ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49724

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N2 B 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C2 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C6 B 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
O4' A 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O6 B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C5 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C4' A 0, 0.000, 0.409, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.409 std_dev=0.409
N7 B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
N9 B 0, 0.000, 0.424, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.424 std_dev=0.424
O2' A 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C8 B 0, 0.000, 0.467, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C3' A 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
C2' B 0, 0.000, 0.703, 1.405, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.703 std_dev=0.703
O3' A 0, 0.000, 0.725, 1.451, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.725 std_dev=0.725
C5' A 0, 0.000, 0.757, 1.514, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.757 std_dev=0.757
O4' B 0, 0.000, 1.007, 2.014, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.007 std_dev=1.007
O5' A 0, 0.000, 1.060, 2.120, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.060 std_dev=1.060
OP1 A 0, 0.000, 1.352, 2.704, 2.704 max_d=2.704 avg_d=1.352 std_dev=1.352
P A 0, 0.000, 1.374, 2.748, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.374 std_dev=1.374
C4' B 0, 0.000, 1.504, 3.007, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.504 std_dev=1.504
C3' B 0, 0.000, 1.573, 3.147, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.573 std_dev=1.573
OP2 A 0, 0.000, 1.637, 3.274, 3.274 max_d=3.274 avg_d=1.637 std_dev=1.637
O5' B 0, 0.000, 1.654, 3.307, 3.307 max_d=3.307 avg_d=1.654 std_dev=1.654
C5' B 0, 0.000, 1.746, 3.492, 3.492 max_d=3.492 avg_d=1.746 std_dev=1.746
O3' B 0, 0.000, 2.119, 4.238, 4.238 max_d=4.238 avg_d=2.119 std_dev=2.119
OP2 B 0, 0.000, 2.159, 4.318, 4.318 max_d=4.318 avg_d=2.159 std_dev=2.159
P B 0, 0.000, 2.207, 4.414, 4.414 max_d=4.414 avg_d=2.207 std_dev=2.207
OP1 B 0, 0.000, 2.573, 5.146, 5.146 max_d=5.146 avg_d=2.573 std_dev=2.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.11 0.05
C2 0.00 0.00 0.13 0.13 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.17 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.09 0.14 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.09 0.13 0.01 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.06 0.13 0.06
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.20 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.08 0.09 0.17 0.08
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.21 0.16 0.29 0.16
N1 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.04 0.05 0.11 0.04
N3 0.01 0.00 0.14 0.13 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.16 0.03 0.02 0.02 0.07 0.02
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.12 0.22 0.10
N7 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.18 0.17 0.31 0.16
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.09 0.17 0.09
O2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.09 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.11 0.16 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.05
O5' 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.11 0.01 0.08 0.21 0.04 0.02 0.10 0.18 0.11 0.03 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.01 0.11 0.00 0.09 0.16 0.05 0.02 0.12 0.17 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.06 0.04 0.01 0.13 0.02 0.20 0.01 0.17 0.29 0.11 0.07 0.22 0.31 0.17 0.04 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.08 0.16 0.04 0.02 0.10 0.16 0.09 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.12 0.03 0.47 0.18 0.64 0.16 0.66 0.11 0.20 0.10 0.09 0.18 0.17 0.21 0.20 0.99 0.57 0.75 0.09 0.77 1.04 0.94
C2 0.34 0.11 0.19 0.84 0.22 0.90 0.20 0.94 0.14 0.29 0.10 0.04 0.18 0.25 0.29 0.22 1.37 0.67 0.84 0.12 0.85 1.00 0.95
C2' 0.20 0.03 0.04 0.48 0.07 0.68 0.01 0.71 0.06 0.10 0.09 0.07 0.06 0.04 0.13 0.23 1.04 0.57 0.80 0.11 0.88 1.07 1.01
C3' 0.08 0.11 0.20 0.27 0.04 0.53 0.10 0.57 0.16 0.02 0.18 0.13 0.03 0.08 0.01 0.33 0.80 0.46 0.72 0.21 0.85 1.04 0.98
C4 0.29 0.12 0.06 0.61 0.21 0.74 0.18 0.77 0.13 0.24 0.10 0.06 0.18 0.21 0.25 0.23 1.14 0.62 0.80 0.11 0.82 1.04 0.96
C4' 0.13 0.06 0.21 0.22 0.08 0.47 0.05 0.51 0.02 0.08 0.02 0.06 0.09 0.05 0.09 0.30 0.71 0.47 0.68 0.01 0.76 1.03 0.92
