ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49739

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 2, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.023, 0.072, 0.121, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.072 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.032, 0.089, 0.146, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.089 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.052, 0.119, 0.185, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.119 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.063, 0.141, 0.219, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.141 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.055, 0.139, 0.223, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.139 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.085, 0.196, 0.308, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.157, 0.283, 0.409, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.283 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.080, 0.210, 0.340, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.210 std_dev=0.130
P A 0, 0.253, 0.412, 0.571, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.412 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.164, 0.333, 0.501, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.333 std_dev=0.168
O3' B 0, 0.147, 0.316, 0.486, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.316 std_dev=0.170
O2' B 0, 0.172, 0.350, 0.528, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.350 std_dev=0.178
OP2 A 0, 0.330, 0.511, 0.692, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.511 std_dev=0.181
OP1 A 0, 0.246, 0.433, 0.620, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.433 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.159, 0.346, 0.534, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.346 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.275, 0.464, 0.654, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.464 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.316, 0.508, 0.699, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.508 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.252, 0.474, 0.695, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.474 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.328, 0.553, 0.778, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.553 std_dev=0.225
N9 B 0, 0.313, 0.550, 0.788, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.550 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.404, 0.646, 0.887, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.646 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.222, 0.466, 0.710, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.466 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.286, 0.550, 0.814, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.550 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.282, 0.560, 0.839, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.560 std_dev=0.278
O5' B 0, 0.320, 0.600, 0.879, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.600 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.415, 0.696, 0.977, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.696 std_dev=0.281
C8 B 0, 0.388, 0.680, 0.973, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.680 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.457, 0.751, 1.044, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.751 std_dev=0.294
P B 0, 0.402, 0.726, 1.049, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.726 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.463, 0.788, 1.112, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.788 std_dev=0.325
N7 B 0, 0.452, 0.780, 1.108, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.780 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.433, 0.783, 1.132, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.783 std_dev=0.349
N6 B 0, 0.543, 0.908, 1.273, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.908 std_dev=0.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.11 0.11 0.14 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.13 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.12 0.15 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.12 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.09 0.13 0.10
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.12 0.15 0.12
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.10 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.11 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.05
O5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07 0.11 0.10 0.11 0.09 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.11 0.03 0.02 0.09 0.03 0.10 0.04 0.12 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.14 0.09 0.07 0.13 0.05 0.13 0.02 0.15 0.12 0.15 0.13 0.15 0.13 0.11 0.08 0.08 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.05 0.04 0.09 0.02 0.10 0.01 0.12 0.08 0.12 0.10 0.12 0.09 0.07 0.04 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.13 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07
C2 0.14 0.20 0.09 0.08 0.17 0.11 0.18 0.11 0.19 0.16 0.20 0.19 0.20 0.17 0.16 0.07 0.10 0.16 0.11 0.14 0.10 0.11
C2' 0.07 0.11 0.05 0.05 0.09 0.06 0.11 0.08 0.14 0.09 0.14 0.09 0.16 0.11 0.08 0.06 0.08 0.10 0.07 0.09 0.06 0.06
C3' 0.05 0.11 0.05 0.04 0.08 0.04 0.12 0.06 0.14 0.09 0.14 0.07 0.17 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05
C4 0.08 0.14 0.06 0.06 0.10 0.07 0.11 0.07 0.14 0.09 0.15 0.11 0.15 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07
C4' 0.04 0.10 0.06 0.06 0.07 0.04 0.10 0.05 0.13 0.07 0.13 0.07 0.16 0.10 0.06 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05
C5 0.07 0.14 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07 0.15 0.10 0.15 0.09 0.07 0.10 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07
C5' 0.04 0.09 0.05 0.04 0.07 0.04 0.11 0.05 0.14 0.08 0.13 0.06 0.18 0.11 0.06 0.07 0.08 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04
C6 0.08 0.19 0.06 0.07 0.13 0.06 0.14 0.06 0.17 0.10 0.19 0.16 0.17 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07
C8 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.07 0.12 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10
N1 0.14 0.22 0.08 0.07 0.18 0.09 0.18 0.09 0.20 0.15 0.21 0.20 0.20 0.17 0.16 0.07 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.10
N3 0.11 0.17 0.07 0.07 0.14 0.09 0.15 0.09 0.17 0.12 0.18 0.15 0.18 0.14 0.12 0.07 0.10 0.13 0.09 0.12 0.08 0.09
N6 0.07 0.20 0.08 0.08 0.12 0.08 0.14 0.07 0.17 0.08 0.20 0.16 0.17 0.11 0.08 0.14 0.12 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07
N7 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.07 0.13 0.13 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10
N9 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.13 0.08 0.13 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07
O2' 0.09 0.12 0.06 0.06 0.09 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.14 0.09 0.15 0.11 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07 0.08
O3' 0.04 0.11 0.05 0.04 0.08 0.04 0.12 0.06 0.15 0.09 0.14 0.07 0.18 0.12 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04
O4' 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.12 0.07 0.14 0.08 0.06 0.09 0.12 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07
O5' 0.05 0.10 0.05 0.04 0.08 0.05 0.12 0.06 0.15 0.10 0.14 0.06 0.19 0.12 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04
OP1 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.12 0.08 0.10 0.05 0.16 0.10 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05
OP2 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.14 0.09 0.12 0.08 0.18 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06 0.13 0.08 0.12 0.05 0.17 0.10 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.03 0.04 0.10 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.10 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.14 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.15 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.13 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.05 0.07 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.08 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.12 0.18 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.16 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.05 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.14 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.05
O5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.07 0.09 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.07 0.07 0.03 0.12 0.10 0.04 0.09 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.04 0.08 0.10 0.02 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.08 0.18 0.16 0.09 0.05 0.14 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.05 0.11 0.10 0.05 0.04 0.11 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00