ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49737

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 3, 3, 3, 13, 8, 8, 6, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.008, 0.035, 0.061, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N3 B 0, 0.449, 0.693, 0.936, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.693 std_dev=0.243
O4' A 0, 0.012, 0.268, 0.524, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.268 std_dev=0.256
C4 B 0, 0.493, 0.754, 1.016, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.754 std_dev=0.261
C2' A 0, 0.022, 0.288, 0.555, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.288 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.564, 0.838, 1.111, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.838 std_dev=0.273
N9 B 0, 0.524, 0.807, 1.090, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.807 std_dev=0.283
C5 B 0, 0.666, 0.971, 1.277, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.971 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.679, 1.021, 1.364, 1.618 max_d=1.618 avg_d=1.021 std_dev=0.343
C8 B 0, 0.663, 1.009, 1.354, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.009 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.749, 1.098, 1.447, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.098 std_dev=0.349
N7 B 0, 0.756, 1.121, 1.486, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.121 std_dev=0.365
C4' A 0, 0.185, 0.553, 0.920, 2.357 max_d=2.357 avg_d=0.553 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.441, 0.821, 1.200, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.821 std_dev=0.379
C3' A 0, 0.144, 0.533, 0.922, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.533 std_dev=0.389
O2' A 0, -0.028, 0.370, 0.767, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.370 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.583, 1.019, 1.455, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.019 std_dev=0.436
O4' B 0, 0.568, 1.010, 1.451, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.010 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.914, 1.368, 1.823, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.368 std_dev=0.454
C4' B 0, 0.657, 1.126, 1.595, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.126 std_dev=0.469
O3' B 0, 0.748, 1.273, 1.797, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.273 std_dev=0.524
O3' A 0, 0.216, 0.762, 1.309, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.762 std_dev=0.546
C5' A 0, 0.442, 0.990, 1.538, 3.538 max_d=3.538 avg_d=0.990 std_dev=0.548
O5' A 0, 0.708, 1.265, 1.822, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.265 std_dev=0.557
O5' B 0, 1.095, 1.660, 2.224, 3.164 max_d=3.164 avg_d=1.660 std_dev=0.565
C2' B 0, 0.272, 0.864, 1.457, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.864 std_dev=0.593
C5' B 0, 0.987, 1.589, 2.192, 3.280 max_d=3.280 avg_d=1.589 std_dev=0.602
P A 0, 0.747, 1.439, 2.131, 4.328 max_d=4.328 avg_d=1.439 std_dev=0.692
OP2 A 0, 0.808, 1.550, 2.292, 4.490 max_d=4.490 avg_d=1.550 std_dev=0.742
P B 0, 1.606, 2.370, 3.133, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.370 std_dev=0.764
OP2 B 0, 1.970, 2.781, 3.591, 4.296 max_d=4.296 avg_d=2.781 std_dev=0.811
OP1 B 0, 1.651, 2.508, 3.365, 4.499 max_d=4.499 avg_d=2.508 std_dev=0.857
OP1 A 0, 1.035, 2.009, 2.984, 4.961 max_d=4.961 avg_d=2.009 std_dev=0.975
O2' B 0, 0.025, 1.200, 2.375, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.200 std_dev=1.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.20 0.23 0.36 0.19
C2 0.05 0.00 0.27 0.30 0.02 0.13 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.21 0.30 0.11 0.42 0.58 0.71 0.49
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.15 0.02 0.10 0.09 0.15 0.10 0.22 0.26 0.13 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.30 0.36 0.38 0.30
