ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49747

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.008, 0.045, 0.083, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.045 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.066, 0.252, 0.438, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.252 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.054, 0.249, 0.443, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.249 std_dev=0.195
O2' A 0, 0.105, 0.330, 0.554, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.330 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.116, 0.381, 0.645, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.381 std_dev=0.264
OP1 A 0, 0.394, 0.660, 0.925, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.660 std_dev=0.266
C3' A 0, 0.138, 0.423, 0.709, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.268, 0.565, 0.862, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.565 std_dev=0.297
P A 0, 0.354, 0.663, 0.972, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.663 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.242, 0.552, 0.862, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.552 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.414, 0.757, 1.099, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.757 std_dev=0.343
O2 B 0, 0.221, 0.580, 0.939, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.580 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.379, 0.750, 1.121, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.750 std_dev=0.371
O3' A 0, 0.206, 0.581, 0.957, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.581 std_dev=0.376
C6 B 0, 0.421, 0.811, 1.201, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.811 std_dev=0.390
C4 B 0, 0.542, 0.953, 1.364, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.953 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.075, 0.500, 0.925, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.500 std_dev=0.425
C3' B 0, 0.375, 0.814, 1.253, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.814 std_dev=0.439
C5 B 0, 0.558, 0.998, 1.438, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.998 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.547, 0.988, 1.428, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.988 std_dev=0.440
O4 B 0, 0.674, 1.157, 1.639, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.157 std_dev=0.482
O4' B 0, 0.365, 0.851, 1.336, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.851 std_dev=0.486
C5' A 0, 0.180, 0.701, 1.222, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.701 std_dev=0.521
C4' B 0, 0.413, 0.951, 1.489, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.951 std_dev=0.538
O5' A 0, 0.219, 0.780, 1.341, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.780 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.462, 1.031, 1.600, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.031 std_dev=0.569
O5' B 0, 0.603, 1.243, 1.883, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.243 std_dev=0.640
O2' B 0, 0.739, 1.386, 2.034, 2.379 max_d=2.379 avg_d=1.386 std_dev=0.647
P B 0, 0.678, 1.388, 2.097, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.388 std_dev=0.709
OP2 B 0, 0.793, 1.560, 2.327, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.560 std_dev=0.767
C5' B 0, 0.550, 1.372, 2.194, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.372 std_dev=0.822
OP1 B 0, 0.859, 1.696, 2.532, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.696 std_dev=0.837

