ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49738

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 8, 7, 7, 6, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.020, 0.036, 0.053, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.016, 0.044, 0.071, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.044 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.012, 0.043, 0.073, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.039, 0.071, 0.104, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.071 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.107, 0.323, 0.539, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.323 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.115, 0.346, 0.577, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.346 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.287, 0.529, 0.770, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.529 std_dev=0.241
C2 B 0, 0.410, 0.680, 0.950, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.680 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.191, 0.479, 0.767, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.479 std_dev=0.288
O2' A 0, 0.178, 0.510, 0.843, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.510 std_dev=0.333
C4 B 0, 0.113, 0.450, 0.786, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.450 std_dev=0.337
N1 B 0, 0.396, 0.735, 1.073, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.735 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.208, 0.568, 0.928, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.568 std_dev=0.360
C1' B 0, 0.376, 0.749, 1.122, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.749 std_dev=0.373
C6 B 0, 0.238, 0.631, 1.025, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.631 std_dev=0.394
N9 B 0, 0.221, 0.622, 1.024, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.622 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.083, 0.509, 0.935, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.509 std_dev=0.426
N6 B 0, 0.376, 0.843, 1.309, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.843 std_dev=0.466
O4' B 0, 0.360, 0.866, 1.372, 3.094 max_d=3.094 avg_d=0.866 std_dev=0.506
C2' B 0, 0.409, 0.935, 1.460, 2.541 max_d=2.541 avg_d=0.935 std_dev=0.526
C5' A 0, 0.347, 0.873, 1.398, 2.190 max_d=2.190 avg_d=0.873 std_dev=0.526
C8 B 0, 0.248, 0.776, 1.304, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.776 std_dev=0.528
N7 B 0, 0.179, 0.711, 1.243, 2.432 max_d=2.432 avg_d=0.711 std_dev=0.532
O3' A 0, 0.361, 0.899, 1.437, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.899 std_dev=0.538
OP2 B 0, 1.378, 1.940, 2.502, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.940 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.435, 1.003, 1.570, 3.022 max_d=3.022 avg_d=1.003 std_dev=0.567
O5' B 0, 1.302, 1.897, 2.493, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.897 std_dev=0.595
C4' B 0, 0.363, 1.015, 1.666, 4.149 max_d=4.149 avg_d=1.015 std_dev=0.651
O5' A 0, 0.321, 0.976, 1.631, 2.726 max_d=2.726 avg_d=0.976 std_dev=0.655
P B 0, 1.058, 1.717, 2.376, 4.425 max_d=4.425 avg_d=1.717 std_dev=0.659
C3' B 0, 0.361, 1.043, 1.724, 4.006 max_d=4.006 avg_d=1.043 std_dev=0.681
P A 0, 0.035, 0.823, 1.610, 4.307 max_d=4.307 avg_d=0.823 std_dev=0.787
O3' B 0, 0.447, 1.259, 2.072, 4.863 max_d=4.863 avg_d=1.259 std_dev=0.812
C5' B 0, 0.326, 1.196, 2.067, 5.493 max_d=5.493 avg_d=1.196 std_dev=0.871
OP1 A 0, 0.537, 1.450, 2.363, 5.193 max_d=5.193 avg_d=1.450 std_dev=0.913
OP2 A 0, 0.306, 1.287, 2.268, 5.320 max_d=5.320 avg_d=1.287 std_dev=0.981
OP1 B 0, 0.575, 1.572, 2.569, 6.196 max_d=6.196 avg_d=1.572 std_dev=0.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.17 0.33 0.13
