ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, -0.002, 0.004, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.004 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2' B 0, 0.111, 0.344, 0.576, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.344 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.092, 0.373, 0.654, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.373 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.199, 0.494, 0.789, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.494 std_dev=0.295
N6 B 0, 0.277, 0.591, 0.905, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.591 std_dev=0.314
C5 B 0, 0.126, 0.446, 0.765, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.446 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.074, 0.402, 0.730, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.402 std_dev=0.328
C2' A 0, -0.071, 0.259, 0.589, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.259 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.079, 0.431, 0.783, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.431 std_dev=0.352
N9 B 0, 0.070, 0.428, 0.786, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.428 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.069, 0.428, 0.787, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.428 std_dev=0.359
O4' A 0, -0.095, 0.269, 0.633, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.269 std_dev=0.364
N1 B 0, 0.196, 0.573, 0.950, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.573 std_dev=0.377
C3' A 0, -0.055, 0.362, 0.779, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.362 std_dev=0.417
C4' A 0, -0.093, 0.332, 0.758, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.332 std_dev=0.425
C2 B 0, 0.101, 0.550, 0.999, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.550 std_dev=0.449
O2' A 0, -0.147, 0.359, 0.866, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.359 std_dev=0.507
O3' A 0, -0.038, 0.470, 0.978, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.470 std_dev=0.508
N7 B 0, 0.028, 0.555, 1.083, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.555 std_dev=0.527
C8 B 0, -0.020, 0.546, 1.111, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.546 std_dev=0.566
C5' A 0, -0.052, 0.542, 1.137, 2.151 max_d=2.151 avg_d=0.542 std_dev=0.595
OP1 A 0, 0.237, 0.856, 1.475, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.856 std_dev=0.619
C3' B 0, -0.067, 0.591, 1.249, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.591 std_dev=0.658
O4' B 0, -0.047, 0.614, 1.275, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.614 std_dev=0.661
C4' B 0, -0.100, 0.667, 1.435, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.667 std_dev=0.767
O5' A 0, -0.105, 0.690, 1.486, 2.851 max_d=2.851 avg_d=0.690 std_dev=0.796
O3' B 0, -0.150, 0.661, 1.472, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.661 std_dev=0.811
P A 0, -0.109, 0.790, 1.689, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.790 std_dev=0.899
C5' B 0, -0.251, 0.902, 2.055, 4.012 max_d=4.012 avg_d=0.902 std_dev=1.153
O5' B 0, -0.332, 0.939, 2.210, 4.417 max_d=4.417 avg_d=0.939 std_dev=1.271
OP2 A 0, -0.253, 1.145, 2.543, 4.957 max_d=4.957 avg_d=1.145 std_dev=1.398
P B 0, -0.475, 1.118, 2.710, 5.515 max_d=5.515 avg_d=1.118 std_dev=1.593
OP2 B 0, -0.495, 1.158, 2.811, 5.724 max_d=5.724 avg_d=1.158 std_dev=1.653
OP1 B 0, -0.472, 1.248, 2.968, 6.012 max_d=6.012 avg_d=1.248 std_dev=1.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.18 0.24 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.22 0.12 0.00 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.23 0.54 0.49 0.55 0.42
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.02 0.06 0.15 0.11 0.11 0.18 0.22 0.08 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.18 0.30 0.11 0.08
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.13 0.11 0.13 0.10 0.14 0.13 0.08 0.00 0.00 0.02 0.04 0.40 0.18 0.05
C4 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.06 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.12 0.47 0.40 0.34 0.24
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.16 0.03 0.00 0.01 0.35 0.11 0.08
C5 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.04 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.05 0.51 0.41 0.33 0.20
C5' 0.10 0.27 0.15 0.02 0.23 0.00 0.23 0.00 0.25 0.14 0.27 0.25 0.25 0.18 0.17 0.03 0.13 0.01 0.01 0.31 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.10 0.57 0.46 0.45 0.29
C8 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.13 0.36 0.33 0.16 0.10
N1 0.01 0.00 0.18 0.13 0.00 0.10 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.18 0.58 0.49 0.55 0.39
N3 0.02 0.00 0.22 0.10 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.11 0.23 0.48 0.45 0.45 0.36
N6 0.00 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.07 0.58 0.47 0.44 0.26
