ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49773

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 6, 8, 4, 2, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.079, 0.131, 0.183, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.131 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.058, 0.111, 0.163, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.111 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.126, 0.214, 0.303, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.214 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.102, 0.191, 0.281, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.191 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.099, 0.193, 0.287, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.193 std_dev=0.094
O3' A 0, 0.173, 0.313, 0.453, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.313 std_dev=0.140
C5' B 0, 0.119, 0.268, 0.416, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.268 std_dev=0.149
C4' B 0, 0.140, 0.298, 0.457, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.298 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.158, 0.323, 0.487, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.323 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.145, 0.315, 0.486, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.315 std_dev=0.170
O4' B 0, 0.160, 0.331, 0.502, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.331 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.254, 0.432, 0.611, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.432 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.135, 0.330, 0.525, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.330 std_dev=0.195
C3' B 0, 0.162, 0.358, 0.555, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.358 std_dev=0.197
P A 0, 0.207, 0.407, 0.608, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.407 std_dev=0.200
O3' B 0, 0.137, 0.343, 0.548, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.343 std_dev=0.206
P B 0, 0.162, 0.370, 0.578, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.370 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.189, 0.398, 0.607, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.398 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.179, 0.403, 0.626, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.403 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.170, 0.395, 0.619, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.395 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.172, 0.399, 0.627, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.399 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.224, 0.460, 0.697, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.460 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.221, 0.463, 0.706, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.463 std_dev=0.243
OP1 B 0, 0.258, 0.508, 0.758, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.508 std_dev=0.250
OP2 A 0, 0.152, 0.414, 0.675, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.414 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.267, 0.538, 0.808, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.538 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.267, 0.538, 0.809, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.538 std_dev=0.271
O2 B 0, 0.263, 0.548, 0.833, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.548 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.315, 0.611, 0.908, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.611 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.310, 0.610, 0.909, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.610 std_dev=0.299
N4 B 0, 0.364, 0.696, 1.029, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.696 std_dev=0.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.08 0.06 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.13 0.09 0.13 0.10
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.14 0.11 0.15 0.12
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.13 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.12 0.09 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.11 0.08 0.09 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.14 0.11 0.16 0.12
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.04 0.09 0.11 0.06 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.04 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
O5' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.11 0.14 0.09 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.02 0.11 0.02 0.09 0.05 0.08 0.11 0.11 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.03 0.04 0.13 0.02 0.15 0.03 0.12 0.06 0.09 0.16 0.06 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.01 0.10 0.05 0.08 0.12 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08
C2 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08
C2' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08
C3' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06
C4 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.14 0.10 0.12 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12
C4' 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06
C5 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.14 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12
C5' 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07
C6 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10
N1 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08
N3 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09
N4 0.12 0.14 0.13 0.14 0.17 0.13 0.17 0.15 0.16 0.14 0.15 0.18 0.13 0.13 0.15 0.12 0.16 0.16 0.17 0.17
O2 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.14 0.10 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09
O2' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.12
O3' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07
O4' 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07
O5' 0.12 0.12 0.10 0.09 0.13 0.10 0.14 0.10 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.12 0.10
OP1 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.10 0.08 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09
OP2 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
P 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10 0.05 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.11 0.09 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.11 0.09 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.09 0.08 0.07
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.12 0.11 0.10
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.05 0.04 0.11 0.03 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09 0.12 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.03 0.03 0.09 0.03 0.09 0.02 0.07 0.05 0.08 0.11 0.05 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.10 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00