ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49743

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 7, 10, 11, 9, 5, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.043 std_dev=0.022
O2 B 0, 0.258, 0.407, 0.556, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.407 std_dev=0.149
C2' B 0, 0.245, 0.414, 0.584, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.414 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.249, 0.422, 0.594, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.422 std_dev=0.172
O2' B 0, 0.271, 0.444, 0.618, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.444 std_dev=0.174
C2 B 0, 0.232, 0.431, 0.631, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.431 std_dev=0.199
C4' B 0, 0.246, 0.446, 0.646, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.446 std_dev=0.200
O4' B 0, 0.247, 0.451, 0.654, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.451 std_dev=0.203
C3' B 0, 0.239, 0.454, 0.669, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.454 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.241, 0.468, 0.695, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.468 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.216, 0.444, 0.671, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.444 std_dev=0.227
O3' B 0, 0.213, 0.476, 0.740, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.476 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.188, 0.477, 0.765, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.477 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.199, 0.488, 0.777, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.488 std_dev=0.289
O4' A 0, -0.179, 0.111, 0.401, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.111 std_dev=0.290
C2' A 0, -0.193, 0.127, 0.447, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.127 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.152, 0.509, 0.866, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.509 std_dev=0.357
O3' A 0, -0.100, 0.261, 0.622, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.261 std_dev=0.361
P B 0, 0.169, 0.535, 0.902, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.535 std_dev=0.367
C3' A 0, -0.181, 0.186, 0.553, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.186 std_dev=0.367
OP1 B 0, 0.201, 0.575, 0.948, 2.190 max_d=2.190 avg_d=0.575 std_dev=0.374
C4' A 0, -0.241, 0.161, 0.564, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.161 std_dev=0.402
C4 B 0, 0.107, 0.529, 0.951, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.529 std_dev=0.422
C5 B 0, 0.094, 0.555, 1.016, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.555 std_dev=0.461
OP2 B 0, 0.059, 0.534, 1.009, 2.715 max_d=2.715 avg_d=0.534 std_dev=0.475
O2' A 0, -0.286, 0.226, 0.738, 3.046 max_d=3.046 avg_d=0.226 std_dev=0.512
N4 B 0, 0.052, 0.583, 1.114, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.583 std_dev=0.531
C5' A 0, -0.364, 0.254, 0.872, 3.459 max_d=3.459 avg_d=0.254 std_dev=0.618
O5' A 0, -0.399, 0.281, 0.960, 4.007 max_d=4.007 avg_d=0.281 std_dev=0.680
P A 0, -0.464, 0.351, 1.166, 4.565 max_d=4.565 avg_d=0.351 std_dev=0.815
OP1 A 0, -0.513, 0.459, 1.431, 5.653 max_d=5.653 avg_d=0.459 std_dev=0.972
OP2 A 0, -0.763, 0.421, 1.605, 6.599 max_d=6.599 avg_d=0.421 std_dev=1.184

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.09 0.24 0.05 0.12
C2 0.02 0.00 0.20 0.19 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.30 0.19 0.06
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.09 0.08 0.12 0.15 0.20 0.06 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.30 0.10 0.23
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.02 0.16 0.06 0.19 0.17 0.16 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.10 0.14 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.06 0.34 0.16 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.12 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.02 0.06 0.41 0.21 0.08
C5' 0.04 0.04 0.09 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.10 0.01 0.01 0.16 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.16 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.05 0.41 0.24 0.07
C8 0.01 0.01 0.12 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.05 0.07 0.10 0.45 0.14 0.13
N1 0.02 0.00 0.15 0.19 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.06 0.05 0.36 0.23 0.06
N3 0.02 0.01 0.20 0.17 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.08 0.05 0.27 0.15 0.06
N6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.07 0.02 0.06 0.45 0.28 0.08
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.20 0.04 0.04 0.08 0.49 0.21 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.08 0.34 0.10 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.12 0.12 0.04 0.10 0.20 0.06 0.10 0.13 0.20 0.09 0.00 0.04 0.09 0.11 0.29 0.10 0.20
O3' 0.12 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.10 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.04 0.05 0.04 0.00 0.08 0.13 0.26 0.16 0.13
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.09 0.08 0.00 0.06 0.09 0.07 0.06
O5' 0.09 0.05 0.16 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.08 0.08 0.11 0.13 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.30 0.30 0.09 0.34 0.09 0.41 0.16 0.41 0.45 0.36 0.27 0.45 0.49 0.34 0.29 0.26 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.19 0.10 0.08 0.16 0.07 0.21 0.14 0.24 0.14 0.23 0.15 0.28 0.21 0.10 0.10 0.16 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.06 0.23 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.13 0.06 0.06 0.08 0.11 0.11 0.20 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.11 0.14 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.11 0.18 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08
C2 0.08 0.10 0.06 0.06 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.12 0.13 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08
C2' 0.08 0.10 0.14 0.20 0.10 0.14 0.08 0.16 0.08 0.07 0.12 0.12 0.13 0.15 0.28 0.09 0.15 0.21 0.14 0.14
C3' 0.13 0.18 0.09 0.08 0.17 0.09 0.13 0.09 0.12 0.14 0.19 0.19 0.21 0.09 0.09 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09
C4 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.10 0.09 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06
C4' 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08
C5 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06
C5' 0.08 0.07 0.10 0.12 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.14 0.09 0.11 0.15 0.11 0.11
C6 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06
C8 0.09 0.10 0.14 0.16 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.13 0.20 0.09 0.11 0.14 0.10 0.10
N1 0.09 0.10 0.06 0.06 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.09
N3 0.06 0.09 0.06 0.07 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.11 0.12 0.10 0.07 0.10 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06
N6 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06
N7 0.09 0.10 0.13 0.14 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.13 0.18 0.09 0.10 0.13 0.10 0.09
N9 0.07 0.08 0.11 0.13 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.11 0.17 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08
O2' 0.20 0.15 0.32 0.39 0.19 0.28 0.22 0.30 0.22 0.19 0.16 0.18 0.12 0.31 0.48 0.19 0.31 0.36 0.31 0.30
O3' 0.08 0.11 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.12 0.13 0.13 0.08 0.11 0.09 0.09 0.12 0.10 0.08
O4' 0.07 0.08 0.11 0.12 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.11 0.14 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08
O5' 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.14 0.10 0.15 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.15 0.13 0.14 0.18 0.14 0.15
OP1 0.60 0.52 0.60 0.65 0.55 0.67 0.60 0.69 0.62 0.58 0.51 0.53 0.47 0.61 0.66 0.64 0.68 0.71 0.67 0.69
OP2 0.22 0.28 0.26 0.24 0.27 0.19 0.24 0.18 0.22 0.24 0.29 0.29 0.30 0.25 0.26 0.19 0.20 0.21 0.22 0.19
P 0.15 0.12 0.15 0.18 0.13 0.19 0.15 0.21 0.16 0.14 0.12 0.13 0.12 0.15 0.18 0.17 0.19 0.24 0.19 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.07 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.09 0.11 0.15 0.12
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.09 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.06
O5' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.05 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.06 0.06 0.13 0.03 0.13 0.02 0.10 0.09 0.12 0.15 0.10 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.07 0.09 0.12 0.07 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00