ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49744

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 5, 5, 2, 4, 4, 11, 8, 10, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.022, 0.043, 0.064, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.043 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.053, 0.150, 0.247, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.150 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.002, 0.112, 0.222, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.112 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.092, 0.222, 0.352, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.222 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.052, 0.209, 0.365, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.209 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.088, 0.247, 0.406, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.247 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.163, 0.394, 0.625, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.394 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.617, 0.859, 1.100, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.859 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.580, 0.844, 1.107, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.844 std_dev=0.263
C5' A 0, 0.061, 0.328, 0.594, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.328 std_dev=0.266
O4' B 0, 0.579, 0.873, 1.167, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.873 std_dev=0.294
O2 B 0, 0.567, 0.871, 1.176, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.871 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.554, 0.865, 1.176, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.865 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.584, 0.910, 1.235, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.910 std_dev=0.325
C4' B 0, 0.756, 1.086, 1.416, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.086 std_dev=0.330
O5' A 0, 0.288, 0.643, 0.998, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.643 std_dev=0.355
O5' B 0, 0.757, 1.127, 1.497, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.127 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.693, 1.067, 1.441, 1.571 max_d=1.571 avg_d=1.067 std_dev=0.374
C5 B 0, 0.608, 1.002, 1.397, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.002 std_dev=0.394
N3 B 0, 0.556, 0.973, 1.389, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.973 std_dev=0.416
C3' B 0, 0.817, 1.245, 1.674, 1.897 max_d=1.897 avg_d=1.245 std_dev=0.429
O2' B 0, 0.729, 1.166, 1.602, 1.703 max_d=1.703 avg_d=1.166 std_dev=0.437
C4 B 0, 0.610, 1.047, 1.484, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.047 std_dev=0.437
P B 0, 0.702, 1.193, 1.684, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.193 std_dev=0.491
C5' B 0, 0.752, 1.257, 1.762, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.257 std_dev=0.505
P A 0, 0.286, 0.816, 1.347, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.816 std_dev=0.530
N4 B 0, 0.685, 1.227, 1.769, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.227 std_dev=0.542
OP2 B 0, 0.673, 1.243, 1.812, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.243 std_dev=0.570
OP1 B 0, 0.671, 1.289, 1.907, 3.286 max_d=3.286 avg_d=1.289 std_dev=0.618
O3' B 0, 0.908, 1.556, 2.205, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.556 std_dev=0.648
OP2 A 0, 0.421, 1.146, 1.870, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.146 std_dev=0.724
OP1 A 0, 0.494, 1.433, 2.372, 3.825 max_d=3.825 avg_d=1.433 std_dev=0.939

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.45 0.39 0.20
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.16 0.05 0.12 0.70 0.63 0.34
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.62 0.47 0.29
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.66 0.42 0.31
C4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.14 0.65 0.58 0.32
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.33 0.22 0.10
C5 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.18 0.71 0.64 0.37
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.11 0.08 0.05 0.11 0.12 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.20 0.19 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.14 0.03 0.18 0.76 0.67 0.38
C8 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.03 0.21 0.61 0.54 0.32
N1 0.03 0.00 0.09 0.13 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.16 0.04 0.15 0.75 0.67 0.37
N3 0.03 0.01 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.05 0.11 0.65 0.58 0.31
N6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.15 0.03 0.20 0.79 0.69 0.40
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.22 0.71 0.63 0.37
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.57 0.50 0.28
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.07 0.04 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.53 0.39 0.21
