ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49729

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O5' B 0, 0.000, 0.186, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
P B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N2 B 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
OP2 B 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.000, 0.296, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
N9 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C5 B 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
O6 B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
O4' B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C3' A 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C8 B 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
N7 B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP1 B 0, 0.000, 0.405, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.405 std_dev=0.405
O3' A 0, 0.000, 0.438, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.438 std_dev=0.438
O2' A 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C2' B 0, 0.000, 0.463, 0.927, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C4' A 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
O3' B 0, 0.000, 0.545, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.545 std_dev=0.545
O2' B 0, 0.000, 0.925, 1.851, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.925 std_dev=0.925
C5' A 0, 0.000, 0.933, 1.867, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.933 std_dev=0.933
O5' A 0, 0.000, 1.015, 2.030, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.015 std_dev=1.015
P A 0, 0.000, 1.681, 3.363, 3.363 max_d=3.363 avg_d=1.681 std_dev=1.681
OP1 A 0, 0.000, 2.227, 4.453, 4.453 max_d=4.453 avg_d=2.227 std_dev=2.227
OP2 A 0, 0.000, 2.499, 4.998, 4.998 max_d=4.998 avg_d=2.499 std_dev=2.499

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.56 0.06 0.27
C2 0.04 0.00 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.03 0.05 0.14 0.59 0.29 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.22 0.20 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.02 0.16 0.15 0.13 0.08 0.18 0.17 0.11 0.01 0.00 0.01 0.14 0.05 0.31 0.13
C4 0.02 0.00 0.03 0.12 0.00 0.09 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.07 0.02 0.11 0.56 0.19 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.14 0.22 0.08 0.01 0.19 0.22 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.11 0.01 0.04
C5 0.02 0.00 0.04 0.16 0.00 0.16 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.12 0.00 0.20 0.49 0.28 0.06
C5' 0.06 0.21 0.03 0.02 0.26 0.00 0.38 0.00 0.38 0.42 0.30 0.16 0.46 0.47 0.25 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00
C6 0.03 0.00 0.05 0.16 0.01 0.14 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.12 0.01 0.23 0.49 0.37 0.01
C8 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.22 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.05 0.12 0.47 0.08 0.15
N1 0.04 0.00 0.05 0.13 0.01 0.08 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.08 0.03 0.20 0.55 0.36 0.04
N3 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.01 0.05 0.08 0.61 0.20 0.15
N6 0.02 0.00 0.04 0.18 0.01 0.19 0.00 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.01 0.28 0.41 0.44 0.06
N7 0.00 0.00 0.04 0.17 0.00 0.22 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.03 0.21 0.42 0.23 0.05
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.56 0.06 0.21
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.16 0.06 0.15 0.05 0.20 0.02 0.25 0.24 0.18 0.08 0.07 0.00 0.02 0.12 0.10 0.11 0.25 0.04
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.12 0.02 0.12 0.14 0.08 0.01 0.16 0.16 0.07 0.02 0.00 0.03 0.30 0.43 0.61 0.41
O4' 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.12 0.03 0.00 0.22 0.64 0.32 0.42
O5' 0.07 0.14 0.04 0.14 0.11 0.02 0.20 0.01 0.23 0.12 0.20 0.08 0.28 0.21 0.05 0.10 0.30 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.56 0.59 0.22 0.05 0.56 0.11 0.49 0.03 0.49 0.47 0.55 0.61 0.41 0.42 0.56 0.11 0.43 0.64 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.29 0.20 0.31 0.19 0.01 0.28 0.17 0.37 0.08 0.36 0.20 0.44 0.23 0.06 0.25 0.61 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.10 0.04 0.13 0.14 0.04 0.06 0.00 0.01 0.15 0.04 0.15 0.06 0.05 0.21 0.04 0.41 0.42 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.09 0.34 0.08 0.13 0.08 0.12 0.03 0.09 0.15 0.07 0.06 0.12 0.13 0.16 0.57 0.24 0.20 0.02 0.08 0.14 0.12 0.08
