ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 2, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.022, 0.037, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.019, 0.039, 0.060, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.021, 0.041, 0.062, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.068, 0.117, 0.166, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.117 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.051, 0.103, 0.154, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.064, 0.275, 0.487, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.275 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.054, 0.289, 0.524, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.289 std_dev=0.235
C4' A 0, 0.076, 0.368, 0.660, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.368 std_dev=0.292
P B 0, 0.419, 0.748, 1.077, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.748 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.394, 0.741, 1.088, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.741 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.321, 0.679, 1.037, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.679 std_dev=0.358
C5' B 0, 0.356, 0.760, 1.165, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.760 std_dev=0.405
C5' A 0, 0.182, 0.589, 0.995, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.589 std_dev=0.406
OP2 B 0, 0.377, 0.785, 1.193, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.785 std_dev=0.408
O2' A 0, 0.184, 0.627, 1.070, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.627 std_dev=0.443
C3' A 0, -0.117, 0.336, 0.788, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.336 std_dev=0.452
C3' B 0, 0.209, 0.737, 1.265, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.737 std_dev=0.528
C4' B 0, 0.271, 0.820, 1.369, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.820 std_dev=0.549
O3' B 0, 0.176, 0.759, 1.342, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.759 std_dev=0.583
O4' B 0, 0.336, 0.999, 1.662, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.999 std_dev=0.663
C2' B 0, 0.273, 0.943, 1.612, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.943 std_dev=0.670
C6 B 0, 0.383, 1.054, 1.724, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.054 std_dev=0.671
N1 B 0, 0.315, 1.045, 1.775, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.045 std_dev=0.730
C1' B 0, 0.321, 1.052, 1.783, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.052 std_dev=0.731
C5 B 0, 0.363, 1.115, 1.868, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.115 std_dev=0.753
O5' A 0, 0.213, 0.990, 1.767, 3.204 max_d=3.204 avg_d=0.990 std_dev=0.777
O2' B 0, 0.283, 1.114, 1.945, 3.287 max_d=3.287 avg_d=1.114 std_dev=0.831
C4 B 0, 0.278, 1.132, 1.987, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.132 std_dev=0.854
O3' A 0, -0.411, 0.452, 1.315, 3.529 max_d=3.529 avg_d=0.452 std_dev=0.863
C2 B 0, 0.252, 1.122, 1.992, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.122 std_dev=0.870
N3 B 0, 0.238, 1.152, 2.065, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.152 std_dev=0.913
OP2 A 0, 0.186, 1.116, 2.047, 3.497 max_d=3.497 avg_d=1.116 std_dev=0.931
N4 B 0, 0.283, 1.234, 2.185, 3.477 max_d=3.477 avg_d=1.234 std_dev=0.951
O2 B 0, 0.226, 1.218, 2.209, 3.761 max_d=3.761 avg_d=1.218 std_dev=0.991
P A 0, 0.077, 1.078, 2.078, 3.892 max_d=3.892 avg_d=1.078 std_dev=1.000
OP1 A 0, -0.109, 1.490, 3.090, 6.767 max_d=6.767 avg_d=1.490 std_dev=1.600

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.23 0.01 0.23 0.40 0.33 0.19
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.16 0.06 0.46 0.83 0.36 0.45
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.18 0.14 0.02 0.06 0.06 0.21 0.01 0.03 0.01 0.23 0.31 0.52 0.24
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.24 0.01 0.27 0.03 0.24 0.14 0.18 0.26 0.12 0.02 0.01 0.01 0.20 0.28 0.32 0.15
C4 0.03 0.02 0.05 0.24 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.22 0.11 0.04 0.67 1.29 0.54 0.76
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.12 0.06 0.07 0.12 0.08 0.17 0.02 0.01 0.02 0.18 0.24 0.05
C5 0.04 0.01 0.12 0.27 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.22 0.15 0.07 0.71 1.34 0.62 0.81
C5' 0.08 0.08 0.18 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.20 0.11 0.12 0.21 0.08 0.09 0.14 0.02 0.01 0.11 0.23 0.02
C6 0.03 0.02 0.14 0.24 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.19 0.12 0.07 0.61 1.05 0.54 0.64
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.11 0.01 0.45 0.77 0.39 0.43
N3 0.03 0.01 0.06 0.18 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.23 0.11 0.05 0.57 1.07 0.43 0.60
