -0.096, 0.429, 0.955, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.429 std_dev=0.525
O4'	B	0, 0.053, 0.595, 1.138, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.595 std_dev=0.542
C2'	A	0, -0.131, 0.452, 1.035, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.452 std_dev=0.583
O6	B	0, 0.068, 0.672, 1.277, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.672 std_dev=0.604
C3'	B	0, 0.010, 0.707, 1.405, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.707 std_dev=0.697
C4'	B	0, 0.021, 0.720, 1.419, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.720 std_dev=0.699
O5'	B	0, 0.012, 0.714, 1.416, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.714 std_dev=0.702
O3'	B	0, -0.021, 0.694, 1.409, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.694 std_dev=0.715
O2'	A	0, -0.210, 0.601, 1.412, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.601 std_dev=0.811
C5'	B	0, 0.005, 0.854, 1.703, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.854 std_dev=0.849
P	A	0, -0.153, 0.698, 1.549, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.698 std_dev=0.851
C4'	A	0, -0.146, 0.719, 1.583, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.719 std_dev=0.865
C3'	A	0, -0.165, 0.762, 1.690, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.762 std_dev=0.927
O5'	A	0, -0.154, 0.804, 1.762, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.804 std_dev=0.958
OP1	A	0, -0.192, 0.783, 1.759, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.783 std_dev=0.975
OP2	B	0, -0.022, 0.999, 2.020, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.999 std_dev=1.021
P	B	0, -0.091, 1.032, 2.155, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.032 std_dev=1.123
C5'	A	0, -0.179, 0.962, 2.103, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.962 std_dev=1.141
O3'	A	0, -0.251, 1.150, 2.550, 3.120 max_d=3.120 avg_d=1.150 std_dev=1.400
OP1	B	0, -0.190, 1.296, 2.781, 3.375 max_d=3.375 avg_d=1.296 std_dev=1.485
OP2	A	0, -0.535, 1.550, 3.636, 4.498 max_d=4.498 avg_d=1.550 std_dev=2.085

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.00	0.00	0.02	0.12	0.00	0.17	0.33	0.03	0.04
C2	0.04	0.00	0.37	0.39	0.01	0.06	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.25	0.13	0.05	0.57	0.45	0.12
C2'	0.00	0.37	0.00	0.01	0.19	0.02	0.10	0.15	0.18	0.15	0.30	0.36	0.13	0.06	0.02	0.00	0.10	0.01	0.34	0.59	0.13	0.35
C3'	0.02	0.39	0.01	0.00	0.32	0.00	0.34	0.01	0.38	0.20	0.41	0.34	0.39	0.28	0.21	0.04	0.01	0.03	0.06	0.01	0.10	0.01
C4	0.02	0.01	0.19	0.32	0.00	0.06	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.19	0.08	0.07	0.57	0.38	0.09
C4'	0.01	0.06	0.02	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.06	0.06	0.06	0.06	0.05	0.06	0.05	0.30	0.03	0.00	0.01	0.18	0.21	0.02
C5	0.01	0.00	0.10	0.34	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.19	0.26	0.06	0.08	0.71	0.50	0.11
C5'	0.07	0.03	0.15	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.05	0.04	0.03	0.07	0.06	0.04	0.13	0.14	0.01	0.01	0.36	0.41	0.02
C6	0.02	0.00	0.18	0.38	0.01	0.06	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.30	0.09	0.06	0.73	0.56	0.13
C8	0.01	0.01	0.15	0.20	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.30	0.15	0.06	0.14	0.67	0.36	0.07
N1	0.03	0.00	0.30	0.41	0.01	0.06	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.30	0.12	0.05	0.66	0.54	0.14
