ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C3' A 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C4' A 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
N3 B 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C4 B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C8 B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
N9 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N2 B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C5' A 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O5' A 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
P A 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N1 B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C6 B 0, 0.000, 0.465, 0.930, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.465 std_dev=0.465
OP2 A 0, 0.000, 0.550, 1.100, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.550 std_dev=0.550
O6 B 0, 0.000, 0.658, 1.316, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.658 std_dev=0.658
C5' B 0, 0.000, 0.668, 1.335, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.668 std_dev=0.668
OP1 B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
C4' B 0, 0.000, 0.725, 1.449, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.725 std_dev=0.725
OP1 A 0, 0.000, 0.740, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.740 std_dev=0.740
C2' B 0, 0.000, 0.750, 1.500, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.750 std_dev=0.750
P B 0, 0.000, 0.800, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.800 std_dev=0.800
O5' B 0, 0.000, 0.864, 1.728, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.864 std_dev=0.864
OP2 B 0, 0.000, 0.939, 1.878, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.939 std_dev=0.939
O2' B 0, 0.000, 0.974, 1.948, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.974 std_dev=0.974
C3' B 0, 0.000, 0.987, 1.974, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.987 std_dev=0.987
O3' B 0, 0.000, 1.482, 2.964, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.482 std_dev=1.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.13 0.27 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.11 0.24 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.30 0.16
C5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.18 0.33 0.17
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.10 0.23 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.13 0.17 0.31 0.16
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.10 0.23 0.11
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.15 0.22 0.36 0.20
N7 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.12 0.15 0.31 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.19 0.09
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.14 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02
O5' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.09 0.13 0.09 0.15 0.12 0.07 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.01 0.13 0.02 0.03 0.11 0.05 0.15 0.06 0.18 0.10 0.17 0.10 0.22 0.15 0.06 0.05 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.27 0.01 0.05 0.24 0.01 0.30 0.01 0.33 0.23 0.31 0.23 0.36 0.31 0.19 0.01 0.14 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.01 0.04 0.12 0.00 0.16 0.00 0.17 0.12 0.16 0.11 0.20 0.16 0.09 0.02 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.06 0.37 0.45 0.12 0.30 0.09 0.29 0.06 0.14 0.04 0.04 0.11 0.11 0.15 0.48 0.62 0.15 0.32 0.04 0.28 0.52 0.37
C2 0.17 0.03 0.43 0.55 0.11 0.33 0.11 0.34 0.07 0.17 0.03 0.03 0.07 0.14 0.15 0.51 0.77 0.14 0.42 0.07 0.33 0.58 0.44
C2' 0.21 0.00 0.42 0.51 0.09 0.35 0.04 0.32 0.02 0.12 0.04 0.03 0.08 0.07 0.14 0.56 0.73 0.17 0.32 0.06 0.27 0.49 0.36
C3' 0.27 0.04 0.45 0.51 0.13 0.40 0.07 0.36 0.01 0.16 0.02 0.01 0.13 0.09 0.19 0.61 0.72 0.24 0.32 0.06 0.28 0.50 0.37
C4 0.18 0.05 0.38 0.46 0.12 0.29 0.10 0.29 0.07 0.15 0.04 0.01 0.10 0.12 0.15 0.49 0.62 0.14 0.34 0.05 0.29 0.53 0.39
C4' 0.25 0.11 0.41 0.46 0.16 0.35 0.12 0.33 0.07 0.18 0.06 0.09 0.16 0.14 0.20 0.54 0.63 0.22 0.32 0.04 0.29 0.52 0.38
