ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49798

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.016, 0.031, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.007, 0.041, 0.075, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.041 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.252, 0.625, 0.999, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.625 std_dev=0.374
C2' A 0, 0.361, 0.751, 1.142, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.751 std_dev=0.390
C4' A 0, 0.330, 0.789, 1.248, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.789 std_dev=0.459
C6 B 0, 0.455, 0.931, 1.407, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.931 std_dev=0.476
C5 B 0, 0.361, 0.841, 1.321, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.841 std_dev=0.480
N1 B 0, 0.312, 0.826, 1.340, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.826 std_dev=0.514
C4 B 0, 0.244, 0.759, 1.275, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.759 std_dev=0.515
O4 B 0, 0.485, 1.026, 1.567, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.026 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.631, 1.184, 1.737, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.184 std_dev=0.553
O2' A 0, 0.539, 1.094, 1.650, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.094 std_dev=0.555
C3' A 0, 0.559, 1.129, 1.699, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.129 std_dev=0.570
C2 B 0, 0.074, 0.650, 1.226, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.650 std_dev=0.576
O2 B 0, 0.280, 0.866, 1.452, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.866 std_dev=0.586
N3 B 0, 0.079, 0.667, 1.254, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.667 std_dev=0.588
O4' B 0, 0.833, 1.432, 2.032, 1.916 max_d=1.916 avg_d=1.432 std_dev=0.600
C2' B 0, 0.753, 1.386, 2.019, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.386 std_dev=0.633
C3' B 0, 0.830, 1.501, 2.172, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.501 std_dev=0.671
O5' B 0, 0.917, 1.636, 2.356, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.636 std_dev=0.719
C4' B 0, 0.988, 1.708, 2.428, 2.403 max_d=2.403 avg_d=1.708 std_dev=0.720
O2' B 0, 0.969, 1.743, 2.517, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.743 std_dev=0.774
OP2 B 0, 1.084, 1.867, 2.650, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.867 std_dev=0.783
O3' A 0, 0.796, 1.594, 2.393, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.594 std_dev=0.799
C5' B 0, 1.124, 1.936, 2.748, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.936 std_dev=0.812
O5' A 0, 0.607, 1.423, 2.239, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.423 std_dev=0.816
O3' B 0, 0.989, 1.811, 2.632, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.811 std_dev=0.821
C5' A 0, 0.659, 1.510, 2.362, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.510 std_dev=0.852
P B 0, 1.177, 2.064, 2.950, 2.726 max_d=2.726 avg_d=2.064 std_dev=0.887
OP2 A 0, 0.830, 1.811, 2.792, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.811 std_dev=0.981
OP1 B 0, 1.382, 2.462, 3.542, 3.565 max_d=3.565 avg_d=2.462 std_dev=1.080
P A 0, 0.883, 2.028, 3.172, 3.258 max_d=3.258 avg_d=2.028 std_dev=1.144
OP1 A 0, 1.482, 3.328, 5.174, 5.388 max_d=5.388 avg_d=3.328 std_dev=1.846

