ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49788

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.026, 0.053, 0.079, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.053 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.028, 0.056, 0.084, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.056 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.031, 0.059, 0.088, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.059 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.028, 0.058, 0.088, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.058 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.033, 0.065, 0.098, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.065 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.041, 0.083, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.083 std_dev=0.042
N9 A 0, 0.058, 0.107, 0.156, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.107 std_dev=0.049
O6 A 0, 0.057, 0.117, 0.176, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.117 std_dev=0.060
N7 A 0, 0.058, 0.129, 0.201, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.129 std_dev=0.071
C8 A 0, 0.072, 0.159, 0.246, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.159 std_dev=0.087
C2 B 0, 0.251, 0.500, 0.750, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.500 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.228, 0.509, 0.789, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.509 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.289, 0.576, 0.864, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.576 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.305, 0.622, 0.940, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.622 std_dev=0.317
O2 B 0, 0.302, 0.644, 0.985, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.644 std_dev=0.342
N3 B 0, 0.400, 0.805, 1.209, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.805 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.402, 0.871, 1.341, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.871 std_dev=0.470
C3' B 0, 0.498, 0.975, 1.453, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.975 std_dev=0.478
C4 B 0, 0.605, 1.150, 1.695, 1.751 max_d=1.751 avg_d=1.150 std_dev=0.545
C4' B 0, 0.532, 1.084, 1.637, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.084 std_dev=0.552
O3' B 0, 0.643, 1.227, 1.810, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.227 std_dev=0.584
C6 B 0, 0.526, 1.177, 1.829, 1.811 max_d=1.811 avg_d=1.177 std_dev=0.651
O4' B 0, 0.467, 1.123, 1.779, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.123 std_dev=0.656
N4 B 0, 0.762, 1.463, 2.164, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.463 std_dev=0.701
C5 B 0, 0.677, 1.404, 2.131, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.404 std_dev=0.727
C4' A 0, 0.688, 1.567, 2.447, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.567 std_dev=0.879
C2' A 0, 0.444, 1.461, 2.478, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.461 std_dev=1.017
O4' A 0, 0.435, 1.470, 2.504, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.470 std_dev=1.035
C5' B 0, 0.879, 1.961, 3.043, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.961 std_dev=1.082
C3' A 0, 0.929, 2.040, 3.151, 2.817 max_d=2.817 avg_d=2.040 std_dev=1.111
O3' A 0, 1.374, 2.640, 3.907, 3.581 max_d=3.581 avg_d=2.640 std_dev=1.267
O2' A 0, 0.977, 2.306, 3.636, 3.382 max_d=3.382 avg_d=2.306 std_dev=1.330
O5' B 0, 1.029, 2.395, 3.761, 3.753 max_d=3.753 avg_d=2.395 std_dev=1.366
C5' A 0, 1.309, 3.253, 5.197, 4.769 max_d=4.769 avg_d=3.253 std_dev=1.944
P B 0, 1.486, 3.540, 5.594, 5.436 max_d=5.436 avg_d=3.540 std_dev=2.054
OP1 B 0, 1.593, 3.724, 5.856, 5.764 max_d=5.764 avg_d=3.724 std_dev=2.132
OP2 B 0, 1.729, 4.149, 6.570, 6.283 max_d=6.283 avg_d=4.149 std_dev=2.421
