ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49728

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.000, 0.116, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.000, 0.220, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C3' A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N7 B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
P B 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
N1 B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
O2' B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
OP1 B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C4 B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
O3' A 0, 0.000, 0.401, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.401 std_dev=0.401
OP2 B 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N9 B 0, 0.000, 0.431, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.431
O6 B 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
N3 B 0, 0.000, 0.507, 1.015, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.507 std_dev=0.507
N2 B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C1' B 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
OP2 A 0, 0.000, 0.772, 1.543, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.772 std_dev=0.772
O5' B 0, 0.000, 0.855, 1.710, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.855 std_dev=0.855
C2' B 0, 0.000, 0.913, 1.825, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.913 std_dev=0.913
O4' B 0, 0.000, 0.967, 1.933, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.967 std_dev=0.967
O5' A 0, 0.000, 1.047, 2.094, 2.094 max_d=2.094 avg_d=1.047 std_dev=1.047
P A 0, 0.000, 1.109, 2.218, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.109 std_dev=1.109
C5' B 0, 0.000, 1.374, 2.749, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.374 std_dev=1.374
C4' B 0, 0.000, 1.449, 2.898, 2.898 max_d=2.898 avg_d=1.449 std_dev=1.449
C3' B 0, 0.000, 1.690, 3.380, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.690 std_dev=1.690
OP1 A 0, 0.000, 1.940, 3.879, 3.879 max_d=3.879 avg_d=1.940 std_dev=1.940
O3' B 0, 0.000, 2.492, 4.985, 4.985 max_d=4.985 avg_d=2.492 std_dev=2.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.19 0.51 0.35
C2 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.10 0.51 0.41 0.46
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.08 0.47 0.18
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.11 0.07 0.09 0.06 0.13 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.25 0.30 0.39 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.16 0.39 0.43 0.40
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.11 0.42 0.14
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.25 0.39 0.34 0.34
C5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.23 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.24 0.46 0.29 0.36
C8 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.36 0.18 0.39 0.23
N1 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.16 0.52 0.34 0.43
N3 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.45 0.45 0.46
N6 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.17 0.02 0.30 0.44 0.17 0.28
N7 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.36 0.27 0.28 0.23
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.19 0.27 0.47 0.35
O2' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.11 0.13 0.45 0.16
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.09 0.10 0.05 0.17 0.12 0.06 0.05 0.00 0.01 0.25 0.54 0.29 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.24 0.50 0.38
O5' 0.06 0.10 0.17 0.25 0.16 0.00 0.25 0.00 0.24 0.36 0.16 0.08 0.30 0.36 0.19 0.11 0.25 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.51 0.08 0.30 0.39 0.11 0.39 0.23 0.46 0.18 0.52 0.45 0.44 0.27 0.27 0.13 0.54 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 0.41 0.47 0.39 0.43 0.42 0.34 0.35 0.29 0.39 0.34 0.45 0.17 0.28 0.47 0.45 0.29 0.50 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.46 0.18 0.02 0.40 0.14 0.34 0.01 0.36 0.23 0.43 0.46 0.28 0.23 0.35 0.16 0.12 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.20 0.02 0.35 0.16 0.22 0.18 0.20 0.21 0.13 0.22 0.21 0.17 0.16 0.13 0.01 0.88 0.17 0.21 0.24 0.11 0.12 0.04
C2 0.00 0.13 0.07 0.24 0.11 0.02 0.17 0.01 0.22 0.11 0.19 0.10 0.08 0.16 0.08 0.06 0.63 0.05 0.13 0.27 0.11 0.18 0.03
C2' 0.13 0.21 0.02 0.44 0.16 0.30 0.15 0.25 0.19 0.11 0.21 0.24 0.19 0.13 0.13 0.01 1.03 0.20 0.22 0.20 0.08 0.06 0.01
C3' 0.07 0.15 0.05 0.35 0.09 0.25 0.08 0.20 0.11 0.04 0.14 0.20 0.12 0.05 0.05 0.05 0.96 0.16 0.15 0.12 0.02 0.05 0.08
C4 0.08 0.18 0.04 0.29 0.15 0.14 0.18 0.13 0.22 0.13 0.22 0.18 0.15 0.17 0.12 0.01 0.79 0.09 0.18 0.26 0.11 0.14 0.04
