ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49745

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 5, 13, 9, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.025, 0.030, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.030 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.034, 0.043, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.043 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.041, 0.052, 0.064, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.055, 0.068, 0.081, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.068 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.055, 0.073, 0.091, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.073 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.070, 0.089, 0.107, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.089 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.061, 0.081, 0.101, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.081 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.051, 0.072, 0.092, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.072 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.064, 0.085, 0.105, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.085 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.073, 0.097, 0.120, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.097 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.122, 0.150, 0.177, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.150 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.259, 0.344, 0.429, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.344 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.349, 0.469, 0.589, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.469 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.447, 0.618, 0.789, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.618 std_dev=0.171
O2' A 0, 0.496, 0.669, 0.843, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.669 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.476, 0.655, 0.835, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.655 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.494, 0.698, 0.903, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.698 std_dev=0.204
O2 B 0, 0.433, 0.641, 0.849, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.641 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.448, 0.666, 0.884, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.666 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.489, 0.734, 0.980, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.734 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.546, 0.793, 1.041, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.793 std_dev=0.247
O5' A 0, 0.590, 0.858, 1.126, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.858 std_dev=0.268
O3' A 0, 0.696, 0.973, 1.249, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.973 std_dev=0.277
C5' A 0, 0.751, 1.033, 1.315, 1.381 max_d=1.381 avg_d=1.033 std_dev=0.282
OP2 A 0, 0.913, 1.229, 1.546, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.229 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.753, 1.084, 1.416, 1.569 max_d=1.569 avg_d=1.084 std_dev=0.332
P A 0, 0.940, 1.277, 1.614, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.277 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.695, 1.053, 1.411, 1.628 max_d=1.628 avg_d=1.053 std_dev=0.358
OP1 A 0, 1.114, 1.545, 1.975, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.545 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.787, 1.232, 1.676, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.232 std_dev=0.444
N4 B 0, 1.106, 1.639, 2.171, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.639 std_dev=0.532
O4' B 0, 0.956, 1.512, 2.068, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.512 std_dev=0.556
C2' B 0, 1.137, 1.791, 2.446, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.791 std_dev=0.655
OP2 B 0, 1.424, 2.085, 2.746, 2.935 max_d=2.935 avg_d=2.085 std_dev=0.661
O2' B 0, 1.301, 2.004, 2.708, 2.730 max_d=2.730 avg_d=2.004 std_dev=0.704
O5' B 0, 1.351, 2.114, 2.878, 3.060 max_d=3.060 avg_d=2.114 std_dev=0.763
P B 0, 1.512, 2.286, 3.059, 3.184 max_d=3.184 avg_d=2.286 std_dev=0.773
C4' B 0, 1.348, 2.128, 2.909, 2.947 max_d=2.947 avg_d=2.128 std_dev=0.781
C3' B 0, 1.485, 2.274, 3.063, 3.056 max_d=3.056 avg_d=2.274 std_dev=0.789
C5' B 0, 1.404, 2.218, 3.032, 3.128 max_d=3.128 avg_d=2.218 std_dev=0.814
OP1 B 0, 1.760, 2.693, 3.627, 3.595 max_d=3.595 avg_d=2.693 std_dev=0.933
O3' B 0, 2.007, 3.033, 4.060, 3.924 max_d=3.924 avg_d=3.033 std_dev=1.026

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.16 0.18 0.09 0.15
C2 0.04 0.00 0.13 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.18 0.05 0.33 0.32 0.32 0.35
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.11 0.13 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.22 0.13 0.18
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.08 0.11 0.12 0.13 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.26 0.10 0.20
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.35 0.33 0.29 0.34
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.44 0.43 0.41 0.45
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.09 0.07 0.12 0.13 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.44 0.45 0.45 0.47