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.33 0.19 0.06
C2 0.05 0.00 0.13 0.23 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.25 0.04 0.37 0.33 0.30 0.14
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.10 0.13 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.22 0.43 0.18
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.12 0.00 0.09 0.02 0.13 0.11 0.19 0.21 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.39 0.21 0.57 0.28
C4 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.40 0.33 0.28 0.15
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.12 0.07 0.14 0.12 0.13 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.18 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.46 0.33 0.29 0.20
C5' 0.02 0.23 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.22 0.12 0.24 0.18 0.24 0.14 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.17 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.14 0.04 0.46 0.32 0.31 0.20
C8 0.03 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.48 0.33 0.27 0.21
N1 0.04 0.00 0.10 0.19 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.03 0.42 0.33 0.31 0.17
N3 0.06 0.00 0.13 0.21 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.04 0.35 0.33 0.29 0.12
N6 0.03 0.01 0.05 0.12 0.02 0.13 0.02 0.24 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.13 0.06 0.48 0.31 0.32 0.23
N7 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.50 0.32 0.29 0.24
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.38 0.34 0.25 0.14
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.12 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.15 0.24 0.33 0.07
O3' 0.02 0.25 0.01 0.01 0.12 0.02 0.09 0.03 0.14 0.12 0.21 0.22 0.13 0.09 0.03 0.03 0.00 0.02 0.31 0.23 0.67 0.31
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.34 0.07 0.15
O5' 0.21 0.37 0.31 0.39 0.40 0.02 0.46 0.01 0.46 0.48 0.42 0.35 0.48 0.50 0.38 0.15 0.31 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 0.33 0.22 0.21 0.33 0.18 0.33 0.17 0.32 0.33 0.33 0.33 0.31 0.32 0.34 0.24 0.23 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.30 0.43 0.57 0.28 0.21 0.29 0.26 0.31 0.27 0.31 0.29 0.32 0.29 0.25 0.33 0.67 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.14 0.18 0.28 0.15 0.04 0.20 0.02 0.20 0.21 0.17 0.12 0.23 0.24 0.14 0.07 0.31 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.20 0.31 0.25 0.23 0.52 0.17 0.62 0.13 0.13 0.25 0.24 0.63 0.59 0.28 0.49 0.53 0.53 0.39 0.43
C2 0.14 0.18 0.30 0.34 0.15 0.59 0.13 0.70 0.12 0.12 0.19 0.25 0.81 0.62 0.17 0.50 0.54 0.55 0.41 0.42
C2' 0.13 0.20 0.34 0.26 0.19 0.53 0.15 0.67 0.13 0.13 0.22 0.26 0.73 0.57 0.23 0.49 0.55 0.53 0.37 0.42
C3' 0.15 0.22 0.39 0.21 0.19 0.44 0.15 0.58 0.13 0.15 0.23 0.30 0.76 0.50 0.23 0.40 0.48 0.52 0.36 0.42
C4 0.14 0.20 0.31 0.25 0.20 0.53 0.16 0.62 0.13 0.13 0.23 0.25 0.69 0.58 0.23 0.50 0.52 0.53 0.40 0.43
C4' 0.16 0.26 0.38 0.19 0.30 0.42 0.24 0.53 0.19 0.19 0.31 0.30 0.67 0.52 0.35 0.39 0.46 0.55 0.43 0.47
C5 0.14 0.20 0.31 0.21 0.21 0.48 0.17 0.56 0.14 0.14 0.23 0.26 0.64 0.53 0.23 0.49 0.52 0.53 0.42 0.45
C5' 0.26 0.34 0.43 0.22 0.39 0.39 0.35 0.47 0.31 0.29 0.38 0.35 0.67 0.48 0.43 0.36 0.46 0.67 0.57 0.60
C6 0.16 0.19 0.30 0.24 0.17 0.52 0.15 0.59 0.14 0.14 0.20 0.25 0.71 0.54 0.19 0.52 0.53 0.54 0.43 0.46
C8 0.12 0.21 0.32 0.18 0.25 0.42 0.20 0.50 0.15 0.14 0.26 0.23 0.54 0.51 0.29 0.45 0.50 0.52 0.43 0.46
N1 0.15 0.17 0.30 0.32 0.14 0.58 0.13 0.67 0.13 0.13 0.18 0.24 0.81 0.59 0.16 0.51 0.53 0.55 0.42 0.43
