ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49775

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 2, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N1 A 0, -0.003, 0.025, 0.054, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.025 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.054 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.015, 0.069, 0.122, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.069 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.088, 0.215, 0.343, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.215 std_dev=0.128
C2' A 0, 0.102, 0.233, 0.364, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.233 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.184, 0.386, 0.588, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.386 std_dev=0.202
O2' A 0, 0.050, 0.257, 0.464, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.257 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.155, 0.385, 0.615, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.385 std_dev=0.230
O3' A 0, 0.185, 0.483, 0.781, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.483 std_dev=0.298
OP2 B 0, 0.208, 0.545, 0.882, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.545 std_dev=0.337
P B 0, 0.188, 0.537, 0.886, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.537 std_dev=0.349
C5' A 0, 0.289, 0.650, 1.010, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.650 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.209, 0.590, 0.971, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.590 std_dev=0.381
OP1 B 0, 0.268, 0.664, 1.060, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.664 std_dev=0.396
C3' B 0, 0.197, 0.712, 1.226, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.712 std_dev=0.515
O3' B 0, 0.184, 0.703, 1.222, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.703 std_dev=0.519
O2' B 0, 0.241, 0.874, 1.508, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.874 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.144, 0.807, 1.469, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.807 std_dev=0.662
O5' A 0, 0.600, 1.344, 2.088, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.344 std_dev=0.744
C4' B 0, 0.088, 0.843, 1.598, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.843 std_dev=0.755
C2' B 0, 0.077, 0.841, 1.606, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.841 std_dev=0.765
P A 0, 0.576, 1.372, 2.167, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.372 std_dev=0.795
OP2 A 0, 0.604, 1.433, 2.263, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.433 std_dev=0.829
OP1 A 0, 0.626, 1.473, 2.320, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.473 std_dev=0.847
O4' B 0, -0.172, 0.957, 2.086, 4.303 max_d=4.303 avg_d=0.957 std_dev=1.129
C1' B 0, -0.210, 0.960, 2.130, 4.437 max_d=4.437 avg_d=0.960 std_dev=1.170
C6 B 0, -0.556, 0.975, 2.506, 5.848 max_d=5.848 avg_d=0.975 std_dev=1.531
N1 B 0, -0.579, 1.051, 2.681, 6.235 max_d=6.235 avg_d=1.051 std_dev=1.630
C5 B 0, -0.977, 1.096, 3.168, 7.853 max_d=7.853 avg_d=1.096 std_dev=2.073
C2 B 0, -0.965, 1.282, 3.529, 8.599 max_d=8.599 avg_d=1.282 std_dev=2.247
O2 B 0, -0.913, 1.414, 3.741, 8.979 max_d=8.979 avg_d=1.414 std_dev=2.327
C4 B 0, -1.409, 1.308, 4.025, 10.239 max_d=10.239 avg_d=1.308 std_dev=2.717