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.14 0.11 0.16 0.14 0.15 0.13 0.06 0.04 0.00 0.02 0.19 0.72 0.40 0.31
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.25 0.24 0.11
O5' 0.08 0.12 0.07 0.14 0.14 0.02 0.18 0.02 0.18 0.21 0.15 0.11 0.20 0.22 0.14 0.06 0.19 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.70 0.62 0.66 0.65 0.33 0.71 0.20 0.76 0.61 0.75 0.65 0.79 0.71 0.57 0.53 0.72 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.63 0.47 0.42 0.58 0.22 0.64 0.19 0.67 0.54 0.67 0.58 0.69 0.63 0.50 0.39 0.40 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.34 0.29 0.31 0.32 0.10 0.37 0.03 0.38 0.32 0.37 0.31 0.40 0.37 0.28 0.21 0.31 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.21 0.24 0.26 0.20 0.25 0.20 0.25 0.22 0.23 0.20 0.23 0.23 0.23 0.33 0.33 0.29 0.28 0.42 0.27
C2 0.22 0.15 0.27 0.27 0.16 0.24 0.16 0.27 0.18 0.18 0.16 0.18 0.15 0.27 0.44 0.35 0.23 0.27 0.30 0.21
C2' 0.22 0.19 0.25 0.25 0.19 0.22 0.18 0.23 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.25 0.37 0.30 0.25 0.25 0.40 0.25
C3' 0.20 0.20 0.25 0.24 0.20 0.20 0.18 0.21 0.19 0.19 0.20 0.22 0.22 0.26 0.34 0.27 0.28 0.26 0.42 0.27
C4 0.25 0.18 0.24 0.24 0.18 0.24 0.18 0.25 0.20 0.21 0.17 0.20 0.19 0.23 0.35 0.34 0.26 0.26 0.37 0.25
C4' 0.25 0.22 0.22 0.23 0.20 0.24 0.20 0.23 0.21 0.23 0.20 0.21 0.25 0.23 0.29 0.30 0.32 0.30 0.45 0.31
C5 0.25 0.18 0.24 0.23 0.17 0.24 0.17 0.25 0.20 0.21 0.17 0.19 0.19 0.23 0.32 0.33 0.27 0.27 0.38 0.26
C5' 0.28 0.26 0.24 0.24 0.24 0.26 0.24 0.26 0.25 0.26 0.25 0.24 0.29 0.25 0.26 0.31 0.39 0.37 0.50 0.37
C6 0.23 0.15 0.26 0.24 0.16 0.24 0.16 0.26 0.18 0.18 0.16 0.18 0.14 0.26 0.36 0.34 0.25 0.26 0.33 0.23
C8 0.27 0.22 0.24 0.25 0.20 0.26 0.21 0.25 0.22 0.24 0.20 0.22 0.26 0.24 0.29 0.32 0.31 0.30 0.44 0.30
N1 0.21 0.15 0.29 0.27 0.16 0.24 0.16 0.27 0.18 0.17 0.16 0.18 0.15 0.31 0.44 0.35 0.23 0.27 0.30 0.21
N3 0.24 0.16 0.25 0.26 0.17 0.24 0.17 0.26 0.19 0.19 0.17 0.19 0.17 0.24 0.40 0.34 0.24 0.26 0.34 0.22
N6 0.22 0.15 0.27 0.22 0.17 0.24 0.17 0.26 0.18 0.18 0.17 0.18 0.15 0.30 0.34 0.34 0.25 0.27 0.32 0.23
N7 0.27 0.21 0.24 0.24 0.19 0.25 0.20 0.25 0.22 0.23 0.19 0.20 0.24 0.24 0.28 0.32 0.31 0.29 0.43 0.29
N9 0.26 0.20 0.24 0.25 0.19 0.25 0.20 0.25 0.21 0.22 0.19 0.21 0.23 0.23 0.32 0.33 0.29 0.28 0.41 0.27
O2' 0.24 0.20 0.26 0.27 0.19 0.24 0.19 0.25 0.21 0.22 0.19 0.21 0.22 0.25 0.38 0.33 0.26 0.26 0.39 0.25
O3' 0.19 0.19 0.27 0.26 0.20 0.20 0.18 0.20 0.18 0.18 0.21 0.23 0.21 0.30 0.38 0.25 0.26 0.25 0.42 0.26
O4' 0.29 0.23 0.24 0.25 0.22 0.27 0.22 0.26 0.24 0.25 0.21 0.25 0.26 0.26 0.29 0.33 0.32 0.30 0.45 0.31
O5' 0.37 0.37 0.31 0.31 0.33 0.35 0.32 0.34 0.34 0.36 0.35 0.32 0.40 0.32 0.30 0.39 0.48 0.46 0.56 0.46
OP1 0.85 0.86 0.81 0.84 0.80 0.87 0.80 0.89 0.82 0.85 0.84 0.77 0.89 0.79 0.82 0.89 1.03 1.01 1.03 1.00
OP2 0.75 0.74 0.63 0.62 0.60 0.74 0.60 0.73 0.66 0.72 0.67 0.53 0.81 0.65 0.57 0.80 0.81 0.75 0.70 0.74
P 0.51 0.51 0.41 0.42 0.44 0.50 0.43 0.50 0.46 0.49 0.47 0.41 0.56 0.42 0.39 0.55 0.66 0.63 0.67 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.15 0.15 0.27 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.05 0.28 0.25 0.40 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.08 0.04 0.20 0.00 0.02 0.01 0.20 0.22 0.28 0.17
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.09 0.07 0.18 0.02 0.01 0.02 0.29 0.29 0.29 0.24
C4 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.05 0.42 0.42 0.54 0.44
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.16 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.07 0.46 0.44 0.55 0.46
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.18 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.14 0.08 0.40 0.35 0.44 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.29 0.25 0.37 0.26
N3 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.05 0.36 0.34 0.48 0.36
N4 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.06 0.45 0.48 0.60 0.49
O2 0.05 0.01 0.20 0.18 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.23 0.08 0.21 0.19 0.36 0.20
O2' 0.03 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05 0.19 0.00 0.06 0.04 0.07 0.18 0.24 0.10
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.03 0.14 0.05 0.14 0.03 0.10 0.08 0.23 0.06 0.00 0.03 0.25 0.32 0.31 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.00 0.13 0.15 0.30 0.13
O5' 0.15 0.28 0.20 0.29 0.42 0.02 0.46 0.01 0.40 0.29 0.36 0.45 0.21 0.07 0.25 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.25 0.22 0.29 0.42 0.16 0.44 0.18 0.35 0.25 0.34 0.48 0.19 0.18 0.32 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.40 0.28 0.29 0.54 0.24 0.55 0.29 0.44 0.37 0.48 0.60 0.36 0.24 0.31 0.30 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.12 0.27 0.17 0.24 0.44 0.06 0.46 0.02 0.37 0.26 0.36 0.49 0.20 0.10 0.24 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00