ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49752

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 16, 7, 5, 6, 5, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.059, 0.103, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.059 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.029, 0.084, 0.138, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.084 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.044, 0.103, 0.162, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.103 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.039, 0.109, 0.178, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.109 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.075, 0.154, 0.233, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.154 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.094, 0.193, 0.292, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.193 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.060, 0.166, 0.273, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.166 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.141, 0.281, 0.422, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.281 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.123, 0.284, 0.446, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.284 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.163, 0.338, 0.513, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.338 std_dev=0.175
OP2 B 0, 0.138, 0.345, 0.553, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.345 std_dev=0.208
OP1 B 0, 0.165, 0.377, 0.588, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.377 std_dev=0.211
O5' B 0, 0.197, 0.415, 0.632, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.415 std_dev=0.217
P B 0, 0.139, 0.362, 0.584, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.362 std_dev=0.223
P A 0, 0.268, 0.501, 0.734, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.501 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.289, 0.530, 0.771, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.530 std_dev=0.241
OP2 A 0, 1.073, 1.315, 1.557, 1.723 max_d=1.723 avg_d=1.315 std_dev=0.242
N7 B 0, 0.338, 0.586, 0.834, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.586 std_dev=0.248
C3' B 0, 0.280, 0.531, 0.782, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.531 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.200, 0.453, 0.707, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.453 std_dev=0.254
C4' B 0, 0.242, 0.502, 0.762, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.502 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.314, 0.575, 0.835, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.575 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.331, 0.593, 0.856, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.593 std_dev=0.262
O4' B 0, 0.254, 0.519, 0.783, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.519 std_dev=0.264
O3' B 0, 0.289, 0.554, 0.820, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.554 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.304, 0.572, 0.840, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.572 std_dev=0.268
C5 B 0, 0.403, 0.672, 0.941, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.672 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.376, 0.657, 0.938, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.657 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.489, 0.778, 1.067, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.778 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.389, 0.680, 0.970, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.680 std_dev=0.291
O6 B 0, 0.529, 0.827, 1.125, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.827 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.416, 0.726, 1.036, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.726 std_dev=0.310
N1 B 0, 0.524, 0.840, 1.157, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.840 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.488, 0.812, 1.135, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.812 std_dev=0.323
N2 B 0, 0.530, 0.887, 1.244, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.887 std_dev=0.357
OP1 A 0, 1.715, 2.125, 2.536, 3.097 max_d=3.097 avg_d=2.125 std_dev=0.411

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.16 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.20 0.12 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.04 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.13 0.19 0.14 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.13 0.18 0.12 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.12 0.17 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.18 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.12 0.20 0.13 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.14 0.19 0.15 0.15
O2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.10 0.20 0.11 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.13 0.05 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.09 0.11 0.03 0.00 0.02 0.06 0.09 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.14 0.07 0.06
O5' 0.05 0.10 0.03 0.03 0.13 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.12 0.14 0.10 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.20 0.14 0.11 0.19 0.10 0.18 0.05 0.17 0.18 0.20 0.19 0.20 0.13 0.09 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.04 0.04 0.14 0.04 0.12 0.04 0.10 0.09 0.13 0.15 0.11 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.04 0.03 0.13 0.03 0.11 0.01 0.08 0.09 0.14 0.15 0.12 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08
C2 0.09 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10
C2' 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10
C3' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09
C4 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.14 0.11 0.09 0.08
C4' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07
C5 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.11 0.10 0.09
C5' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06
C6 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08
N1 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08
N3 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11
N4 0.09 0.13 0.10 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.15 0.13 0.14 0.12 0.11 0.15 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.17 0.14 0.11 0.10
O2 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.12 0.08 0.13 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.13 0.14 0.13
O2' 0.12 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.12
O3' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10
O4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07
O5' 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.09
OP1 0.12 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.15 0.16 0.13 0.17 0.14
OP2 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10
P 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.10 0.00 0.11 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
N2 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.04 0.00 0.11 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.11 0.00 0.12 0.13 0.12
OP1 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.07 0.05 0.05 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.04 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.04 0.04 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00