C2 0.19 0.03 0.31 0.06 0.11 0.07 0.11 0.01 0.08 0.16 0.04 0.03 0.07 0.14 0.15 0.63 0.18 0.20 0.04 0.08 0.14 0.16 0.11
C2' 0.25 0.16 0.37 0.12 0.19 0.11 0.18 0.06 0.16 0.21 0.14 0.13 0.18 0.20 0.22 0.59 0.20 0.24 0.01 0.15 0.12 0.12 0.06
C3' 0.01 0.11 0.15 0.08 0.07 0.10 0.09 0.15 0.12 0.06 0.13 0.12 0.07 0.08 0.04 0.35 0.38 0.00 0.22 0.13 0.38 0.33 0.30
C4 0.20 0.06 0.33 0.08 0.13 0.07 0.11 0.01 0.08 0.16 0.06 0.01 0.10 0.14 0.16 0.60 0.23 0.19 0.04 0.08 0.17 0.15 0.11
C4' 0.03 0.21 0.13 0.09 0.15 0.10 0.19 0.14 0.24 0.13 0.25 0.23 0.15 0.17 0.11 0.32 0.40 0.03 0.20 0.26 0.34 0.28 0.27
C5 0.20 0.04 0.33 0.09 0.12 0.06 0.10 0.01 0.07 0.15 0.04 0.02 0.09 0.12 0.15 0.56 0.22 0.18 0.06 0.06 0.20 0.14 0.12
C5' 0.34 0.53 0.16 0.36 0.47 0.38 0.53 0.41 0.57 0.46 0.58 0.53 0.46 0.51 0.43 0.00 0.66 0.33 0.49 0.60 0.64 0.54 0.56
C6 0.20 0.01 0.32 0.09 0.10 0.07 0.09 0.01 0.05 0.15 0.01 0.06 0.06 0.12 0.15 0.59 0.18 0.19 0.06 0.05 0.19 0.14 0.12
C8 0.18 0.08 0.32 0.08 0.12 0.05 0.10 0.01 0.07 0.13 0.06 0.05 0.11 0.11 0.14 0.49 0.26 0.16 0.06 0.06 0.21 0.14 0.13
N1 0.19 0.01 0.30 0.07 0.10 0.07 0.10 0.00 0.06 0.15 0.02 0.06 0.05 0.13 0.15 0.62 0.16 0.19 0.05 0.06 0.16 0.16 0.12
N3 0.20 0.06 0.32 0.06 0.12 0.07 0.12 0.00 0.09 0.16 0.06 0.01 0.09 0.14 0.16 0.63 0.21 0.20 0.04 0.08 0.14 0.16 0.10
N6 0.21 0.04 0.32 0.12 0.08 0.08 0.07 0.03 0.03 0.15 0.02 0.11 0.02 0.11 0.15 0.54 0.15 0.18 0.06 0.03 0.20 0.12 0.12
N7 0.18 0.05 0.32 0.09 0.11 0.05 0.09 0.02 0.06 0.13 0.04 0.00 0.10 0.11 0.14 0.48 0.24 0.15 0.07 0.05 0.22 0.13 0.13
N9 0.20 0.08 0.33 0.08 0.13 0.06 0.12 0.02 0.09 0.15 0.07 0.05 0.12 0.13 0.16 0.56 0.25 0.18 0.05 0.08 0.18 0.14 0.11
O2' 0.37 0.21 0.48 0.25 0.28 0.28 0.27 0.25 0.22 0.32 0.19 0.16 0.26 0.29 0.32 0.71 0.06 0.40 0.23 0.21 0.13 0.12 0.17
O3' 0.03 0.12 0.16 0.05 0.07 0.06 0.10 0.11 0.14 0.05 0.15 0.13 0.07 0.09 0.03 0.36 0.34 0.03 0.17 0.16 0.33 0.29 0.26
O4' 0.16 0.02 0.32 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.06 0.11 0.52 0.26 0.16 0.04 0.01 0.18 0.13 0.11
O5' 0.11 0.36 0.09 0.11 0.28 0.19 0.35 0.25 0.42 0.26 0.44 0.37 0.27 0.33 0.22 0.26 0.39 0.16 0.38 0.47 0.63 0.47 0.49
OP1 0.54 0.05 0.83 0.68 0.16 0.57 0.03 0.50 0.25 0.21 0.27 0.09 0.19 0.03 0.31 1.00 0.48 0.50 0.31 0.41 0.02 0.27 0.17
OP2 0.24 0.67 0.05 0.13 0.53 0.32 0.67 0.44 0.83 0.50 0.84 0.68 0.49 0.63 0.42 0.26 0.32 0.37 0.67 0.94 1.09 0.78 0.86
P 0.09 0.33 0.34 0.17 0.19 0.05 0.33 0.03 0.48 0.16 0.50 0.35 0.16 0.29 0.08 0.51 0.05 0.02 0.21 0.59 0.53 0.28 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.04
C2 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.24 0.02 0.15 0.01 0.30 0.17 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.04 0.09 0.07 0.08 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.04 0.08 0.13 0.05 0.01 0.01 0.13 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.02 0.08 0.01 0.19 0.07 0.10
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.05 0.06 0.02 0.18 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.08 0.01 0.03 0.01 0.15 0.02 0.06
C5' 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.14 0.01 0.08 0.04 0.13 0.06 0.15 0.17 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03
C6 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.11 0.01 0.05 0.00 0.20 0.06 0.09
C8 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.01 0.11 0.01 0.27 0.13 0.15
N2 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.30 0.02 0.19 0.01 0.35 0.23 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.24 0.02 0.14 0.01 0.27 0.15 0.18
N7 0.00 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02
N9 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.18 0.17 0.15 0.14 0.26 0.05 0.12 0.06 0.26 0.13 0.00 0.08 0.12 0.16 0.18 0.14 0.19 0.14
O3' 0.14 0.24 0.04 0.00 0.14 0.03 0.08 0.17 0.11 0.04 0.18 0.30 0.24 0.02 0.08 0.08 0.00 0.04 0.10 0.07 0.12 0.27 0.19
O4' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05
O5' 0.03 0.15 0.04 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.11 0.19 0.14 0.04 0.02 0.16 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.07 0.01 0.03 0.00 0.18 0.03 0.07
OP1 0.08 0.30 0.07 0.03 0.19 0.00 0.15 0.03 0.20 0.04 0.27 0.35 0.27 0.07 0.10 0.14 0.12 0.06 0.02 0.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.17 0.02 0.07 0.07 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.13 0.23 0.15 0.07 0.00 0.19 0.27 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.04 0.19 0.06 0.05 0.10 0.01 0.06 0.03 0.09 0.04 0.15 0.24 0.18 0.02 0.04 0.14 0.19 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00