ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49755

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 6, 4, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.019, 0.026, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.026 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.019, 0.030, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.027, 0.042, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.042 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.031, 0.047, 0.063, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.047 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.033, 0.049, 0.065, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.049 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.030, 0.047, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.047 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.096, 0.142, 0.188, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.142 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.081, 0.127, 0.174, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.127 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.089, 0.141, 0.192, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.141 std_dev=0.052
N4 A 0, 0.093, 0.147, 0.202, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.147 std_dev=0.054
O3' A 0, 0.131, 0.186, 0.241, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.186 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.118, 0.187, 0.256, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.187 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.129, 0.208, 0.286, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.208 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.097, 0.179, 0.260, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.179 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.174, 0.286, 0.398, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.286 std_dev=0.112
C4' B 0, 0.115, 0.230, 0.345, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.230 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.118, 0.236, 0.353, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.236 std_dev=0.118
O5' A 0, 0.213, 0.338, 0.463, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.338 std_dev=0.125
C5' B 0, 0.117, 0.246, 0.374, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.246 std_dev=0.129
C1' B 0, 0.143, 0.274, 0.405, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.274 std_dev=0.131
C8 B 0, 0.184, 0.322, 0.460, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.322 std_dev=0.138
N9 B 0, 0.176, 0.316, 0.456, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.316 std_dev=0.140
P A 0, 0.240, 0.391, 0.542, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.391 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.118, 0.272, 0.425, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.272 std_dev=0.154
O3' B 0, 0.144, 0.301, 0.459, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.301 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.128, 0.288, 0.449, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.288 std_dev=0.160
OP2 A 0, 0.252, 0.413, 0.575, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.413 std_dev=0.161
N7 B 0, 0.206, 0.368, 0.530, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.368 std_dev=0.162
P B 0, 0.099, 0.263, 0.427, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.263 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.116, 0.282, 0.447, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.282 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.116, 0.285, 0.454, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.285 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.074, 0.246, 0.419, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.246 std_dev=0.173
C4 B 0, 0.201, 0.379, 0.556, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.379 std_dev=0.177
OP1 A 0, 0.294, 0.473, 0.651, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.473 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.223, 0.404, 0.585, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.404 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.202, 0.422, 0.642, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.422 std_dev=0.220
C6 B 0, 0.261, 0.486, 0.711, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.486 std_dev=0.225
O6 B 0, 0.298, 0.544, 0.791, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.544 std_dev=0.247
OP1 B 0, 0.060, 0.317, 0.573, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.317 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.231, 0.489, 0.747, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.489 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.260, 0.519, 0.779, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.519 std_dev=0.259
N2 B 0, 0.235, 0.548, 0.862, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.548 std_dev=0.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.10 0.08 0.11 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.12 0.10 0.12 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.12 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.09 0.08 0.09 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.11 0.09 0.12 0.09
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03
O5' 0.05 0.08 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.08 0.09 0.11 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.06 0.10 0.04 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.11 0.03 0.12 0.04 0.11 0.07 0.09 0.12 0.07 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.06 0.08 0.09 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.18 0.11
C2 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.10 0.18 0.10
C2' 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.05 0.07 0.06 0.07 0.10 0.17 0.10
C3' 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.18 0.11
C4 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.13 0.08 0.07 0.08 0.12 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.14 0.17 0.12
C4' 0.11 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.14 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.20 0.13
C5 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.14 0.17 0.12
C5' 0.14 0.09 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.15 0.08 0.09 0.10 0.13 0.13 0.16 0.11 0.11 0.10 0.10 0.15 0.21 0.15
C6 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.17 0.11
N1 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.11 0.18 0.11
N3 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.11 0.17 0.10
N4 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.17 0.12 0.10 0.12 0.15 0.14 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.16 0.16 0.13
O2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.17 0.11
O2' 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.15 0.08
O3' 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.12 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.17 0.10
O4' 0.10 0.07 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09 0.09 0.07 0.13 0.20 0.13
O5' 0.12 0.08 0.14 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.12 0.07 0.08 0.09 0.10 0.11 0.17 0.12 0.09 0.10 0.08 0.14 0.20 0.14
OP1 0.13 0.10 0.17 0.15 0.10 0.12 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.11 0.11 0.12 0.20 0.16 0.10 0.11 0.08 0.14 0.18 0.14
OP2 0.10 0.07 0.13 0.10 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.10 0.05 0.08 0.07 0.09 0.09 0.17 0.10 0.07 0.06 0.06 0.10 0.14 0.09
P 0.11 0.07 0.14 0.11 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.11 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.18 0.12 0.07 0.07 0.06 0.11 0.16 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.07 0.01 0.15 0.09 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.09 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.08 0.08
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.14 0.08 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.00 0.16 0.08 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.11 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.08 0.01 0.16 0.08 0.10
N2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.08 0.01 0.15 0.09 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.09 0.09
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.14 0.08 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.09 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.10 0.03
O3' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.10 0.14 0.09 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.08
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.00 0.17 0.09 0.11
OP1 0.07 0.15 0.05 0.04 0.12 0.02 0.14 0.01 0.16 0.11 0.16 0.15 0.13 0.14 0.10 0.03 0.07 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.09 0.09 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.03 0.02 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.03 0.04 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00