ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49779

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
OP2 A 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C2' A 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
O4' A 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O2' A 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
P A 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O5' A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
OP1 A 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C3' A 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
O3' A 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C5' A 0, 0.000, 0.498, 0.996, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.498 std_dev=0.498
OP1 B 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
OP2 B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
P B 0, 0.000, 0.598, 1.195, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O5' B 0, 0.000, 0.661, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C6 B 0, 0.000, 0.694, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.694 std_dev=0.694
C5 B 0, 0.000, 0.728, 1.457, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C5' B 0, 0.000, 0.733, 1.466, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.733 std_dev=0.733
C2' B 0, 0.000, 0.765, 1.530, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.765 std_dev=0.765
C3' B 0, 0.000, 0.775, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.775 std_dev=0.775
C4' B 0, 0.000, 0.778, 1.555, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.778 std_dev=0.778
O4' B 0, 0.000, 0.796, 1.592, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.796 std_dev=0.796
C1' B 0, 0.000, 0.800, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.800 std_dev=0.800
N1 B 0, 0.000, 0.812, 1.623, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.812 std_dev=0.812
O2' B 0, 0.000, 0.822, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.822 std_dev=0.822
O3' B 0, 0.000, 0.823, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.823 std_dev=0.823
C4 B 0, 0.000, 0.883, 1.767, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.883 std_dev=0.883
N4 B 0, 0.000, 0.937, 1.873, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.937 std_dev=0.937
C2 B 0, 0.000, 0.996, 1.993, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.996 std_dev=0.996
N3 B 0, 0.000, 1.020, 2.039, 2.039 max_d=2.039 avg_d=1.020 std_dev=1.020
O2 B 0, 0.000, 1.150, 2.300, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.150 std_dev=1.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.10 0.10
C4 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
N3 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
N4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05
O2 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.12 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.12 0.03 0.00 0.00 0.11 0.19 0.16 0.15
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.11 0.11
O5' 0.02 0.00 0.04 0.08 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.11 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.06 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.19 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.00 0.05 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.16 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.00 0.04 0.10 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.15 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.22 0.02 0.23 0.04 0.14 0.08 0.16 0.29 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02
C2 0.08 0.16 0.08 0.06 0.28 0.02 0.28 0.01 0.20 0.14 0.23 0.35 0.11 0.07 0.07 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02
C2' 0.04 0.10 0.04 0.05 0.21 0.00 0.21 0.03 0.14 0.08 0.15 0.28 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02
C3' 0.07 0.13 0.07 0.06 0.25 0.01 0.26 0.03 0.19 0.12 0.19 0.32 0.07 0.08 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.07 0.14 0.09 0.05 0.27 0.01 0.29 0.06 0.21 0.13 0.20 0.33 0.08 0.10 0.07 0.01 0.00 0.08 0.03 0.03
C4' 0.05 0.12 0.05 0.03 0.27 0.01 0.28 0.04 0.20 0.12 0.19 0.35 0.06 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.07 0.02 0.01 0.21 0.06 0.23 0.11 0.16 0.07 0.13 0.27 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.11 0.03 0.07
C5' 0.10 0.17 0.09 0.06 0.34 0.01 0.36 0.03 0.27 0.17 0.25 0.42 0.10 0.10 0.07 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02
C6 0.00 0.06 0.00 0.01 0.20 0.06 0.22 0.09 0.15 0.06 0.13 0.27 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.03 0.06
N1 0.03 0.10 0.03 0.02 0.23 0.02 0.24 0.05 0.16 0.09 0.16 0.30 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02
N3 0.11 0.19 0.11 0.09 0.31 0.03 0.31 0.01 0.23 0.17 0.25 0.37 0.14 0.12 0.10 0.04 0.05 0.01 0.09 0.03
N4 0.10 0.17 0.12 0.08 0.29 0.00 0.31 0.07 0.25 0.16 0.23 0.34 0.11 0.15 0.09 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02
O2 0.10 0.19 0.09 0.08 0.31 0.05 0.29 0.02 0.21 0.16 0.26 0.38 0.15 0.08 0.09 0.05 0.06 0.03 0.09 0.05
O2' 0.02 0.08 0.02 0.03 0.18 0.01 0.18 0.03 0.11 0.06 0.13 0.25 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.07 0.12 0.08 0.07 0.24 0.01 0.25 0.03 0.18 0.11 0.18 0.30 0.07 0.10 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O4' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.25 0.04 0.26 0.07 0.17 0.09 0.17 0.33 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02
O5' 0.04 0.09 0.04 0.01 0.24 0.03 0.28 0.07 0.20 0.10 0.16 0.31 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03
OP1 0.00 0.03 0.00 0.03 0.19 0.06 0.23 0.10 0.16 0.06 0.09 0.25 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.03 0.06
OP2 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.06 0.22 0.10 0.16 0.05 0.08 0.22 0.06 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.04 0.06
P 0.02 0.05 0.02 0.01 0.20 0.04 0.25 0.09 0.18 0.08 0.11 0.26 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.08 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.11 0.15 0.18 0.15
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.14 0.16 0.13
C5' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.05 0.04 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.10 0.12 0.14 0.13
N4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.13 0.18 0.22 0.18
O2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.14 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.09 0.05 0.16 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.14 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.06 0.05 0.10 0.13 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.08 0.00 0.02 0.15 0.00 0.14 0.01 0.09 0.05 0.12 0.18 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.10 0.01 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.09 0.06 0.14 0.22 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.00 0.02 0.15 0.00 0.13 0.00 0.07 0.05 0.13 0.18 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00