ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49778

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.036 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.039 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.121, 0.286, 0.451, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.286 std_dev=0.165
C2' A 0, 0.122, 0.300, 0.478, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.300 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.045, 0.384, 0.723, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.384 std_dev=0.339
C4' A 0, 0.101, 0.445, 0.789, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.445 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.193, 0.612, 1.031, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.612 std_dev=0.419
P B 0, 0.310, 0.771, 1.233, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.771 std_dev=0.462
C3' A 0, 0.178, 0.667, 1.157, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.667 std_dev=0.489
C5' A 0, 0.338, 0.917, 1.496, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.917 std_dev=0.579
O5' B 0, 0.511, 1.219, 1.927, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.219 std_dev=0.708
OP2 B 0, 0.231, 0.943, 1.655, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.943 std_dev=0.712
O5' A 0, 0.605, 1.468, 2.332, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.468 std_dev=0.863
C5' B 0, 0.620, 1.502, 2.384, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.502 std_dev=0.882
O3' A 0, 0.489, 1.373, 2.256, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.373 std_dev=0.883
OP2 A 0, 0.702, 1.675, 2.647, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.675 std_dev=0.972
O4' B 0, 0.639, 1.621, 2.604, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.621 std_dev=0.982
C4' B 0, 0.689, 1.822, 2.954, 2.772 max_d=2.772 avg_d=1.822 std_dev=1.133
C1' B 0, 0.654, 1.995, 3.337, 3.222 max_d=3.222 avg_d=1.995 std_dev=1.341
P A 0, 1.020, 2.426, 3.832, 3.432 max_d=3.432 avg_d=2.426 std_dev=1.406
C3' B 0, 0.661, 2.182, 3.702, 3.606 max_d=3.606 avg_d=2.182 std_dev=1.520
N1 B 0, 0.536, 2.065, 3.593, 3.535 max_d=3.535 avg_d=2.065 std_dev=1.528
C6 B 0, 0.476, 2.021, 3.565, 3.523 max_d=3.523 avg_d=2.021 std_dev=1.544
O3' B 0, 0.805, 2.625, 4.445, 4.328 max_d=4.328 avg_d=2.625 std_dev=1.820
C5 B 0, 0.471, 2.300, 4.130, 4.098 max_d=4.098 avg_d=2.300 std_dev=1.830
C2' B 0, 0.670, 2.677, 4.684, 4.615 max_d=4.615 avg_d=2.677 std_dev=2.007
C2 B 0, 0.597, 2.641, 4.685, 4.633 max_d=4.633 avg_d=2.641 std_dev=2.044
O2 B 0, 0.688, 2.863, 5.038, 4.973 max_d=4.973 avg_d=2.863 std_dev=2.175
OP1 A 0, 1.611, 3.812, 6.013, 5.106 max_d=5.106 avg_d=3.812 std_dev=2.201
C4 B 0, 0.591, 2.999, 5.406, 5.367 max_d=5.367 avg_d=2.999 std_dev=2.408
O2' B 0, 0.957, 3.508, 6.059, 5.947 max_d=5.947 avg_d=3.508 std_dev=2.551
N3 B 0, 0.631, 3.203, 5.774, 5.730 max_d=5.730 avg_d=3.203 std_dev=2.571
N4 B 0, 0.693, 3.651, 6.609, 6.563 max_d=6.563 avg_d=3.651 std_dev=2.958

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.08 0.12 0.01 0.15 0.52 0.20 0.21
C2 0.04 0.00 0.14 0.19 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.17 0.75 0.34 0.24
C2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.07 0.04 0.12 0.06 0.22 0.01 0.02 0.01 0.43 0.56 0.20 0.48
