ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49727

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N2 B 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.000, 0.233, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C2' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C3' A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O2' A 0, 0.000, 0.360, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.360 std_dev=0.360
N1 B 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
N9 B 0, 0.000, 0.474, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C3' B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
O5' B 0, 0.000, 0.479, 0.958, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.000, 0.492, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C5 B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
O3' A 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C8 B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
O3' B 0, 0.000, 0.607, 1.213, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C5' B 0, 0.000, 0.614, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.614 std_dev=0.614
C2' B 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
N7 B 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C6 B 0, 0.000, 0.634, 1.268, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.634 std_dev=0.634
P B 0, 0.000, 0.646, 1.293, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.646 std_dev=0.646
C1' B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
OP1 A 0, 0.000, 0.666, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.666 std_dev=0.666
OP2 B 0, 0.000, 0.669, 1.338, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.669 std_dev=0.669
C4' B 0, 0.000, 0.674, 1.347, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.674 std_dev=0.674
P A 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
OP2 A 0, 0.000, 0.725, 1.450, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.725 std_dev=0.725
O5' A 0, 0.000, 0.780, 1.559, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.780 std_dev=0.780
O4' B 0, 0.000, 0.788, 1.577, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.788 std_dev=0.788
O6 B 0, 0.000, 0.897, 1.794, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.897 std_dev=0.897
OP1 B 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
O2' B 0, 0.000, 1.034, 2.068, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.034 std_dev=1.034

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.17 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.08 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.21 0.08
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.11 0.21 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.14 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.15 0.03
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.13 0.02
C8 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.01 0.08 0.23 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.13 0.02
N7 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.20 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.18 0.05
O2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.10
O3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.11 0.04 0.09 0.05 0.10 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.26 0.14
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.03
O5' 0.02 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.00 0.09 0.11 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.11 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.09 0.21 0.21 0.14 0.14 0.15 0.06 0.13 0.23 0.10 0.11 0.13 0.20 0.18 0.22 0.26 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.00 0.08 0.10 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.10 0.14 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.08 0.02 0.01 0.13 0.15 0.13 0.15 0.11 0.17 0.08 0.03 0.11 0.16 0.17 0.11 0.09 0.26 0.11 0.11 0.19 0.01 0.05
C2 0.23 0.12 0.06 0.05 0.21 0.17 0.25 0.21 0.23 0.29 0.17 0.03 0.14 0.29 0.25 0.09 0.19 0.33 0.20 0.25 0.30 0.09 0.15
