ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49765

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O3' A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
P A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.332 std_dev=0.332
OP2 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
O6 B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
P B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
N7 B 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
OP1 B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
O5' B 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C6 B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C5 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C8 B 0, 0.000, 0.611, 1.222, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.611 std_dev=0.611
O3' B 0, 0.000, 0.671, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.671 std_dev=0.671
C3' B 0, 0.000, 0.689, 1.379, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.689 std_dev=0.689
C5' B 0, 0.000, 0.693, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.693 std_dev=0.693
C4 B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
N1 B 0, 0.000, 0.703, 1.406, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.703 std_dev=0.703
N9 B 0, 0.000, 0.715, 1.431, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.715 std_dev=0.715
C4' B 0, 0.000, 0.747, 1.494, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.747 std_dev=0.747
C2' B 0, 0.000, 0.785, 1.570, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.785 std_dev=0.785
O4' B 0, 0.000, 0.805, 1.609, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.805 std_dev=0.805
C1' B 0, 0.000, 0.806, 1.612, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.806 std_dev=0.806
C2 B 0, 0.000, 0.813, 1.626, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.813 std_dev=0.813
N3 B 0, 0.000, 0.823, 1.646, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.823 std_dev=0.823
O2' B 0, 0.000, 0.883, 1.765, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.883 std_dev=0.883
N2 B 0, 0.000, 0.926, 1.852, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.926 std_dev=0.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.07 0.02 0.15 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.04 0.15 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.05 0.01 0.12 0.06
N4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.07 0.04 0.17 0.11
O2 0.03 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.02 0.05
O3' 0.04 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.05 0.13 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.05
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.07 0.01 0.01 0.15 0.02 0.15 0.01 0.09 0.05 0.12 0.17 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.11 0.14 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03 0.09 0.01 0.07 0.08 0.07
C2 0.05 0.13 0.02 0.07 0.12 0.03 0.13 0.05 0.15 0.09 0.14 0.13 0.12 0.12 0.09 0.03 0.12 0.05 0.04 0.13 0.06 0.06 0.05
C2' 0.06 0.04 0.14 0.16 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.14 0.21 0.05 0.10 0.01 0.07 0.08 0.07
C3' 0.06 0.04 0.12 0.16 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.13 0.20 0.05 0.10 0.00 0.08 0.09 0.08
C4 0.03 0.17 0.08 0.15 0.11 0.14 0.14 0.18 0.20 0.00 0.20 0.18 0.13 0.08 0.03 0.10 0.19 0.07 0.18 0.21 0.20 0.22 0.19
C4' 0.06 0.07 0.12 0.15 0.04 0.11 0.03 0.12 0.04 0.03 0.07 0.08 0.06 0.02 0.04 0.12 0.19 0.05 0.10 0.04 0.07 0.09 0.08
C5 0.12 0.05 0.17 0.22 0.02 0.21 0.01 0.23 0.09 0.11 0.08 0.06 0.00 0.05 0.08 0.17 0.25 0.15 0.21 0.13 0.21 0.21 0.20
C5' 0.04 0.06 0.10 0.13 0.03 0.09 0.02 0.10 0.03 0.02 0.06 0.07 0.05 0.01 0.03 0.09 0.16 0.04 0.08 0.02 0.05 0.07 0.06
C6 0.10 0.01 0.16 0.20 0.04 0.17 0.02 0.18 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.16 0.23 0.11 0.17 0.05 0.15 0.16 0.15
N1 0.03 0.03 0.10 0.14 0.03 0.10 0.04 0.11 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.10 0.19 0.03 0.10 0.06 0.09 0.11 0.09
N3 0.06 0.19 0.01 0.07 0.16 0.05 0.18 0.08 0.21 0.10 0.21 0.20 0.17 0.15 0.11 0.03 0.12 0.04 0.07 0.19 0.13 0.13 0.10
N4 0.03 0.26 0.08 0.17 0.16 0.18 0.21 0.23 0.28 0.00 0.29 0.27 0.20 0.11 0.04 0.10 0.21 0.10 0.24 0.27 0.27 0.27 0.26
O2 0.12 0.16 0.04 0.00 0.17 0.05 0.17 0.04 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.15 0.03 0.06 0.13 0.04 0.14 0.03 0.04 0.05
O2' 0.07 0.04 0.15 0.18 0.03 0.12 0.01 0.10 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.17 0.23 0.05 0.10 0.01 0.07 0.08 0.08
O3' 0.07 0.05 0.14 0.18 0.04 0.13 0.03 0.14 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.15 0.23 0.07 0.13 0.02 0.11 0.12 0.12
O4' 0.06 0.08 0.13 0.17 0.05 0.12 0.05 0.13 0.05 0.04 0.08 0.09 0.07 0.04 0.05 0.13 0.21 0.06 0.11 0.06 0.07 0.10 0.09
O5' 0.10 0.10 0.15 0.17 0.08 0.14 0.06 0.14 0.06 0.08 0.09 0.11 0.10 0.06 0.08 0.15 0.19 0.10 0.12 0.04 0.09 0.10 0.09
OP1 0.17 0.14 0.22 0.24 0.13 0.20 0.10 0.20 0.08 0.13 0.11 0.14 0.15 0.10 0.14 0.23 0.27 0.16 0.18 0.03 0.15 0.16 0.15
OP2 0.09 0.10 0.12 0.14 0.08 0.12 0.05 0.11 0.04 0.07 0.08 0.11 0.10 0.05 0.08 0.12 0.14 0.09 0.08 0.00 0.06 0.06 0.06
P 0.11 0.10 0.15 0.17 0.08 0.14 0.06 0.14 0.05 0.08 0.09 0.11 0.10 0.06 0.09 0.15 0.19 0.10 0.12 0.01 0.09 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.15 0.02 0.09 0.02 0.09 0.09 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.13 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.07 0.14 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.09
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06
N1 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07
N2 0.04 0.00 0.13 0.14 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.19 0.03 0.11 0.01 0.10 0.09 0.10
N3 0.04 0.00 0.11 0.11 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.02 0.10 0.02 0.10 0.09 0.11
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05 0.08
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.09 0.15 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02
O3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.10 0.19 0.14 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.04 0.07
O5' 0.03 0.09 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.10 0.00 0.05 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.09 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.07 0.10 0.10 0.04 0.08 0.02 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.09 0.03 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.09 0.04 0.05 0.05 0.11 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.00 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.07 0.10 0.11 0.04 0.08 0.02 0.09 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00