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.27 0.00 0.26 0.04 0.23 0.17 0.24 0.29 0.16 0.01 0.01 0.01 0.41 0.34 0.13 0.36
C4 0.06 0.02 0.06 0.27 0.00 0.21 0.00 0.34 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.13 0.18 0.12 0.18 0.89 0.48 0.26
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.21 0.00 0.28 0.00 0.27 0.13 0.13 0.23 0.01 0.18 0.01 0.00 0.04 0.23 0.24 0.02
C5 0.05 0.01 0.05 0.26 0.00 0.28 0.00 0.43 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.19 0.18 0.18 0.86 0.49 0.26
C5' 0.04 0.14 0.08 0.04 0.34 0.00 0.43 0.00 0.39 0.19 0.22 0.38 0.03 0.12 0.05 0.03 0.02 0.26 0.32 0.05
C6 0.04 0.00 0.07 0.23 0.01 0.27 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.15 0.20 0.18 0.76 0.41 0.26
N1 0.03 0.01 0.04 0.17 0.03 0.13 0.02 0.19 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.10 0.08 0.17 0.70 0.32 0.25
N3 0.05 0.01 0.12 0.24 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.05 0.17 0.84 0.41 0.25
N4 0.06 0.02 0.06 0.29 0.00 0.23 0.01 0.38 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.15 0.21 0.13 0.18 0.93 0.53 0.25
O2 0.04 0.01 0.22 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.20 0.05 0.14 0.67 0.29 0.21
O2' 0.08 0.07 0.01 0.01 0.13 0.18 0.16 0.12 0.13 0.05 0.09 0.15 0.15 0.00 0.05 0.17 0.17 0.24 0.13 0.23
O3' 0.12 0.15 0.02 0.01 0.18 0.01 0.19 0.05 0.15 0.10 0.16 0.21 0.20 0.05 0.00 0.08 0.24 0.10 0.06 0.15
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.18 0.03 0.20 0.08 0.05 0.13 0.05 0.17 0.08 0.00 0.09 0.47 0.33 0.08
O5' 0.15 0.17 0.43 0.41 0.18 0.04 0.18 0.02 0.18 0.17 0.17 0.18 0.14 0.17 0.24 0.09 0.00 0.06 0.02 0.01
OP1 0.52 0.75 0.56 0.34 0.89 0.23 0.86 0.26 0.76 0.70 0.84 0.93 0.67 0.24 0.10 0.47 0.06 0.00 0.05 0.00
OP2 0.20 0.34 0.20 0.13 0.48 0.24 0.49 0.32 0.41 0.32 0.41 0.53 0.29 0.13 0.06 0.33 0.02 0.05 0.00 0.01
P 0.21 0.24 0.48 0.36 0.26 0.02 0.26 0.05 0.26 0.25 0.25 0.25 0.21 0.23 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.46 0.72 1.92 1.45 0.25 1.26 0.79 1.01 1.27 1.15 0.31 0.47 0.73 2.39 1.53 1.14 0.77 0.27 0.27 0.27
C2 1.30 0.47 1.79 1.40 0.27 1.23 0.23 1.02 0.89 0.89 0.09 0.90 0.56 2.06 1.40 1.06 0.79 0.30 0.23 0.31
C2' 1.39 0.75 1.78 1.30 0.37 1.15 0.94 0.89 1.31 1.15 0.37 0.28 0.72 2.30 1.39 1.05 0.67 0.23 0.41 0.17
C3' 1.27 0.67 1.72 1.24 0.36 1.03 0.87 0.76 1.18 1.04 0.34 0.18 0.64 2.27 1.39 0.90 0.55 0.06 0.54 0.04
C4 1.16 0.80 1.49 1.13 0.28 1.05 0.42 0.90 0.84 0.95 0.51 0.16 0.90 1.57 1.03 0.98 0.85 0.29 0.30 0.35
C4' 1.38 0.71 1.88 1.42 0.35 1.18 0.86 0.90 1.23 1.10 0.35 0.23 0.69 2.42 1.56 1.02 0.69 0.13 0.35 0.15
C5 1.32 1.09 1.64 1.20 0.76 1.09 0.95 0.90 1.20 1.21 0.88 0.38 1.13 1.78 1.12 1.07 0.85 0.27 0.31 0.34
C5' 1.23 0.70 1.74 1.27 0.44 1.00 0.86 0.72 1.14 1.02 0.42 0.09 0.68 2.25 1.40 0.86 0.56 0.05 0.47 0.02
C6 1.44 1.07 1.81 1.34 0.73 1.20 1.08 0.97 1.37 1.30 0.80 0.27 1.08 2.06 1.30 1.14 0.86 0.29 0.28 0.33
N1 1.43 0.78 1.87 1.41 0.28 1.24 0.75 1.01 1.24 1.15 0.39 0.36 0.81 2.20 1.42 1.13 0.82 0.29 0.26 0.31
N3 1.15 0.48 1.57 1.25 0.23 1.14 0.04 0.98 0.65 0.77 0.05 0.75 0.60 1.70 1.18 0.98 0.82 0.30 0.25 0.33
N4 0.94 0.76 1.19 0.89 0.27 0.87 0.20 0.77 0.52 0.77 0.54 0.12 0.91 1.19 0.76 0.82 0.81 0.26 0.33 0.35