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.35 0.02 0.78 0.67 0.48
C2 0.03 0.00 0.17 0.15 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.21 0.11 0.49 0.00 1.22 1.01 0.78
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.03 0.08 0.09 0.13 0.21 0.17 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.30 0.06 0.58 0.50 0.32
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.03 0.12 0.17 0.12 0.18 0.14 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.32 0.13 0.42 0.40 0.23
C4 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.09 0.06 0.54 0.01 1.27 0.98 0.82
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.03 0.08 0.05 0.09 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.38 0.30 0.12
C5 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.04 0.64 0.01 1.54 1.10 1.01
C5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.10 0.07 0.16 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.14 0.40 0.35 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.06 0.65 0.00 1.60 1.15 1.04
C8 0.01 0.01 0.09 0.17 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.05 0.69 0.01 1.50 0.99 0.99
N1 0.02 0.00 0.13 0.12 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.15 0.09 0.57 0.00 1.44 1.11 0.93
N2 0.04 0.00 0.21 0.18 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.28 0.13 0.43 0.01 1.11 0.97 0.70
N3 0.03 0.01 0.17 0.14 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.19 0.10 0.45 0.01 1.10 0.93 0.70
N7 0.00 0.00 0.05 0.16 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.02 0.72 0.01 1.69 1.10 1.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.54 0.01 1.19 0.89 0.77
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.11 0.06 0.08 0.05 0.12 0.05 0.18 0.26 0.20 0.04 0.04 0.00 0.12 0.05 0.12 0.10 0.39 0.37 0.18
O3' 0.06 0.21 0.05 0.01 0.09 0.05 0.10 0.02 0.11 0.17 0.15 0.28 0.19 0.17 0.04 0.12 0.00 0.05 0.42 0.13 0.43 0.38 0.31
O4' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.35 0.05 0.69 0.58 0.44
O5' 0.35 0.49 0.30 0.32 0.54 0.01 0.64 0.00 0.65 0.69 0.57 0.43 0.45 0.72 0.54 0.12 0.42 0.35 0.00 0.69 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.05 0.69 0.00 1.74 1.20 1.14
OP1 0.78 1.22 0.58 0.42 1.27 0.38 1.54 0.40 1.60 1.50 1.44 1.11 1.10 1.69 1.19 0.39 0.43 0.69 0.01 1.74 0.00 0.00 0.00
OP2 0.67 1.01 0.50 0.40 0.98 0.30 1.10 0.35 1.15 0.99 1.11 0.97 0.93 1.10 0.89 0.37 0.38 0.58 0.02 1.20 0.00 0.00 0.00
P 0.48 0.78 0.32 0.23 0.82 0.12 1.01 0.01 1.04 0.99 0.93 0.70 0.70 1.10 0.77 0.18 0.31 0.44 0.00 1.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.25 0.23 0.22 0.32 0.23 0.33 0.25 0.31 0.27 0.29 0.21 0.21 0.20 0.33 0.29 0.32 0.28 0.51 0.37
C2 0.24 0.24 0.28 0.27 0.32 0.24 0.30 0.25 0.27 0.24 0.31 0.21 0.32 0.28 0.35 0.27 0.31 0.29 0.51 0.36
C2' 0.27 0.24 0.26 0.25 0.26 0.25 0.28 0.26 0.28 0.26 0.24 0.21 0.25 0.26 0.26 0.29 0.29 0.25 0.47 0.31
C3' 0.20 0.21 0.23 0.22 0.25 0.19 0.26 0.19 0.24 0.22 0.23 0.18 0.26 0.27 0.27 0.22 0.22 0.16 0.42 0.24
C4 0.25 0.28 0.22 0.21 0.34 0.22 0.33 0.24 0.31 0.28 0.33 0.26 0.23 0.21 0.36 0.28 0.29 0.25 0.44 0.31
C4' 0.25 0.27 0.21 0.20 0.36 0.21 0.37 0.24 0.34 0.29 0.31 0.21 0.20 0.19 0.38 0.29 0.32 0.28 0.50 0.37
C5 0.30 0.36 0.23 0.22 0.41 0.26 0.40 0.30 0.37 0.35 0.40 0.35 0.23 0.20 0.43 0.34 0.28 0.25 0.35 0.26
C5' 0.29 0.31 0.21 0.20 0.42 0.25 0.43 0.30 0.40 0.34 0.36 0.25 0.19 0.18 0.44 0.35 0.36 0.33 0.53 0.42
