ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49723

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
P A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O5' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
OP1 A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O6 B 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
N1 B 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
OP2 A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
N2 B 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C6 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C2 B 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C5' B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C5 B 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C3' B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C4' B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O4' B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
N7 B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C2' B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O2' B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
P B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
N9 B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C8 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP2 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02
N6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02
O5' 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.04
C2' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03
C3' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04
C4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
C5 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04
N3 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04
N6 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04
N7 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04
O2' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02
OP1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02
OP2 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.02 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05
C5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.04 0.06
N1 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05
N2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.06
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.02 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03
O5' 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03
OP1 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00