ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49748

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.019
O2' B 0, 0.205, 0.446, 0.688, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.446 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.236, 0.485, 0.734, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.485 std_dev=0.249
O2 B 0, 0.147, 0.408, 0.669, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.408 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.197, 0.461, 0.725, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.461 std_dev=0.264
C1' B 0, 0.207, 0.476, 0.746, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.476 std_dev=0.269
O3' B 0, 0.274, 0.549, 0.823, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.549 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.227, 0.506, 0.785, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.506 std_dev=0.279
C3' B 0, 0.271, 0.554, 0.837, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.554 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.224, 0.509, 0.793, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.509 std_dev=0.285
O4' B 0, 0.205, 0.517, 0.829, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.517 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.237, 0.565, 0.894, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.565 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.260, 0.594, 0.928, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.594 std_dev=0.334
C4 B 0, 0.257, 0.595, 0.933, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.595 std_dev=0.338
O4 B 0, 0.263, 0.631, 0.999, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.631 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.268, 0.639, 1.010, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.639 std_dev=0.371
C5' B 0, 0.291, 0.739, 1.187, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.739 std_dev=0.448
O5' B 0, 0.354, 0.803, 1.251, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.803 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.399, 1.065, 1.731, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.065 std_dev=0.666
P B 0, 0.336, 1.008, 1.681, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.008 std_dev=0.672
O4' A 0, -0.415, 0.351, 1.117, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.351 std_dev=0.766
C2' A 0, -0.449, 0.370, 1.190, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.370 std_dev=0.819
OP2 B 0, 0.296, 1.117, 1.937, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.117 std_dev=0.820
C4' A 0, -0.533, 0.471, 1.476, 3.127 max_d=3.127 avg_d=0.471 std_dev=1.005
C3' A 0, -0.613, 0.528, 1.668, 3.542 max_d=3.542 avg_d=0.528 std_dev=1.140
O2' A 0, -0.596, 0.627, 1.850, 3.857 max_d=3.857 avg_d=0.627 std_dev=1.223
O3' A 0, -0.667, 0.653, 1.973, 4.138 max_d=4.138 avg_d=0.653 std_dev=1.320
C5' A 0, -1.012, 0.927, 2.866, 6.052 max_d=6.052 avg_d=0.927 std_dev=1.939
O5' A 0, -1.120, 1.123, 3.367, 7.047 max_d=7.047 avg_d=1.123 std_dev=2.244
P A 0, -1.520, 1.610, 4.741, 9.879 max_d=9.879 avg_d=1.610 std_dev=3.130
OP2 A 0, -1.291, 1.921, 5.132, 10.377 max_d=10.377 avg_d=1.921 std_dev=3.211
OP1 A 0, -1.528, 1.990, 5.509, 11.258 max_d=11.258 avg_d=1.990 std_dev=3.518

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.01 0.07 0.07 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.46 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.40 1.12 1.36 1.48 1.45
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.16 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.30 0.32 0.33
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.20 0.03 0.16 0.35 0.05 0.15 0.23 0.35 0.17 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.18 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.17 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.05 0.21 0.40 0.45 0.46 0.49
C4' 0.01 0.46 0.01 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.13 0.32 0.32 0.45 0.05 0.24 0.06 0.23 0.02 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.08 0.10 0.06 0.12 0.21 0.13
C5' 0.05 0.94 0.16 0.03 0.38 0.01 0.12 0.00 0.33 0.48 0.70 0.88 0.18 0.34 0.03 0.07 0.17 0.02 0.00 0.03 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.13 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.11 0.18 0.31 0.42 0.44 0.45
C8 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.32 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.06 0.22 0.71 0.72 0.84 0.77
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.32 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.31 0.78 1.01 1.08 1.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.45 0.00 0.88 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.40 1.06 1.17 1.24 1.26
N6 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.16 0.12 0.10 0.20 0.25 0.20
N7 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.24 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.11 0.12 0.56 0.60 0.76 0.64
