ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49746

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 23, 16, 9, 2, 1, 2, 2, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4' A 0, -0.100, 0.105, 0.310, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.105 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.055, 0.270, 0.485, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.270 std_dev=0.215
C2' A 0, -0.093, 0.122, 0.337, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.122 std_dev=0.215
O2' A 0, -0.041, 0.189, 0.419, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.189 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.043, 0.274, 0.505, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.274 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.087, 0.320, 0.552, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.320 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.036, 0.285, 0.535, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.285 std_dev=0.250
O2 B 0, 0.129, 0.388, 0.646, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.388 std_dev=0.258
C2' B 0, 0.003, 0.267, 0.530, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.267 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.073, 0.342, 0.612, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.342 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.028, 0.310, 0.593, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.310 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.024, 0.322, 0.620, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.322 std_dev=0.298
C4 B 0, 0.045, 0.343, 0.642, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.343 std_dev=0.299
C4' A 0, -0.147, 0.167, 0.482, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.167 std_dev=0.315
C3' B 0, -0.014, 0.319, 0.652, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.319 std_dev=0.333
C3' A 0, -0.131, 0.206, 0.543, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.206 std_dev=0.337
C4' B 0, -0.003, 0.339, 0.682, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.339 std_dev=0.342
O5' B 0, 0.080, 0.428, 0.777, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.428 std_dev=0.348
OP1 A 0, -0.001, 0.349, 0.698, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O2' B 0, -0.067, 0.289, 0.645, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.289 std_dev=0.356
O4 B 0, 0.043, 0.402, 0.761, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.402 std_dev=0.359
O5' A 0, -0.103, 0.285, 0.674, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.285 std_dev=0.388
C5' B 0, 0.017, 0.412, 0.807, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.412 std_dev=0.395
O3' B 0, -0.075, 0.361, 0.797, 3.081 max_d=3.081 avg_d=0.361 std_dev=0.436
P A 0, -0.101, 0.340, 0.782, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.340 std_dev=0.442
O3' A 0, -0.131, 0.325, 0.780, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.325 std_dev=0.455
P B 0, 0.047, 0.579, 1.111, 2.576 max_d=2.576 avg_d=0.579 std_dev=0.532
C5' A 0, -0.272, 0.282, 0.835, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.282 std_dev=0.553
OP2 B 0, 0.043, 0.618, 1.194, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.618 std_dev=0.575
OP1 B 0, -0.001, 0.660, 1.320, 3.408 max_d=3.408 avg_d=0.660 std_dev=0.660
OP2 A 0, -0.319, 0.443, 1.205, 3.706 max_d=3.706 avg_d=0.443 std_dev=0.762

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.20 0.04
C2 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.23 0.03 0.16 0.28 0.35 0.09
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.10 0.14 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.21 0.10
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.12 0.16 0.18 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.22 0.23 0.20 0.16
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.19 0.27 0.36 0.09
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.10 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.08 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.25 0.31 0.46 0.13
C5' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.14 0.05 0.16 0.14 0.14 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.14 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.25 0.33 0.47 0.14
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.02 0.28 0.29 0.44 0.15
N1 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.21 0.31 0.42 0.11
N3 0.02 0.01 0.14 0.18 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.02 0.14 0.26 0.31 0.07
N6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.28 0.36 0.54 0.17
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.30 0.33 0.53 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.19 0.25 0.33 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.10 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.12 0.13 0.05