O5' A 0, 1.661, 4.626, 7.592, 6.875 max_d=6.875 avg_d=4.626 std_dev=2.965
P A 0, 2.259, 6.412, 10.565, 9.466 max_d=9.466 avg_d=6.412 std_dev=4.153
OP2 A 0, 2.721, 7.262, 11.804, 10.563 max_d=10.563 avg_d=7.262 std_dev=4.541
OP1 A 0, 2.363, 6.924, 11.485, 10.187 max_d=10.187 avg_d=6.924 std_dev=4.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.16 0.03 0.12 0.18 0.14
C2 0.07 0.00 0.08 0.46 0.01 0.50 0.03 0.84 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.38 0.41 0.34 1.25 0.01 1.25 1.92 1.49
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.12 0.07 0.19 0.15 0.10
C3' 0.02 0.46 0.01 0.00 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.31 0.31 0.62 0.46 0.25 0.08 0.02 0.01 0.02 0.10 0.12 0.26 0.14 0.07
C4 0.04 0.01 0.05 0.19 0.00 0.23 0.01 0.34 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.19 0.72 0.02 0.61 1.01 0.78
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.23 0.00 0.09 0.01 0.19 0.30 0.37 0.64 0.48 0.20 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.14 0.18 0.19 0.02
C5 0.02 0.03 0.06 0.09 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.06 0.10 0.57 0.02 0.42 0.84 0.60
C5' 0.02 0.84 0.02 0.01 0.34 0.01 0.15 0.00 0.31 0.51 0.63 1.11 0.76 0.37 0.09 0.07 0.04 0.02 0.02 0.23 0.32 0.16 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.14 0.02 0.19 0.01 0.31 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.18 0.12 0.17 0.79 0.01 0.69 1.24 0.91
C8 0.04 0.04 0.04 0.31 0.02 0.30 0.02 0.51 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.15 0.26 0.19 0.27 0.07 0.28 0.20 0.24
N1 0.06 0.01 0.08 0.31 0.02 0.37 0.02 0.63 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.30 0.27 0.27 1.10 0.02 1.08 1.74 1.32
N2 0.08 0.01 0.07 0.62 0.02 0.64 0.03 1.11 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.47 0.57 0.41 1.49 0.02 1.58 2.35 1.82
N3 0.08 0.01 0.07 0.46 0.01 0.48 0.02 0.76 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.36 0.38 0.34 1.11 0.02 1.06 1.58 1.25
N7 0.02 0.03 0.06 0.25 0.00 0.20 0.01 0.37 0.04 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.11 0.22 0.10 0.24 0.07 0.12 0.24 0.11
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.28 0.03 0.16 0.37 0.24
O2' 0.01 0.38 0.01 0.02 0.17 0.08 0.11 0.07 0.18 0.15 0.30 0.47 0.36 0.11 0.05 0.00 0.06 0.06 0.07 0.14 0.16 0.25 0.10
O3' 0.06 0.41 0.03 0.01 0.14 0.02 0.06 0.04 0.12 0.26 0.27 0.57 0.38 0.22 0.04 0.06 0.00 0.03 0.07 0.10 0.26 0.30 0.06
O4' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.19 0.01 0.10 0.02 0.17 0.19 0.27 0.41 0.34 0.10 0.01 0.06 0.03 0.00 0.14 0.15 0.11 0.13 0.11
O5' 0.16 1.25 0.12 0.10 0.72 0.02 0.57 0.02 0.79 0.27 1.10 1.49 1.11 0.24 0.28 0.07 0.07 0.14 0.00 0.72 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.12 0.02 0.14 0.02 0.23 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.14 0.10 0.15 0.72 0.00 0.60 1.15 0.82
OP1 0.12 1.25 0.19 0.26 0.61 0.18 0.42 0.32 0.69 0.28 1.08 1.58 1.06 0.12 0.16 0.16 0.26 0.11 0.01 0.60 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 1.92 0.15 0.14 1.01 0.19 0.84 0.16 1.24 0.20 1.74 2.35 1.58 0.24 0.37 0.25 0.30 0.13 0.01 1.15 0.01 0.00 0.01
P 0.14 1.49 0.10 0.07 0.78 0.02 0.60 0.03 0.91 0.24 1.32 1.82 1.25 0.11 0.24 0.10 0.06 0.11 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.06 0.16 0.12 0.11 0.26 0.14 0.36 0.19 0.17 0.10 0.19 0.08 0.23 0.35 0.44 0.23 0.32 0.27 0.35
C2 0.11 0.08 0.22 0.16 0.15 0.10 0.11 0.15 0.10 0.08 0.15 0.22 0.10 0.28 0.30 0.24 0.09 0.13 0.11 0.13
C2' 0.21 0.09 0.07 0.04 0.18 0.26 0.14 0.32 0.16 0.14 0.17 0.28 0.06 0.09 0.15 0.36 0.18 0.25 0.21 0.27
C3' 0.11 0.47 0.24 0.20 0.68 0.14 0.50 0.18 0.32 0.28 0.67 0.86 0.42 0.19 0.27 0.20 0.12 0.08 0.26 0.10
C4 0.19 0.05 0.19 0.13 0.11 0.22 0.10 0.30 0.15 0.12 0.13 0.19 0.09 0.26 0.33 0.39 0.17 0.25 0.21 0.28
C4' 0.11 0.54 0.43 0.37 0.74 0.07 0.55 0.14 0.35 0.33 0.75 0.93 0.51 0.35 0.52 0.18 0.13 0.05 0.28 0.06
