ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49763

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.004, 0.045, 0.086, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.041
O3' B 0, 0.037, 0.144, 0.252, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.144 std_dev=0.108
C6 B 0, 0.042, 0.152, 0.262, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.152 std_dev=0.110
C2 B 0, 0.047, 0.165, 0.282, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.165 std_dev=0.117
O6 B 0, 0.045, 0.165, 0.285, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.165 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.042, 0.168, 0.294, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.168 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.048, 0.174, 0.300, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.174 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.033, 0.166, 0.299, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.166 std_dev=0.133
O2' A 0, -0.002, 0.135, 0.272, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.135 std_dev=0.137
C4' A 0, -0.011, 0.128, 0.266, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.128 std_dev=0.139
N2 B 0, 0.057, 0.200, 0.342, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.200 std_dev=0.142
C4 B 0, 0.029, 0.177, 0.326, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.177 std_dev=0.149
C3' A 0, -0.014, 0.138, 0.289, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.138 std_dev=0.151
O5' A 0, -0.014, 0.150, 0.314, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.150 std_dev=0.164
C5' A 0, -0.026, 0.147, 0.320, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.147 std_dev=0.173
N7 B 0, 0.019, 0.194, 0.370, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.194 std_dev=0.176
OP2 B 0, -0.004, 0.181, 0.365, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.181 std_dev=0.184
O3' A 0, -0.011, 0.184, 0.380, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.184 std_dev=0.196
P B 0, -0.003, 0.195, 0.393, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.195 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.013, 0.216, 0.419, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.216 std_dev=0.203
N9 B 0, 0.007, 0.213, 0.419, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.213 std_dev=0.206
C8 B 0, -0.005, 0.225, 0.454, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.225 std_dev=0.230
P A 0, -0.013, 0.217, 0.448, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.217 std_dev=0.231
C3' B 0, -0.003, 0.239, 0.480, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.239 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.002, 0.248, 0.494, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.248 std_dev=0.246
O5' B 0, -0.007, 0.272, 0.551, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.272 std_dev=0.279
OP1 A 0, -0.007, 0.273, 0.553, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.273 std_dev=0.280
C2' B 0, -0.012, 0.294, 0.601, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.294 std_dev=0.306
OP1 B 0, -0.025, 0.283, 0.591, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.283 std_dev=0.308
C4' B 0, -0.032, 0.287, 0.605, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.287 std_dev=0.318
OP2 A 0, -0.071, 0.303, 0.677, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.303 std_dev=0.374
O2' B 0, -0.039, 0.410, 0.860, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.410 std_dev=0.450
C5' B 0, -0.098, 0.375, 0.849, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.375 std_dev=0.474

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.09 0.18 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.02 0.02 0.14 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.21 0.11
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.08
C4 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.08 0.07 0.05 0.03
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02
C5 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.01 0.09 0.08 0.03 0.05
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.09 0.05 0.08 0.12 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01
N1 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.05 0.03 0.10 0.01
N4 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.10 0.10 0.02 0.06
O2 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01 0.04 0.17 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.07 0.05 0.02 0.06 0.17 0.06
O3' 0.04 0.10 0.05 0.01 0.14 0.02 0.14 0.01 0.12 0.09 0.12 0.15 0.09 0.07 0.00 0.03 0.01 0.09 0.14 0.06
O4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.08 0.08 0.13 0.07