N3 0.14 0.19 0.32 0.31 0.17 0.57 0.14 0.68 0.12 0.12 0.21 0.25 0.77 0.61 0.21 0.50 0.53 0.54 0.40 0.42
N6 0.17 0.18 0.29 0.20 0.15 0.47 0.16 0.53 0.15 0.15 0.17 0.24 0.64 0.48 0.16 0.52 0.54 0.56 0.45 0.49
N7 0.13 0.21 0.32 0.16 0.24 0.40 0.19 0.47 0.15 0.15 0.25 0.24 0.52 0.48 0.27 0.44 0.50 0.52 0.44 0.47
N9 0.13 0.20 0.32 0.22 0.23 0.49 0.17 0.58 0.14 0.13 0.25 0.24 0.63 0.56 0.27 0.48 0.51 0.52 0.40 0.43
O2' 0.16 0.20 0.31 0.34 0.20 0.60 0.17 0.74 0.16 0.15 0.23 0.25 0.70 0.64 0.24 0.55 0.60 0.58 0.40 0.45
O3' 0.15 0.22 0.39 0.22 0.18 0.45 0.15 0.60 0.14 0.15 0.22 0.31 0.79 0.50 0.21 0.39 0.49 0.50 0.31 0.38
O4' 0.11 0.22 0.33 0.19 0.28 0.45 0.21 0.53 0.15 0.14 0.29 0.25 0.58 0.55 0.34 0.42 0.48 0.52 0.41 0.44
O5' 0.48 0.35 0.35 0.54 0.31 0.78 0.38 0.89 0.43 0.43 0.29 0.33 0.40 0.83 0.28 0.78 0.80 0.53 0.46 0.49
OP1 0.28 0.34 0.44 0.30 0.39 0.37 0.36 0.40 0.32 0.30 0.39 0.35 0.55 0.48 0.43 0.37 0.57 0.66 0.57 0.62
OP2 0.28 0.11 0.27 0.30 0.14 0.57 0.18 0.69 0.22 0.21 0.10 0.11 0.42 0.59 0.21 0.56 0.56 0.38 0.38 0.35
P 0.21 0.11 0.21 0.24 0.15 0.51 0.17 0.61 0.19 0.17 0.12 0.12 0.37 0.56 0.20 0.50 0.56 0.43 0.38 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.03 0.04 0.02 0.19 0.06 0.01 0.30 0.38 0.36 0.36
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.02 0.05 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.02 0.09 0.45 0.51 0.48 0.52
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.09 0.02 0.14 0.14 0.15 0.04 0.08 0.19 0.00 0.05 0.10 0.01 0.41 0.54 0.48 0.40
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.24 0.01 0.24 0.02 0.21 0.14 0.20 0.11 0.02 0.01 0.26 0.02 0.21 0.37 0.31 0.23
C4 0.06 0.02 0.09 0.24 0.00 0.18 0.01 0.30 0.02 0.04 0.00 0.03 0.26 0.21 0.01 0.10 0.51 0.54 0.52 0.56
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.18 0.00 0.22 0.00 0.19 0.07 0.10 0.08 0.21 0.05 0.20 0.00 0.02 0.20 0.27 0.15
C5 0.05 0.02 0.14 0.24 0.01 0.22 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.21 0.02 0.14 0.52 0.51 0.49 0.53
C5' 0.07 0.16 0.14 0.02 0.30 0.00 0.33 0.00 0.26 0.15 0.22 0.14 0.09 0.19 0.34 0.03 0.01 0.21 0.31 0.02
C6 0.05 0.02 0.15 0.21 0.02 0.19 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.18 0.03 0.15 0.49 0.49 0.47 0.50
N1 0.02 0.01 0.04 0.14 0.04 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.13 0.04 0.03 0.44 0.49 0.46 0.49
N3 0.03 0.01 0.08 0.20 0.00 0.10 0.02 0.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.18 0.19 0.01 0.07 0.49 0.55 0.52 0.57
O2 0.04 0.01 0.19 0.11 0.03 0.08 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.25 0.03 0.16 0.41 0.50 0.46 0.50
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.26 0.21 0.29 0.09 0.26 0.13 0.18 0.18 0.00 0.09 0.29 0.14 0.23 0.40 0.44 0.25
O3' 0.19 0.19 0.05 0.01 0.21 0.05 0.21 0.19 0.18 0.13 0.19 0.25 0.09 0.00 0.23 0.13 0.18 0.16 0.33 0.18
O4 0.06 0.02 0.10 0.26 0.01 0.20 0.02 0.34 0.03 0.04 0.01 0.03 0.29 0.23 0.00 0.11 0.52 0.55 0.54 0.58
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.10 0.00 0.14 0.03 0.15 0.03 0.07 0.16 0.14 0.13 0.11 0.00 0.18 0.40 0.39 0.39
O5' 0.30 0.45 0.41 0.21 0.51 0.02 0.52 0.01 0.49 0.44 0.49 0.41 0.23 0.18 0.52 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.51 0.54 0.37 0.54 0.20 0.51 0.21 0.49 0.49 0.55 0.50 0.40 0.16 0.55 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.48 0.48 0.31 0.52 0.27 0.49 0.31 0.47 0.46 0.52 0.46 0.44 0.33 0.54 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.52 0.40 0.23 0.56 0.15 0.53 0.02 0.50 0.49 0.57 0.50 0.25 0.18 0.58 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00