N4 0.03 0.02 0.06 0.26 0.00 0.12 0.03 0.21 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.24 0.13 0.05 0.72 1.45 0.60 0.85
O2 0.07 0.01 0.21 0.12 0.03 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.32 0.29 0.12 0.37 0.65 0.29 0.32
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.22 0.17 0.22 0.09 0.19 0.13 0.23 0.24 0.32 0.00 0.08 0.14 0.26 0.36 0.54 0.26
O3' 0.23 0.16 0.03 0.01 0.11 0.02 0.15 0.14 0.12 0.11 0.11 0.13 0.29 0.08 0.00 0.18 0.21 0.28 0.27 0.19
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.05 0.05 0.12 0.14 0.18 0.00 0.17 0.33 0.25 0.15
O5' 0.23 0.46 0.23 0.20 0.67 0.02 0.71 0.01 0.61 0.45 0.57 0.72 0.37 0.26 0.21 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.40 0.83 0.31 0.28 1.29 0.18 1.34 0.11 1.05 0.77 1.07 1.45 0.65 0.36 0.28 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.36 0.52 0.32 0.54 0.24 0.62 0.23 0.54 0.39 0.43 0.60 0.29 0.54 0.27 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.45 0.24 0.15 0.76 0.05 0.81 0.02 0.64 0.43 0.60 0.85 0.32 0.26 0.19 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.29 0.26 0.25 0.38 0.25 0.44 0.21 0.41 0.34 0.31 0.39 0.25 0.26 0.23 0.28 0.26 0.15 0.12 0.16
C2 0.30 0.32 0.26 0.25 0.38 0.26 0.45 0.23 0.41 0.34 0.33 0.37 0.29 0.25 0.22 0.30 0.26 0.16 0.14 0.17
C2' 0.30 0.33 0.23 0.22 0.49 0.24 0.54 0.21 0.47 0.37 0.38 0.54 0.27 0.21 0.16 0.29 0.29 0.16 0.18 0.20
C3' 0.30 0.24 0.26 0.31 0.35 0.32 0.46 0.33 0.44 0.33 0.25 0.36 0.19 0.24 0.30 0.32 0.39 0.36 0.32 0.35
C4 0.16 0.11 0.17 0.18 0.14 0.17 0.26 0.16 0.26 0.15 0.09 0.15 0.14 0.18 0.18 0.17 0.25 0.16 0.12 0.15
C4' 0.19 0.17 0.16 0.19 0.24 0.19 0.32 0.19 0.31 0.22 0.18 0.25 0.16 0.16 0.19 0.19 0.26 0.21 0.17 0.20
C5 0.23 0.19 0.24 0.22 0.21 0.21 0.32 0.19 0.32 0.23 0.17 0.20 0.20 0.25 0.21 0.22 0.30 0.19 0.13 0.18
C5' 0.21 0.24 0.19 0.20 0.24 0.20 0.30 0.20 0.29 0.23 0.24 0.24 0.28 0.20 0.20 0.20 0.25 0.21 0.19 0.21
C6 0.24 0.19 0.23 0.22 0.27 0.22 0.37 0.20 0.36 0.26 0.19 0.26 0.16 0.23 0.21 0.23 0.29 0.18 0.12 0.18
N1 0.25 0.23 0.22 0.23 0.32 0.23 0.40 0.20 0.38 0.29 0.24 0.31 0.19 0.21 0.21 0.25 0.26 0.15 0.12 0.16
N3 0.25 0.25 0.23 0.23 0.29 0.24 0.37 0.21 0.35 0.28 0.26 0.28 0.25 0.22 0.21 0.26 0.25 0.16 0.13 0.16
N4 0.17 0.14 0.21 0.20 0.11 0.18 0.20 0.16 0.19 0.13 0.12 0.15 0.20 0.23 0.22 0.17 0.24 0.16 0.16 0.16
O2 0.41 0.47 0.35 0.31 0.55 0.33 0.56 0.28 0.51 0.46 0.51 0.56 0.45 0.34 0.26 0.39 0.28 0.18 0.17 0.19
O2' 0.34 0.44 0.26 0.19 0.57 0.20 0.55 0.15 0.47 0.41 0.51 0.66 0.40 0.26 0.13 0.28 0.20 0.19 0.16 0.14
O3' 0.23 0.28 0.21 0.17 0.31 0.18 0.30 0.16 0.28 0.25 0.31 0.34 0.30 0.22 0.17 0.20 0.20 0.19 0.15 0.16
O4' 0.19 0.18 0.17 0.19 0.24 0.18 0.30 0.16 0.29 0.21 0.20 0.25 0.17 0.17 0.20 0.18 0.22 0.16 0.11 0.14
O5' 0.55 0.43 0.53 0.63 0.49 0.65 0.65 0.71 0.67 0.54 0.39 0.44 0.39 0.50 0.64 0.61 0.77 0.82 0.73 0.77
OP1 1.24 0.96 1.25 1.41 0.96 1.45 1.19 1.52 1.29 1.17 0.85 0.83 0.87 1.22 1.48 1.35 1.54 1.64 1.42 1.54
OP2 0.62 0.56 0.63 0.66 0.50 0.65 0.56 0.64 0.60 0.59 0.51 0.44 0.57 0.65 0.68 0.63 0.62 0.60 0.54 0.58
P 0.67 0.52 0.67 0.78 0.56 0.80 0.73 0.86 0.77 0.65 0.47 0.50 0.47 0.64 0.81 0.74 0.90 0.96 0.83 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.07 0.03 0.09 0.11 0.12 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.14 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.09 0.05
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.04 0.04 0.12 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.07 0.05
C4 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.10 0.12 0.15 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.11 0.02 0.10 0.13 0.15 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.03 0.05 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.12 0.03 0.09 0.10 0.11 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09
N3 0.03 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.06 0.03 0.09 0.11 0.14 0.12
N4 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03 0.11 0.15 0.19 0.16
O2 0.06 0.01 0.14 0.12 0.03 0.08 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.15 0.15 0.06 0.12 0.15 0.14 0.12
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.07 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.04 0.12 0.03 0.06 0.05 0.15 0.03 0.00 0.01 0.13 0.12 0.09 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.11 0.12 0.07 0.08
O5' 0.07 0.09 0.04 0.07 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.04 0.13 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.11 0.15 0.15 0.09 0.12 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.12 0.09 0.07 0.15 0.04 0.15 0.03 0.11 0.10 0.14 0.19 0.14 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.05 0.05 0.13 0.03 0.13 0.02 0.11 0.09 0.12 0.16 0.12 0.05 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00