ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49786

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N1 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.002, 0.024, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.024 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.013, 0.041, 0.068, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.041 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.011, 0.040, 0.068, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.016, 0.053, 0.090, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.053 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.005, 0.054, 0.103, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.054 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.028, 0.124, 0.221, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.124 std_dev=0.096
O4' A 0, 0.009, 0.110, 0.211, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.110 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.051, 0.189, 0.327, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.189 std_dev=0.138
C4' A 0, 0.047, 0.209, 0.372, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.209 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.032, 0.198, 0.364, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.198 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.071, 0.285, 0.498, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.285 std_dev=0.214
N2 B 0, 0.210, 0.474, 0.737, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.474 std_dev=0.263
C5' A 0, 0.088, 0.364, 0.640, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.364 std_dev=0.276
C2 B 0, 0.170, 0.462, 0.753, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.462 std_dev=0.291
N1 B 0, 0.205, 0.508, 0.811, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.508 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.137, 0.446, 0.756, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.446 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.192, 0.533, 0.874, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.533 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.138, 0.491, 0.844, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.491 std_dev=0.353
O6 B 0, 0.203, 0.565, 0.927, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.565 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.161, 0.530, 0.900, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.530 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.195, 0.594, 0.994, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.594 std_dev=0.399
P A 0, 0.063, 0.464, 0.865, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.464 std_dev=0.401
N9 B 0, 0.111, 0.517, 0.923, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.517 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.118, 0.527, 0.937, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.527 std_dev=0.410
C2' B 0, 0.105, 0.530, 0.955, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.530 std_dev=0.425
N7 B 0, 0.147, 0.578, 1.009, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.578 std_dev=0.431
C8 B 0, 0.114, 0.570, 1.026, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.570 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.187, 0.647, 1.107, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.647 std_dev=0.460
O5' A 0, 0.002, 0.470, 0.939, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.470 std_dev=0.469
C3' B 0, 0.166, 0.656, 1.146, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.656 std_dev=0.490
O3' B 0, 0.261, 0.762, 1.263, 1.893 max_d=1.893 avg_d=0.762 std_dev=0.501
C4' B 0, 0.210, 0.714, 1.219, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.714 std_dev=0.505
C5' B 0, 0.312, 0.895, 1.479, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.895 std_dev=0.583
OP2 A 0, 0.000, 0.592, 1.184, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.592 std_dev=0.592
OP1 A 0, 0.067, 0.665, 1.262, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.665 std_dev=0.597
O5' B 0, 0.398, 1.013, 1.627, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.013 std_dev=0.614
P B 0, 0.385, 1.109, 1.833, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.109 std_dev=0.724
OP1 B 0, 0.408, 1.170, 1.932, 2.855 max_d=2.855 avg_d=1.170 std_dev=0.762
OP2 B 0, 0.399, 1.178, 1.956, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.178 std_dev=0.779

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.43 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.08 0.03 0.17 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.04 0.09 0.30 0.02 0.52 0.19 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.34 0.23 0.08
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.23 0.30 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.06 0.25 0.01 0.45 0.17 0.16
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.10 0.27 0.21 0.07
C5 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.32 0.01 0.42 0.24 0.17
C5' 0.04 0.17 0.03 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.20 0.13 0.19 0.17 0.14 0.17 0.09 0.02 0.06 0.02 0.00 0.23 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.07 0.37 0.01 0.45 0.25 0.21
C8 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.24 0.01 0.36 0.28 0.12
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.08 0.35 0.01 0.50 0.22 0.23
N2 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.09 0.03 0.17 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.06 0.10 0.29 0.03 0.56 0.21 0.25
N3 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.09 0.24 0.02 0.50 0.16 0.20
N7 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.31 0.02 0.36 0.30 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.20 0.02 0.42 0.19 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.08 0.38 0.21 0.11
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06 0.21 0.34 0.06
