ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49795

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 8, 10, 8, 6, 0, 3, 1, 1, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.022, 0.035, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.025, 0.039, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.039 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.033, 0.047, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.047 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.041, 0.057, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.057 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.026, 0.046, 0.065, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.046 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.036, 0.057, 0.078, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.057 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.020, 0.042, 0.065, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.030, 0.057, 0.083, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.057 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.043, 0.074, 0.105, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.074 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.053, 0.087, 0.120, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.087 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.039, 0.080, 0.121, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.080 std_dev=0.041
C2 B 0, 0.587, 0.875, 1.163, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.875 std_dev=0.288
N3 B 0, 0.354, 0.644, 0.934, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.644 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.736, 1.111, 1.485, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.111 std_dev=0.375
C5 B 0, 0.578, 0.970, 1.361, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.970 std_dev=0.392
C6 B 0, 0.621, 1.014, 1.408, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.014 std_dev=0.393
C4 B 0, 0.448, 0.877, 1.306, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.877 std_dev=0.429
O2 B 0, 0.721, 1.178, 1.635, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.178 std_dev=0.457
O5' B 0, 1.083, 1.684, 2.286, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.684 std_dev=0.601
C3' B 0, 0.942, 1.559, 2.176, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.559 std_dev=0.617
C1' B 0, 1.103, 1.743, 2.383, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.743 std_dev=0.640
O4 B 0, 0.616, 1.276, 1.936, 3.186 max_d=3.186 avg_d=1.276 std_dev=0.660
C2' B 0, 1.094, 1.799, 2.504, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.799 std_dev=0.705
OP2 B 0, 1.259, 1.984, 2.709, 3.105 max_d=3.105 avg_d=1.984 std_dev=0.725
P B 0, 1.287, 2.039, 2.791, 3.698 max_d=3.698 avg_d=2.039 std_dev=0.752
O4' B 0, 1.321, 2.079, 2.837, 3.390 max_d=3.390 avg_d=2.079 std_dev=0.758
C5' B 0, 1.266, 2.037, 2.809, 3.970 max_d=3.970 avg_d=2.037 std_dev=0.772
C4' B 0, 1.239, 2.013, 2.787, 3.690 max_d=3.690 avg_d=2.013 std_dev=0.774
O3' B 0, 1.152, 1.951, 2.749, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.951 std_dev=0.798
C2' A 0, 1.330, 2.169, 3.008, 2.749 max_d=2.749 avg_d=2.169 std_dev=0.839
O4' A 0, 1.252, 2.152, 3.053, 2.673 max_d=2.673 avg_d=2.152 std_dev=0.901
OP1 B 0, 1.279, 2.199, 3.119, 4.382 max_d=4.382 avg_d=2.199 std_dev=0.920
C4' A 0, 1.591, 2.564, 3.537, 3.439 max_d=3.439 avg_d=2.564 std_dev=0.973
O2' A 0, 1.872, 2.899, 3.926, 3.993 max_d=3.993 avg_d=2.899 std_dev=1.027
O2' B 0, 1.461, 2.543, 3.626, 4.341 max_d=4.341 avg_d=2.543 std_dev=1.082
C3' A 0, 1.698, 2.950, 4.203, 3.975 max_d=3.975 avg_d=2.950 std_dev=1.253
O3' A 0, 2.272, 3.706, 5.140, 5.333 max_d=5.333 avg_d=3.706 std_dev=1.434
C5' A 0, 3.222, 5.042, 6.862, 6.419 max_d=6.419 avg_d=5.042 std_dev=1.820