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.22 0.01 0.24 0.03 0.28 0.19 0.30 0.27 0.29 0.22 0.14 0.02 0.01 0.02 0.28 0.36 0.22 0.23
C4 0.02 0.02 0.15 0.22 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.06 0.41 0.53 0.66 0.47
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.14 0.07 0.16 0.02 0.01 0.02 0.20 0.27 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.24 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.17 0.05 0.50 0.72 0.83 0.62
C5' 0.06 0.17 0.09 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.22 0.25 0.19 0.15 0.25 0.27 0.14 0.08 0.11 0.03 0.01 0.25 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.28 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.22 0.06 0.53 0.80 0.90 0.67
C8 0.02 0.02 0.10 0.19 0.01 0.15 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.18 0.16 0.08 0.48 0.61 0.69 0.55
N1 0.04 0.01 0.22 0.30 0.02 0.12 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.28 0.09 0.49 0.73 0.84 0.60
N3 0.05 0.01 0.26 0.27 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.27 0.11 0.36 0.47 0.61 0.41
N6 0.03 0.01 0.13 0.29 0.02 0.13 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.17 0.24 0.06 0.58 0.94 1.01 0.77
N7 0.02 0.02 0.07 0.22 0.01 0.14 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.19 0.17 0.06 0.55 0.79 0.87 0.68
N9 0.01 0.03 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.07 0.02 0.36 0.43 0.54 0.39
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.12 0.16 0.15 0.08 0.16 0.18 0.18 0.20 0.17 0.19 0.10 0.00 0.07 0.13 0.16 0.32 0.37 0.20
O3' 0.15 0.30 0.03 0.01 0.16 0.02 0.17 0.11 0.22 0.16 0.28 0.27 0.24 0.17 0.07 0.07 0.00 0.10 0.28 0.44 0.27 0.24
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.13 0.10 0.00 0.18 0.24 0.37 0.17
O5' 0.20 0.42 0.30 0.28 0.41 0.02 0.50 0.01 0.53 0.48 0.49 0.36 0.58 0.55 0.36 0.16 0.28 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.58 0.36 0.36 0.53 0.20 0.72 0.25 0.80 0.61 0.73 0.47 0.94 0.79 0.43 0.32 0.44 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.71 0.38 0.22 0.66 0.27 0.83 0.31 0.90 0.69 0.84 0.61 1.01 0.87 0.54 0.37 0.27 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.49 0.30 0.23 0.47 0.06 0.62 0.02 0.67 0.55 0.60 0.41 0.77 0.68 0.39 0.20 0.24 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.23 0.56 0.38 0.20 0.40 0.22 0.42 0.26 0.20 0.28 0.20 0.31 0.21 0.21 0.61 0.45 0.45 0.34 0.38 0.39 0.33
C2 0.27 0.21 0.64 0.36 0.16 0.46 0.18 0.52 0.21 0.21 0.24 0.15 0.24 0.19 0.20 0.95 0.42 0.48 0.41 0.46 0.47 0.43
C2' 0.28 0.23 0.63 0.40 0.19 0.37 0.23 0.39 0.30 0.20 0.31 0.19 0.37 0.22 0.21 0.74 0.40 0.39 0.32 0.35 0.38 0.30
C3' 0.40 0.32 0.71 0.50 0.33 0.41 0.33 0.42 0.35 0.34 0.35 0.33 0.38 0.33 0.35 0.74 0.44 0.41 0.42 0.43 0.43 0.38
C4 0.27 0.22 0.59 0.37 0.18 0.41 0.19 0.44 0.24 0.20 0.26 0.17 0.27 0.19 0.20 0.73 0.42 0.46 0.35 0.39 0.41 0.35
C4' 0.28 0.29 0.52 0.39 0.26 0.37 0.29 0.38 0.35 0.25 0.35 0.26 0.40 0.28 0.25 0.50 0.47 0.40 0.35 0.38 0.40 0.33
C5 0.27 0.21 0.58 0.36 0.18 0.39 0.19 0.42 0.22 0.20 0.25 0.17 0.25 0.19 0.20 0.68 0.39 0.45 0.34 0.37 0.40 0.34
C5' 0.34 0.41 0.52 0.44 0.38 0.40 0.44 0.41 0.50 0.39 0.49 0.37 0.56 0.44 0.36 0.44 0.52 0.43 0.43 0.45 0.50 0.42
C6 0.27 0.20 0.62 0.35 0.16 0.41 0.17 0.45 0.20 0.20 0.23 0.15 0.22 0.19 0.20 0.84 0.37 0.47 0.37 0.40 0.43 0.37
C8 0.26 0.23 0.51 0.37 0.20 0.36 0.22 0.37 0.26 0.21 0.28 0.21 0.30 0.22 0.21 0.50 0.41 0.42 0.33 0.35 0.39 0.31
N1 0.27 0.20 0.65 0.36 0.15 0.45 0.17 0.51 0.20 0.21 0.22 0.14 0.22 0.19 0.20 0.99 0.39 0.48 0.41 0.45 0.47 0.43
N3 0.27 0.21 0.62 0.37 0.17 0.44 0.19 0.49 0.23 0.20 0.25 0.16 0.26 0.19 0.20 0.84 0.43 0.47 0.39 0.43 0.44 0.40
