ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49753

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 17, 11, 2, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.008 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.027 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.034 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.002, 0.054, 0.107, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.054 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.018, 0.076, 0.134, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.076 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.059, 0.127, 0.194, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.127 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.019, 0.098, 0.177, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.098 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.034, 0.119, 0.203, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.119 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.084, 0.197, 0.310, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.197 std_dev=0.113
OP1 B 0, 0.154, 0.268, 0.382, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.268 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.022, 0.156, 0.289, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.156 std_dev=0.134
P B 0, 0.153, 0.290, 0.427, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.290 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.027, 0.189, 0.351, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.189 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.086, 0.253, 0.420, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.253 std_dev=0.167
P A 0, 0.061, 0.231, 0.401, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.231 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.158, 0.330, 0.502, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.330 std_dev=0.172
OP2 B 0, 0.188, 0.365, 0.543, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.365 std_dev=0.178
C3' B 0, 0.089, 0.269, 0.448, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.269 std_dev=0.180
OP1 A 0, 0.090, 0.284, 0.478, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.284 std_dev=0.194
O3' B 0, 0.087, 0.284, 0.481, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.284 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.134, 0.332, 0.529, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.332 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.097, 0.296, 0.495, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.296 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.115, 0.348, 0.580, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.348 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.082, 0.321, 0.561, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.321 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.115, 0.360, 0.606, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.360 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.159, 0.426, 0.693, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.426 std_dev=0.267
N9 B 0, 0.155, 0.432, 0.709, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.432 std_dev=0.277
N2 B 0, 0.212, 0.491, 0.770, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.491 std_dev=0.279
O2' B 0, 0.084, 0.368, 0.651, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.368 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.206, 0.490, 0.773, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.490 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.169, 0.456, 0.743, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.456 std_dev=0.287
C8 B 0, 0.196, 0.507, 0.818, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.507 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.258, 0.573, 0.888, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.573 std_dev=0.315
C5 B 0, 0.222, 0.543, 0.865, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.543 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.274, 0.609, 0.944, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.609 std_dev=0.335
N7 B 0, 0.233, 0.572, 0.911, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.572 std_dev=0.339
O6 B 0, 0.342, 0.706, 1.070, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.706 std_dev=0.364

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.10 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.09 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08
C2 0.06 0.10 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.12 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08
C2' 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.11 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07
C3' 0.09 0.11 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.13 0.11 0.09 0.09 0.14 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08
C4 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06
C4' 0.09 0.12 0.11 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.14 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09
C5 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07
C5' 0.09 0.13 0.12 0.08 0.11 0.06 0.11 0.07 0.12 0.12 0.13 0.15 0.12 0.12 0.11 0.16 0.07 0.07 0.09 0.12 0.09 0.10 0.08
C6 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07
N1 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07
N3 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07
N4 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08
O2 0.07 0.13 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.15 0.11 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.11 0.11 0.13 0.10
O2' 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07
O3' 0.09 0.11 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.15 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08
O4' 0.09 0.12 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.14 0.11 0.10 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09
O5' 0.08 0.11 0.11 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.16 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08
OP1 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.15 0.08 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.05
OP2 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.09 0.10 0.13 0.12 0.15 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09
P 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.15 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.08 0.08 0.01 0.12 0.13 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.11 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.10 0.12 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.11 0.13 0.10
C5' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.10 0.12 0.09 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.01 0.12 0.13 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.09 0.12 0.08
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.07 0.08 0.01 0.12 0.13 0.11
N2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.10 0.01 0.13 0.13 0.12
N3 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.01 0.11 0.13 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.10 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.11 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.11 0.13 0.08
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03
O5' 0.02 0.08 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.04 0.08 0.00 0.12 0.13 0.11
OP1 0.06 0.12 0.09 0.06 0.10 0.04 0.11 0.03 0.12 0.09 0.12 0.13 0.11 0.10 0.08 0.11 0.05 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.13 0.11 0.08 0.12 0.05 0.13 0.04 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.13 0.07 0.07 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.07 0.04 0.09 0.02 0.10 0.02 0.11 0.08 0.11 0.12 0.09 0.09 0.07 0.08 0.03 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00