ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C2' A 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
P A 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5' B 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O5' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
O2' A 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
P B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O4' B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C4' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.000, 0.275, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.275 std_dev=0.275
O3' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
OP2 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
N4 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C5 B 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.000, 0.308, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C4 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O3' A 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
OP1 A 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.09 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03
C4 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.08 0.10 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.10 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.02 0.00 0.06 0.10 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01
N3 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02
N4 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.08 0.03 0.01 0.07 0.09 0.02
O2 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.10 0.03 0.03 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02
O5' 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.09 0.03 0.00 0.10 0.03 0.10 0.02 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.01 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.11 0.12 0.07 0.11 0.11 0.12 0.07 0.08 0.14 0.17 0.14
C2 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.05 0.09 0.10 0.11 0.06 0.08 0.13 0.15 0.13
C2' 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.04 0.10 0.09 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.07 0.14 0.18 0.14
C3' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.12 0.08
C4 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.07 0.08 0.03 0.03 0.10 0.09 0.08
C4' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.12 0.13 0.10
C5 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07 0.03 0.07 0.08 0.08 0.03 0.03 0.10 0.09 0.07
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.08
C6 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.07 0.08 0.08 0.04 0.08 0.08 0.09 0.04 0.04 0.11 0.11 0.09
N1 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.10 0.10 0.05 0.10 0.10 0.11 0.06 0.07 0.14 0.15 0.12
N3 0.07 0.08 0.08 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08 0.03 0.08 0.09 0.10 0.05 0.06 0.12 0.12 0.11
N4 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.03 0.02 0.10 0.07 0.07
O2 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.12 0.11 0.07 0.11 0.11 0.12 0.08 0.10 0.14 0.19 0.15
O2' 0.10 0.14 0.10 0.11 0.15 0.08 0.14 0.08 0.15 0.14 0.16 0.13 0.13 0.09 0.11 0.07 0.12 0.17 0.24 0.18
O3' 0.07 0.02 0.07 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.08 0.02 0.07 0.12 0.07
O4' 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.10 0.10 0.06 0.10 0.10 0.11 0.06 0.07 0.13 0.15 0.12
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.12 0.13 0.10
OP1 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.12 0.11 0.07 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.18 0.16 0.15
OP2 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.13 0.14 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.20 0.19 0.17
P 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.08 0.08 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04 0.05 0.13 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04
C2 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C4 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.10 0.06
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03
N3 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04
N4 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.07 0.12 0.08
O2 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.05 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.02 0.06 0.06 0.08 0.12 0.07 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.04 0.08 0.04 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00