O5' 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.10 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.02 0.10 0.09 0.07 0.04 0.08 0.03 0.03 0.03 0.03 0.10 0.04 0.06 0.09 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.14 0.21 0.15 0.05 0.07 0.03 0.01 0.09 0.15 0.10 0.02 0.17 0.17 0.14 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.04 0.11 0.08 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.02 0.23 0.21 0.11 0.24 0.06 0.26 0.02 0.18 0.03 0.01 0.09 0.11 0.18 0.33 0.07 0.20 0.23 0.07 0.21 0.16 0.19
C2 0.22 0.03 0.23 0.21 0.11 0.25 0.06 0.28 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.09 0.17 0.32 0.07 0.20 0.24 0.05 0.23 0.15 0.19
C2' 0.20 0.01 0.21 0.18 0.09 0.22 0.04 0.27 0.03 0.15 0.04 0.02 0.07 0.07 0.15 0.32 0.05 0.17 0.22 0.09 0.15 0.11 0.15
C3' 0.12 0.04 0.12 0.09 0.03 0.11 0.02 0.14 0.08 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.08 0.23 0.03 0.09 0.10 0.14 0.02 0.00 0.03
C4 0.19 0.04 0.17 0.17 0.10 0.16 0.06 0.16 0.01 0.17 0.01 0.03 0.09 0.09 0.16 0.22 0.05 0.18 0.17 0.04 0.22 0.17 0.18
C4' 0.17 0.00 0.17 0.14 0.08 0.15 0.03 0.15 0.04 0.13 0.05 0.02 0.07 0.06 0.13 0.27 0.01 0.13 0.12 0.10 0.06 0.04 0.06
C5 0.20 0.05 0.16 0.17 0.12 0.15 0.08 0.13 0.02 0.19 0.01 0.03 0.10 0.12 0.17 0.22 0.05 0.17 0.14 0.04 0.18 0.17 0.16
C5' 0.13 0.03 0.11 0.09 0.05 0.09 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08 0.05 0.03 0.04 0.10 0.21 0.03 0.10 0.06 0.14 0.02 0.02 0.02
C6 0.21 0.04 0.19 0.18 0.12 0.18 0.08 0.17 0.01 0.19 0.01 0.02 0.10 0.12 0.18 0.26 0.06 0.19 0.17 0.05 0.18 0.17 0.17
N1 0.22 0.03 0.22 0.20 0.11 0.22 0.07 0.23 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.11 0.18 0.30 0.06 0.19 0.21 0.06 0.21 0.16 0.18
N3 0.21 0.04 0.21 0.20 0.10 0.22 0.05 0.25 0.00 0.15 0.01 0.03 0.09 0.08 0.16 0.28 0.06 0.20 0.23 0.05 0.24 0.15 0.19
N4 0.15 0.04 0.12 0.14 0.08 0.10 0.04 0.10 0.00 0.13 0.01 0.03 0.07 0.06 0.12 0.15 0.04 0.14 0.13 0.04 0.23 0.18 0.18
O2 0.23 0.04 0.26 0.22 0.11 0.28 0.06 0.33 0.00 0.16 0.01 0.03 0.10 0.09 0.17 0.37 0.09 0.21 0.27 0.05 0.25 0.14 0.20
O2' 0.29 0.08 0.32 0.28 0.17 0.33 0.11 0.37 0.03 0.22 0.03 0.07 0.16 0.14 0.23 0.45 0.16 0.26 0.30 0.04 0.22 0.15 0.21
O3' 0.10 0.05 0.10 0.06 0.01 0.09 0.03 0.13 0.10 0.06 0.09 0.06 0.01 0.02 0.06 0.22 0.06 0.06 0.08 0.15 0.03 0.05 0.01
O4' 0.24 0.04 0.23 0.21 0.13 0.22 0.08 0.22 0.00 0.20 0.01 0.02 0.11 0.13 0.19 0.32 0.07 0.20 0.20 0.06 0.18 0.16 0.17
O5' 0.13 0.02 0.10 0.09 0.05 0.07 0.01 0.05 0.06 0.10 0.06 0.03 0.04 0.04 0.10 0.18 0.02 0.10 0.05 0.12 0.03 0.02 0.02
OP1 0.11 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.10 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.07 0.15 0.03 0.08 0.03 0.16 0.11 0.03 0.03
OP2 0.16 0.04 0.10 0.14 0.03 0.12 0.03 0.10 0.12 0.09 0.11 0.05 0.03 0.01 0.10 0.17 0.07 0.16 0.11 0.20 0.01 0.13 0.09
P 0.13 0.04 0.09 0.10 0.04 0.08 0.01 0.06 0.09 0.09 0.09 0.05 0.03 0.02 0.09 0.16 0.01 0.12 0.07 0.15 0.03 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.25 0.11 0.10
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.31 0.14 0.13
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.12 0.02 0.07 0.07 0.14 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.16 0.03 0.02
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.10 0.14 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.23 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.27 0.14 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.02 0.08 0.05 0.09 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.24 0.13 0.09
C5' 0.06 0.09 0.12 0.02 0.14 0.00 0.20 0.00 0.19 0.23 0.14 0.06 0.08 0.25 0.14 0.05 0.11 0.01 0.01 0.23 0.03 0.02 0.03
C6 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.24 0.13 0.09
C8 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.03 0.10 0.01 0.19 0.13 0.06
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.29 0.14 0.12
N2 0.02 0.00 0.14 0.14 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.33 0.15 0.15
N3 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.31 0.15 0.13
N7 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.03 0.12 0.01 0.18 0.12 0.06
N9 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.25 0.13 0.10
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.16 0.07 0.05
O3' 0.10 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.02 0.09 0.05 0.10 0.03 0.06 0.06 0.02 0.00 0.10 0.03 0.01 0.22 0.01 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.24 0.10 0.11
O5' 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.09 0.10 0.05 0.01 0.02 0.12 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01
O6 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.12 0.00 0.20 0.11 0.06
OP1 0.25 0.31 0.16 0.23 0.27 0.09 0.24 0.03 0.24 0.19 0.29 0.33 0.31 0.18 0.25 0.16 0.22 0.24 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.03 0.06 0.14 0.03 0.13 0.02 0.13 0.13 0.14 0.15 0.15 0.12 0.13 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.13 0.02 0.07 0.11 0.02 0.09 0.03 0.09 0.06 0.12 0.15 0.13 0.06 0.10 0.05 0.05 0.11 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00