ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49725

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C1' B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N9 B 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C8 B 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O4' B 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C3' A 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
N7 B 0, 0.000, 0.228, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C5' A 0, 0.000, 0.270, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.270 std_dev=0.270
O2' B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O5' A 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O3' A 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.000, 0.402, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C6 B 0, 0.000, 0.405, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.405 std_dev=0.405
OP2 A 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
P A 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
O3' B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
N1 B 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
O6 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
N2 B 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
OP1 A 0, 0.000, 0.594, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.594 std_dev=0.594
O5' B 0, 0.000, 0.662, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.662 std_dev=0.662
OP2 B 0, 0.000, 0.754, 1.509, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.754 std_dev=0.754
P B 0, 0.000, 0.760, 1.521, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.760 std_dev=0.760
OP1 B 0, 0.000, 0.995, 1.991, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.995 std_dev=0.995

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.08 0.10 0.12 0.09
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.08 0.11 0.14 0.10
C8 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.08 0.08 0.08
N1 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.07 0.09 0.13 0.08
N3 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
N6 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.10 0.13 0.16 0.12
N7 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.10 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.12 0.08 0.10 0.05 0.14 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04
O5' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.04 0.10 0.10 0.04 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.08 0.09 0.04 0.13 0.11 0.04 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.10 0.02 0.04 0.08 0.00 0.12 0.01 0.14 0.08 0.13 0.07 0.16 0.13 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.01 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.04 0.12 0.11 0.04 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.15 0.09 0.11 0.12 0.02 0.14 0.02 0.17 0.10 0.17 0.17 0.12 0.13 0.08 0.15 0.18 0.04 0.07 0.18 0.06 0.14 0.09
C2 0.05 0.10 0.03 0.03 0.09 0.04 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.11 0.10 0.02 0.05
C2' 0.00 0.10 0.12 0.12 0.08 0.03 0.10 0.02 0.13 0.07 0.13 0.10 0.07 0.10 0.05 0.17 0.19 0.02 0.07 0.15 0.05 0.15 0.09
C3' 0.07 0.03 0.18 0.19 0.01 0.10 0.04 0.10 0.07 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.23 0.25 0.05 0.16 0.09 0.15 0.25 0.18
C4 0.03 0.12 0.08 0.08 0.10 0.00 0.12 0.02 0.13 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.08 0.13 0.14 0.04 0.02 0.14 0.01 0.07 0.03
C4' 0.03 0.08 0.15 0.16 0.05 0.07 0.08 0.09 0.11 0.04 0.11 0.09 0.05 0.07 0.02 0.19 0.22 0.02 0.16 0.12 0.17 0.25 0.19
C5 0.03 0.10 0.08 0.07 0.10 0.01 0.11 0.03 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.14 0.13 0.05 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02
C5' 0.08 0.04 0.19 0.20 0.01 0.12 0.04 0.15 0.07 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.02 0.22 0.26 0.06 0.23 0.10 0.25 0.33 0.26
C6 0.04 0.07 0.04 0.03 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.05 0.09 0.09 0.00 0.04
C8 0.01 0.14 0.12 0.12 0.11 0.03 0.13 0.03 0.16 0.09 0.16 0.14 0.11 0.12 0.07 0.18 0.19 0.03 0.08 0.17 0.08 0.15 0.10
N1 0.05 0.08 0.02 0.01 0.08 0.06 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.09 0.13 0.04 0.07
N3 0.04 0.12 0.06 0.06 0.10 0.02 0.11 0.05 0.13 0.09 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.12 0.05 0.01 0.13 0.05 0.03 0.00
N6 0.05 0.04 0.02 0.00 0.07 0.07 0.07 0.10 0.06 0.08 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.07 0.03 0.07 0.08 0.07 0.12 0.04 0.07
N7 0.02 0.11 0.11 0.10 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.07 0.18 0.16 0.04 0.05 0.14 0.05 0.12 0.07
N9 0.02 0.14 0.10 0.11 0.11 0.02 0.13 0.01 0.15 0.09 0.16 0.15 0.11 0.12 0.08 0.16 0.18 0.04 0.06 0.17 0.05 0.12 0.07
O2' 0.04 0.11 0.08 0.09 0.10 0.01 0.12 0.02 0.13 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.08 0.12 0.15 0.06 0.03 0.15 0.01 0.11 0.05
O3' 0.11 0.05 0.21 0.21 0.06 0.13 0.03 0.14 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.03 0.07 0.25 0.26 0.09 0.20 0.01 0.19 0.30 0.23
O4' 0.02 0.16 0.10 0.12 0.12 0.03 0.14 0.04 0.17 0.09 0.18 0.18 0.12 0.13 0.08 0.14 0.19 0.03 0.11 0.19 0.12 0.18 0.13
O5' 0.08 0.03 0.19 0.20 0.00 0.12 0.03 0.16 0.07 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.03 0.22 0.25 0.07 0.23 0.10 0.25 0.33 0.27
OP1 0.14 0.07 0.22 0.23 0.09 0.17 0.05 0.23 0.03 0.08 0.03 0.07 0.10 0.05 0.10 0.24 0.26 0.13 0.33 0.00 0.36 0.44 0.38
OP2 0.17 0.07 0.25 0.25 0.09 0.20 0.03 0.24 0.02 0.08 0.01 0.10 0.12 0.03 0.11 0.28 0.29 0.15 0.32 0.07 0.35 0.42 0.36
P 0.12 0.02 0.21 0.22 0.05 0.16 0.01 0.21 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.02 0.08 0.24 0.26 0.11 0.30 0.06 0.33 0.40 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.20 0.00 0.23 0.30 0.25
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.01 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.19 0.00 0.21 0.26 0.24
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.27 0.32 0.28
C5' 0.05 0.11 0.02 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.13 0.11 0.10 0.14 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.00 0.29 0.36 0.31
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.19 0.00 0.23 0.24 0.25
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.22 0.00 0.27 0.35 0.29
N2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.03 0.20 0.00 0.22 0.30 0.25
N3 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.18 0.00 0.19 0.26 0.22
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.00 0.28 0.32 0.30
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.01 0.18 0.20 0.20
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.07 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03
O5' 0.09 0.20 0.11 0.10 0.19 0.02 0.21 0.00 0.22 0.19 0.22 0.20 0.18 0.21 0.16 0.06 0.08 0.00 0.00 0.23 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.00 0.32 0.39 0.33
OP1 0.09 0.23 0.08 0.08 0.21 0.02 0.27 0.00 0.29 0.23 0.27 0.22 0.19 0.28 0.18 0.01 0.05 0.02 0.02 0.32 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.30 0.06 0.01 0.26 0.05 0.32 0.05 0.36 0.24 0.35 0.30 0.26 0.32 0.20 0.01 0.07 0.00 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.25 0.09 0.06 0.24 0.01 0.28 0.00 0.31 0.25 0.29 0.25 0.22 0.30 0.20 0.04 0.02 0.03 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00