ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49783

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O2 A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
P B 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O2' A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C1' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O3' B 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C3' B 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
P A 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C4' B 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.000, 0.312, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O2 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
OP2 A 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
N4 B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C5' B 0, 0.000, 0.471, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
OP2 B 0, 0.000, 0.499, 0.997, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.499 std_dev=0.499

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.10 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.02
C4 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.02
C5' 0.05 0.09 0.04 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.11 0.09 0.14 0.12 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.04
N3 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.00 0.04 0.09 0.05
N4 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.14 0.00 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01
O2 0.08 0.00 0.11 0.08 0.05 0.06 0.01 0.12 0.01 0.03 0.05 0.09 0.00 0.14 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.11 0.07 0.10 0.09
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.01
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.06
O5' 0.03 0.01 0.09 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.05 0.11 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.12 0.08 0.10 0.04 0.07 0.05 0.07 0.01 0.09 0.10 0.09 0.02 0.04 0.10 0.05 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.06 0.03 0.08 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.17 0.14 0.06 0.26 0.04
C2 0.06 0.00 0.01 0.08 0.03 0.21 0.03 0.33 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.19 0.14 0.02 0.25 0.02
C2' 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.17 0.01 0.29 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.10 0.03 0.14 0.14 0.12 0.28 0.07
C3' 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.17 0.01 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.09 0.02 0.14 0.13 0.10 0.27 0.06
C4 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.18 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.15 0.14 0.14 0.21 0.06
C4' 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.31 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.09 0.03 0.14 0.11 0.09 0.25 0.06
C5 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.18 0.00 0.32 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.12 0.02 0.14 0.16 0.16 0.18 0.05
C5' 0.07 0.12 0.09 0.02 0.07 0.07 0.06 0.20 0.08 0.10 0.10 0.07 0.18 0.16 0.06 0.03 0.01 0.23 0.32 0.17
C6 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.19 0.00 0.32 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.11 0.03 0.15 0.16 0.13 0.20 0.04
N1 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.20 0.00 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.09 0.04 0.16 0.14 0.07 0.24 0.04
N3 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.19 0.02 0.31 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.17 0.12 0.07 0.26 0.05
N4 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.17 0.04 0.30 0.03 0.01 0.02 0.05 0.06 0.10 0.01 0.16 0.17 0.16 0.13 0.03
O2 0.12 0.07 0.06 0.12 0.10 0.25 0.10 0.37 0.09 0.08 0.08 0.10 0.03 0.01 0.09 0.25 0.18 0.09 0.21 0.05
O2' 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.17 0.02 0.28 0.02 0.03 0.04 0.03 0.09 0.10 0.03 0.14 0.16 0.12 0.30 0.07
O3' 0.06 0.01 0.02 0.10 0.04 0.21 0.05 0.34 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.18 0.15 0.02 0.25 0.02
O4' 0.08 0.01 0.05 0.14 0.03 0.24 0.04 0.38 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.10 0.20 0.15 0.02 0.21 0.01
O5' 0.05 0.11 0.09 0.00 0.06 0.10 0.05 0.24 0.06 0.09 0.10 0.06 0.18 0.18 0.05 0.06 0.10 0.17 0.24 0.09
OP1 0.07 0.01 0.03 0.12 0.04 0.22 0.05 0.34 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.08 0.18 0.24 0.13 0.14 0.00
OP2 0.08 0.04 0.05 0.11 0.09 0.21 0.10 0.32 0.08 0.05 0.06 0.09 0.03 0.03 0.07 0.18 0.23 0.13 0.10 0.00
P 0.04 0.02 0.00 0.08 0.03 0.18 0.04 0.30 0.03 0.00 0.00 0.03 0.09 0.08 0.04 0.14 0.19 0.14 0.15 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.16 0.02 0.18 0.01
C2 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.25 0.07 0.17 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.10
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.03 0.10
C4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02 0.25 0.17 0.10 0.02
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04
C5 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.24 0.18 0.02 0.00
C5' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00
C6 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.24 0.12 0.04 0.01
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.24 0.06 0.13 0.01
N3 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.26 0.13 0.16 0.02
N4 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.25 0.21 0.08 0.03
O2 0.11 0.00 0.08 0.10 0.04 0.14 0.01 0.16 0.03 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.08 0.16 0.27 0.00 0.20 0.03
O2' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.17 0.12 0.02 0.10
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.10 0.05
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.16 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.29 0.11
O5' 0.16 0.25 0.19 0.10 0.25 0.00 0.24 0.01 0.24 0.24 0.26 0.25 0.27 0.17 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01
OP1 0.02 0.07 0.11 0.16 0.17 0.01 0.18 0.02 0.12 0.06 0.13 0.21 0.00 0.12 0.16 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.18 0.17 0.02 0.03 0.10 0.18 0.02 0.07 0.04 0.13 0.16 0.08 0.20 0.02 0.10 0.29 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.10 0.05 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00