ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49796

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 4, 4, 3, 3, 4, 3, 4, 2, 6, 8, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.028, 0.046, 0.065, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.046 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.040, 0.062, 0.083, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.062 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.013, 0.041, 0.068, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.032, 0.061, 0.089, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.061 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.056, 0.093, 0.129, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.093 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.043, 0.085, 0.127, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.085 std_dev=0.042
N7 A 0, 0.096, 0.143, 0.190, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.143 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.104, 0.164, 0.224, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.164 std_dev=0.060
C2 B 0, 0.269, 0.467, 0.665, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.467 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.333, 0.551, 0.769, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.551 std_dev=0.218
C6 B 0, 0.378, 0.647, 0.915, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.647 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.362, 0.644, 0.927, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.644 std_dev=0.282
O2 B 0, 0.424, 0.780, 1.136, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.780 std_dev=0.356
O5' B 0, 0.463, 0.940, 1.418, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.940 std_dev=0.477
C5 B 0, 0.510, 1.019, 1.529, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.019 std_dev=0.510
C1' B 0, 0.384, 0.931, 1.477, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.931 std_dev=0.547
C4 B 0, 0.517, 1.089, 1.660, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.089 std_dev=0.571
P B 0, 0.615, 1.271, 1.927, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.271 std_dev=0.656
O4' B 0, 0.470, 1.136, 1.803, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.136 std_dev=0.666
C3' B 0, 0.439, 1.112, 1.786, 2.842 max_d=2.842 avg_d=1.112 std_dev=0.674
OP1 B 0, 0.538, 1.263, 1.988, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.263 std_dev=0.725
C2' B 0, 0.394, 1.127, 1.860, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.127 std_dev=0.733
C5' B 0, 0.498, 1.232, 1.966, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.232 std_dev=0.734
C4' B 0, 0.480, 1.227, 1.975, 3.006 max_d=3.006 avg_d=1.227 std_dev=0.748
OP2 B 0, 0.754, 1.620, 2.486, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.620 std_dev=0.866
O4 B 0, 0.646, 1.599, 2.553, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.599 std_dev=0.954
O3' B 0, 0.531, 1.499, 2.468, 3.785 max_d=3.785 avg_d=1.499 std_dev=0.968
O2' B 0, 0.436, 1.567, 2.699, 3.478 max_d=3.478 avg_d=1.567 std_dev=1.131
C2' A 0, 0.189, 1.349, 2.508, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.349 std_dev=1.160
O4' A 0, 0.166, 1.385, 2.605, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.385 std_dev=1.220
C4' A 0, 0.299, 1.807, 3.315, 3.863 max_d=3.863 avg_d=1.807 std_dev=1.508
C3' A 0, 0.305, 1.814, 3.322, 3.836 max_d=3.836 avg_d=1.814 std_dev=1.509
O3' A 0, 0.391, 1.979, 3.566, 5.174 max_d=5.174 avg_d=1.979 std_dev=1.588
O2' A 0, 0.213, 1.850, 3.486, 3.981 max_d=3.981 avg_d=1.850 std_dev=1.636
C5' A 0, 0.451, 3.260, 6.068, 6.624 max_d=6.624 avg_d=3.260 std_dev=2.809
O5' A 0, 0.615, 3.807, 6.999, 7.838 max_d=7.838 avg_d=3.807 std_dev=3.192
