ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49766

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
OP1 B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C2' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
P B 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C4' A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O4' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
O2' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O3' A 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
P A 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C5' A 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
OP1 A 0, 0.000, 0.435, 0.869, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.435 std_dev=0.435
N2 B 0, 0.000, 0.459, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C2 B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C4' B 0, 0.000, 0.578, 1.157, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.578 std_dev=0.578
O4' B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
N3 B 0, 0.000, 0.630, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O5' B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
C3' B 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O5' A 0, 0.000, 0.650, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.650 std_dev=0.650
N1 B 0, 0.000, 0.706, 1.411, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.706 std_dev=0.706
C4 B 0, 0.000, 0.712, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.712 std_dev=0.712
OP2 B 0, 0.000, 0.767, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.767 std_dev=0.767
C5 B 0, 0.000, 0.789, 1.578, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.789 std_dev=0.789
N9 B 0, 0.000, 0.813, 1.625, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.813 std_dev=0.813
C6 B 0, 0.000, 0.844, 1.688, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.844 std_dev=0.844
OP2 A 0, 0.000, 0.858, 1.716, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.858 std_dev=0.858
C8 B 0, 0.000, 0.868, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.868 std_dev=0.868
N7 B 0, 0.000, 0.886, 1.772, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.886 std_dev=0.886
O3' B 0, 0.000, 0.909, 1.817, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.909 std_dev=0.909
C1' B 0, 0.000, 0.935, 1.870, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.935 std_dev=0.935
O6 B 0, 0.000, 1.041, 2.083, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.041 std_dev=1.041
C2' B 0, 0.000, 1.252, 2.504, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.252 std_dev=1.252
O2' B 0, 0.000, 1.895, 3.790, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.895 std_dev=1.895

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.01 0.48 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.25 0.02 0.38 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.20 0.04 0.47 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.41 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.35 0.02 0.19 0.04
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.47 0.08
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.37 0.02 0.17 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.34 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.34 0.02 0.30 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.26 0.02 0.40 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.30 0.02 0.29 0.01
N4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.37 0.02 0.11 0.06
O2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.09 0.02 0.19 0.02 0.43 0.05
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.06 0.10 0.00 0.00 0.04 0.10 0.07 0.47 0.05
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.10 0.13 0.40 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.05 0.54 0.14
O5' 0.14 0.25 0.20 0.22 0.35 0.00 0.37 0.00 0.34 0.26 0.30 0.37 0.19 0.10 0.10 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.01 0.02 0.04 0.11 0.02 0.04 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.13 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.48 0.38 0.47 0.41 0.19 0.47 0.17 0.34 0.30 0.40 0.29 0.11 0.43 0.47 0.40 0.54 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.03 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.05 0.28 0.22 0.06 0.35 0.01 0.17 0.11 0.14 0.12 0.07 0.05 0.04 0.17 0.64 0.46 0.34 0.20 0.17 0.09 0.14 0.05
C2 0.25 0.06 0.20 0.18 0.05 0.33 0.00 0.19 0.07 0.14 0.10 0.09 0.02 0.05 0.14 0.51 0.42 0.31 0.17 0.11 0.08 0.12 0.04
C2' 0.22 0.10 0.16 0.13 0.02 0.28 0.10 0.13 0.19 0.02 0.18 0.10 0.01 0.08 0.07 0.51 0.37 0.27 0.25 0.26 0.02 0.15 0.00