C4' 0.08 0.16 0.06 0.30 0.11 0.22 0.12 0.19 0.15 0.08 0.17 0.18 0.13 0.10 0.08 0.00 0.86 0.16 0.16 0.17 0.04 0.02 0.03
C5 0.08 0.19 0.05 0.24 0.16 0.12 0.19 0.12 0.23 0.14 0.22 0.18 0.15 0.17 0.12 0.04 0.73 0.10 0.18 0.26 0.10 0.14 0.03
C5' 0.08 0.15 0.08 0.24 0.11 0.22 0.12 0.19 0.15 0.08 0.16 0.18 0.12 0.10 0.08 0.02 0.80 0.19 0.16 0.17 0.03 0.01 0.03
C6 0.02 0.15 0.07 0.18 0.14 0.02 0.19 0.04 0.23 0.13 0.21 0.11 0.10 0.18 0.10 0.02 0.60 0.00 0.14 0.27 0.10 0.17 0.03
C8 0.13 0.22 0.02 0.30 0.17 0.24 0.18 0.22 0.21 0.14 0.22 0.24 0.19 0.16 0.14 0.06 0.83 0.21 0.21 0.23 0.10 0.10 0.04
N1 0.03 0.12 0.09 0.18 0.10 0.07 0.17 0.02 0.22 0.11 0.19 0.08 0.07 0.17 0.07 0.05 0.54 0.09 0.12 0.27 0.10 0.18 0.02
N3 0.04 0.16 0.05 0.29 0.13 0.07 0.17 0.08 0.22 0.12 0.21 0.14 0.12 0.16 0.09 0.04 0.74 0.02 0.16 0.26 0.11 0.16 0.03
N6 0.01 0.11 0.10 0.08 0.12 0.03 0.18 0.02 0.22 0.13 0.18 0.04 0.06 0.18 0.08 0.08 0.46 0.03 0.13 0.26 0.09 0.17 0.03
N7 0.11 0.22 0.03 0.24 0.17 0.20 0.18 0.18 0.21 0.14 0.22 0.24 0.19 0.16 0.13 0.07 0.76 0.18 0.19 0.23 0.09 0.10 0.03
N9 0.11 0.20 0.02 0.32 0.16 0.20 0.18 0.19 0.22 0.14 0.22 0.21 0.17 0.16 0.13 0.02 0.85 0.16 0.20 0.24 0.11 0.12 0.04
O2' 0.17 0.22 0.08 0.53 0.18 0.35 0.18 0.31 0.20 0.15 0.22 0.24 0.21 0.16 0.16 0.02 1.11 0.24 0.28 0.21 0.15 0.12 0.07
O3' 0.04 0.11 0.05 0.38 0.04 0.26 0.02 0.20 0.05 0.02 0.09 0.17 0.09 0.01 0.01 0.08 1.01 0.14 0.11 0.05 0.08 0.13 0.14
O4' 0.09 0.18 0.06 0.27 0.14 0.19 0.17 0.17 0.21 0.12 0.21 0.18 0.14 0.15 0.11 0.02 0.79 0.16 0.19 0.24 0.09 0.10 0.02
O5' 0.28 0.17 0.39 0.13 0.24 0.18 0.21 0.21 0.15 0.27 0.13 0.14 0.23 0.23 0.28 0.23 0.42 0.22 0.23 0.11 0.36 0.36 0.42
OP1 0.37 0.52 0.30 0.46 0.45 0.42 0.49 0.40 0.55 0.42 0.57 0.54 0.45 0.47 0.40 0.53 0.97 0.40 0.40 0.59 0.26 0.27 0.21
OP2 0.16 0.09 0.02 0.25 0.08 0.28 0.02 0.24 0.01 0.04 0.02 0.14 0.12 0.01 0.09 0.24 0.80 0.26 0.15 0.05 0.02 0.06 0.04
P 0.24 0.27 0.14 0.35 0.24 0.33 0.23 0.30 0.24 0.21 0.26 0.29 0.25 0.22 0.22 0.36 0.88 0.30 0.27 0.24 0.15 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.00 0.09 0.02 0.03 0.06 0.01
C2 0.02 0.00 0.18 0.16 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.07 0.14 0.10 0.05 0.15 0.20 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.07 0.36 0.36 0.27
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.21 0.01 0.30 0.02 0.31 0.31 0.24 0.11 0.12 0.35 0.19 0.02 0.02 0.02 0.05 0.33 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.11 0.21 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.15 0.03 0.06 0.03 0.15 0.06 0.24 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.04 0.07
C5 0.00 0.00 0.07 0.30 0.01 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.07 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08
C5' 0.04 0.03 0.14 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.10 0.02 0.06 0.04 0.12 0.01 0.09 0.20 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.31 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.06 0.04 0.06 0.01 0.08 0.06 0.09
C8 0.01 0.00 0.05 0.31 0.01 0.15 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.07 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06
N1 0.01 0.00 0.15 0.24 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.08 0.02 0.01 0.05 0.04 0.08
N2 0.03 0.00 0.20 0.11 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.30 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04
N3 0.02 0.00 0.17 0.12 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.25 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.35 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.21 0.04 0.10 0.01 0.08 0.02 0.09
N9 0.00 0.00 0.02 0.19 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.16 0.24 0.24 0.09 0.25 0.23 0.19 0.06 0.08 0.27 0.16 0.00 0.01 0.16 0.17 0.30 0.22 0.36 0.16
O3' 0.26 0.20 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.20 0.06 0.17 0.07 0.30 0.25 0.21 0.06 0.01 0.00 0.17 0.19 0.13 0.17 0.18 0.19
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.14 0.11 0.04 0.01 0.16 0.17 0.00 0.02 0.04 0.14 0.08 0.15
O5' 0.09 0.02 0.29 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.10 0.03 0.17 0.19 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.33 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.13 0.04 0.09 0.00 0.10 0.08 0.10
OP1 0.03 0.02 0.36 0.08 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.04 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.22 0.17 0.14 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.01 0.36 0.05 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.36 0.18 0.08 0.00 0.08 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.27 0.04 0.05 0.07 0.08 0.01 0.09 0.06 0.08 0.04 0.04 0.09 0.04 0.16 0.19 0.15 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00