N7 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.07 0.45 0.38 0.20 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.00 0.36 0.32 0.17 0.09
O2' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.05 0.16 0.08 0.03 0.05 0.22 0.11 0.20 0.08 0.19 0.09 0.00 0.04 0.06 0.06 0.15 0.16 0.08
O3' 0.05 0.12 0.04 0.00 0.07 0.03 0.09 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.04 0.04 0.00 0.04 0.14 0.45 0.26 0.02
O4' 0.00 0.23 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.18 0.23 0.07 0.07 0.00 0.06 0.04 0.00 0.11 0.22 0.11 0.03
O5' 0.18 0.54 0.18 0.04 0.47 0.01 0.51 0.01 0.57 0.36 0.58 0.48 0.58 0.45 0.36 0.06 0.14 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.24 0.49 0.30 0.40 0.40 0.35 0.41 0.31 0.46 0.33 0.49 0.45 0.47 0.38 0.32 0.15 0.45 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.55 0.11 0.18 0.34 0.11 0.33 0.19 0.45 0.16 0.55 0.45 0.44 0.20 0.17 0.16 0.26 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.42 0.08 0.05 0.24 0.08 0.20 0.01 0.29 0.10 0.39 0.36 0.26 0.09 0.09 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.31 0.17 0.43 0.13 0.30 0.09 0.43 0.13 0.11 0.24 0.27 0.11 0.10 0.06 0.07 0.65 0.09 0.46 0.53 0.48 0.48
C2 0.10 0.19 0.25 0.40 0.10 0.16 0.09 0.21 0.10 0.09 0.13 0.19 0.12 0.11 0.08 0.18 0.60 0.10 0.26 0.29 0.29 0.26
C2' 0.10 0.27 0.15 0.40 0.13 0.29 0.12 0.43 0.13 0.17 0.20 0.25 0.14 0.18 0.10 0.10 0.58 0.12 0.50 0.56 0.57 0.53
C3' 0.19 0.18 0.32 0.64 0.17 0.53 0.25 0.72 0.20 0.38 0.14 0.15 0.26 0.38 0.24 0.15 0.84 0.32 0.79 0.90 0.88 0.84
C4 0.08 0.27 0.21 0.42 0.12 0.23 0.08 0.31 0.11 0.09 0.19 0.24 0.10 0.09 0.07 0.13 0.63 0.06 0.34 0.38 0.36 0.35
C4' 0.06 0.29 0.14 0.44 0.11 0.32 0.08 0.49 0.10 0.15 0.21 0.25 0.10 0.15 0.06 0.06 0.66 0.11 0.54 0.67 0.61 0.59
C5 0.08 0.26 0.22 0.39 0.13 0.22 0.10 0.27 0.13 0.08 0.20 0.24 0.11 0.08 0.08 0.17 0.59 0.06 0.29 0.32 0.29 0.29
C5' 0.25 0.46 0.13 0.20 0.29 0.14 0.21 0.31 0.26 0.10 0.38 0.44 0.21 0.11 0.21 0.30 0.39 0.15 0.35 0.51 0.42 0.40
C6 0.09 0.21 0.25 0.36 0.12 0.15 0.11 0.18 0.13 0.09 0.16 0.21 0.13 0.10 0.09 0.21 0.53 0.09 0.21 0.22 0.21 0.21
C8 0.05 0.31 0.15 0.40 0.14 0.31 0.10 0.41 0.15 0.08 0.25 0.27 0.12 0.07 0.06 0.07 0.61 0.12 0.41 0.46 0.39 0.42
N1 0.10 0.17 0.25 0.37 0.10 0.13 0.10 0.16 0.12 0.09 0.13 0.17 0.13 0.11 0.08 0.21 0.55 0.12 0.20 0.22 0.23 0.20
N3 0.09 0.24 0.23 0.42 0.11 0.20 0.08 0.27 0.10 0.09 0.16 0.22 0.10 0.11 0.07 0.15 0.64 0.07 0.32 0.37 0.36 0.33
N6 0.09 0.19 0.25 0.30 0.14 0.11 0.14 0.12 0.16 0.11 0.17 0.19 0.17 0.13 0.11 0.25 0.43 0.11 0.13 0.14 0.13 0.14
N7 0.06 0.29 0.17 0.39 0.15 0.28 0.11 0.34 0.16 0.07 0.24 0.26 0.13 0.07 0.07 0.12 0.58 0.09 0.34 0.36 0.30 0.34
N9 0.06 0.30 0.18 0.42 0.13 0.28 0.09 0.39 0.13 0.09 0.23 0.26 0.10 0.08 0.07 0.09 0.64 0.08 0.41 0.46 0.42 0.42
O2' 0.21 0.48 0.10 0.25 0.30 0.16 0.24 0.29 0.30 0.14 0.41 0.43 0.25 0.15 0.21 0.17 0.43 0.12 0.33 0.40 0.38 0.36
O3' 0.23 0.21 0.36 0.70 0.20 0.59 0.30 0.81 0.24 0.44 0.18 0.17 0.31 0.45 0.29 0.17 0.90 0.36 0.90 1.05 1.03 0.97
O4' 0.04 0.30 0.21 0.50 0.10 0.37 0.06 0.51 0.11 0.14 0.23 0.25 0.08 0.12 0.05 0.09 0.74 0.13 0.53 0.65 0.57 0.57
O5' 0.62 0.77 0.48 0.22 0.65 0.33 0.58 0.20 0.61 0.48 0.70 0.76 0.56 0.48 0.59 0.62 0.10 0.53 0.16 0.19 0.13 0.15
OP1 0.33 0.41 0.36 0.45 0.35 0.39 0.33 0.46 0.35 0.33 0.38 0.39 0.34 0.33 0.33 0.36 0.55 0.32 0.47 0.56 0.48 0.49
OP2 0.42 0.56 0.29 0.29 0.44 0.30 0.39 0.38 0.42 0.33 0.50 0.55 0.38 0.33 0.39 0.40 0.41 0.38 0.39 0.59 0.46 0.46
P 0.16 0.37 0.08 0.28 0.22 0.20 0.16 0.35 0.21 0.08 0.31 0.34 0.17 0.09 0.14 0.15 0.48 0.09 0.36 0.53 0.41 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.07 0.09 0.15 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.08 0.14 0.11
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.11 0.17 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.12 0.18 0.14
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.10 0.13 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.08 0.11 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.07 0.13 0.10
N6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.14 0.20 0.15
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.12 0.17 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.11 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.09 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.07 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.09 0.05 0.08 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.07 0.14 0.12 0.07 0.06 0.14 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.15 0.05 0.05 0.14 0.02 0.17 0.02 0.18 0.13 0.17 0.13 0.20 0.17 0.11 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.03 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.13 0.10 0.15 0.14 0.10 0.02 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00