N3	0.04	0.01	0.36	0.34	0.00	0.06	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.18	0.12	0.05	0.50	0.36	0.09
N6	0.02	0.00	0.13	0.39	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.19	0.34	0.08	0.07	0.81	0.63	0.14
N7	0.00	0.00	0.06	0.28	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.29	0.24	0.01	0.10	0.77	0.51	0.11
N9	0.00	0.01	0.02	0.21	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.16	0.10	0.01	0.12	0.51	0.26	0.05
O2'	0.02	0.07	0.00	0.04	0.09	0.30	0.19	0.13	0.14	0.30	0.03	0.08	0.19	0.29	0.16	0.00	0.17	0.20	0.21	0.49	0.09	0.27
O3'	0.12	0.25	0.10	0.01	0.19	0.03	0.26	0.14	0.30	0.15	0.30	0.18	0.34	0.24	0.10	0.17	0.00	0.13	0.26	0.36	0.20	0.18
O4'	0.00	0.13	0.01	0.03	0.08	0.00	0.06	0.01	0.09	0.06	0.12	0.12	0.08	0.01	0.01	0.20	0.13	0.00	0.05	0.06	0.07	0.12
O5'	0.17	0.05	0.34	0.06	0.07	0.01	0.08	0.01	0.06	0.14	0.05	0.05	0.07	0.10	0.12	0.21	0.26	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.33	0.57	0.59	0.01	0.57	0.18	0.71	0.36	0.73	0.67	0.66	0.50	0.81	0.77	0.51	0.49	0.36	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.03	0.45	0.13	0.10	0.38	0.21	0.50	0.41	0.56	0.36	0.54	0.36	0.63	0.51	0.26	0.09	0.20	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.12	0.35	0.01	0.09	0.02	0.11	0.02	0.13	0.07	0.14	0.09	0.14	0.11	0.05	0.27	0.18	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.26	0.21	0.27	0.31	0.24	0.23	0.24	0.20	0.22	0.26	0.21	0.18	0.22	0.26	0.26	0.23	0.41	0.23	0.25	0.22	0.36	0.29	0.23
C2	0.20	0.19	0.14	0.15	0.25	0.16	0.29	0.16	0.29	0.30	0.25	0.13	0.18	0.32	0.25	0.03	0.16	0.23	0.20	0.32	0.23	0.22	0.17
C2'	0.31	0.11	0.33	0.42	0.22	0.36	0.21	0.33	0.15	0.29	0.10	0.04	0.18	0.25	0.28	0.27	0.52	0.33	0.35	0.13	0.44	0.34	0.31
C3'	0.49	0.50	0.45	0.50	0.53	0.48	0.55	0.48	0.55	0.55	0.52	0.46	0.49	0.57	0.53	0.36	0.55	0.51	0.53	0.56	0.59	0.55	0.50
C4	0.23	0.21	0.22	0.24	0.25	0.18	0.27	0.16	0.27	0.28	0.24	0.16	0.22	0.29	0.26	0.16	0.31	0.21	0.22	0.28	0.28	0.25	0.19
C4'	0.15	0.23	0.12	0.17	0.21	0.15	0.23	0.14	0.25	0.19	0.25	0.25	0.20	0.22	0.18	0.04	0.23	0.17	0.19	0.26	0.29	0.22	0.17
C5	0.22	0.21	0.20	0.21	0.25	0.15	0.27	0.13	0.27	0.27	0.23	0.15	0.21	0.29	0.25	0.16	0.28	0.18	0.19	0.27	0.25	0.23	0.16
C5'	0.03	0.11	0.06	0.03	0.06	0.03	0.08	0.03	0.11	0.04	0.13	0.14	0.07	0.06	0.03	0.12	0.08	0.03	0.04	0.13	0.14	0.07	0.02
C6	0.19	0.19	0.14	0.14	0.25	0.11	0.29	0.11	0.29	0.29	0.24	0.11	0.18	0.31	0.25	0.07	0.17	0.17	0.18	0.31	0.20	0.20	0.14
C8	0.23	0.21	0.25	0.27	0.23	0.17	0.23	0.13	0.22	0.24	0.20	0.18	0.22	0.24	0.24	0.26	0.37	0.16	0.21	0.21	0.30	0.25	0.18
N1	0.18	0.18	0.11	0.10	0.24	0.12	0.30	0.13	0.30	0.30	0.24	0.11	0.17	0.33	0.25	0.00	0.10	0.20	0.18	0.33	0.19	0.19	0.14
N3	0.23	0.21	0.19	0.22	0.25	0.19	0.28	0.17	0.28	0.29	0.24	0.15	0.21	0.31	0.26	0.10	0.26	0.23	0.22	0.30	0.27	0.24	0.19
N6	0.15	0.16	0.11	0.09	0.24	0.08	0.29	0.08	0.29	0.28	0.23	0.08	0.15	0.31	0.24	0.05	0.11	0.13	0.15	0.31	0.16	0.17	0.10
N7	0.21	0.21	0.23	0.23	0.23	0.14	0.24	0.11	0.23	0.24	0.21	0.17	0.22	0.25	0.23	0.23	0.32	0.14	0.18	0.23	0.26	0.23	0.15
N9	0.24	0.21	0.25	0.28	0.24	0.19	0.25	0.16	0.24	0.26	0.22	0.18	0.23	0.26	0.25	0.22	0.37	0.20	0.23	0.24	0.32	0.26	0.20
O2'	0.09	0.15	0.15	0.23	0.04	0.11	0.07	0.05	0.13	0.03	0.17	0.21	0.08	0.03	0.03	0.15	0.38	0.05	0.07	0.15	0.17	0.06	0.02