N3 B 0, -1.382, 1.398, 4.178, 10.532 max_d=10.532 avg_d=1.398 std_dev=2.780
N4 B 0, -1.835, 1.464, 4.763, 12.343 max_d=12.343 avg_d=1.464 std_dev=3.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.21 0.24 0.12 0.16
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.08 0.02 0.38 0.35 0.32 0.32
C2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.10 0.03 0.06 0.03 0.15 0.01 0.03 0.01 0.23 0.25 0.19 0.16
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.11 0.04 0.08 0.07 0.15 0.06 0.01 0.02 0.29 0.31 0.24 0.21
C4 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.57 0.55 0.61 0.55
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.03 0.06 0.07 0.09 0.03 0.01 0.05 0.20 0.25 0.11
C5 0.02 0.02 0.09 0.12 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.13 0.09 0.61 0.60 0.64 0.60
C5' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.20 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.11 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.12 0.08 0.54 0.48 0.45 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.39 0.34 0.28 0.30
N3 0.05 0.02 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.08 0.03 0.47 0.44 0.47 0.43
N4 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.10 0.07 0.06 0.61 0.63 0.73 0.63
O2 0.06 0.01 0.15 0.15 0.01 0.07 0.03 0.10 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.20 0.17 0.05 0.27 0.29 0.23 0.24
O2' 0.03 0.11 0.01 0.06 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.05 0.12 0.10 0.20 0.00 0.08 0.05 0.16 0.14 0.19 0.10
O3' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.06 0.03 0.13 0.05 0.12 0.04 0.08 0.07 0.17 0.08 0.00 0.02 0.22 0.21 0.26 0.12
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.08 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.11 0.22 0.18 0.15
O5' 0.21 0.38 0.23 0.29 0.57 0.05 0.61 0.01 0.54 0.39 0.47 0.61 0.27 0.16 0.22 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.35 0.25 0.31 0.55 0.20 0.60 0.20 0.48 0.34 0.44 0.63 0.29 0.14 0.21 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.32 0.19 0.24 0.61 0.25 0.64 0.36 0.45 0.28 0.47 0.73 0.23 0.19 0.26 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.32 0.16 0.21 0.55 0.11 0.60 0.02 0.47 0.30 0.43 0.63 0.24 0.10 0.12 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.85 1.79 0.41 0.32 2.40 0.31 1.97 0.21 1.44 1.37 2.26 2.91 1.69 0.22 0.33 0.73 0.26 0.26 0.23 0.22
C2 0.74 1.54 0.31 0.28 2.12 0.29 1.83 0.22 1.33 1.22 1.94 2.51 1.42 0.17 0.31 0.66 0.26 0.29 0.26 0.25
C2' 0.95 1.94 0.44 0.34 2.55 0.38 2.06 0.23 1.52 1.49 2.44 3.10 1.86 0.23 0.32 0.84 0.27 0.23 0.22 0.20
C3' 0.88 1.82 0.36 0.30 2.38 0.33 1.90 0.20 1.39 1.38 2.29 2.91 1.76 0.20 0.29 0.79 0.22 0.24 0.20 0.19
C4 0.47 1.02 0.14 0.19 1.44 0.17 1.29 0.14 0.93 0.82 1.30 1.70 0.93 0.17 0.28 0.47 0.14 0.25 0.16 0.17
C4' 0.85 1.79 0.38 0.31 2.36 0.31 1.90 0.21 1.38 1.35 2.27 2.88 1.73 0.21 0.31 0.73 0.24 0.28 0.23 0.22
C5 0.51 1.10 0.16 0.19 1.55 0.18 1.34 0.14 0.96 0.87 1.41 1.86 1.02 0.17 0.28 0.49 0.14 0.25 0.15 0.15
C5' 0.75 1.63 0.30 0.26 2.16 0.24 1.72 0.18 1.24 1.22 2.07 2.65 1.57 0.19 0.30 0.64 0.17 0.27 0.18 0.18
C6 0.63 1.36 0.23 0.23 1.88 0.23 1.59 0.17 1.15 1.06 1.73 2.27 1.27 0.16 0.29 0.58 0.18 0.25 0.18 0.18
N1 0.74 1.57 0.31 0.28 2.14 0.28 1.81 0.20 1.31 1.22 1.98 2.58 1.46 0.18 0.31 0.66 0.23 0.26 0.22 0.21
N3 0.59 1.25 0.19 0.22 1.74 0.23 1.57 0.19 1.14 1.01 1.57 2.02 1.13 0.14 0.29 0.56 0.22 0.28 0.25 0.23