O5' A 0, 3.490, 6.139, 8.789, 8.108 max_d=8.108 avg_d=6.139 std_dev=2.649
P A 0, 5.052, 8.451, 11.850, 10.533 max_d=10.533 avg_d=8.451 std_dev=3.399
OP1 A 0, 5.074, 8.522, 11.970, 11.284 max_d=11.284 avg_d=8.522 std_dev=3.448
OP2 A 0, 6.184, 10.077, 13.970, 12.820 max_d=12.820 avg_d=10.077 std_dev=3.893

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.23 0.02 0.42 0.31 0.28
C2 0.05 0.00 0.45 0.87 0.01 0.59 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.89 0.24 1.24 0.01 1.46 1.20 1.45
C2' 0.00 0.45 0.00 0.00 0.22 0.03 0.09 0.15 0.18 0.25 0.33 0.55 0.45 0.16 0.04 0.00 0.07 0.01 0.38 0.13 0.50 0.47 0.34
C3' 0.01 0.87 0.00 0.00 0.44 0.00 0.27 0.02 0.43 0.30 0.69 1.06 0.82 0.17 0.10 0.02 0.01 0.03 0.43 0.35 0.53 0.55 0.38
C4 0.02 0.01 0.22 0.44 0.00 0.28 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.42 0.12 0.62 0.01 0.77 0.49 0.69
C4' 0.01 0.59 0.03 0.00 0.28 0.00 0.15 0.01 0.25 0.30 0.45 0.74 0.57 0.21 0.07 0.21 0.07 0.00 0.02 0.20 0.28 0.16 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.27 0.00 0.15 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.27 0.06 0.47 0.01 0.63 0.56 0.52
C5' 0.12 0.90 0.15 0.02 0.38 0.01 0.33 0.00 0.41 0.67 0.68 1.19 0.81 0.56 0.27 0.09 0.16 0.02 0.01 0.38 0.36 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.43 0.01 0.25 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.44 0.10 0.68 0.00 0.87 0.58 0.77
C8 0.01 0.01 0.25 0.30 0.00 0.30 0.01 0.67 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.27 0.13 0.56 0.02 0.62 1.10 0.62
N1 0.04 0.00 0.33 0.69 0.01 0.45 0.01 0.68 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.72 0.18 1.03 0.01 1.27 0.90 1.21
N2 0.06 0.01 0.55 1.06 0.01 0.74 0.01 1.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 1.13 0.29 1.56 0.01 1.84 1.71 1.87
N3 0.05 0.01 0.45 0.82 0.00 0.57 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.79 0.24 1.09 0.01 1.24 0.99 1.23
N7 0.01 0.01 0.16 0.17 0.01 0.21 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.08 0.46 0.02 0.54 1.04 0.51
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.31 0.01 0.46 0.51 0.35
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.22 0.21 0.22 0.09 0.26 0.17 0.31 0.40 0.32 0.19 0.12 0.00 0.10 0.11 0.22 0.26 0.48 0.34 0.24
O3' 0.08 0.89 0.07 0.01 0.42 0.07 0.27 0.16 0.44 0.27 0.72 1.13 0.79 0.15 0.09 0.10 0.00 0.05 0.46 0.37 0.71 0.79 0.51
O4' 0.01 0.24 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.18 0.29 0.24 0.08 0.02 0.11 0.05 0.00 0.34 0.08 0.56 0.31 0.41
O5' 0.23 1.24 0.38 0.43 0.62 0.02 0.47 0.01 0.68 0.56 1.03 1.56 1.09 0.46 0.31 0.22 0.46 0.34 0.00 0.60 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.20 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.37 0.08 0.60 0.00 0.79 0.62 0.67
OP1 0.42 1.46 0.50 0.53 0.77 0.28 0.63 0.36 0.87 0.62 1.27 1.84 1.24 0.54 0.46 0.48 0.71 0.56 0.02 0.79 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 1.20 0.47 0.55 0.49 0.16 0.56 0.24 0.58 1.10 0.90 1.71 0.99 1.04 0.51 0.34 0.79 0.31 0.02 0.62 0.01 0.00 0.00
P 0.28 1.45 0.34 0.38 0.69 0.10 0.52 0.02 0.77 0.62 1.21 1.87 1.23 0.51 0.35 0.24 0.51 0.41 0.00 0.67 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.22 0.22 0.26 0.27 0.42 0.25 0.46 0.26 0.26 0.25 0.21 0.24 0.33 0.33 0.51 0.35 0.38 0.45 0.44
C2 0.33 0.20 0.25 0.29 0.25 0.37 0.22 0.38 0.23 0.24 0.24 0.19 0.28 0.33 0.31 0.45 0.28 0.33 0.44 0.36
C2' 0.25 0.38 0.29 0.31 0.55 0.36 0.41 0.38 0.30 0.27 0.54 0.35 0.29 0.34 0.68 0.35 0.28 0.31 0.44 0.33
C3' 0.41 0.82 0.57 0.56 1.06 0.31 0.89 0.30 0.70 0.64 1.04 0.77 0.41 0.59 1.23 0.28 0.41 0.42 0.66 0.40
C4 0.33 0.20 0.21 0.25 0.26 0.38 0.24 0.43 0.25 0.24 0.25 0.19 0.20 0.33 0.31 0.49 0.32 0.36 0.44 0.43
C4' 0.31 0.59 0.53 0.54 0.80 0.32 0.64 0.34 0.49 0.45 0.77 0.56 0.44 0.66 0.94 0.32 0.29 0.38 0.49 0.31
