ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 19, 12, 8, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.005, 0.009, 0.023, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.009 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.006, 0.012, 0.030, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.012 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.001, 0.061, 0.121, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.061 std_dev=0.060
O4' A 0, -0.019, 0.050, 0.120, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.050 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.023, 0.113, 0.203, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.113 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.007, 0.105, 0.203, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.105 std_dev=0.098
C4' A 0, -0.027, 0.084, 0.195, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.084 std_dev=0.111
C4 B 0, 0.148, 0.291, 0.433, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.291 std_dev=0.142
C2 B 0, 0.128, 0.273, 0.418, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.273 std_dev=0.145
N3 B 0, 0.102, 0.249, 0.396, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.249 std_dev=0.147
N1 B 0, 0.178, 0.326, 0.473, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.326 std_dev=0.148
N9 B 0, 0.151, 0.301, 0.451, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.301 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.198, 0.351, 0.503, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.351 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.030, 0.184, 0.338, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.184 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.204, 0.361, 0.518, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.361 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.101, 0.258, 0.416, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.258 std_dev=0.157
C8 B 0, 0.208, 0.376, 0.543, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.376 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.078, 0.248, 0.418, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.248 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.091, 0.264, 0.437, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.264 std_dev=0.173
N7 B 0, 0.231, 0.405, 0.579, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.405 std_dev=0.174
O4' B 0, 0.101, 0.276, 0.451, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.276 std_dev=0.175
N6 B 0, 0.232, 0.417, 0.601, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.417 std_dev=0.184
O5' A 0, 0.040, 0.239, 0.439, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.239 std_dev=0.199
C5' A 0, -0.046, 0.154, 0.355, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.154 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.093, 0.296, 0.499, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.296 std_dev=0.203
C4' B 0, 0.074, 0.278, 0.483, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.278 std_dev=0.205
O5' B 0, 0.130, 0.355, 0.580, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.355 std_dev=0.225
C5' B 0, 0.092, 0.317, 0.542, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.317 std_dev=0.225
P B 0, 0.135, 0.387, 0.640, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.387 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.085, 0.349, 0.613, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.349 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.136, 0.400, 0.664, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.400 std_dev=0.264
OP1 B 0, 0.126, 0.412, 0.698, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.412 std_dev=0.286
P A 0, 0.087, 0.376, 0.664, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.376 std_dev=0.289
OP1 A 0, 0.107, 0.418, 0.730, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.418 std_dev=0.311
OP2 A 0, -0.109, 0.465, 1.040, 4.662 max_d=4.662 avg_d=0.465 std_dev=0.575

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.08 0.08 0.08
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.05 0.14 0.10 0.18 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.10 0.07 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.14 0.09 0.17 0.14
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.17 0.10 0.25 0.17
C5' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.13 0.14 0.11 0.08 0.14 0.14 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.17 0.11 0.27 0.18
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.16 0.10 0.20 0.15
N1 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.04 0.16 0.11 0.24 0.17
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.13 0.09 0.15 0.12
N6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.18 0.13 0.32 0.21
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.18 0.12 0.27 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.08 0.14 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.10 0.09 0.04
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.10 0.14 0.08 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.09 0.10 0.08
O5' 0.10 0.14 0.06 0.06 0.14 0.01 0.17 0.01 0.17 0.16 0.16 0.13 0.18 0.18 0.14 0.03 0.10 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.10 0.14 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.18 0.07 0.07 0.17 0.12 0.25 0.13 0.27 0.20 0.24 0.15 0.32 0.27 0.14 0.09 0.08 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.06 0.06 0.14 0.02 0.17 0.01 0.18 0.15 0.17 0.12 0.21 0.19 0.12 0.04 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.09 0.15 0.11 0.15 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11
C2 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13
C2' 0.11 0.13 0.13 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.09 0.15 0.10 0.15 0.10 0.10 0.13 0.15 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11
C3' 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.15 0.10 0.16 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10
C4 0.11 0.14 0.13 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.14 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12
C4' 0.08 0.13 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.15 0.09 0.16 0.10 0.17 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10
C5 0.11 0.14 0.13 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.14 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12
C5' 0.10 0.15 0.10 0.10 0.13 0.09 0.15 0.10 0.18 0.12 0.19 0.13 0.20 0.15 0.11 0.10 0.09 0.10 0.12 0.13 0.15 0.13
C6 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12
C8 0.11 0.13 0.14 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.15 0.11 0.15 0.11 0.10 0.13 0.15 0.10 0.12 0.13 0.14 0.13
N1 0.13 0.15 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13
N3 0.12 0.14 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12
N6 0.12 0.15 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.11 0.15 0.14 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12
N7 0.11 0.13 0.14 0.14 0.10 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10 0.10 0.14 0.15 0.10 0.12 0.13 0.14 0.13
N9 0.10 0.13 0.13 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.09 0.14 0.11 0.14 0.10 0.09 0.12 0.14 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11
O2' 0.12 0.13 0.14 0.14 0.11 0.13 0.11 0.12 0.13 0.10 0.15 0.11 0.15 0.10 0.11 0.15 0.16 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12
O3' 0.10 0.12 0.12 0.12 0.09 0.11 0.11 0.11 0.14 0.09 0.15 0.09 0.17 0.10 0.09 0.13 0.14 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11
O4' 0.10 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.15 0.10 0.16 0.11 0.17 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12
O5' 0.27 0.24 0.29 0.29 0.25 0.27 0.23 0.27 0.23 0.25 0.23 0.25 0.22 0.24 0.25 0.27 0.29 0.26 0.28 0.28 0.30 0.29
OP1 0.14 0.12 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.18 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.16 0.16 0.19 0.17
OP2 0.46 0.46 0.43 0.44 0.47 0.45 0.47 0.47 0.46 0.47 0.46 0.47 0.45 0.47 0.47 0.38 0.41 0.47 0.48 0.48 0.52 0.51
P 0.31 0.28 0.31 0.31 0.29 0.30 0.28 0.31 0.27 0.29 0.27 0.30 0.26 0.28 0.30 0.28 0.30 0.30 0.32 0.32 0.35 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.09 0.10 0.13 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.09 0.09 0.11 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.11 0.13 0.15 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.12 0.14 0.17 0.14
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.11 0.11 0.10 0.11
N1 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.11 0.12 0.16 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
N6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.13 0.16 0.20 0.17
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.12 0.14 0.15 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.13 0.10 0.12 0.08 0.15 0.12 0.06 0.05 0.00 0.01 0.07 0.08 0.11 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.04 0.09 0.03 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.07 0.13 0.12 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.05 0.06 0.09 0.05 0.13 0.05 0.14 0.11 0.12 0.08 0.16 0.14 0.08 0.06 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.05 0.06 0.11 0.02 0.15 0.01 0.17 0.10 0.16 0.11 0.20 0.15 0.08 0.04 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.03 0.04 0.10 0.01 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.08 0.17 0.14 0.07 0.03 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00