ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49764

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 B 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O5' B 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C5' B 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O2' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4 B 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C4' B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C5 B 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C1' B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O3' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
P B 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O4' B 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N7 B 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C8 B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
OP2 B 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C5' A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C3' B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
OP1 B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C2' B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C6 B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O3' B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
OP2 A 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
N3 B 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O6 B 0, 0.000, 0.108, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.108 std_dev=0.108
P A 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
N1 B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
OP1 A 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
N2 B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.04
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
N3 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
O2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
O5' 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04
C2 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05
C2' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.05
C3' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.07 0.06
C4 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.08 0.07 0.06
C5 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5' 0.03 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.11 0.07 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
C6 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
N1 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.05
N3 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04
N4 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
O2 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05
O2' 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04
O3' 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.07 0.06
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.08 0.04 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.03 0.08 0.07 0.06
O5' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.05 0.05
OP1 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05
OP2 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.06 0.06
P 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03
C5' 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05
C8 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04
N2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03
N7 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06
O5' 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06
OP1 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00