C5 0.31 0.23 0.23 0.24 0.27 0.36 0.25 0.44 0.26 0.25 0.27 0.23 0.22 0.37 0.30 0.51 0.35 0.39 0.46 0.47
C5' 0.60 1.00 0.82 0.82 1.26 0.56 1.06 0.57 0.86 0.81 1.24 0.96 0.69 0.91 1.46 0.55 0.56 0.64 0.75 0.57
C6 0.29 0.25 0.26 0.25 0.28 0.34 0.27 0.41 0.27 0.25 0.29 0.28 0.29 0.39 0.30 0.50 0.33 0.38 0.47 0.46
C8 0.32 0.22 0.23 0.25 0.26 0.39 0.25 0.47 0.27 0.25 0.27 0.22 0.21 0.38 0.31 0.52 0.37 0.42 0.46 0.49
N1 0.29 0.21 0.24 0.27 0.26 0.34 0.24 0.38 0.24 0.22 0.27 0.20 0.26 0.36 0.30 0.45 0.29 0.33 0.45 0.39
N2 0.37 0.24 0.32 0.33 0.26 0.38 0.23 0.37 0.25 0.28 0.24 0.28 0.36 0.36 0.32 0.43 0.26 0.35 0.44 0.32
N3 0.34 0.21 0.23 0.27 0.26 0.38 0.23 0.40 0.24 0.25 0.24 0.20 0.26 0.32 0.32 0.47 0.29 0.34 0.44 0.38
N7 0.32 0.25 0.27 0.26 0.27 0.38 0.27 0.47 0.28 0.26 0.28 0.26 0.27 0.41 0.30 0.53 0.38 0.44 0.48 0.51
N9 0.33 0.21 0.21 0.25 0.26 0.40 0.24 0.45 0.25 0.25 0.25 0.19 0.20 0.33 0.32 0.51 0.34 0.38 0.45 0.45
O2' 0.67 0.51 0.63 0.66 0.50 0.77 0.50 0.78 0.54 0.56 0.50 0.51 0.70 0.67 0.53 0.75 0.68 0.69 0.71 0.71
O3' 0.46 0.89 0.57 0.55 1.19 0.34 1.01 0.34 0.80 0.72 1.14 0.83 0.39 0.55 1.38 0.34 0.47 0.51 0.78 0.50
O4' 0.24 0.26 0.35 0.38 0.39 0.29 0.30 0.33 0.22 0.21 0.37 0.25 0.33 0.56 0.49 0.40 0.21 0.28 0.37 0.31
O5' 0.91 1.41 1.25 1.25 1.76 0.77 1.55 0.76 1.31 1.21 1.69 1.32 1.01 1.34 1.97 0.67 0.99 0.95 1.22 0.93
O6 0.30 0.31 0.38 0.29 0.30 0.32 0.31 0.43 0.31 0.29 0.32 0.38 0.49 0.48 0.31 0.52 0.36 0.42 0.50 0.51
OP1 1.31 1.89 1.70 1.71 2.34 1.12 2.11 1.09 1.81 1.68 2.23 1.78 1.40 1.80 2.60 1.00 1.44 1.43 1.68 1.35
OP2 0.95 1.60 1.27 1.25 2.10 0.83 1.79 0.83 1.44 1.33 2.00 1.49 1.04 1.33 2.43 0.75 0.97 1.00 1.27 0.94
P 1.21 1.83 1.60 1.59 2.26 1.01 2.01 0.98 1.71 1.59 2.17 1.72 1.30 1.67 2.52 0.89 1.30 1.26 1.56 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.12 0.27 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.01 0.03 0.20 0.30 0.42 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.03 0.09 0.02 0.09 0.03 0.07 0.15 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.15 0.16 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.14 0.07 0.12 0.15 0.02 0.01 0.15 0.02 0.14 0.18 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.00 0.03 0.28 0.46 0.60 0.31
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.09 0.03 0.08 0.00 0.02 0.12 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.05 0.30 0.44 0.61 0.32
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.10 0.06 0.09 0.06 0.15 0.02 0.01 0.18 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.05 0.26 0.33 0.48 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.19 0.25 0.38 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.01 0.03 0.25 0.40 0.51 0.27
O2 0.04 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.01 0.06 0.17 0.26 0.37 0.18
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.03 0.09 0.15 0.00 0.05 0.09 0.07 0.05 0.13 0.18 0.07
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.16 0.03 0.19 0.06 0.16 0.07 0.14 0.18 0.05 0.00 0.20 0.03 0.18 0.30 0.29 0.20
O4 0.02 0.01 0.08 0.15 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.04 0.30 0.52 0.66 0.35
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.07 0.03 0.04 0.00 0.08 0.10 0.29 0.15
O5' 0.10 0.20 0.10 0.14 0.28 0.02 0.30 0.01 0.26 0.19 0.25 0.17 0.05 0.18 0.30 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.30 0.15 0.18 0.46 0.12 0.44 0.18 0.33 0.25 0.40 0.26 0.13 0.30 0.52 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.42 0.16 0.16 0.60 0.19 0.61 0.20 0.48 0.38 0.51 0.37 0.18 0.29 0.66 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.06 0.11 0.31 0.05 0.32 0.02 0.25 0.19 0.27 0.18 0.07 0.20 0.35 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00