C2 0.05 0.00 0.16 0.17 0.02 0.09 0.03 0.12 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.20 0.21 0.05 0.29 0.39 0.55 0.32
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.08 0.13 0.16 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.23 0.23 0.09
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.11 0.20 0.13 0.16 0.13 0.18 0.09 0.02 0.01 0.01 0.22 0.31 0.17 0.16
C4 0.02 0.02 0.08 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.10 0.03 0.27 0.34 0.52 0.29
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.17 0.19 0.05
C5 0.02 0.03 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.03 0.34 0.47 0.64 0.39
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.17 0.11 0.10 0.14 0.17 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.18 0.18 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.14 0.04 0.35 0.53 0.67 0.42
C8 0.02 0.03 0.08 0.20 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.21 0.05 0.35 0.39 0.60 0.36
N1 0.04 0.01 0.13 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.16 0.17 0.04 0.33 0.48 0.63 0.38
N3 0.05 0.01 0.16 0.16 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.18 0.19 0.05 0.25 0.31 0.48 0.27
N6 0.03 0.02 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.17 0.04 0.38 0.62 0.74 0.48
N7 0.03 0.03 0.07 0.18 0.02 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.21 0.05 0.39 0.51 0.70 0.44
N9 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.02 0.23 0.26 0.47 0.24
O2' 0.03 0.20 0.01 0.02 0.11 0.08 0.09 0.08 0.12 0.04 0.16 0.18 0.11 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.32 0.17 0.10
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.14 0.21 0.17 0.19 0.17 0.21 0.09 0.05 0.00 0.02 0.22 0.46 0.20 0.22
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.25 0.34 0.18
O5' 0.09 0.29 0.15 0.22 0.27 0.02 0.34 0.01 0.35 0.35 0.33 0.25 0.38 0.39 0.23 0.07 0.22 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.39 0.23 0.31 0.34 0.17 0.47 0.18 0.53 0.39 0.48 0.31 0.62 0.51 0.26 0.32 0.46 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.55 0.23 0.17 0.52 0.19 0.64 0.18 0.67 0.60 0.63 0.48 0.74 0.70 0.47 0.17 0.20 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.32 0.09 0.16 0.29 0.05 0.39 0.02 0.42 0.36 0.38 0.27 0.48 0.44 0.24 0.10 0.22 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.23 0.42 0.40 0.25 0.33 0.23 0.28 0.23 0.26 0.24 0.25 0.26 0.23 0.28 0.35 0.47 0.35 0.39 0.38 0.25 0.26
C2 0.30 0.19 0.47 0.40 0.19 0.34 0.17 0.32 0.18 0.24 0.20 0.18 0.19 0.19 0.24 0.46 0.47 0.33 0.35 0.43 0.28 0.29
C2' 0.35 0.24 0.46 0.43 0.24 0.38 0.22 0.35 0.23 0.26 0.25 0.25 0.26 0.23 0.29 0.41 0.48 0.39 0.43 0.44 0.28 0.32
C3' 0.35 0.32 0.48 0.45 0.29 0.40 0.29 0.37 0.32 0.30 0.35 0.30 0.36 0.29 0.31 0.41 0.50 0.39 0.47 0.46 0.34 0.36
C4 0.32 0.20 0.44 0.41 0.22 0.33 0.19 0.28 0.20 0.24 0.21 0.22 0.22 0.21 0.26 0.38 0.47 0.34 0.37 0.39 0.26 0.26
C4' 0.31 0.26 0.41 0.41 0.25 0.33 0.24 0.30 0.27 0.25 0.28 0.26 0.31 0.24 0.27 0.33 0.47 0.34 0.40 0.37 0.29 0.27
C5 0.31 0.19 0.44 0.41 0.21 0.32 0.18 0.27 0.18 0.24 0.20 0.20 0.20 0.20 0.26 0.37 0.46 0.33 0.37 0.38 0.26 0.26
C5' 0.29 0.30 0.41 0.43 0.27 0.31 0.29 0.29 0.33 0.27 0.34 0.28 0.38 0.28 0.28 0.33 0.49 0.31 0.40 0.36 0.36 0.28
C6 0.30 0.19 0.46 0.40 0.18 0.32 0.16 0.28 0.17 0.23 0.20 0.17 0.18 0.19 0.24 0.42 0.45 0.32 0.35 0.39 0.26 0.26
C8 0.32 0.23 0.41 0.41 0.25 0.31 0.23 0.26 0.23 0.26 0.23 0.26 0.25 0.24 0.28 0.32 0.46 0.33 0.40 0.36 0.27 0.26
N1 0.29 0.19 0.47 0.40 0.18 0.33 0.17 0.30 0.17 0.23 0.20 0.17 0.18 0.19 0.23 0.47 0.47 0.32 0.34 0.42 0.28 0.28
N3 0.31 0.20 0.46 0.40 0.21 0.34 0.19 0.31 0.19 0.24 0.21 0.20 0.21 0.20 0.26 0.42 0.47 0.34 0.36 0.42 0.27 0.28