O3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.10 0.13 0.18 0.21 0.09 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.20 0.36 0.16 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.21 0.17 0.09
O5' 0.09 0.16 0.16 0.22 0.19 0.02 0.25 0.01 0.25 0.28 0.21 0.14 0.28 0.30 0.19 0.07 0.20 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.28 0.13 0.23 0.27 0.08 0.31 0.14 0.33 0.29 0.31 0.26 0.36 0.33 0.25 0.12 0.36 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.35 0.21 0.20 0.36 0.14 0.46 0.18 0.47 0.44 0.42 0.31 0.54 0.53 0.33 0.13 0.16 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.10 0.16 0.09 0.03 0.13 0.01 0.14 0.15 0.11 0.07 0.17 0.17 0.08 0.05 0.18 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.14 0.16 0.17 0.15 0.20 0.13 0.20 0.13 0.13 0.15 0.14 0.25 0.24 0.18 0.18 0.16 0.31 0.22 0.28
C2 0.18 0.12 0.20 0.25 0.11 0.27 0.11 0.28 0.13 0.13 0.12 0.12 0.27 0.33 0.12 0.22 0.24 0.41 0.29 0.37
C2' 0.15 0.12 0.17 0.20 0.14 0.23 0.11 0.22 0.11 0.12 0.14 0.14 0.27 0.28 0.17 0.19 0.18 0.37 0.24 0.32
C3' 0.16 0.15 0.16 0.18 0.18 0.23 0.14 0.23 0.13 0.14 0.18 0.17 0.26 0.25 0.22 0.20 0.19 0.41 0.27 0.35
C4 0.16 0.13 0.17 0.19 0.13 0.22 0.12 0.22 0.12 0.13 0.14 0.14 0.26 0.25 0.15 0.19 0.18 0.33 0.23 0.31
C4' 0.17 0.15 0.16 0.17 0.17 0.22 0.15 0.22 0.14 0.14 0.16 0.16 0.26 0.22 0.20 0.22 0.19 0.38 0.27 0.34
C5 0.16 0.13 0.17 0.18 0.12 0.20 0.12 0.20 0.12 0.13 0.13 0.14 0.25 0.23 0.14 0.19 0.17 0.31 0.23 0.29
C5' 0.21 0.18 0.17 0.18 0.19 0.26 0.18 0.26 0.17 0.18 0.19 0.19 0.27 0.22 0.22 0.27 0.23 0.44 0.33 0.40
C6 0.17 0.12 0.18 0.20 0.11 0.23 0.11 0.22 0.13 0.13 0.12 0.12 0.25 0.26 0.12 0.20 0.20 0.34 0.25 0.32
C8 0.16 0.14 0.15 0.15 0.16 0.18 0.14 0.17 0.13 0.14 0.16 0.15 0.24 0.19 0.18 0.18 0.15 0.27 0.21 0.26
N1 0.18 0.12 0.21 0.24 0.11 0.27 0.12 0.27 0.13 0.13 0.12 0.12 0.27 0.31 0.11 0.22 0.23 0.40 0.29 0.37
N3 0.17 0.12 0.19 0.22 0.12 0.25 0.11 0.25 0.12 0.13 0.13 0.13 0.27 0.30 0.13 0.21 0.21 0.38 0.26 0.34
N6 0.17 0.11 0.18 0.19 0.11 0.21 0.12 0.21 0.13 0.13 0.11 0.12 0.23 0.23 0.11 0.20 0.19 0.31 0.24 0.31
N7 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.18 0.13 0.17 0.13 0.14 0.15 0.15 0.23 0.18 0.16 0.18 0.15 0.26 0.21 0.25
N9 0.16 0.13 0.16 0.17 0.15 0.20 0.13 0.19 0.13 0.13 0.15 0.14 0.25 0.23 0.17 0.18 0.16 0.30 0.22 0.28
O2' 0.15 0.12 0.18 0.21 0.14 0.23 0.11 0.23 0.11 0.11 0.14 0.13 0.28 0.30 0.17 0.18 0.18 0.36 0.23 0.31
O3' 0.17 0.18 0.17 0.19 0.22 0.24 0.17 0.24 0.15 0.15 0.22 0.20 0.26 0.26 0.26 0.20 0.20 0.44 0.29 0.36
O4' 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.20 0.14 0.19 0.13 0.14 0.16 0.15 0.24 0.20 0.19 0.19 0.16 0.30 0.23 0.29
O5' 0.29 0.33 0.31 0.30 0.34 0.27 0.32 0.28 0.30 0.31 0.35 0.34 0.30 0.29 0.36 0.28 0.31 0.27 0.31 0.28
OP1 0.41 0.40 0.41 0.39 0.38 0.42 0.38 0.40 0.38 0.39 0.39 0.41 0.49 0.42 0.39 0.42 0.39 0.53 0.45 0.51
OP2 0.58 0.64 0.61 0.62 0.66 0.55 0.64 0.57 0.62 0.62 0.66 0.63 0.53 0.59 0.66 0.55 0.61 0.43 0.55 0.46
P 0.21 0.24 0.23 0.22 0.26 0.20 0.23 0.21 0.21 0.22 0.26 0.25 0.25 0.22 0.29 0.21 0.23 0.26 0.27 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.12 0.09 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.08 0.11 0.10 0.11
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.10 0.06 0.09 0.09 0.01 0.01 0.11 0.01 0.08 0.10 0.12 0.06
C4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.02 0.14 0.12 0.17 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.05 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.03 0.15 0.15 0.19 0.14
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.03 0.13 0.11 0.13 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.08 0.09 0.09 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.02 0.10 0.09 0.13 0.10
O2 0.05 0.01 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.05 0.08 0.15 0.11 0.15
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.03 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.12 0.02 0.13 0.04 0.12 0.06 0.10 0.10 0.03 0.00 0.13 0.02 0.10 0.18 0.18 0.11
O4 0.03 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.00 0.03 0.15 0.15 0.20 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.07 0.17 0.14 0.17
O5' 0.04 0.08 0.05 0.08 0.14 0.02 0.15 0.01 0.13 0.08 0.10 0.08 0.06 0.10 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.11 0.07 0.10 0.12 0.08 0.15 0.05 0.11 0.09 0.09 0.15 0.09 0.18 0.15 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.10 0.06 0.12 0.17 0.05 0.19 0.02 0.13 0.09 0.13 0.11 0.06 0.18 0.20 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.11 0.05 0.06 0.12 0.07 0.14 0.02 0.10 0.09 0.10 0.15 0.07 0.11 0.14 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00