C2' 0.14 0.01 0.04 0.05 0.08 0.12 0.08 0.13 0.06 0.13 0.02 0.05 0.04 0.12 0.11 0.03 0.12 0.22 0.11 0.07 0.17 0.06 0.02
C3' 0.09 0.03 0.07 0.09 0.03 0.07 0.03 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.00 0.06 0.06 0.01 0.16 0.16 0.05 0.02 0.09 0.14 0.05
C4 0.21 0.09 0.02 0.04 0.16 0.14 0.18 0.15 0.16 0.21 0.12 0.02 0.12 0.21 0.19 0.03 0.14 0.27 0.13 0.17 0.21 0.02 0.07
C4' 0.16 0.04 0.00 0.04 0.09 0.11 0.08 0.10 0.06 0.12 0.04 0.00 0.07 0.10 0.12 0.10 0.11 0.21 0.07 0.06 0.12 0.09 0.02
C5 0.19 0.10 0.02 0.05 0.16 0.12 0.17 0.13 0.16 0.20 0.12 0.02 0.12 0.20 0.18 0.03 0.14 0.24 0.12 0.16 0.19 0.00 0.05
C5' 0.16 0.06 0.01 0.04 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.11 0.05 0.03 0.08 0.09 0.12 0.12 0.11 0.20 0.05 0.06 0.08 0.11 0.04
C6 0.21 0.12 0.06 0.06 0.20 0.13 0.22 0.15 0.21 0.25 0.16 0.02 0.14 0.25 0.22 0.07 0.18 0.27 0.15 0.22 0.22 0.05 0.09
C8 0.17 0.06 0.02 0.02 0.11 0.11 0.10 0.10 0.07 0.13 0.05 0.02 0.09 0.11 0.13 0.12 0.09 0.20 0.07 0.07 0.13 0.06 0.00
N1 0.23 0.12 0.08 0.07 0.22 0.15 0.26 0.19 0.24 0.30 0.18 0.03 0.14 0.30 0.25 0.14 0.21 0.32 0.20 0.26 0.28 0.09 0.14
N3 0.23 0.11 0.03 0.04 0.19 0.17 0.21 0.19 0.20 0.25 0.14 0.02 0.13 0.25 0.22 0.02 0.16 0.31 0.17 0.21 0.27 0.06 0.12
N6 0.20 0.12 0.09 0.08 0.21 0.09 0.24 0.12 0.22 0.25 0.17 0.02 0.14 0.26 0.23 0.12 0.19 0.24 0.14 0.23 0.20 0.04 0.07
N7 0.16 0.07 0.00 0.04 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.13 0.07 0.02 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10 0.19 0.07 0.09 0.12 0.05 0.00
N9 0.19 0.08 0.01 0.02 0.13 0.14 0.13 0.13 0.11 0.17 0.08 0.02 0.11 0.16 0.16 0.09 0.11 0.24 0.10 0.11 0.18 0.02 0.04
O2' 0.20 0.04 0.02 0.01 0.12 0.19 0.12 0.20 0.09 0.17 0.05 0.02 0.08 0.15 0.16 0.08 0.05 0.28 0.17 0.09 0.25 0.00 0.08
O3' 0.04 0.10 0.11 0.12 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.01 0.09 0.15 0.07 0.01 0.00 0.03 0.17 0.12 0.03 0.05 0.05 0.19 0.09
O4' 0.20 0.09 0.04 0.01 0.13 0.14 0.12 0.12 0.10 0.15 0.08 0.05 0.12 0.14 0.16 0.15 0.09 0.24 0.08 0.09 0.15 0.04 0.02
O5' 0.15 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08 0.09 0.06 0.07 0.12 0.06 0.03 0.08 0.10 0.12 0.10 0.15 0.19 0.03 0.07 0.04 0.13 0.06
OP1 0.02 0.05 0.08 0.13 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.03 0.18 0.04 0.07 0.07 0.09 0.26 0.18
OP2 0.09 0.12 0.20 0.24 0.10 0.13 0.08 0.13 0.06 0.08 0.08 0.16 0.12 0.07 0.10 0.12 0.29 0.06 0.13 0.03 0.16 0.31 0.24
P 0.04 0.02 0.07 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.18 0.07 0.06 0.02 0.07 0.23 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03 0.00 0.05 0.19 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.07 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.23 0.13 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.25 0.15
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.14 0.27 0.17
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.05 0.21 0.12
N1 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.00 0.11 0.23 0.16
N2 0.03 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.03 0.04 0.00 0.03 0.17 0.12
N3 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.11
N7 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.27 0.15
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.15 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.18 0.05 0.01
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.03 0.08 0.10 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.31 0.21 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.12 0.10
O5' 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.04 0.01 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.20 0.31 0.19
OP1 0.08 0.05 0.18 0.23 0.03 0.16 0.11 0.13 0.14 0.05 0.11 0.03 0.01 0.12 0.01 0.18 0.31 0.06 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.19 0.07 0.13 0.18 0.01 0.25 0.01 0.27 0.21 0.23 0.17 0.16 0.27 0.15 0.05 0.21 0.12 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.02 0.06 0.12 0.02 0.15 0.01 0.17 0.12 0.16 0.12 0.11 0.15 0.10 0.01 0.11 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00