ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49742

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 6, 14, 9, 9, 11, 11, 15, 4, 7, 3, 6, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.008, 0.095, 0.181, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.095 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.040, 0.139, 0.238, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.139 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.090, 0.214, 0.338, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.214 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.110, 0.235, 0.361, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.235 std_dev=0.126
C3' A 0, 0.084, 0.229, 0.374, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.229 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.133, 0.328, 0.524, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.328 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.161, 0.358, 0.555, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.358 std_dev=0.197
O2 B 0, 0.256, 0.458, 0.660, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.458 std_dev=0.202
P A 0, 0.242, 0.452, 0.662, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.452 std_dev=0.210
O3' A 0, 0.179, 0.394, 0.610, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.394 std_dev=0.215
OP2 A 0, 0.267, 0.496, 0.725, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.496 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.274, 0.512, 0.750, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.512 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.364, 0.622, 0.881, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.622 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.203, 0.463, 0.723, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.463 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.378, 0.648, 0.918, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.648 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.450, 0.730, 1.010, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.730 std_dev=0.280
O2' B 0, 0.223, 0.527, 0.831, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.527 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.354, 0.671, 0.988, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.671 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.657, 1.002, 1.346, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.002 std_dev=0.345
N3 B 0, 0.522, 0.869, 1.217, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.869 std_dev=0.347
O4' B 0, 0.467, 0.829, 1.190, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.829 std_dev=0.362
C4' B 0, 0.457, 0.856, 1.256, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.856 std_dev=0.399
O5' B 0, 0.572, 0.976, 1.380, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.976 std_dev=0.404
C5 B 0, 0.782, 1.191, 1.601, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.191 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.703, 1.121, 1.539, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.121 std_dev=0.418
O3' B 0, 0.350, 0.782, 1.214, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.782 std_dev=0.432
OP2 B 0, 0.724, 1.168, 1.613, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.168 std_dev=0.445
P B 0, 0.697, 1.163, 1.629, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.163 std_dev=0.466
OP1 B 0, 0.749, 1.251, 1.753, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.251 std_dev=0.502
N4 B 0, 0.841, 1.351, 1.861, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.351 std_dev=0.510
C5' B 0, 0.536, 1.053, 1.569, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.053 std_dev=0.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.08 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.03 0.06 0.06 0.09 0.07
N6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.09 0.11 0.13 0.10
N7 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.10 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.05 0.11 0.09 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.08 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.11 0.10 0.06 0.07 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.06 0.06 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.04 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.17 0.18 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.18 0.09 0.23 0.27 0.12 0.10 0.12 0.09 0.09
C2 0.14 0.12 0.21 0.25 0.13 0.21 0.12 0.21 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.26 0.33 0.16 0.18 0.21 0.16 0.18
C2' 0.09 0.12 0.14 0.14 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.15 0.18 0.11 0.20 0.23 0.14 0.10 0.11 0.10 0.09
C3' 0.11 0.13 0.14 0.13 0.16 0.12 0.15 0.14 0.13 0.12 0.16 0.19 0.12 0.19 0.20 0.17 0.12 0.13 0.14 0.12
C4 0.10 0.10 0.18 0.20 0.13 0.14 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.15 0.10 0.24 0.28 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11
C4' 0.11 0.13 0.15 0.15 0.17 0.11 0.15 0.12 0.13 0.12 0.16 0.20 0.11 0.21 0.25 0.16 0.11 0.12 0.12 0.11
C5 0.10 0.10 0.17 0.18 0.13 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.15 0.10 0.23 0.25 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10
C5' 0.11 0.13 0.16 0.15 0.17 0.11 0.15 0.12 0.13 0.12 0.16 0.21 0.11 0.22 0.25 0.16 0.11 0.12 0.13 0.12
C6 0.11 0.12 0.19 0.20 0.13 0.15 0.12 0.14 0.11 0.11 0.14 0.14 0.13 0.25 0.27 0.13 0.13 0.15 0.12 0.13
C8 0.10 0.10 0.15 0.15 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.14 0.18 0.09 0.21 0.22 0.15 0.10 0.11 0.10 0.09
N1 0.15 0.13 0.21 0.24 0.13 0.20 0.13 0.20 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.26 0.32 0.16 0.18 0.20 0.16 0.18
N3 0.12 0.11 0.20 0.23 0.13 0.18 0.12 0.17 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.25 0.32 0.13 0.15 0.17 0.13 0.15
N6 0.11 0.14 0.19 0.18 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.15 0.15 0.16 0.25 0.24 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12
N7 0.10 0.10 0.16 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.13 0.16 0.09 0.22 0.21 0.14 0.10 0.11 0.09 0.09
N9 0.09 0.10 0.17 0.17 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.14 0.17 0.09 0.22 0.26 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09
O2' 0.09 0.12 0.15 0.16 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.15 0.18 0.11 0.20 0.25 0.13 0.10 0.12 0.10 0.09
O3' 0.12 0.14 0.13 0.12 0.17 0.13 0.16 0.16 0.14 0.13 0.16 0.20 0.13 0.18 0.19 0.19 0.14 0.15 0.16 0.14
O4' 0.11 0.12 0.17 0.18 0.17 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.16 0.20 0.11 0.23 0.28 0.14 0.10 0.11 0.10 0.09
O5' 0.12 0.13 0.16 0.15 0.17 0.12 0.16 0.14 0.13 0.12 0.16 0.20 0.12 0.22 0.23 0.18 0.13 0.13 0.15 0.13
OP1 0.14 0.16 0.13 0.11 0.22 0.14 0.21 0.19 0.18 0.16 0.19 0.26 0.13 0.18 0.17 0.22 0.19 0.20 0.23 0.21
OP2 0.14 0.16 0.11 0.10 0.21 0.15 0.20 0.19 0.18 0.16 0.19 0.24 0.14 0.16 0.14 0.22 0.19 0.20 0.22 0.20
P 0.11 0.13 0.14 0.12 0.19 0.11 0.17 0.14 0.15 0.13 0.17 0.22 0.11 0.19 0.20 0.18 0.14 0.15 0.18 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.12 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.05 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.10 0.11 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.10 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.08 0.09 0.10 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.11
O2 0.01 0.00 0.12 0.09 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.13 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.06 0.06 0.12 0.03 0.00 0.01 0.06 0.16 0.10 0.09
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.07
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.10 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.08 0.11 0.10 0.04 0.10 0.04 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06 0.09 0.16 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.06 0.07 0.11 0.02 0.10 0.01 0.08 0.07 0.10 0.13 0.08 0.05 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.04 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00