C5 0.22 0.02 0.18 0.13 0.07 0.26 0.12 0.35 0.18 0.15 0.08 0.13 0.10 0.28 0.36 0.45 0.22 0.30 0.26 0.33
C5' 0.34 0.94 0.64 0.57 1.25 0.13 0.99 0.12 0.71 0.66 1.25 1.51 0.88 0.47 0.67 0.14 0.36 0.21 0.59 0.28
C6 0.23 0.03 0.19 0.13 0.06 0.23 0.14 0.31 0.20 0.17 0.04 0.08 0.08 0.32 0.34 0.43 0.19 0.25 0.24 0.29
C8 0.21 0.03 0.19 0.14 0.09 0.28 0.11 0.40 0.17 0.13 0.11 0.16 0.11 0.27 0.40 0.46 0.25 0.35 0.29 0.39
N1 0.14 0.03 0.22 0.15 0.08 0.13 0.09 0.18 0.12 0.10 0.08 0.13 0.10 0.30 0.31 0.28 0.10 0.15 0.13 0.16
N2 0.07 0.11 0.22 0.18 0.21 0.05 0.16 0.06 0.11 0.08 0.20 0.28 0.09 0.25 0.27 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11
N3 0.14 0.08 0.21 0.15 0.16 0.15 0.12 0.21 0.12 0.09 0.17 0.25 0.10 0.27 0.31 0.30 0.11 0.17 0.14 0.19
N7 0.23 0.01 0.19 0.14 0.06 0.29 0.13 0.41 0.20 0.15 0.08 0.12 0.11 0.29 0.40 0.49 0.27 0.36 0.31 0.40
N9 0.21 0.05 0.18 0.13 0.11 0.25 0.10 0.35 0.16 0.13 0.13 0.20 0.09 0.25 0.35 0.43 0.21 0.30 0.25 0.33
O2' 0.38 0.34 0.15 0.16 0.35 0.36 0.39 0.43 0.41 0.39 0.32 0.33 0.33 0.10 0.13 0.50 0.36 0.41 0.43 0.46
O3' 0.12 0.45 0.18 0.14 0.68 0.16 0.51 0.19 0.33 0.29 0.66 0.87 0.38 0.12 0.18 0.20 0.14 0.10 0.30 0.15
O4' 0.05 0.37 0.43 0.38 0.50 0.11 0.33 0.22 0.18 0.18 0.53 0.64 0.38 0.42 0.60 0.28 0.07 0.14 0.17 0.15
O5' 0.86 1.46 1.26 1.20 1.74 0.64 1.49 0.56 1.22 1.18 1.74 1.98 1.40 1.08 1.34 0.53 0.89 0.73 1.09 0.77
O6 0.31 0.10 0.16 0.11 0.13 0.29 0.23 0.38 0.29 0.25 0.07 0.11 0.05 0.35 0.35 0.52 0.28 0.32 0.32 0.37
OP1 0.88 1.60 1.34 1.28 2.01 0.60 1.70 0.52 1.36 1.28 1.98 2.33 1.51 1.07 1.43 0.47 0.92 0.72 1.22 0.80
OP2 1.66 2.47 1.96 1.92 2.98 1.34 2.67 1.32 2.28 2.15 2.91 3.32 2.31 1.57 1.93 1.30 1.79 1.60 2.19 1.74
P 1.13 1.86 1.54 1.48 2.27 0.85 1.97 0.78 1.63 1.55 2.23 2.57 1.75 1.24 1.59 0.75 1.20 1.01 1.52 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.08 0.07
C2 0.04 0.00 0.09 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.07 0.02 0.12 0.10 0.11 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.10 0.03 0.07 0.09 0.17 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.10 0.05
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.13 0.01 0.17 0.03 0.15 0.06 0.07 0.16 0.13 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.10 0.07
C4 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.17 0.05 0.09 0.08 0.14 0.09
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03
C5 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.22 0.06 0.08 0.07 0.13 0.10
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.15 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.07 0.10 0.09 0.11 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08
N3 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.09 0.04 0.11 0.09 0.13 0.09
N4 0.04 0.03 0.09 0.16 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.07 0.22 0.06 0.07 0.07 0.15 0.09
O2 0.06 0.01 0.17 0.13 0.03 0.08 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.21 0.17 0.05 0.14 0.12 0.11 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.02 0.09 0.07 0.21 0.00 0.06 0.03 0.06 0.06 0.09 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.17 0.02 0.22 0.05 0.18 0.05 0.09 0.22 0.17 0.06 0.00 0.02 0.15 0.08 0.15 0.13
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.13 0.14 0.07 0.10
O5' 0.09 0.12 0.05 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.11 0.11 0.07 0.14 0.06 0.15 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.10 0.05 0.04 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.09 0.09 0.07 0.12 0.06 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.11 0.10 0.10 0.14 0.03 0.13 0.02 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11 0.09 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.05 0.07 0.09 0.03 0.10 0.02 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.13 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00