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.10 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.07 0.41 0.13 0.15
O5' 0.10 0.30 0.04 0.02 0.25 0.02 0.32 0.00 0.37 0.24 0.35 0.29 0.24 0.31 0.20 0.06 0.10 0.11 0.00 0.41 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.07 0.41 0.00 0.45 0.29 0.24
OP1 0.43 0.52 0.34 0.23 0.45 0.27 0.42 0.12 0.45 0.36 0.50 0.56 0.50 0.36 0.42 0.38 0.21 0.41 0.02 0.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.19 0.23 0.30 0.17 0.21 0.24 0.21 0.25 0.28 0.22 0.21 0.16 0.30 0.19 0.21 0.34 0.13 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.22 0.08 0.04 0.16 0.07 0.17 0.02 0.21 0.12 0.23 0.25 0.20 0.15 0.13 0.11 0.06 0.15 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.15 0.16 0.12 0.17 0.12 0.17 0.14 0.12 0.15 0.15 0.12 0.12 0.13 0.21 0.20 0.19 0.16 0.16 0.21 0.19 0.16
C2 0.19 0.18 0.15 0.16 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.18 0.20 0.19 0.18 0.18 0.18 0.19 0.16 0.22 0.19 0.21 0.22 0.23 0.19
C2' 0.10 0.11 0.10 0.13 0.08 0.12 0.09 0.12 0.12 0.09 0.13 0.13 0.08 0.09 0.09 0.16 0.19 0.14 0.11 0.14 0.16 0.14 0.11
C3' 0.12 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.15 0.11 0.16 0.17 0.12 0.11 0.11 0.15 0.17 0.16 0.13 0.17 0.18 0.16 0.13
C4 0.16 0.14 0.15 0.16 0.13 0.17 0.13 0.17 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.13 0.14 0.20 0.18 0.19 0.16 0.16 0.21 0.19 0.16
C4' 0.20 0.20 0.18 0.19 0.18 0.22 0.19 0.23 0.20 0.19 0.21 0.21 0.19 0.19 0.19 0.22 0.20 0.24 0.22 0.22 0.25 0.24 0.22
C5 0.15 0.12 0.16 0.17 0.11 0.17 0.11 0.17 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.21 0.19 0.19 0.16 0.13 0.21 0.19 0.16
C5' 0.29 0.30 0.25 0.27 0.29 0.32 0.29 0.33 0.31 0.29 0.31 0.31 0.29 0.29 0.29 0.28 0.26 0.34 0.32 0.32 0.35 0.34 0.32
C6 0.17 0.12 0.16 0.17 0.13 0.18 0.12 0.18 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.21 0.18 0.21 0.17 0.13 0.21 0.19 0.17
C8 0.14 0.11 0.16 0.18 0.10 0.17 0.10 0.18 0.11 0.12 0.12 0.13 0.10 0.10 0.12 0.22 0.22 0.17 0.16 0.12 0.22 0.19 0.16
N1 0.19 0.17 0.16 0.17 0.17 0.19 0.17 0.19 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.19 0.16 0.22 0.19 0.18 0.22 0.22 0.19
N2 0.20 0.21 0.16 0.17 0.21 0.19 0.22 0.20 0.24 0.21 0.23 0.21 0.20 0.22 0.20 0.18 0.16 0.23 0.21 0.25 0.24 0.26 0.22
N3 0.17 0.17 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.17 0.18 0.15 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.19 0.16 0.20 0.18 0.20 0.21 0.21 0.18
N7 0.14 0.11 0.17 0.19 0.11 0.17 0.10 0.17 0.11 0.12 0.12 0.13 0.10 0.11 0.12 0.23 0.22 0.17 0.16 0.12 0.22 0.19 0.16
N9 0.15 0.12 0.15 0.16 0.11 0.17 0.11 0.17 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.11 0.12 0.21 0.20 0.18 0.16 0.14 0.21 0.19 0.16
O2' 0.11 0.09 0.11 0.14 0.07 0.12 0.08 0.13 0.11 0.08 0.12 0.10 0.07 0.07 0.08 0.17 0.21 0.14 0.11 0.14 0.16 0.15 0.11
O3' 0.10 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.16 0.16 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.13 0.10 0.16 0.15 0.14 0.11
O4' 0.19 0.19 0.19 0.20 0.17 0.22 0.17 0.22 0.19 0.17 0.20 0.20 0.17 0.17 0.18 0.24 0.21 0.23 0.21 0.20 0.24 0.23 0.20
O5' 0.45 0.48 0.38 0.40 0.45 0.47 0.47 0.49 0.48 0.45 0.49 0.49 0.46 0.46 0.45 0.38 0.36 0.51 0.49 0.50 0.51 0.51 0.48
O6 0.18 0.11 0.18 0.18 0.12 0.18 0.11 0.18 0.11 0.14 0.11 0.13 0.12 0.12 0.15 0.22 0.19 0.21 0.17 0.11 0.20 0.19 0.17
OP1 0.55 0.53 0.56 0.57 0.54 0.58 0.55 0.59 0.54 0.56 0.53 0.51 0.53 0.56 0.55 0.58 0.56 0.57 0.57 0.55 0.58 0.57 0.57
OP2 0.27 0.30 0.23 0.25 0.28 0.29 0.28 0.31 0.30 0.27 0.31 0.32 0.28 0.28 0.27 0.23 0.21 0.32 0.32 0.31 0.33 0.33 0.30
P 0.34 0.32 0.32 0.35 0.33 0.39 0.33 0.40 0.33 0.34 0.33 0.32 0.32 0.34 0.33 0.35 0.33 0.39 0.39 0.34 0.40 0.39 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04
C2 0.05 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.14 0.11 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.15 0.16 0.09
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.17 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.06 0.02 0.08 0.09 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.02 0.10 0.10 0.09
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.05 0.04 0.10 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.10 0.03 0.10 0.00 0.10 0.11 0.10
C8 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.13 0.04 0.12 0.13 0.09
N1 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.04 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07
N2 0.06 0.01 0.14 0.13 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.19 0.18 0.08 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04
N3 0.05 0.01 0.11 0.09 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.06 0.04 0.01 0.08 0.08 0.04
N7 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.13 0.04 0.13 0.14 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.09 0.10 0.05
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.03 0.12 0.19 0.14 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.05 0.07 0.12 0.13 0.06
O3' 0.03 0.14 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.05 0.10 0.11 0.12 0.18 0.12 0.10 0.04 0.08 0.00 0.03 0.10 0.12 0.20 0.16 0.13
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.07 0.07
O5' 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.07 0.04 0.04 0.13 0.07 0.05 0.10 0.05 0.00 0.14 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.05 0.09 0.02 0.07 0.02 0.10 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.05 0.14 0.00 0.14 0.15 0.14
OP1 0.08 0.07 0.15 0.17 0.08 0.07 0.10 0.04 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.13 0.09 0.12 0.20 0.04 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.07 0.16 0.15 0.09 0.05 0.10 0.02 0.11 0.13 0.08 0.07 0.08 0.14 0.10 0.13 0.16 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.09 0.10 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.07 0.04 0.04 0.11 0.05 0.06 0.13 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00