C5 0.29 0.11 0.07 0.59 0.21 0.72 0.19 0.74 0.14 0.25 0.11 0.04 0.19 0.22 0.26 0.22 1.10 0.62 0.81 0.12 0.83 1.05 0.97
C5' 0.01 0.03 0.36 0.01 0.00 0.30 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.40 0.44 0.35 0.57 0.02 0.68 0.97 0.86
C6 0.33 0.10 0.18 0.76 0.23 0.85 0.21 0.86 0.15 0.29 0.11 0.02 0.18 0.25 0.29 0.21 1.25 0.67 0.85 0.14 0.87 1.03 0.98
C8 0.21 0.12 0.07 0.35 0.17 0.54 0.16 0.56 0.12 0.19 0.10 0.08 0.17 0.17 0.19 0.21 0.84 0.52 0.73 0.10 0.78 1.04 0.94
N1 0.35 0.11 0.24 0.88 0.23 0.93 0.21 0.96 0.15 0.30 0.10 0.03 0.18 0.26 0.30 0.21 1.38 0.68 0.86 0.14 0.87 1.00 0.97
N3 0.31 0.12 0.12 0.73 0.21 0.83 0.19 0.86 0.13 0.26 0.10 0.05 0.19 0.22 0.27 0.23 1.27 0.65 0.81 0.11 0.83 1.02 0.95
N6 0.35 0.09 0.24 0.78 0.23 0.87 0.22 0.86 0.17 0.31 0.11 0.00 0.16 0.27 0.30 0.18 1.22 0.69 0.88 0.15 0.89 1.03 0.99
N7 0.23 0.12 0.03 0.40 0.20 0.57 0.18 0.59 0.14 0.21 0.11 0.05 0.18 0.19 0.22 0.21 0.88 0.54 0.76 0.12 0.80 1.05 0.95
N9 0.25 0.12 0.02 0.48 0.19 0.64 0.16 0.66 0.12 0.21 0.10 0.08 0.18 0.18 0.22 0.22 1.00 0.57 0.76 0.10 0.79 1.04 0.94
O2' 0.25 0.00 0.02 0.57 0.10 0.74 0.04 0.77 0.04 0.14 0.07 0.04 0.10 0.07 0.17 0.17 1.14 0.61 0.82 0.10 0.89 1.08 1.01
O3' 0.04 0.20 0.22 0.26 0.12 0.53 0.19 0.57 0.28 0.09 0.29 0.21 0.10 0.17 0.05 0.35 0.80 0.44 0.73 0.35 0.89 1.04 0.99
O4' 0.21 0.19 0.13 0.31 0.20 0.52 0.19 0.55 0.18 0.20 0.18 0.19 0.21 0.19 0.21 0.24 0.79 0.52 0.68 0.17 0.71 1.03 0.90
O5' 0.15 0.12 0.52 0.19 0.15 0.16 0.15 0.23 0.13 0.16 0.12 0.08 0.13 0.16 0.15 0.57 0.23 0.23 0.48 0.13 0.64 0.91 0.80
OP1 0.29 0.21 0.68 0.46 0.28 0.06 0.30 0.00 0.27 0.32 0.23 0.13 0.24 0.32 0.30 0.61 0.09 0.06 0.33 0.27 0.53 0.80 0.68
OP2 0.48 0.42 0.86 0.63 0.47 0.20 0.44 0.10 0.39 0.48 0.38 0.35 0.45 0.45 0.48 0.85 0.28 0.08 0.25 0.34 0.49 0.74 0.63
P 0.25 0.13 0.66 0.41 0.21 0.01 0.19 0.06 0.14 0.24 0.10 0.05 0.18 0.22 0.24 0.63 0.04 0.11 0.38 0.12 0.56 0.85 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.00 0.45 0.00 0.46 0.60 0.54
C2 0.01 0.00 0.19 0.10 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.27 0.22 0.64 0.00 0.80 1.04 0.91
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.15 0.09 0.09 0.15 0.23 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.49 0.07 0.46 0.58 0.53
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.17 0.00 0.27 0.00 0.26 0.33 0.18 0.04 0.07 0.35 0.19 0.00 0.00 0.01 0.05 0.31 0.03 0.09 0.03
C4 0.00 0.00 0.10 0.17 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.11 0.60 0.00 0.74 0.96 0.84
C4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02 0.22 0.07 0.21 0.14 0.18 0.07 0.24 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.27 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.04 0.05 0.61 0.00 0.83 1.05 0.90
C5' 0.05 0.17 0.15 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.20 0.10 0.24 0.16 0.18 0.03 0.07 0.16 0.00 0.01 0.06 0.19 0.25 0.00
C6 0.01 0.00 0.09 0.26 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.01 0.10 0.64 0.01 0.89 1.12 0.96
C8 0.00 0.00 0.09 0.33 0.00 0.22 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.19 0.12 0.53 0.00 0.70 0.88 0.74
N1 0.01 0.00 0.15 0.18 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.17 0.65 0.00 0.87 1.11 0.96
N2 0.00 0.00 0.23 0.04 0.00 0.21 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.37 0.27 0.63 0.00 0.79 1.04 0.91
N3 0.00 0.00 0.18 0.07 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.29 0.21 0.60 0.00 0.72 0.95 0.83
N7 0.00 0.00 0.04 0.35 0.00 0.18 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.21 0.06 0.56 0.00 0.81 1.01 0.84
N9 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.04 0.00 0.55 0.00 0.65 0.83 0.73
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.24 0.21 0.07 0.17 0.33 0.05 0.17 0.09 0.33 0.16 0.00 0.02 0.17 0.19 0.22 0.14 0.46 0.27
O3' 0.24 0.27 0.01 0.00 0.11 0.02 0.04 0.16 0.01 0.19 0.14 0.37 0.29 0.21 0.04 0.02 0.00 0.17 0.42 0.09 0.58 0.52 0.46
O4' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.12 0.17 0.27 0.21 0.06 0.00 0.17 0.17 0.00 0.30 0.06 0.34 0.36 0.38
O5' 0.45 0.64 0.49 0.05 0.60 0.00 0.61 0.01 0.64 0.53 0.65 0.63 0.60 0.56 0.55 0.19 0.42 0.30 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.07 0.31 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.09 0.06 0.62 0.00 0.93 1.14 0.97
OP1 0.46 0.80 0.46 0.03 0.74 0.05 0.83 0.19 0.89 0.70 0.87 0.79 0.72 0.81 0.65 0.14 0.58 0.34 0.00 0.93 0.00 0.00 0.00
OP2 0.60 1.04 0.58 0.09 0.96 0.07 1.05 0.25 1.12 0.88 1.11 1.04 0.95 1.01 0.83 0.46 0.52 0.36 0.00 1.14 0.00 0.00 0.00
P 0.54 0.91 0.53 0.03 0.84 0.03 0.90 0.00 0.96 0.74 0.96 0.91 0.83 0.84 0.73 0.27 0.46 0.38 0.00 0.97 0.00 0.00 0.00