N9 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.03 0.11 0.11 0.20 0.11
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.14 0.23 0.25 0.07 0.22 0.34 0.11 0.06 0.28 0.35 0.19 0.00 0.03 0.16 0.27 0.22 0.41 0.30
O3' 0.24 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.17 0.11 0.06 0.08 0.09 0.16 0.11 0.07 0.03 0.00 0.16 0.15 0.34 0.44 0.29
O4' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.21 0.00 0.10 0.02 0.18 0.22 0.31 0.40 0.12 0.12 0.03 0.16 0.16 0.00 0.09 0.07 0.12 0.07
O5' 0.07 1.12 0.34 0.04 0.40 0.02 0.06 0.00 0.31 0.71 0.78 1.06 0.10 0.56 0.11 0.27 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 1.36 0.30 0.11 0.45 0.05 0.12 0.03 0.42 0.72 1.01 1.17 0.20 0.60 0.11 0.22 0.34 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 1.48 0.32 0.18 0.46 0.11 0.21 0.07 0.44 0.84 1.08 1.24 0.25 0.76 0.20 0.41 0.44 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 1.45 0.33 0.07 0.49 0.03 0.13 0.02 0.45 0.77 1.06 1.26 0.20 0.64 0.11 0.30 0.29 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.24 0.28 0.27 0.26 0.27 0.26 0.27 0.26 0.25 0.25 0.24 0.33 0.30 0.27 0.28 0.31 0.30 0.35 0.31
C2 0.26 0.21 0.23 0.24 0.22 0.28 0.23 0.30 0.25 0.24 0.21 0.19 0.25 0.24 0.21 0.30 0.30 0.30 0.32 0.29
C2' 0.27 0.28 0.20 0.20 0.34 0.27 0.33 0.30 0.31 0.28 0.32 0.25 0.22 0.18 0.37 0.31 0.31 0.28 0.37 0.33
C3' 0.58 0.71 0.50 0.52 0.87 0.55 0.83 0.58 0.75 0.68 0.82 0.64 0.44 0.46 0.94 0.59 0.66 0.62 0.81 0.74
C4 0.27 0.24 0.27 0.27 0.25 0.28 0.25 0.28 0.26 0.25 0.24 0.23 0.31 0.28 0.25 0.29 0.30 0.30 0.34 0.30
C4' 0.40 0.57 0.41 0.42 0.77 0.35 0.70 0.37 0.59 0.52 0.71 0.50 0.35 0.40 0.88 0.36 0.50 0.47 0.68 0.56
C5 0.27 0.23 0.28 0.27 0.24 0.28 0.25 0.28 0.25 0.25 0.23 0.22 0.32 0.29 0.23 0.28 0.30 0.30 0.34 0.30
C5' 0.44 0.79 0.44 0.46 1.17 0.35 1.03 0.40 0.82 0.69 1.06 0.65 0.29 0.39 1.37 0.37 0.61 0.57 0.92 0.72
C6 0.27 0.20 0.26 0.26 0.20 0.28 0.22 0.29 0.24 0.24 0.20 0.18 0.29 0.27 0.20 0.29 0.30 0.30 0.33 0.29
C8 0.27 0.26 0.30 0.29 0.28 0.27 0.27 0.26 0.26 0.26 0.27 0.25 0.35 0.33 0.29 0.26 0.31 0.31 0.36 0.31
N1 0.26 0.19 0.23 0.25 0.20 0.28 0.22 0.30 0.24 0.23 0.19 0.17 0.25 0.24 0.19 0.30 0.30 0.30 0.32 0.29
N3 0.27 0.23 0.25 0.26 0.24 0.28 0.25 0.29 0.25 0.25 0.23 0.21 0.28 0.26 0.24 0.30 0.30 0.30 0.33 0.30
N6 0.27 0.18 0.26 0.27 0.18 0.28 0.21 0.29 0.23 0.22 0.17 0.16 0.29 0.27 0.18 0.29 0.30 0.30 0.32 0.29
N7 0.27 0.25 0.30 0.29 0.26 0.27 0.26 0.26 0.26 0.26 0.25 0.25 0.35 0.32 0.26 0.27 0.31 0.31 0.35 0.31
N9 0.27 0.25 0.28 0.28 0.27 0.27 0.27 0.27 0.26 0.26 0.26 0.24 0.33 0.31 0.28 0.28 0.31 0.31 0.35 0.31
O2' 0.33 0.28 0.36 0.36 0.26 0.33 0.28 0.35 0.30 0.30 0.25 0.27 0.33 0.37 0.25 0.34 0.37 0.42 0.35 0.30
O3' 0.46 0.52 0.36 0.38 0.64 0.45 0.64 0.49 0.58 0.52 0.58 0.45 0.33 0.32 0.68 0.50 0.55 0.51 0.66 0.62
O4' 0.30 0.37 0.35 0.35 0.48 0.27 0.43 0.27 0.37 0.34 0.45 0.34 0.35 0.38 0.55 0.27 0.35 0.35 0.48 0.38
O5' 0.64 1.10 0.57 0.61 1.56 0.51 1.39 0.59 1.13 0.96 1.43 0.92 0.33 0.49 1.79 0.57 0.84 0.78 1.19 0.97
OP1 0.75 1.37 0.64 0.70 2.09 0.58 1.86 0.71 1.47 1.21 1.85 1.09 0.26 0.51 2.45 0.67 1.07 1.01 1.59 1.27
OP2 0.89 1.59 0.67 0.75 2.32 0.70 2.07 0.86 1.67 1.40 2.10 1.28 0.24 0.50 2.66 0.84 1.20 1.11 1.70 1.40
P 0.74 1.37 0.63 0.69 2.05 0.56 1.81 0.69 1.44 1.20 1.84 1.10 0.26 0.50 2.38 0.65 1.03 0.96 1.51 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.12 0.13 0.15 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.21 0.08 0.08
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.26 0.12 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.06 0.18 0.17 0.20 0.15
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.08 0.00 0.03 0.10 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.18 0.16 0.18 0.15
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.13 0.06 0.03 0.04 0.18 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.15 0.13 0.14 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.11 0.11 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.05 0.15 0.15 0.18 0.13
O2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.05 0.10 0.12 0.14 0.08
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.09 0.12 0.00 0.03 0.07 0.05 0.08 0.24 0.09 0.10
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.08 0.10 0.03 0.00 0.06 0.02 0.14 0.42 0.21 0.24
O4 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.06 0.19 0.19 0.22 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.17 0.14
O5' 0.05 0.12 0.06 0.09 0.18 0.03 0.18 0.01 0.15 0.11 0.15 0.10 0.08 0.14 0.19 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.13 0.21 0.26 0.17 0.10 0.16 0.07 0.13 0.11 0.15 0.12 0.24 0.42 0.19 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.15 0.08 0.12 0.20 0.05 0.18 0.02 0.14 0.13 0.18 0.14 0.09 0.21 0.22 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.08 0.14 0.15 0.04 0.15 0.03 0.11 0.08 0.13 0.08 0.10 0.24 0.17 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00