O2 1.23 0.16 1.78 1.45 0.74 1.25 0.22 1.05 0.64 0.66 0.49 1.45 0.25 2.18 1.54 1.01 0.72 0.32 0.18 0.29
O2' 1.74 1.01 2.05 1.54 0.56 1.46 1.09 1.19 1.55 1.45 0.59 0.46 0.99 2.66 1.65 1.40 0.90 0.52 0.31 0.43
O3' 1.36 0.70 1.80 1.34 0.38 1.15 0.87 0.86 1.23 1.09 0.36 0.34 0.66 2.45 1.54 1.00 0.62 0.15 0.50 0.11
O4' 1.42 0.73 1.90 1.45 0.32 1.23 0.82 0.98 1.23 1.12 0.36 0.30 0.73 2.38 1.54 1.09 0.77 0.21 0.23 0.27
O5' 1.60 1.26 1.95 1.43 1.10 1.28 1.41 1.02 1.59 1.48 1.07 0.78 1.23 2.40 1.45 1.25 0.88 0.36 0.34 0.43
OP1 2.07 1.65 2.44 2.03 1.48 1.91 1.83 1.76 2.03 1.91 1.43 1.13 1.62 2.78 2.03 1.83 1.69 1.21 0.89 1.32
OP2 1.13 1.00 1.51 0.96 0.96 0.74 1.10 0.44 1.16 1.09 0.93 0.80 0.99 1.91 0.99 0.73 0.36 0.30 0.73 0.19
P 1.72 1.46 2.05 1.54 1.36 1.40 1.60 1.16 1.72 1.63 1.32 1.10 1.44 2.43 1.53 1.38 1.07 0.50 0.18 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.02 0.04 0.09 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03 0.08 0.08 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.10 0.31 0.22
C2 0.05 0.00 0.37 0.36 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.37 0.19 0.08 0.23 0.49 0.09
C2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.23 0.08 0.11 0.02 0.14 0.13 0.36 0.23 0.49 0.01 0.06 0.03 0.05 0.11 0.11 0.12
C3' 0.04 0.36 0.02 0.00 0.50 0.01 0.45 0.00 0.36 0.29 0.46 0.53 0.29 0.04 0.01 0.05 0.18 0.21 0.10 0.18
C4 0.09 0.02 0.23 0.50 0.00 0.23 0.01 0.22 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.10 0.53 0.10 0.26 0.20 1.03 0.47
C4' 0.03 0.02 0.08 0.01 0.23 0.00 0.35 0.01 0.35 0.13 0.09 0.25 0.16 0.30 0.01 0.00 0.09 0.11 0.07 0.15
C5 0.07 0.01 0.11 0.45 0.01 0.35 0.00 0.43 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.27 0.44 0.27 0.50 0.57 1.25 0.77
C5' 0.03 0.09 0.02 0.00 0.22 0.01 0.43 0.00 0.44 0.11 0.00 0.24 0.30 0.27 0.07 0.03 0.03 0.12 0.13 0.08
C6 0.06 0.01 0.14 0.36 0.03 0.35 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.30 0.31 0.32 0.49 0.57 1.04 0.74
N1 0.03 0.01 0.13 0.29 0.06 0.13 0.04 0.11 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.06 0.24 0.04 0.13 0.12 0.60 0.32
N3 0.08 0.02 0.36 0.46 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.20 0.49 0.11 0.05 0.15 0.70 0.19
N4 0.08 0.00 0.23 0.53 0.01 0.25 0.03 0.24 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.59 0.10 0.30 0.23 1.17 0.52
O2 0.03 0.01 0.49 0.29 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.50 0.31 0.37 0.27 0.53 0.22 0.18
O2' 0.03 0.25 0.01 0.04 0.10 0.30 0.27 0.27 0.30 0.06 0.20 0.11 0.50 0.00 0.08 0.17 0.22 0.34 0.14 0.27
O3' 0.04 0.37 0.06 0.01 0.53 0.01 0.44 0.07 0.31 0.24 0.49 0.59 0.31 0.08 0.00 0.01 0.30 0.34 0.05 0.23
O4' 0.01 0.19 0.03 0.05 0.10 0.00 0.27 0.03 0.32 0.04 0.11 0.10 0.37 0.17 0.01 0.00 0.03 0.11 0.31 0.25
O5' 0.03 0.08 0.05 0.18 0.26 0.09 0.50 0.03 0.49 0.13 0.05 0.30 0.27 0.22 0.30 0.03 0.00 0.08 0.02 0.02
OP1 0.10 0.23 0.11 0.21 0.20 0.11 0.57 0.12 0.57 0.12 0.15 0.23 0.53 0.34 0.34 0.11 0.08 0.00 0.04 0.00
OP2 0.31 0.49 0.11 0.10 1.03 0.07 1.25 0.13 1.04 0.60 0.70 1.17 0.22 0.14 0.05 0.31 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.22 0.09 0.12 0.18 0.47 0.15 0.77 0.08 0.74 0.32 0.19 0.52 0.18 0.27 0.23 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00