ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49792

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
N3 B 0, 0.000, 0.288, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N4 B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.000, 0.420, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C2' A 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
O2 B 0, 0.000, 0.445, 0.889, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.445 std_dev=0.445
O2' B 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O4' A 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
N1 B 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531
C1' B 0, 0.000, 0.580, 1.160, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.580 std_dev=0.580
O2' A 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
C2' B 0, 0.000, 0.654, 1.308, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.654 std_dev=0.654
C5 B 0, 0.000, 0.848, 1.697, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.848 std_dev=0.848
C3' A 0, 0.000, 0.851, 1.702, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.851 std_dev=0.851
C6 B 0, 0.000, 0.897, 1.795, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.897 std_dev=0.897
C4' A 0, 0.000, 0.931, 1.863, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.931 std_dev=0.931
O3' A 0, 0.000, 1.094, 2.187, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.094 std_dev=1.094
O4' B 0, 0.000, 1.305, 2.611, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.305 std_dev=1.305
C3' B 0, 0.000, 1.425, 2.850, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.425 std_dev=1.425
C5' A 0, 0.000, 1.547, 3.094, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.547 std_dev=1.547
C4' B 0, 0.000, 1.616, 3.233, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.616 std_dev=1.616
OP1 A 0, 0.000, 1.797, 3.595, 3.595 max_d=3.595 avg_d=1.797 std_dev=1.797
O5' A 0, 0.000, 1.845, 3.690, 3.690 max_d=3.690 avg_d=1.845 std_dev=1.845
O3' B 0, 0.000, 1.870, 3.739, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.870 std_dev=1.870
P A 0, 0.000, 1.931, 3.862, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.931 std_dev=1.931
O5' B 0, 0.000, 2.380, 4.760, 4.760 max_d=4.760 avg_d=2.380 std_dev=2.380
C5' B 0, 0.000, 2.398, 4.796, 4.796 max_d=4.796 avg_d=2.398 std_dev=2.398
OP2 B 0, 0.000, 2.864, 5.728, 5.728 max_d=5.728 avg_d=2.864 std_dev=2.864
P B 0, 0.000, 3.140, 6.279, 6.279 max_d=6.279 avg_d=3.140 std_dev=3.140
OP2 A 0, 0.000, 3.250, 6.501, 6.501 max_d=6.501 avg_d=3.250 std_dev=3.250
OP1 B 0, 0.000, 3.944, 7.889, 7.889 max_d=7.889 avg_d=3.944 std_dev=3.944

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.02
C2 0.01 0.00 0.22 0.26 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.09 0.17 0.01 0.16 0.78 0.29
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.03 0.07 0.01 0.11 0.08 0.17 0.26 0.21 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.26 0.17 0.10
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.24 0.01 0.27 0.01 0.30 0.18 0.29 0.25 0.22 0.24 0.17 0.02 0.01 0.00 0.14 0.31 0.04 0.11 0.05
C4 0.00 0.00 0.12 0.24 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.05 0.19 0.00 0.18 0.78 0.30
C4' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.09 0.17 0.03 0.05 0.02 0.17 0.08 0.15 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.27 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.22 0.02 0.28 0.00 0.16 1.05 0.44
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.20 0.29 0.12 0.01 0.03 0.30 0.15 0.14 0.06 0.01 0.00 0.24 0.25 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.30 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.24 0.04 0.30 0.00 0.14 1.13 0.48
C8 0.00 0.00 0.08 0.18 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.16 0.07 0.27 0.00 0.22 0.93 0.40
N1 0.01 0.00 0.17 0.29 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.22 0.08 0.24 0.00 0.14 0.98 0.40
N2 0.01 0.00 0.26 0.25 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.11 0.13 0.01 0.15 0.69 0.24
N3 0.01 0.00 0.21 0.22 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.09 0.13 0.00 0.18 0.65 0.22
N7 0.00 0.00 0.03 0.24 0.00 0.17 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.22 0.04 0.33 0.00 0.17 1.16 0.51
N9 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.10 0.00 0.15 0.00 0.22 0.66 0.24
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.13 0.15 0.18 0.14 0.18 0.17 0.14 0.04 0.07 0.19 0.13 0.00 0.02 0.11 0.12 0.20 0.10 0.17 0.01