N6 0.29 0.22 0.47 0.40 0.17 0.31 0.16 0.27 0.18 0.22 0.22 0.17 0.19 0.18 0.23 0.42 0.44 0.31 0.35 0.39 0.26 0.26
N7 0.32 0.20 0.42 0.41 0.24 0.31 0.21 0.26 0.20 0.26 0.21 0.24 0.22 0.22 0.28 0.32 0.46 0.32 0.39 0.36 0.27 0.26
N9 0.32 0.22 0.43 0.41 0.24 0.32 0.22 0.27 0.22 0.26 0.23 0.25 0.25 0.23 0.28 0.35 0.47 0.34 0.38 0.38 0.26 0.26
O2' 0.35 0.23 0.46 0.41 0.24 0.39 0.22 0.35 0.23 0.26 0.24 0.24 0.26 0.22 0.29 0.41 0.47 0.40 0.42 0.45 0.26 0.31
O3' 0.40 0.39 0.52 0.49 0.35 0.45 0.36 0.44 0.41 0.37 0.44 0.35 0.46 0.36 0.36 0.46 0.53 0.44 0.53 0.53 0.41 0.43
O4' 0.32 0.26 0.39 0.40 0.26 0.31 0.26 0.27 0.27 0.27 0.27 0.27 0.30 0.26 0.28 0.32 0.46 0.34 0.38 0.35 0.26 0.25
O5' 0.49 0.53 0.63 0.64 0.50 0.48 0.51 0.46 0.54 0.50 0.56 0.50 0.57 0.51 0.50 0.55 0.68 0.43 0.54 0.51 0.61 0.49
OP1 0.75 0.79 0.86 0.87 0.82 0.71 0.88 0.70 0.91 0.86 0.87 0.77 0.96 0.89 0.81 0.75 0.88 0.66 0.76 0.78 0.99 0.81
OP2 0.82 0.96 0.92 0.95 0.91 0.79 0.95 0.81 1.01 0.91 1.04 0.89 1.04 0.94 0.88 0.81 0.97 0.76 0.86 0.86 1.04 0.87
P 0.62 0.69 0.72 0.74 0.68 0.58 0.73 0.58 0.77 0.70 0.76 0.65 0.82 0.73 0.67 0.61 0.76 0.55 0.67 0.64 0.81 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.14 0.14 0.30 0.13
C2 0.06 0.00 0.27 0.31 0.02 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.39 0.10 0.27 0.23 0.34 0.21
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.03 0.09 0.09 0.13 0.15 0.21 0.27 0.11 0.12 0.05 0.01 0.04 0.02 0.22 0.23 0.29 0.18
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.20 0.01 0.18 0.02 0.23 0.17 0.29 0.28 0.22 0.16 0.10 0.04 0.01 0.02 0.22 0.27 0.18 0.16
C4 0.03 0.02 0.14 0.20 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.22 0.06 0.27 0.19 0.32 0.19
C4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.09 0.08 0.12 0.13 0.06 0.13 0.04 0.01 0.02 0.15 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.20 0.05 0.32 0.24 0.35 0.24
C5' 0.09 0.18 0.09 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.25 0.27 0.22 0.15 0.29 0.29 0.18 0.08 0.09 0.03 0.01 0.19 0.25 0.03
C6 0.03 0.01 0.13 0.23 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.27 0.06 0.34 0.28 0.38 0.26
C8 0.02 0.02 0.15 0.17 0.01 0.13 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.19 0.09 0.30 0.17 0.31 0.19
N1 0.05 0.01 0.21 0.29 0.02 0.09 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.22 0.35 0.08 0.31 0.26 0.37 0.24
N3 0.05 0.01 0.27 0.28 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.34 0.10 0.25 0.20 0.32 0.18
N6 0.03 0.02 0.11 0.22 0.02 0.12 0.02 0.29 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.19 0.27 0.06 0.37 0.33 0.42 0.31
N7 0.02 0.02 0.12 0.16 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.17 0.19 0.08 0.34 0.25 0.35 0.25
N9 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.09 0.03 0.23 0.15 0.31 0.16
O2' 0.03 0.24 0.01 0.04 0.14 0.13 0.16 0.08 0.19 0.16 0.22 0.22 0.19 0.17 0.10 0.00 0.07 0.08 0.13 0.22 0.27 0.12
O3' 0.07 0.39 0.04 0.01 0.22 0.04 0.20 0.09 0.27 0.19 0.35 0.34 0.27 0.19 0.09 0.07 0.00 0.07 0.21 0.36 0.22 0.21
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.08 0.10 0.06 0.08 0.03 0.08 0.07 0.00 0.16 0.18 0.36 0.19
O5' 0.14 0.27 0.22 0.22 0.27 0.02 0.32 0.01 0.34 0.30 0.31 0.25 0.37 0.34 0.23 0.13 0.21 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.23 0.23 0.27 0.19 0.15 0.24 0.19 0.28 0.17 0.26 0.20 0.33 0.25 0.15 0.22 0.36 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.34 0.29 0.18 0.32 0.25 0.35 0.25 0.38 0.31 0.37 0.32 0.42 0.35 0.31 0.27 0.22 0.36 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.21 0.18 0.16 0.19 0.05 0.24 0.03 0.26 0.19 0.24 0.18 0.31 0.25 0.16 0.12 0.21 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00