ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.004, 0.010, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.002, 0.012, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.004, 0.012, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.002, 0.027, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.025
O2 A 0, -0.007, 0.031, 0.070, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.031 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C2' A 0, -0.014, 0.133, 0.279, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.133 std_dev=0.146
OP1 B 0, 0.232, 0.391, 0.549, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.391 std_dev=0.158
C4' A 0, -0.003, 0.170, 0.343, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.170 std_dev=0.173
O2' A 0, -0.033, 0.167, 0.367, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.167 std_dev=0.200
P B 0, 0.255, 0.465, 0.674, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.465 std_dev=0.210
C3' A 0, -0.003, 0.208, 0.418, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.208 std_dev=0.211
OP2 B 0, 0.263, 0.506, 0.748, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.506 std_dev=0.243
O5' B 0, 0.337, 0.586, 0.834, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.586 std_dev=0.248
O3' A 0, 0.030, 0.324, 0.617, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.324 std_dev=0.294
C5' B 0, 0.316, 0.611, 0.906, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.611 std_dev=0.295
C5' A 0, -0.028, 0.282, 0.593, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.282 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.071, 0.419, 0.768, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.419 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.364, 0.739, 1.114, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.739 std_dev=0.375
C3' B 0, 0.389, 0.786, 1.183, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.786 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.404, 0.807, 1.210, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.807 std_dev=0.403
C8 B 0, 0.432, 0.858, 1.284, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.858 std_dev=0.426
O3' B 0, 0.370, 0.798, 1.227, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.798 std_dev=0.428
N7 B 0, 0.463, 0.900, 1.337, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.900 std_dev=0.437
N9 B 0, 0.454, 0.895, 1.336, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.895 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.439, 0.889, 1.340, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.889 std_dev=0.451
C4 B 0, 0.509, 0.965, 1.421, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.965 std_dev=0.456
C5 B 0, 0.509, 0.966, 1.424, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.966 std_dev=0.457
C2' B 0, 0.439, 0.900, 1.361, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.900 std_dev=0.461
N3 B 0, 0.543, 1.027, 1.510, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.027 std_dev=0.483
C6 B 0, 0.553, 1.039, 1.526, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.039 std_dev=0.487
P A 0, 0.127, 0.617, 1.108, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.617 std_dev=0.491
O6 B 0, 0.568, 1.066, 1.564, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.066 std_dev=0.498
N1 B 0, 0.579, 1.095, 1.610, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.095 std_dev=0.516
C2 B 0, 0.573, 1.089, 1.606, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.089 std_dev=0.516
O2' B 0, 0.448, 0.974, 1.501, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.974 std_dev=0.526
OP1 A 0, 0.304, 0.863, 1.421, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.863 std_dev=0.558
N2 B 0, 0.595, 1.160, 1.726, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.160 std_dev=0.565
OP2 A 0, 0.216, 0.850, 1.483, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.850 std_dev=0.634

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.08 0.35 0.11 0.16
C2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.13 0.53 0.18 0.25
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.17 0.00 0.01 0.00 0.03 0.19 0.18 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.05 0.05 0.15 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.26 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.18 0.63 0.29 0.34
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02
C5 0.00 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.21 0.63 0.32 0.36
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.10 0.04 0.05 0.11 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.19 0.54 0.26 0.31
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.13 0.48 0.18 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.15 0.59 0.23 0.30
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02 0.19 0.66 0.33 0.37
O2 0.06 0.00 0.17 0.15 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.19 0.03 0.13 0.49 0.15 0.22
