ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49782

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O5' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
P A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
OP1 A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
OP1 B 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C5' A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
OP2 A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
P B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C4' B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
O4' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O3' B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
N1 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C1' B 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
N3 B 0, 0.000, 0.417, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.417 std_dev=0.417
N4 B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O2 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.000, 0.472, 0.944, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.472 std_dev=0.472

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
N4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.00 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02
O3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.00 0.01 0.05 0.09 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.09 0.11 0.04 0.08 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.13 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04
C2 0.03 0.02 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02
C2' 0.09 0.08 0.11 0.13 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.15 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08
C3' 0.08 0.08 0.10 0.12 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.13 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07
C4 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06
C4' 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.13 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05
C5 0.09 0.08 0.10 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07
C5' 0.07 0.06 0.07 0.09 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.10 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03
C6 0.08 0.07 0.10 0.12 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.13 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06
N1 0.06 0.05 0.08 0.11 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.12 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04
N3 0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03
N4 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08
O2 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.09 0.08 0.11 0.13 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.14 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08
O3' 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.13 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09
O4' 0.08 0.07 0.10 0.12 0.05 0.10 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.09 0.13 0.07 0.07 0.04 0.04 0.04
O5' 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.10 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03
OP1 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04
OP2 0.07 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02
P 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
O2' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00