C6 0.32 0.42 0.23 0.21 0.46 0.25 0.44 0.29 0.41 0.39 0.45 0.41 0.26 0.21 0.48 0.35 0.27 0.25 0.32 0.25
C8 0.30 0.33 0.23 0.23 0.38 0.29 0.38 0.34 0.36 0.33 0.36 0.31 0.21 0.20 0.39 0.35 0.28 0.26 0.36 0.28
N1 0.23 0.36 0.24 0.23 0.41 0.20 0.37 0.22 0.33 0.31 0.42 0.36 0.32 0.26 0.44 0.26 0.27 0.23 0.40 0.28
N2 0.34 0.19 0.37 0.36 0.27 0.34 0.27 0.35 0.28 0.26 0.25 0.12 0.40 0.36 0.31 0.35 0.35 0.38 0.61 0.45
N3 0.25 0.23 0.26 0.25 0.30 0.23 0.30 0.24 0.28 0.25 0.28 0.19 0.27 0.25 0.33 0.27 0.31 0.29 0.53 0.38
N7 0.34 0.38 0.25 0.25 0.43 0.33 0.42 0.38 0.40 0.38 0.41 0.36 0.23 0.21 0.44 0.40 0.28 0.29 0.31 0.27
N9 0.26 0.28 0.22 0.21 0.34 0.24 0.34 0.26 0.32 0.29 0.32 0.25 0.21 0.20 0.36 0.30 0.30 0.25 0.44 0.31
O2' 0.37 0.36 0.33 0.33 0.38 0.34 0.40 0.36 0.40 0.38 0.36 0.33 0.30 0.30 0.38 0.39 0.40 0.37 0.57 0.42
O3' 0.29 0.34 0.31 0.30 0.39 0.26 0.38 0.25 0.35 0.33 0.37 0.33 0.33 0.35 0.41 0.28 0.28 0.23 0.47 0.28
O4' 0.30 0.33 0.25 0.24 0.43 0.26 0.44 0.30 0.40 0.35 0.39 0.28 0.22 0.21 0.45 0.34 0.38 0.35 0.55 0.44
O5' 0.84 0.72 0.77 0.80 0.74 0.88 0.82 0.92 0.85 0.81 0.70 0.67 0.75 0.76 0.71 0.92 0.93 0.94 0.98 0.96
O6 0.42 0.49 0.28 0.26 0.53 0.34 0.52 0.40 0.50 0.48 0.52 0.48 0.30 0.23 0.54 0.48 0.29 0.33 0.27 0.29
OP1 1.76 1.47 1.75 1.81 1.45 1.89 1.62 1.94 1.71 1.65 1.38 1.38 1.75 1.79 1.35 1.89 2.03 2.08 2.06 2.07
OP2 1.41 1.21 1.38 1.41 1.25 1.44 1.39 1.47 1.44 1.36 1.16 1.10 1.36 1.36 1.19 1.50 1.66 1.66 1.74 1.71
P 1.24 1.00 1.21 1.25 1.01 1.32 1.16 1.36 1.23 1.16 0.94 0.91 1.20 1.22 0.94 1.35 1.48 1.51 1.53 1.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.33 0.09
C2 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.02 0.21 0.10 0.32 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.24 0.20 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.10 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.29 0.35 0.14 0.18
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.30 0.18 0.31 0.17
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.31 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.31 0.18 0.32 0.18
C5' 0.03 0.11 0.01 0.01 0.20 0.00 0.21 0.00 0.17 0.11 0.16 0.07 0.02 0.02 0.22 0.01 0.00 0.15 0.33 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.27 0.14 0.34 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.20 0.09 0.33 0.10
N3 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.01 0.26 0.14 0.32 0.13
O2 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.04 0.17 0.08 0.32 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.17 0.26 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.10 0.13 0.03 0.00 0.10 0.00 0.26 0.44 0.10 0.23
O4 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.31 0.21 0.30 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.39 0.17
O5' 0.10 0.21 0.20 0.29 0.30 0.00 0.31 0.00 0.27 0.20 0.26 0.17 0.05 0.26 0.31 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.24 0.35 0.18 0.12 0.18 0.15 0.14 0.09 0.14 0.08 0.17 0.44 0.21 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.33 0.32 0.20 0.14 0.31 0.31 0.32 0.33 0.34 0.33 0.32 0.32 0.26 0.10 0.30 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.10 0.07 0.18 0.17 0.04 0.18 0.01 0.14 0.10 0.13 0.08 0.04 0.23 0.20 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00