ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49762

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.006, 0.038, 0.071, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.024, 0.060, 0.097, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.060 std_dev=0.036
C5 A 0, 0.014, 0.050, 0.087, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.050 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.024, 0.065, 0.107, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.065 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.025, 0.074, 0.124, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.074 std_dev=0.050
N4 A 0, 0.034, 0.101, 0.168, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.101 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.035, 0.138, 0.241, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.138 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.062, 0.165, 0.269, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.165 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.045, 0.159, 0.274, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.159 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.021, 0.142, 0.263, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.142 std_dev=0.121
C5' A 0, 0.029, 0.203, 0.376, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.203 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.031, 0.218, 0.405, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.218 std_dev=0.187
O3' B 0, 0.137, 0.326, 0.515, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.326 std_dev=0.189
C3' B 0, 0.139, 0.331, 0.522, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.331 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.110, 0.306, 0.503, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.306 std_dev=0.196
N2 B 0, 0.049, 0.246, 0.443, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.246 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.081, 0.284, 0.487, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.284 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.074, 0.279, 0.484, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.279 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.151, 0.359, 0.566, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.359 std_dev=0.207
N7 B 0, 0.082, 0.290, 0.498, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.290 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.151, 0.362, 0.572, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.362 std_dev=0.210
C8 B 0, 0.152, 0.368, 0.585, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.368 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.107, 0.324, 0.541, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.324 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.115, 0.333, 0.551, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.333 std_dev=0.218
N9 B 0, 0.168, 0.398, 0.628, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.398 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.170, 0.402, 0.634, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.402 std_dev=0.232
O6 B 0, 0.174, 0.425, 0.675, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.425 std_dev=0.250
P B 0, 0.162, 0.422, 0.683, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.422 std_dev=0.261
OP1 A 0, 0.051, 0.321, 0.591, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.321 std_dev=0.270
OP1 B 0, 0.149, 0.421, 0.693, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.421 std_dev=0.272
OP2 B 0, 0.187, 0.469, 0.751, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.469 std_dev=0.282
P A 0, 0.056, 0.338, 0.621, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.338 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.080, 0.372, 0.665, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.372 std_dev=0.293
O5' B 0, 0.188, 0.500, 0.812, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.500 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.196, 0.512, 0.828, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.512 std_dev=0.316
O4' B 0, 0.199, 0.521, 0.842, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.521 std_dev=0.322
OP2 A 0, 0.051, 0.417, 0.783, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.417 std_dev=0.366
C5' B 0, 0.224, 0.637, 1.050, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.637 std_dev=0.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.14 0.08 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.02
C4 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.07 0.14 0.08 0.05 0.08
C4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.06 0.04 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05
C5 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.09 0.00 0.15 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.09 0.04 0.09 0.17 0.11 0.07 0.12
C5' 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.11 0.07 0.06 0.13 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04
C6 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.03 0.07 0.13 0.07 0.01 0.06
N1 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01
N3 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01
N4 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.03 0.08 0.17 0.11 0.10 0.12
O2 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.09 0.06 0.08 0.04 0.01 0.07 0.07 0.00 0.10 0.02 0.11 0.21 0.20 0.15
O3' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03
O4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.12 0.10
O5' 0.01 0.05 0.07 0.03 0.14 0.02 0.17 0.01 0.13 0.07 0.08 0.17 0.03 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02