O3' 0.05 0.16 0.01 0.01 0.15 0.01 0.22 0.06 0.24 0.16 0.22 0.14 0.11 0.22 0.10 0.02 0.00 0.02 0.25 0.27 0.23 0.07 0.03
O4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.11 0.09 0.04 0.00 0.11 0.02 0.00 0.13 0.03 0.20 0.08 0.02
O5' 0.01 0.17 0.03 0.14 0.19 0.00 0.28 0.00 0.30 0.27 0.24 0.13 0.13 0.33 0.15 0.12 0.25 0.13 0.00 0.34 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.31 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.27 0.03 0.34 0.00 0.12 1.28 0.56
OP1 0.24 0.16 0.26 0.04 0.18 0.05 0.16 0.25 0.14 0.22 0.14 0.15 0.18 0.17 0.22 0.10 0.23 0.20 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.78 0.17 0.11 0.78 0.05 1.05 0.22 1.13 0.93 0.98 0.69 0.65 1.16 0.66 0.17 0.07 0.08 0.01 1.28 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.29 0.10 0.05 0.30 0.01 0.44 0.01 0.48 0.40 0.40 0.24 0.22 0.51 0.24 0.01 0.03 0.02 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.17 0.21 0.22 0.24 0.20 0.31 0.29 0.32 0.26 0.17 0.23 0.09 0.25 0.52 0.45 0.20 0.26 0.25 0.35
C2 0.23 0.18 0.24 0.24 0.23 0.11 0.28 0.15 0.28 0.24 0.18 0.22 0.10 0.28 0.48 0.36 0.08 0.10 0.12 0.20
C2' 0.41 0.42 0.09 0.18 0.49 0.23 0.51 0.29 0.49 0.45 0.44 0.50 0.36 0.14 0.52 0.54 0.22 0.22 0.30 0.37
C3' 0.51 0.47 0.08 0.01 0.50 0.39 0.54 0.43 0.54 0.51 0.47 0.49 0.43 0.07 0.29 0.64 0.35 0.35 0.38 0.47
C4 0.25 0.19 0.21 0.22 0.23 0.16 0.28 0.22 0.29 0.25 0.18 0.22 0.12 0.25 0.50 0.40 0.14 0.17 0.18 0.26
C4' 0.24 0.14 0.15 0.16 0.17 0.23 0.24 0.31 0.26 0.22 0.12 0.15 0.08 0.16 0.41 0.43 0.20 0.28 0.22 0.34
C5 0.23 0.18 0.17 0.21 0.21 0.13 0.24 0.18 0.24 0.22 0.18 0.20 0.14 0.23 0.46 0.34 0.11 0.14 0.15 0.21
C5' 0.32 0.19 0.02 0.02 0.21 0.34 0.28 0.42 0.31 0.27 0.16 0.17 0.15 0.01 0.23 0.49 0.30 0.40 0.30 0.43
C6 0.20 0.18 0.17 0.21 0.19 0.08 0.20 0.11 0.21 0.20 0.17 0.18 0.16 0.23 0.43 0.27 0.06 0.07 0.09 0.14
C8 0.24 0.18 0.16 0.19 0.22 0.17 0.26 0.24 0.27 0.24 0.18 0.21 0.14 0.20 0.47 0.39 0.17 0.22 0.21 0.29
N1 0.21 0.19 0.22 0.23 0.20 0.07 0.23 0.10 0.23 0.22 0.18 0.20 0.15 0.27 0.45 0.29 0.05 0.05 0.08 0.14
N2 0.20 0.17 0.25 0.25 0.24 0.09 0.29 0.13 0.28 0.23 0.18 0.23 0.05 0.28 0.45 0.33 0.06 0.07 0.10 0.18
N3 0.25 0.18 0.23 0.24 0.24 0.15 0.30 0.21 0.30 0.25 0.18 0.23 0.10 0.27 0.50 0.41 0.13 0.16 0.17 0.26
N7 0.22 0.18 0.14 0.19 0.20 0.14 0.23 0.20 0.24 0.22 0.18 0.20 0.15 0.19 0.45 0.33 0.13 0.17 0.17 0.23
N9 0.26 0.18 0.19 0.21 0.23 0.18 0.29 0.26 0.30 0.25 0.18 0.22 0.12 0.24 0.50 0.42 0.17 0.22 0.22 0.31
O2' 0.12 0.11 0.44 0.52 0.20 0.06 0.24 0.00 0.22 0.15 0.14 0.22 0.03 0.47 0.89 0.28 0.08 0.09 0.00 0.08
O3' 0.42 0.37 0.00 0.08 0.39 0.29 0.43 0.32 0.44 0.41 0.36 0.38 0.34 0.01 0.37 0.54 0.23 0.21 0.24 0.34
O4' 0.17 0.06 0.25 0.23 0.11 0.18 0.19 0.28 0.21 0.15 0.05 0.10 0.02 0.28 0.49 0.38 0.17 0.28 0.21 0.33
O5' 0.42 0.35 0.13 0.11 0.36 0.41 0.40 0.47 0.42 0.40 0.33 0.35 0.32 0.13 0.09 0.54 0.39 0.46 0.39 0.49
O6 0.15 0.15 0.12 0.18 0.15 0.03 0.15 0.04 0.14 0.15 0.15 0.15 0.16 0.18 0.37 0.17 0.02 0.01 0.04 0.07
OP1 0.01 0.02 0.26 0.31 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.28 0.53 0.10 0.05 0.00 0.02 0.05
OP2 1.25 1.08 1.08 1.10 1.05 1.35 1.13 1.41 1.19 1.17 1.01 0.99 1.06 1.12 0.97 1.38 1.30 1.40 1.25 1.38
P 0.63 0.52 0.36 0.36 0.52 0.66 0.58 0.73 0.62 0.59 0.49 0.49 0.49 0.38 0.16 0.77 0.63 0.71 0.62 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.16 0.17 0.17 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.18 0.23 0.24 0.18
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.14 0.16 0.17 0.14
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.11 0.00 0.08 0.00 0.05 0.06 0.11 0.12 0.08 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.09 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.19 0.23 0.23 0.17
N4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.19 0.27 0.27 0.21
O2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.03 0.15 0.17 0.17 0.12
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03
O3' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.12 0.01 0.06 0.02 0.17 0.03 0.00 0.01 0.12 0.05 0.16 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02
O5' 0.05 0.16 0.00 0.06 0.18 0.01 0.14 0.01 0.09 0.11 0.19 0.19 0.15 0.02 0.12 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.17 0.02 0.01 0.23 0.01 0.16 0.02 0.09 0.10 0.23 0.27 0.17 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.17 0.02 0.08 0.24 0.03 0.17 0.02 0.09 0.10 0.23 0.27 0.17 0.03 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.13 0.02 0.05 0.18 0.03 0.14 0.02 0.07 0.08 0.17 0.21 0.12 0.03 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00