O3'	0.41	0.53	0.33	0.35	0.52	0.38	0.59	0.41	0.63	0.54	0.60	0.50	0.48	0.59	0.49	0.20	0.36	0.45	0.47	0.67	0.49	0.49	0.43
O4'	0.10	0.20	0.08	0.12	0.16	0.07	0.17	0.06	0.20	0.14	0.21	0.22	0.16	0.16	0.13	0.04	0.18	0.08	0.10	0.21	0.22	0.16	0.10
O5'	0.02	0.12	0.00	0.03	0.09	0.00	0.12	0.00	0.16	0.08	0.16	0.13	0.08	0.11	0.06	0.06	0.10	0.02	0.07	0.18	0.14	0.11	0.04
OP1	0.76	0.79	0.71	0.66	0.79	0.79	0.80	0.83	0.78	0.80	0.78	0.78	0.78	0.80	0.79	0.64	0.50	0.82	0.77	0.77	0.68	0.75	0.82
OP2	0.56	0.81	0.46	0.49	0.72	0.55	0.78	0.61	0.86	0.69	0.89	0.84	0.71	0.75	0.65	0.33	0.49	0.61	0.67	0.89	0.73	0.71	0.66
P	0.20	0.28	0.20	0.23	0.24	0.17	0.26	0.16	0.28	0.23	0.29	0.29	0.24	0.25	0.22	0.18	0.31	0.17	0.23	0.28	0.32	0.27	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.00	0.05	0.01	0.18	0.09	0.07
C2	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.13	0.16	0.07	0.02	0.00	0.06	0.05	0.06
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.07	0.05	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.02	0.30	0.18	0.17
C3'	0.02	0.05	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.05	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.01	0.23	0.08	0.09
C4	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.11	0.04	0.03	0.01	0.08	0.06	0.03
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.04	0.06	0.05	0.02	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.03	0.03
C5	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.08	0.01	0.05	0.01	0.06	0.05	0.04
C5'	0.02	0.07	0.05	0.01	0.03	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.05	0.10	0.07	0.05	0.02	0.04	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01
C6	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.11	0.02	0.04	0.00	0.04	0.05	0.06
C8	0.00	0.00	0.03	0.02	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.02	0.05	0.10	0.01	0.11	0.06	0.06
N1	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.12	0.14	0.05	0.03	0.00	0.04	0.05	0.07
N2	0.01	0.00	0.07	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.16	0.19	0.09	0.02	0.01	0.06	0.05	0.07
N3	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.15	0.08	0.02	0.00	0.08	0.06	0.04
N7	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.03	0.08	0.01	0.06	0.04	0.04
N9	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.07	0.00	0.06	0.01	0.12	0.07	0.04
O2'	0.00	0.13	0.00	0.02	0.08	0.02	0.06	0.04	0.09	0.02	0.12	0.16	0.13	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.08	0.08	0.39	0.28	0.24
O3'	0.07	0.16	0.00	0.00	0.11	0.00	0.08	0.02	0.11	0.02	0.14	0.19	0.15	0.04	0.07	0.06	0.00	0.06	0.04	0.10	0.20	0.08	0.07
O4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.02	0.05	0.05	0.09	0.08	0.03	0.00	0.01	0.06	0.00	0.03	0.01	0.08	0.03	0.02
O5'	0.05	0.02	0.06	0.04	0.03	0.00	0.05	0.00	0.04	0.10	0.03	0.02	0.02	0.08	0.06	0.08	0.04	0.03	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00
O6	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.01	0.05	0.00	0.03	0.05	0.06
OP1	0.18	0.06	0.30	0.23	0.08	0.12	0.06	0.03	0.04	0.11	0.04	0.06	0.08	0.06	0.12	0.39	0.20	0.08	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00
OP2	0.09	0.05	0.18	0.08	0.06	0.03	0.05	0.01	0.05	0.06	0.05	0.05	0.06	0.04	0.07	0.28	0.08	0.03	0.01	0.05	0.00	0.00	0.00
P	0.07	0.06	0.17	0.09	0.03	0.03	0.04	0.01	0.06	0.06	0.07	0.07	0.04	0.04	0.04	0.24	0.07	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00