C5 0.16 0.05 0.35 0.39 0.12 0.26 0.10 0.25 0.07 0.14 0.04 0.00 0.10 0.12 0.15 0.45 0.52 0.13 0.29 0.06 0.26 0.51 0.36
C5' 0.31 0.18 0.43 0.46 0.22 0.39 0.18 0.36 0.13 0.24 0.12 0.17 0.23 0.19 0.26 0.57 0.60 0.29 0.33 0.08 0.33 0.54 0.40
C6 0.16 0.03 0.37 0.42 0.11 0.26 0.11 0.26 0.08 0.15 0.04 0.03 0.08 0.14 0.15 0.46 0.55 0.12 0.32 0.07 0.28 0.53 0.38
C8 0.16 0.07 0.31 0.35 0.11 0.24 0.09 0.23 0.05 0.13 0.04 0.05 0.11 0.10 0.14 0.43 0.47 0.13 0.24 0.03 0.24 0.47 0.32
N1 0.16 0.02 0.43 0.52 0.11 0.30 0.11 0.31 0.08 0.16 0.04 0.04 0.06 0.15 0.15 0.51 0.70 0.12 0.40 0.08 0.32 0.57 0.43
N3 0.18 0.04 0.42 0.53 0.11 0.33 0.11 0.33 0.07 0.16 0.04 0.00 0.09 0.14 0.16 0.51 0.73 0.15 0.40 0.06 0.32 0.56 0.42
N6 0.13 0.03 0.31 0.33 0.11 0.20 0.12 0.20 0.09 0.15 0.05 0.04 0.07 0.14 0.14 0.36 0.40 0.09 0.26 0.08 0.24 0.51 0.35
N7 0.15 0.07 0.29 0.32 0.11 0.22 0.09 0.21 0.06 0.13 0.05 0.04 0.11 0.11 0.14 0.40 0.42 0.12 0.22 0.04 0.23 0.47 0.31
N9 0.18 0.06 0.36 0.42 0.12 0.28 0.10 0.27 0.06 0.14 0.04 0.03 0.11 0.11 0.15 0.47 0.58 0.14 0.30 0.04 0.27 0.51 0.36
O2' 0.17 0.01 0.40 0.50 0.06 0.32 0.03 0.30 0.02 0.10 0.04 0.04 0.05 0.05 0.11 0.52 0.74 0.13 0.32 0.05 0.26 0.48 0.35
O3' 0.25 0.00 0.45 0.52 0.09 0.40 0.03 0.35 0.06 0.13 0.07 0.03 0.09 0.05 0.16 0.62 0.75 0.22 0.30 0.11 0.26 0.46 0.34
O4' 0.19 0.10 0.34 0.40 0.13 0.28 0.11 0.27 0.08 0.15 0.07 0.08 0.13 0.12 0.16 0.46 0.55 0.16 0.30 0.06 0.27 0.50 0.36
O5' 0.36 0.20 0.47 0.49 0.26 0.44 0.20 0.40 0.13 0.27 0.13 0.19 0.27 0.22 0.30 0.63 0.63 0.34 0.34 0.08 0.35 0.56 0.43
OP1 0.48 0.33 0.53 0.53 0.38 0.54 0.33 0.49 0.26 0.40 0.26 0.31 0.39 0.34 0.43 0.68 0.64 0.48 0.40 0.20 0.44 0.64 0.51
OP2 0.57 0.42 0.64 0.62 0.47 0.61 0.40 0.55 0.32 0.47 0.32 0.42 0.49 0.40 0.51 0.80 0.73 0.54 0.46 0.24 0.51 0.71 0.57
P 0.41 0.28 0.49 0.48 0.32 0.46 0.26 0.42 0.20 0.33 0.20 0.27 0.34 0.27 0.36 0.64 0.59 0.39 0.35 0.14 0.38 0.58 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.23 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.27 0.10
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.18 0.10
C3' 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.18 0.05 0.05 0.00 0.17 0.10 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.09 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.03 0.26 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.02 0.14 0.01 0.03 0.24 0.06
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.00 0.02 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.09 0.14 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.15 0.00 0.04 0.23 0.05
C8 0.01 0.00 0.08 0.18 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.20 0.01 0.19 0.02 0.00 0.22 0.05
N1 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.03 0.10 0.00 0.05 0.25 0.07
N2 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.09 0.03 0.03 0.01 0.05 0.29 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.28 0.11
N7 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.00 0.19 0.02 0.03 0.21 0.04
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.01 0.25 0.09
O2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.10 0.18 0.12 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.12 0.14 0.04
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.14 0.02 0.12 0.20 0.05 0.09 0.03 0.21 0.10 0.02 0.00 0.00 0.03 0.16 0.19 0.10 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.21 0.09
O5' 0.02 0.06 0.05 0.05 0.09 0.01 0.14 0.00 0.15 0.19 0.10 0.03 0.05 0.19 0.10 0.01 0.03 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.03 0.17 0.00 0.05 0.20 0.03
OP1 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.12 0.03 0.14 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.12 0.19 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.27 0.18 0.04 0.26 0.09 0.24 0.02 0.23 0.22 0.25 0.29 0.28 0.21 0.25 0.14 0.10 0.21 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.10 0.10 0.03 0.09 0.03 0.06 0.00 0.05 0.05 0.07 0.11 0.11 0.04 0.09 0.04 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00