N6 0.27 0.20 0.62 0.34 0.16 0.38 0.17 0.43 0.19 0.21 0.21 0.14 0.20 0.19 0.20 0.81 0.32 0.46 0.35 0.38 0.43 0.36
N7 0.26 0.22 0.52 0.37 0.20 0.35 0.21 0.36 0.24 0.20 0.26 0.20 0.27 0.21 0.21 0.51 0.38 0.42 0.33 0.35 0.39 0.31
N9 0.27 0.22 0.56 0.38 0.20 0.39 0.21 0.41 0.26 0.20 0.27 0.19 0.30 0.21 0.21 0.61 0.43 0.44 0.34 0.37 0.39 0.33
O2' 0.29 0.34 0.56 0.35 0.29 0.43 0.36 0.48 0.43 0.30 0.43 0.26 0.51 0.35 0.27 0.70 0.43 0.49 0.37 0.41 0.49 0.40
O3' 0.40 0.33 0.68 0.46 0.33 0.41 0.35 0.44 0.38 0.35 0.38 0.32 0.43 0.36 0.35 0.73 0.43 0.42 0.42 0.43 0.46 0.40
O4' 0.28 0.24 0.47 0.37 0.22 0.42 0.24 0.42 0.29 0.22 0.29 0.22 0.34 0.23 0.22 0.46 0.50 0.47 0.36 0.38 0.39 0.34
O5' 0.68 0.71 0.78 0.74 0.71 0.71 0.73 0.73 0.75 0.72 0.74 0.69 0.77 0.74 0.70 0.69 0.77 0.73 0.77 0.76 0.74 0.75
OP1 1.16 1.21 1.15 1.14 1.24 1.14 1.31 1.19 1.33 1.29 1.29 1.18 1.37 1.33 1.23 1.02 1.07 1.18 1.28 1.28 1.33 1.31
OP2 1.18 1.20 1.20 1.22 1.23 1.18 1.27 1.22 1.27 1.26 1.25 1.18 1.26 1.28 1.22 1.08 1.19 1.19 1.32 1.30 1.29 1.30
P 0.91 0.97 0.93 0.92 0.98 0.90 1.05 0.94 1.08 1.02 1.05 0.94 1.11 1.06 0.97 0.80 0.90 0.93 1.02 1.01 1.03 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.15 0.18 0.28 0.14
C2 0.05 0.00 0.29 0.29 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.28 0.19 0.23 0.22 0.30 0.20
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.03 0.09 0.16 0.14 0.15 0.23 0.29 0.11 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.36 0.46 0.55 0.43
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.26 0.00 0.31 0.03 0.34 0.26 0.33 0.25 0.36 0.31 0.20 0.02 0.01 0.02 0.17 0.24 0.18 0.15
C4 0.03 0.01 0.16 0.26 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.17 0.10 0.23 0.21 0.28 0.18
C4' 0.01 0.10 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.17 0.09 0.10 0.13 0.17 0.08 0.25 0.03 0.01 0.03 0.11 0.18 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.06 0.31 0.28 0.34 0.27
C5' 0.07 0.14 0.16 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.18 0.14 0.13 0.19 0.20 0.09 0.11 0.16 0.03 0.01 0.17 0.19 0.02
C6 0.04 0.01 0.14 0.34 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.23 0.10 0.32 0.31 0.38 0.29
C8 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.17 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.31 0.18 0.11 0.30 0.24 0.27 0.23
N1 0.05 0.01 0.23 0.33 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.18 0.26 0.15 0.28 0.27 0.35 0.25
N3 0.05 0.01 0.29 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.16 0.27 0.19 0.20 0.20 0.28 0.17
N6 0.04 0.02 0.11 0.36 0.02 0.13 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.29 0.27 0.08 0.37 0.38 0.44 0.36
N7 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.17 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.33 0.22 0.07 0.36 0.32 0.35 0.31
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.16 0.10 0.02 0.20 0.18 0.26 0.15
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.14 0.25 0.24 0.11 0.23 0.31 0.18 0.16 0.29 0.33 0.16 0.00 0.06 0.18 0.24 0.39 0.57 0.35
O3' 0.22 0.28 0.03 0.01 0.17 0.03 0.20 0.16 0.23 0.18 0.26 0.27 0.27 0.22 0.10 0.06 0.00 0.16 0.19 0.26 0.20 0.18
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.03 0.10 0.11 0.15 0.19 0.08 0.07 0.02 0.18 0.16 0.00 0.13 0.13 0.21 0.12
O5' 0.15 0.23 0.36 0.17 0.23 0.03 0.31 0.01 0.32 0.30 0.28 0.20 0.37 0.36 0.20 0.24 0.19 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.22 0.46 0.24 0.21 0.11 0.28 0.17 0.31 0.24 0.27 0.20 0.38 0.32 0.18 0.39 0.26 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.30 0.55 0.18 0.28 0.18 0.34 0.19 0.38 0.27 0.35 0.28 0.44 0.35 0.26 0.57 0.20 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.20 0.43 0.15 0.18 0.03 0.27 0.02 0.29 0.23 0.25 0.17 0.36 0.31 0.15 0.35 0.18 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00