OP1 A 0, 1.105, 5.230, 9.355, 11.661 max_d=11.661 avg_d=5.230 std_dev=4.125
P A 0, 0.870, 5.166, 9.462, 10.643 max_d=10.643 avg_d=5.166 std_dev=4.296
OP2 A 0, 1.115, 6.189, 11.262, 12.129 max_d=12.129 avg_d=6.189 std_dev=5.073

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.12 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.32 0.02 0.65 0.66 0.41
C2 0.05 0.00 0.34 1.02 0.01 0.86 0.01 1.38 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.48 0.77 0.48 1.36 0.01 1.38 1.43 1.61
C2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.17 0.02 0.10 0.21 0.16 0.20 0.26 0.41 0.34 0.14 0.05 0.01 0.06 0.02 0.50 0.14 0.95 0.60 0.58
C3' 0.01 1.02 0.00 0.00 0.55 0.01 0.38 0.03 0.57 0.28 0.84 1.22 0.96 0.18 0.16 0.03 0.01 0.02 0.41 0.49 0.77 0.34 0.38
C4 0.03 0.01 0.17 0.55 0.00 0.40 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.35 0.24 0.63 0.01 0.85 0.72 0.72
C4' 0.02 0.86 0.02 0.01 0.40 0.00 0.21 0.01 0.37 0.38 0.66 1.08 0.82 0.23 0.06 0.25 0.05 0.01 0.02 0.29 0.33 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.10 0.38 0.00 0.21 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.24 0.10 0.54 0.01 1.02 1.02 0.72
C5' 0.12 1.38 0.21 0.03 0.57 0.01 0.36 0.00 0.60 0.76 1.06 1.80 1.24 0.56 0.23 0.10 0.19 0.03 0.01 0.49 0.39 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.57 0.01 0.37 0.01 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.40 0.20 0.69 0.01 1.04 0.94 0.87
C8 0.02 0.01 0.20 0.28 0.01 0.38 0.01 0.76 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.28 0.26 0.97 0.02 1.57 1.77 1.27
N1 0.04 0.00 0.26 0.84 0.01 0.66 0.01 1.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.63 0.36 1.08 0.01 1.21 1.13 1.31
N2 0.06 0.01 0.41 1.22 0.01 1.08 0.01 1.80 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.56 0.99 0.57 1.78 0.02 1.83 2.09 2.16
N3 0.05 0.00 0.34 0.96 0.00 0.82 0.01 1.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.68 0.48 1.20 0.01 1.15 1.13 1.33
N7 0.02 0.01 0.14 0.18 0.01 0.23 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.17 0.15 0.82 0.02 1.49 1.70 1.14
N9 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.13 0.02 0.46 0.02 0.92 0.94 0.61
O2' 0.02 0.48 0.01 0.03 0.30 0.25 0.29 0.10 0.35 0.23 0.43 0.56 0.45 0.26 0.17 0.00 0.11 0.16 0.28 0.35 0.75 0.41 0.38
O3' 0.24 0.77 0.06 0.01 0.35 0.05 0.24 0.19 0.40 0.28 0.63 0.99 0.68 0.17 0.13 0.11 0.00 0.20 0.33 0.36 0.74 0.38 0.33
O4' 0.01 0.48 0.02 0.02 0.24 0.01 0.10 0.03 0.20 0.26 0.36 0.57 0.48 0.15 0.02 0.16 0.20 0.00 0.31 0.14 0.49 0.53 0.34
O5' 0.32 1.36 0.50 0.41 0.63 0.02 0.54 0.01 0.69 0.97 1.08 1.78 1.20 0.82 0.46 0.28 0.33 0.31 0.00 0.65 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.49 0.01 0.29 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.36 0.14 0.65 0.00 1.11 1.08 0.86
OP1 0.65 1.38 0.95 0.77 0.85 0.33 1.02 0.39 1.04 1.57 1.21 1.83 1.15 1.49 0.92 0.75 0.74 0.49 0.02 1.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.66 1.43 0.60 0.34 0.72 0.26 1.02 0.31 0.94 1.77 1.13 2.09 1.13 1.70 0.94 0.41 0.38 0.53 0.02 1.08 0.01 0.00 0.01
P 0.41 1.61 0.58 0.38 0.72 0.09 0.72 0.02 0.87 1.27 1.31 2.16 1.33 1.14 0.61 0.38 0.33 0.34 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.24 0.26 0.24 0.26 0.37 0.29 0.46 0.33 0.31 0.25 0.23 0.30 0.42 0.27 0.57 0.41 0.46 0.46 0.51
C2 0.33 0.21 0.24 0.25 0.23 0.32 0.24 0.37 0.27 0.27 0.22 0.20 0.29 0.36 0.26 0.47 0.36 0.36 0.40 0.40
C2' 0.25 0.30 0.29 0.27 0.40 0.31 0.29 0.35 0.23 0.23 0.41 0.31 0.29 0.35 0.49 0.37 0.31 0.35 0.34 0.34
C3' 0.58 0.97 0.77 0.72 1.16 0.42 0.98 0.38 0.82 0.79 1.16 0.96 0.66 0.77 1.30 0.39 0.53 0.45 0.69 0.48
C4 0.34 0.23 0.26 0.23 0.25 0.35 0.28 0.43 0.31 0.29 0.24 0.22 0.32 0.42 0.26 0.55 0.39 0.43 0.44 0.48
C4' 0.36 0.76 0.73 0.67 0.94 0.23 0.74 0.21 0.58 0.56 0.95 0.78 0.65 0.83 1.08 0.19 0.32 0.27 0.48 0.27