N4 0.33 0.70 0.21 0.20 1.00 0.13 0.92 0.11 0.67 0.57 0.89 1.18 0.63 0.27 0.31 0.37 0.11 0.24 0.11 0.12
O2 0.85 1.75 0.43 0.34 2.38 0.36 2.02 0.28 1.47 1.38 2.20 2.80 1.62 0.24 0.34 0.74 0.32 0.34 0.32 0.30
O2' 1.12 2.19 0.61 0.46 2.81 0.47 2.24 0.27 1.68 1.68 2.72 3.39 2.12 0.36 0.41 0.96 0.35 0.25 0.24 0.24
O3' 0.97 1.95 0.42 0.34 2.49 0.39 1.96 0.22 1.45 1.47 2.44 3.03 1.91 0.22 0.31 0.87 0.23 0.22 0.19 0.17
O4' 0.81 1.72 0.39 0.32 2.31 0.30 1.89 0.23 1.37 1.31 2.18 2.81 1.63 0.22 0.34 0.68 0.26 0.31 0.26 0.25
O5' 1.10 1.92 0.65 0.62 2.47 0.67 2.08 0.59 1.61 1.55 2.35 2.94 1.85 0.49 0.62 1.03 0.65 0.64 0.64 0.64
OP1 1.05 1.86 0.61 0.60 2.36 0.64 1.98 0.57 1.54 1.49 2.27 2.82 1.79 0.46 0.61 0.99 0.62 0.64 0.62 0.63
OP2 0.92 1.58 0.57 0.58 2.05 0.67 1.75 0.67 1.36 1.29 1.94 2.44 1.51 0.49 0.59 0.91 0.68 0.73 0.68 0.71
P 0.98 1.76 0.57 0.57 2.28 0.61 1.93 0.56 1.48 1.42 2.17 2.72 1.68 0.43 0.59 0.93 0.61 0.64 0.62 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.02 0.07 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.07 0.19 0.00 0.15 0.30 0.15 0.16
C2 0.05 0.00 0.17 0.22 0.03 0.05 0.04 0.08 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.13 0.11 0.08 0.12 0.41 0.35 0.12
C2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.06 0.03 0.08 0.12 0.12 0.03 0.14 0.06 0.29 0.01 0.03 0.02 0.30 0.34 0.28 0.35
C3' 0.07 0.22 0.01 0.00 0.28 0.01 0.27 0.02 0.23 0.18 0.26 0.30 0.21 0.03 0.01 0.06 0.11 0.15 0.14 0.13
C4 0.05 0.03 0.06 0.28 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.20 0.19 0.03 0.23 0.47 0.57 0.17
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.06 0.06 0.11 0.11 0.23 0.04 0.01 0.03 0.10 0.08 0.05
C5 0.04 0.04 0.08 0.27 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.26 0.22 0.08 0.27 0.44 0.55 0.18
C5' 0.05 0.08 0.12 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.16 0.08 0.11 0.18 0.10 0.12 0.18 0.02 0.01 0.11 0.11 0.03
C6 0.03 0.02 0.12 0.23 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.24 0.17 0.10 0.22 0.38 0.38 0.12
N1 0.01 0.02 0.03 0.18 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.08 0.02 0.14 0.37 0.29 0.12
N3 0.04 0.01 0.14 0.26 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.14 0.12 0.07 0.17 0.46 0.48 0.15
N4 0.05 0.03 0.06 0.30 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.22 0.22 0.04 0.26 0.50 0.67 0.22
O2 0.08 0.01 0.29 0.21 0.02 0.11 0.03 0.10 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.18 0.15 0.11 0.39 0.30 0.14
O2' 0.07 0.13 0.01 0.03 0.20 0.23 0.26 0.12 0.24 0.13 0.14 0.22 0.24 0.00 0.13 0.17 0.22 0.22 0.29 0.29
O3' 0.19 0.11 0.03 0.01 0.19 0.04 0.22 0.18 0.17 0.08 0.12 0.22 0.18 0.13 0.00 0.14 0.24 0.44 0.27 0.31
O4' 0.00 0.08 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.07 0.04 0.15 0.17 0.14 0.00 0.12 0.23 0.19 0.11
O5' 0.15 0.12 0.30 0.11 0.23 0.03 0.27 0.01 0.22 0.14 0.17 0.26 0.11 0.22 0.24 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.30 0.41 0.34 0.15 0.47 0.10 0.44 0.11 0.38 0.37 0.46 0.50 0.39 0.22 0.44 0.23 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.15 0.35 0.28 0.14 0.57 0.08 0.55 0.11 0.38 0.29 0.48 0.67 0.30 0.29 0.27 0.19 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.16 0.12 0.35 0.13 0.17 0.05 0.18 0.03 0.12 0.12 0.15 0.22 0.14 0.29 0.31 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00