C8 0.01 0.02 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.45 0.42 0.33 0.42
N1 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.04 0.39 0.39 0.40 0.42
N3 0.03 0.01 0.13 0.13 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.29 0.27 0.25 0.29
N6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.04 0.49 0.51 0.53 0.54
N7 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.49 0.49 0.46 0.51
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.33 0.31 0.22 0.30
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.08 0.05 0.11 0.12 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.11 0.09 0.06
O3' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.09 0.12 0.15 0.16 0.08 0.10 0.03 0.04 0.00 0.01 0.16 0.23 0.11 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.10 0.14 0.07
O5' 0.16 0.33 0.20 0.24 0.35 0.02 0.44 0.01 0.44 0.45 0.39 0.29 0.49 0.49 0.33 0.06 0.16 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.18 0.32 0.22 0.26 0.33 0.10 0.43 0.14 0.45 0.42 0.39 0.27 0.51 0.49 0.31 0.11 0.23 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.32 0.13 0.10 0.29 0.17 0.41 0.27 0.45 0.33 0.40 0.25 0.53 0.46 0.22 0.09 0.11 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.35 0.18 0.20 0.34 0.02 0.45 0.01 0.47 0.42 0.42 0.29 0.54 0.51 0.30 0.06 0.16 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.11 0.20 0.21 0.11 0.22 0.10 0.21 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.27 0.28 0.18 0.16 0.20 0.11 0.14
C2 0.08 0.09 0.12 0.14 0.10 0.15 0.08 0.18 0.08 0.07 0.11 0.11 0.11 0.15 0.21 0.15 0.13 0.18 0.11 0.14
C2' 0.13 0.15 0.14 0.14 0.16 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.17 0.18 0.17 0.17 0.18 0.13 0.13 0.14 0.11 0.12
C3' 0.13 0.19 0.18 0.18 0.20 0.13 0.17 0.12 0.14 0.15 0.22 0.23 0.20 0.21 0.23 0.11 0.11 0.12 0.10 0.09
C4 0.13 0.09 0.13 0.15 0.10 0.19 0.08 0.19 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.19 0.20 0.17 0.14 0.18 0.09 0.12
C4' 0.19 0.17 0.29 0.29 0.17 0.23 0.16 0.20 0.16 0.17 0.17 0.18 0.18 0.34 0.37 0.16 0.17 0.20 0.12 0.13
C5 0.14 0.09 0.13 0.15 0.10 0.19 0.09 0.19 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.20 0.19 0.18 0.14 0.17 0.09 0.12
C5' 0.26 0.24 0.40 0.40 0.24 0.29 0.24 0.27 0.24 0.24 0.24 0.25 0.25 0.44 0.49 0.22 0.24 0.27 0.20 0.20
C6 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.16 0.08 0.17 0.08 0.07 0.11 0.11 0.11 0.14 0.15 0.16 0.12 0.16 0.09 0.12
C8 0.19 0.12 0.24 0.24 0.12 0.23 0.11 0.22 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.31 0.30 0.19 0.17 0.20 0.12 0.14
N1 0.08 0.10 0.14 0.15 0.10 0.15 0.08 0.17 0.08 0.08 0.11 0.11 0.12 0.18 0.22 0.15 0.13 0.18 0.11 0.14
N3 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.17 0.08 0.18 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.14 0.18 0.15 0.13 0.18 0.10 0.13
N6 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.15 0.08 0.16 0.07 0.07 0.11 0.11 0.13 0.16 0.14 0.17 0.11 0.15 0.09 0.11
N7 0.18 0.11 0.22 0.22 0.11 0.22 0.10 0.21 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.28 0.26 0.19 0.16 0.19 0.12 0.14
N9 0.16 0.11 0.19 0.20 0.11 0.21 0.10 0.20 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.26 0.26 0.18 0.16 0.19 0.11 0.13
O2' 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.17 0.13 0.17 0.13 0.13 0.16 0.16 0.16 0.18 0.20 0.16 0.15 0.17 0.13 0.14
O3' 0.12 0.23 0.16 0.15 0.26 0.11 0.20 0.10 0.16 0.16 0.28 0.31 0.24 0.17 0.19 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10
O4' 0.21 0.11 0.30 0.32 0.12 0.28 0.11 0.26 0.13 0.15 0.11 0.16 0.12 0.39 0.41 0.21 0.21 0.25 0.13 0.17
O5' 0.68 0.64 0.81 0.81 0.56 0.73 0.58 0.69 0.63 0.65 0.58 0.50 0.67 0.86 0.88 0.64 0.66 0.68 0.55 0.60
OP1 0.78 0.78 0.95 0.95 0.73 0.82 0.74 0.78 0.76 0.78 0.75 0.70 0.79 0.97 1.04 0.71 0.78 0.78 0.68 0.70
OP2 0.80 0.79 0.95 0.94 0.71 0.83 0.72 0.79 0.76 0.79 0.74 0.65 0.81 0.97 1.01 0.73 0.77 0.77 0.66 0.70
P 0.80 0.75 0.96 0.96 0.67 0.84 0.70 0.81 0.75 0.77 0.69 0.61 0.77 0.99 1.04 0.74 0.79 0.79 0.68 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.07 0.08 0.14 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.08 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.11 0.14 0.19 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.12 0.14 0.18 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.09 0.10 0.14 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.07 0.12 0.08
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.09 0.11 0.17 0.11
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.12 0.16 0.21 0.15
O2 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.04 0.06 0.06 0.12 0.07
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.10 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.05 0.03
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.02 0.07 0.04 0.09 0.10 0.09 0.04 0.00 0.02 0.08 0.14 0.12 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.06 0.06 0.10 0.07
O5' 0.04 0.07 0.04 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.09 0.07 0.09 0.12 0.06 0.03 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.08 0.09 0.14 0.06 0.14 0.05 0.10 0.07 0.11 0.16 0.06 0.08 0.14 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.05 0.07 0.19 0.03 0.18 0.02 0.14 0.12 0.17 0.21 0.12 0.05 0.12 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.04 0.06 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.08 0.11 0.15 0.07 0.03 0.10 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00