OP1 0.02 0.01 0.14 0.08 0.08 0.03 0.11 0.02 0.07 0.04 0.03 0.11 0.01 0.21 0.07 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01
OP2 0.06 0.06 0.08 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05 0.01 0.04 0.02 0.10 0.07 0.20 0.01 0.12 0.03 0.04 0.00 0.03
P 0.05 0.03 0.08 0.02 0.08 0.05 0.12 0.04 0.06 0.01 0.01 0.12 0.05 0.15 0.03 0.10 0.02 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.06 0.04 0.04 0.12 0.11 0.06 0.03 0.09 0.12 0.07 0.04 0.10 0.04 0.16 0.05 0.13 0.20 0.19 0.18 0.07 0.10 0.11
C2 0.16 0.07 0.06 0.06 0.13 0.16 0.06 0.08 0.08 0.12 0.07 0.06 0.11 0.04 0.16 0.06 0.15 0.23 0.16 0.16 0.06 0.07 0.10
C2' 0.17 0.08 0.04 0.04 0.15 0.10 0.09 0.02 0.13 0.16 0.10 0.04 0.12 0.09 0.18 0.07 0.13 0.20 0.24 0.22 0.10 0.17 0.16
C3' 0.17 0.10 0.04 0.04 0.16 0.10 0.10 0.02 0.14 0.16 0.12 0.06 0.14 0.10 0.19 0.07 0.13 0.20 0.24 0.24 0.09 0.16 0.16
C4 0.15 0.06 0.06 0.05 0.12 0.13 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.05 0.09 0.03 0.15 0.07 0.14 0.21 0.13 0.14 0.02 0.04 0.05
C4' 0.12 0.05 0.05 0.03 0.11 0.06 0.06 0.06 0.10 0.11 0.07 0.02 0.08 0.04 0.14 0.03 0.08 0.16 0.16 0.19 0.04 0.10 0.10
C5 0.18 0.09 0.06 0.05 0.16 0.12 0.09 0.03 0.12 0.15 0.09 0.06 0.12 0.07 0.19 0.11 0.16 0.22 0.18 0.20 0.01 0.09 0.09
C5' 0.05 0.03 0.11 0.11 0.05 0.05 0.02 0.15 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02 0.08 0.10 0.14 0.05 0.04 0.03
C6 0.17 0.08 0.04 0.04 0.15 0.10 0.08 0.04 0.12 0.14 0.09 0.06 0.12 0.06 0.17 0.08 0.14 0.21 0.19 0.20 0.02 0.09 0.10
N1 0.16 0.07 0.05 0.05 0.14 0.13 0.07 0.04 0.10 0.13 0.08 0.05 0.11 0.05 0.17 0.06 0.14 0.22 0.18 0.18 0.05 0.09 0.11
N3 0.14 0.06 0.07 0.05 0.11 0.15 0.05 0.08 0.06 0.10 0.06 0.05 0.09 0.05 0.13 0.07 0.13 0.21 0.12 0.13 0.04 0.04 0.06
N4 0.13 0.06 0.06 0.05 0.10 0.13 0.04 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.04 0.12 0.07 0.13 0.19 0.09 0.11 0.05 0.02 0.01
O2 0.19 0.09 0.07 0.10 0.16 0.20 0.08 0.15 0.11 0.16 0.09 0.08 0.13 0.07 0.19 0.07 0.18 0.27 0.20 0.19 0.13 0.12 0.15
O2' 0.11 0.03 0.03 0.01 0.08 0.06 0.04 0.04 0.06 0.12 0.03 0.05 0.06 0.05 0.13 0.03 0.09 0.14 0.23 0.16 0.11 0.18 0.16
O3' 0.18 0.11 0.05 0.05 0.17 0.12 0.11 0.04 0.15 0.17 0.13 0.08 0.15 0.11 0.20 0.06 0.14 0.22 0.24 0.25 0.12 0.18 0.18
O4' 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.04 0.06 0.14 0.12 0.15 0.03 0.05 0.05
O5' 0.03 0.06 0.14 0.14 0.03 0.09 0.04 0.21 0.01 0.02 0.03 0.09 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.10 0.10 0.02 0.02
OP1 0.02 0.08 0.10 0.11 0.02 0.08 0.07 0.22 0.03 0.01 0.06 0.12 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.05 0.08 0.01 0.02
OP2 0.03 0.17 0.13 0.13 0.08 0.12 0.14 0.26 0.11 0.07 0.15 0.21 0.12 0.15 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.10 0.04 0.05
P 0.02 0.12 0.13 0.14 0.05 0.11 0.09 0.23 0.05 0.03 0.10 0.16 0.08 0.10 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.08 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02
C2 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.15 0.03 0.19 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.17 0.03 0.04 0.09 0.01 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.22 0.05 0.15 0.14 0.17
C3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.02 0.17 0.06 0.10 0.06 0.10
C4 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.07 0.05 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01
C4' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.12 0.14 0.13 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02
C5 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05 0.06 0.01 0.05
C5' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.16 0.20 0.15 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.05
C6 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.04 0.03 0.06 0.08 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.02 0.03 0.04 0.01
C8 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.10 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02
N1 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.12 0.01 0.16 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02 0.13 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04
N2 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.14 0.05 0.20 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.21 0.04 0.16 0.04 0.02 0.08 0.02 0.05
N3 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00 0.13 0.05 0.15 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.11 0.01 0.16 0.03 0.08 0.06 0.02 0.04
N7 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.06 0.00 0.05
N9 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01
O2' 0.04 0.11 0.01 0.08 0.09 0.07 0.00 0.03 0.04 0.10 0.07 0.21 0.11 0.10 0.01 0.00 0.15 0.05 0.25 0.03 0.20 0.27 0.23
O3' 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.05 0.10 0.08 0.06 0.05 0.06
O4' 0.00 0.17 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.13 0.16 0.16 0.05 0.00 0.05 0.05 0.00 0.13 0.00 0.07 0.11 0.08
O5' 0.01 0.03 0.22 0.17 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.06 0.25 0.10 0.13 0.00 0.18 0.05 0.00 0.00
O6 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.03 0.08 0.00 0.18 0.00 0.07 0.13 0.09
OP1 0.02 0.09 0.15 0.10 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.07 0.08 0.06 0.06 0.01 0.20 0.06 0.07 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.01 0.14 0.06 0.05 0.06 0.01 0.13 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.27 0.05 0.11 0.00 0.13 0.02 0.00 0.02
P 0.02 0.05 0.17 0.10 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.23 0.06 0.08 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00