C5 0.34 0.25 0.31 0.24 0.28 0.35 0.31 0.46 0.34 0.30 0.27 0.25 0.41 0.48 0.28 0.59 0.42 0.47 0.47 0.52
C5' 0.72 1.36 1.11 1.03 1.66 0.49 1.37 0.44 1.10 1.06 1.66 1.35 0.92 1.15 1.89 0.39 0.63 0.53 0.88 0.56
C6 0.34 0.26 0.32 0.24 0.29 0.34 0.33 0.44 0.35 0.31 0.28 0.28 0.46 0.47 0.29 0.59 0.41 0.44 0.46 0.50
C8 0.34 0.25 0.31 0.26 0.27 0.37 0.32 0.49 0.35 0.30 0.26 0.24 0.40 0.51 0.28 0.60 0.44 0.51 0.50 0.56
N1 0.33 0.23 0.26 0.23 0.26 0.32 0.28 0.38 0.30 0.28 0.25 0.23 0.34 0.38 0.27 0.51 0.37 0.38 0.41 0.42
N2 0.33 0.22 0.27 0.28 0.22 0.32 0.21 0.34 0.24 0.26 0.21 0.25 0.31 0.34 0.26 0.41 0.36 0.34 0.40 0.37
N3 0.34 0.21 0.24 0.24 0.23 0.34 0.24 0.39 0.28 0.27 0.22 0.20 0.29 0.37 0.26 0.50 0.37 0.38 0.41 0.42
N7 0.34 0.26 0.35 0.27 0.29 0.36 0.34 0.50 0.36 0.31 0.28 0.27 0.47 0.54 0.29 0.62 0.45 0.52 0.51 0.58
N9 0.35 0.23 0.27 0.24 0.26 0.36 0.29 0.46 0.32 0.29 0.25 0.22 0.33 0.44 0.27 0.57 0.41 0.46 0.46 0.51
O2' 0.77 0.64 0.65 0.67 0.60 0.80 0.63 0.83 0.68 0.69 0.60 0.65 0.67 0.63 0.58 0.87 0.79 0.82 0.79 0.83
O3' 0.51 0.83 0.62 0.59 1.05 0.40 0.90 0.39 0.74 0.69 1.02 0.79 0.52 0.62 1.20 0.40 0.49 0.44 0.67 0.49
O4' 0.22 0.38 0.55 0.50 0.46 0.21 0.34 0.30 0.26 0.26 0.49 0.42 0.56 0.75 0.55 0.39 0.26 0.31 0.36 0.35
O5' 0.88 1.42 1.21 1.15 1.71 0.76 1.44 0.76 1.20 1.16 1.71 1.41 1.04 1.28 1.93 0.73 0.87 0.84 1.06 0.85
O6 0.35 0.30 0.42 0.28 0.33 0.34 0.37 0.48 0.39 0.34 0.31 0.33 0.65 0.55 0.32 0.65 0.44 0.49 0.51 0.55
OP1 1.20 1.65 1.48 1.49 2.03 1.23 1.75 1.27 1.48 1.41 1.99 1.59 1.34 1.64 2.32 1.17 1.30 1.35 1.45 1.30
OP2 1.20 1.77 1.37 1.31 2.19 1.19 1.82 1.26 1.52 1.46 2.17 1.73 1.19 1.37 2.52 1.23 1.25 1.29 1.41 1.30
P 1.17 1.85 1.54 1.49 2.25 1.02 1.91 1.03 1.60 1.53 2.23 1.80 1.31 1.62 2.55 0.95 1.19 1.17 1.44 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.13 0.24 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.02 0.04 0.28 0.23 0.30 0.22
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.03 0.11 0.03 0.08 0.19 0.00 0.02 0.07 0.01 0.19 0.24 0.16 0.12
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.03 0.17 0.07 0.12 0.19 0.02 0.01 0.14 0.01 0.24 0.33 0.12 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.04 0.41 0.36 0.40 0.36
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.14 0.24 0.07
C5 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.06 0.44 0.37 0.38 0.36
C5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.21 0.01 0.22 0.00 0.19 0.12 0.17 0.11 0.05 0.05 0.22 0.01 0.01 0.18 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.06 0.38 0.29 0.29 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.27 0.21 0.26 0.19
N3 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.03 0.35 0.30 0.35 0.29
O2 0.03 0.01 0.19 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.23 0.02 0.06 0.22 0.19 0.29 0.19
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.09 0.18 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.15 0.20 0.09
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.15 0.03 0.20 0.05 0.18 0.07 0.13 0.23 0.05 0.00 0.17 0.03 0.19 0.39 0.17 0.20
O4 0.02 0.02 0.07 0.14 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.17 0.00 0.04 0.44 0.40 0.45 0.40
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.08 0.11 0.32 0.16
O5' 0.14 0.28 0.19 0.24 0.41 0.02 0.44 0.01 0.38 0.27 0.35 0.22 0.06 0.19 0.44 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.23 0.24 0.33 0.36 0.14 0.37 0.18 0.29 0.21 0.30 0.19 0.15 0.39 0.40 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.30 0.16 0.12 0.40 0.24 0.38 0.28 0.29 0.26 0.35 0.29 0.20 0.17 0.45 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.12 0.18 0.36 0.07 0.36 0.02 0.27 0.19 0.29 0.19 0.09 0.20 0.40 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00