C3' 0.30 0.07 0.25 0.20 0.02 0.33 0.09 0.15 0.20 0.05 0.18 0.06 0.04 0.08 0.12 0.63 0.44 0.33 0.26 0.30 0.04 0.15 0.01
C4 0.34 0.00 0.32 0.24 0.13 0.35 0.09 0.14 0.01 0.24 0.03 0.05 0.08 0.16 0.23 0.65 0.44 0.36 0.25 0.02 0.08 0.03 0.00
C4' 0.34 0.08 0.33 0.25 0.04 0.36 0.07 0.15 0.19 0.10 0.19 0.10 0.04 0.03 0.16 0.73 0.50 0.34 0.26 0.28 0.06 0.11 0.01
C5 0.41 0.01 0.41 0.28 0.15 0.36 0.10 0.10 0.00 0.26 0.04 0.03 0.11 0.16 0.27 0.78 0.47 0.39 0.29 0.05 0.08 0.03 0.01
C5' 0.42 0.04 0.44 0.34 0.09 0.42 0.04 0.18 0.18 0.15 0.17 0.05 0.10 0.00 0.22 0.87 0.58 0.41 0.25 0.29 0.10 0.11 0.03
C6 0.39 0.01 0.38 0.27 0.13 0.36 0.06 0.12 0.04 0.22 0.07 0.04 0.10 0.11 0.24 0.75 0.48 0.38 0.27 0.10 0.09 0.03 0.01
N1 0.32 0.04 0.29 0.23 0.08 0.35 0.02 0.16 0.08 0.17 0.10 0.07 0.05 0.07 0.19 0.64 0.45 0.34 0.22 0.13 0.09 0.10 0.03
N3 0.26 0.04 0.21 0.19 0.07 0.33 0.04 0.19 0.03 0.17 0.07 0.08 0.02 0.10 0.16 0.51 0.41 0.31 0.17 0.06 0.08 0.06 0.03
N4 0.37 0.02 0.35 0.26 0.16 0.36 0.15 0.11 0.07 0.30 0.01 0.03 0.10 0.22 0.28 0.66 0.43 0.38 0.26 0.05 0.06 0.12 0.03
O2 0.18 0.08 0.11 0.14 0.00 0.30 0.04 0.21 0.10 0.08 0.12 0.11 0.02 0.01 0.09 0.41 0.38 0.27 0.11 0.14 0.07 0.19 0.06
O2' 0.15 0.12 0.07 0.07 0.05 0.24 0.13 0.12 0.20 0.02 0.19 0.12 0.05 0.11 0.03 0.41 0.32 0.23 0.23 0.26 0.02 0.15 0.01
O3' 0.26 0.07 0.20 0.17 0.00 0.31 0.11 0.14 0.21 0.02 0.18 0.05 0.03 0.10 0.09 0.57 0.40 0.31 0.25 0.30 0.02 0.17 0.01
O4' 0.34 0.09 0.35 0.27 0.05 0.36 0.05 0.15 0.17 0.14 0.18 0.12 0.03 0.01 0.18 0.74 0.52 0.34 0.24 0.24 0.09 0.10 0.02
O5' 0.85 0.45 0.85 0.68 0.57 0.75 0.45 0.47 0.34 0.61 0.34 0.43 0.57 0.48 0.68 1.27 0.87 0.80 0.08 0.24 0.42 0.42 0.38
OP1 0.43 0.10 0.50 0.31 0.06 0.33 0.07 0.03 0.23 0.15 0.23 0.12 0.06 0.02 0.21 0.96 0.52 0.34 0.39 0.34 0.04 0.04 0.06
OP2 0.48 0.04 0.54 0.32 0.14 0.35 0.02 0.01 0.15 0.15 0.11 0.06 0.18 0.01 0.26 1.03 0.54 0.38 0.47 0.27 0.16 0.21 0.21
P 0.55 0.08 0.61 0.42 0.22 0.45 0.09 0.14 0.05 0.29 0.04 0.06 0.22 0.14 0.36 1.07 0.63 0.48 0.27 0.15 0.10 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.66 0.20
C2 0.02 0.00 0.09 0.03 0.00 0.17 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.18 0.24 0.01 0.09 0.32 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.10 0.08 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.15 0.91 0.34
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.16 0.24 0.09 0.03 0.01 0.24 0.14 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.05 0.74 0.21
C4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.07 0.01 0.04 0.35 0.13
C4' 0.01 0.17 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.20 0.10 0.25 0.17 0.16 0.06 0.13 0.04 0.00 0.01 0.04 0.14 0.52 0.07
C5 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.13 0.03
C5' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.02 0.26 0.11 0.29 0.19 0.23 0.07 0.11 0.13 0.02 0.01 0.08 0.20 0.28 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C8 0.00 0.00 0.03 0.24 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.19 0.10 0.29 0.01 0.06 0.23 0.01
N1 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.13 0.15 0.00 0.06 0.16 0.09
N2 0.02 0.00 0.10 0.03 0.00 0.25 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.20 0.22 0.33 0.01 0.12 0.37 0.21
N3 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.17 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.19 0.23 0.01 0.09 0.43 0.20
N7 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.19 0.06 0.26 0.01 0.06 0.02 0.06
N9 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.44 0.13
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.11 0.11 0.09 0.15 0.05 0.03 0.00 0.15 0.08 0.00 0.09 0.10 0.08 0.11 0.02 0.86 0.23
O3' 0.06 0.12 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.13 0.06 0.19 0.04 0.20 0.13 0.19 0.05 0.09 0.00 0.00 0.25 0.11 0.15 0.61 0.06
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.13 0.22 0.19 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.11 0.04 0.11 0.49 0.10
O5' 0.05 0.24 0.01 0.14 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.29 0.15 0.33 0.23 0.26 0.05 0.08 0.25 0.11 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01
O6 0.00 0.01 0.05 0.19 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.04 0.06 0.00 0.02 0.12 0.05
OP1 0.02 0.09 0.15 0.05 0.04 0.14 0.00 0.20 0.01 0.06 0.06 0.12 0.09 0.06 0.01 0.02 0.15 0.11 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.66 0.32 0.91 0.74 0.35 0.52 0.13 0.28 0.04 0.23 0.16 0.37 0.43 0.02 0.44 0.86 0.61 0.49 0.02 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.17 0.34 0.21 0.13 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.21 0.20 0.06 0.13 0.23 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00