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.04 0.17 0.00 0.02 0.02 0.02 0.15 0.21 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.08 0.07 0.19 0.02 0.00 0.01 0.15 0.19 0.49 0.28
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.31 0.19 0.20
O5' 0.08 0.13 0.03 0.08 0.18 0.01 0.21 0.01 0.19 0.13 0.15 0.19 0.13 0.02 0.15 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.35 0.53 0.19 0.09 0.63 0.07 0.63 0.11 0.54 0.48 0.59 0.66 0.49 0.15 0.19 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.18 0.18 0.26 0.29 0.08 0.32 0.06 0.26 0.18 0.23 0.33 0.15 0.21 0.49 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.25 0.04 0.13 0.34 0.02 0.36 0.01 0.31 0.24 0.30 0.37 0.22 0.05 0.28 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.12 0.22 0.22 0.17 0.21 0.20 0.19 0.20 0.24 0.15 0.11 0.13 0.25 0.20 0.23 0.22 0.20 0.17 0.23 0.21 0.23 0.21
C2 0.22 0.15 0.23 0.23 0.19 0.22 0.21 0.21 0.20 0.25 0.17 0.14 0.16 0.26 0.21 0.22 0.21 0.21 0.20 0.23 0.23 0.24 0.23
C2' 0.16 0.10 0.18 0.17 0.15 0.16 0.19 0.15 0.19 0.22 0.13 0.10 0.10 0.24 0.17 0.18 0.18 0.15 0.13 0.22 0.18 0.20 0.16
C3' 0.14 0.12 0.16 0.15 0.15 0.14 0.20 0.13 0.20 0.23 0.15 0.12 0.11 0.25 0.16 0.16 0.17 0.13 0.11 0.24 0.14 0.17 0.14
C4 0.18 0.14 0.19 0.19 0.15 0.18 0.18 0.18 0.18 0.19 0.15 0.15 0.15 0.21 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.20 0.20 0.25 0.23
C4' 0.16 0.09 0.18 0.17 0.14 0.17 0.19 0.16 0.19 0.23 0.13 0.08 0.09 0.25 0.17 0.18 0.18 0.16 0.14 0.23 0.18 0.21 0.18
C5 0.16 0.13 0.18 0.18 0.15 0.17 0.17 0.17 0.18 0.19 0.15 0.13 0.13 0.21 0.16 0.17 0.18 0.17 0.17 0.21 0.18 0.24 0.22
C5' 0.16 0.11 0.17 0.17 0.15 0.17 0.21 0.15 0.22 0.24 0.16 0.09 0.10 0.27 0.18 0.18 0.18 0.15 0.14 0.26 0.18 0.21 0.19
C6 0.17 0.12 0.20 0.20 0.15 0.18 0.19 0.18 0.19 0.21 0.15 0.11 0.12 0.23 0.17 0.19 0.20 0.17 0.17 0.22 0.19 0.24 0.21
N1 0.19 0.12 0.21 0.21 0.16 0.20 0.20 0.19 0.19 0.23 0.15 0.11 0.13 0.24 0.19 0.21 0.21 0.19 0.18 0.22 0.21 0.24 0.22
N3 0.20 0.15 0.21 0.21 0.17 0.20 0.20 0.20 0.19 0.22 0.16 0.16 0.16 0.24 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.22 0.23 0.25 0.23
N4 0.19 0.17 0.20 0.20 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.20 0.17 0.19 0.18 0.19 0.20 0.20 0.19 0.25 0.24
O2 0.27 0.19 0.27 0.27 0.23 0.27 0.25 0.26 0.24 0.30 0.20 0.18 0.20 0.30 0.26 0.27 0.26 0.27 0.24 0.26 0.26 0.26 0.25
O2' 0.20 0.14 0.23 0.22 0.18 0.20 0.22 0.18 0.21 0.25 0.16 0.13 0.15 0.26 0.21 0.24 0.22 0.19 0.16 0.24 0.21 0.21 0.18
O3' 0.15 0.18 0.17 0.16 0.18 0.15 0.22 0.14 0.23 0.23 0.20 0.20 0.17 0.27 0.18 0.17 0.18 0.14 0.12 0.27 0.12 0.14 0.10
O4' 0.20 0.10 0.21 0.21 0.15 0.21 0.19 0.19 0.18 0.23 0.13 0.09 0.11 0.24 0.19 0.22 0.21 0.20 0.17 0.21 0.21 0.23 0.22
O5' 0.16 0.15 0.18 0.18 0.18 0.17 0.24 0.15 0.25 0.26 0.20 0.14 0.14 0.29 0.19 0.18 0.19 0.15 0.14 0.29 0.13 0.16 0.14
OP1 0.47 0.51 0.43 0.43 0.51 0.47 0.52 0.50 0.53 0.52 0.52 0.51 0.50 0.54 0.50 0.42 0.42 0.49 0.49 0.54 0.47 0.41 0.43
OP2 0.19 0.16 0.23 0.23 0.21 0.19 0.27 0.17 0.28 0.28 0.22 0.13 0.15 0.32 0.22 0.24 0.25 0.17 0.16 0.33 0.14 0.13 0.13
P 0.20 0.22 0.20 0.20 0.24 0.21 0.29 0.22 0.30 0.30 0.26 0.21 0.21 0.34 0.24 0.20 0.21 0.21 0.21 0.34 0.17 0.13 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04 0.07 0.01 0.08 0.14 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.13 0.11 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.08 0.14 0.10 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.10 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.14 0.10
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.12 0.18 0.13
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.03 0.09 0.00 0.13 0.19 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.12 0.02 0.13 0.17 0.13
N1 0.04 0.00 0.08 0.08 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.04 0.08 0.01 0.10 0.16 0.12
N2 0.04 0.00 0.13 0.14 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.17 0.04 0.09 0.02 0.08 0.14 0.11
N3 0.03 0.00 0.11 0.10 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.03 0.07 0.01 0.07 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.12 0.02 0.16 0.21 0.16
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.12 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.14 0.11 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03
O3' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.11 0.09 0.17 0.12 0.12 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.13 0.07 0.05
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.06
O5' 0.02 0.07 0.03 0.03 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.12 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.09 0.03 0.10 0.00 0.15 0.20 0.15
OP1 0.03 0.08 0.08 0.10 0.08 0.05 0.12 0.03 0.13 0.13 0.10 0.08 0.07 0.16 0.07 0.09 0.13 0.02 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.06 0.06 0.14 0.02 0.18 0.01 0.19 0.17 0.16 0.14 0.13 0.21 0.12 0.05 0.07 0.07 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.03 0.04 0.10 0.01 0.13 0.01 0.14 0.13 0.12 0.11 0.10 0.16 0.09 0.03 0.05 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00