ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49799

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.013, 0.063, 0.112, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.063 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.021, 0.083, 0.146, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.083 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.072, 0.179, 0.285, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.179 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.056, 0.187, 0.318, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.187 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.044, 0.181, 0.318, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.181 std_dev=0.137
C5' A 0, 0.125, 0.301, 0.478, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.301 std_dev=0.177
O5' A 0, 0.071, 0.283, 0.495, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.283 std_dev=0.212
O2' B 0, 0.088, 0.325, 0.562, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.325 std_dev=0.237
O3' A 0, 0.078, 0.323, 0.568, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.323 std_dev=0.245
P A 0, 0.113, 0.446, 0.778, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.446 std_dev=0.332
C2' B 0, 0.101, 0.439, 0.777, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.439 std_dev=0.338
O2 B 0, 0.073, 0.476, 0.879, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.476 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.135, 0.550, 0.966, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.550 std_dev=0.416
C3' B 0, 0.142, 0.583, 1.024, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.583 std_dev=0.441
O3' B 0, 0.124, 0.572, 1.020, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.572 std_dev=0.448
C2 B 0, 0.094, 0.573, 1.051, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.573 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.182, 0.664, 1.146, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.664 std_dev=0.482
O4' B 0, 0.183, 0.671, 1.159, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.671 std_dev=0.488
N1 B 0, 0.126, 0.623, 1.121, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.623 std_dev=0.497
OP2 B 0, 0.176, 0.748, 1.320, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.748 std_dev=0.572
N3 B 0, 0.099, 0.679, 1.260, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.679 std_dev=0.581
C5' B 0, 0.227, 0.820, 1.413, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.820 std_dev=0.593
C6 B 0, 0.158, 0.774, 1.389, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.774 std_dev=0.616
OP2 A 0, -0.027, 0.598, 1.222, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.598 std_dev=0.625
O5' B 0, 0.226, 0.857, 1.489, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.857 std_dev=0.632
P B 0, 0.202, 0.840, 1.478, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.840 std_dev=0.638
OP1 B 0, 0.275, 0.920, 1.565, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.920 std_dev=0.645
C4 B 0, 0.128, 0.809, 1.489, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.809 std_dev=0.680
C5 B 0, 0.158, 0.856, 1.554, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.856 std_dev=0.698
OP1 A 0, 0.068, 0.772, 1.476, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.772 std_dev=0.704
O4 B 0, 0.134, 0.894, 1.654, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.894 std_dev=0.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.40 0.11
C2 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.07 0.01 0.09 0.00 0.11 0.54 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.31 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.21 0.21 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.11 0.00 0.13 0.54 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.25 0.22 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.15 0.00 0.25 0.60 0.29
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.12 0.16 0.08 0.01 0.02 0.17 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.15 0.26 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.15 0.00 0.29 0.62 0.31
C8 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.17 0.00 0.22 0.57 0.27
N1 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.01 0.12 0.00 0.21 0.59 0.27
N2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.11 0.01 0.08 0.00 0.07 0.53 0.19
N3 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.00 0.09 0.00 0.07 0.51 0.18
N7 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.18 0.00 0.32 0.63 0.32
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.10 0.50 0.19
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.04 0.10 0.01 0.13 0.19 0.15 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.29 0.25 0.05
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.06 0.12 0.05 0.11 0.07 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.08 0.35 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.02 0.16 0.35 0.12
O5' 0.08 0.09 0.02 0.04 0.11 0.02 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.08 0.09 0.18 0.11 0.02 0.10 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.02 0.17 0.00 0.37 0.64 0.35
OP1 0.11 0.11 0.18 0.21 0.13 0.25 0.25 0.26 0.29 0.22 0.21 0.07 0.07 0.32 0.10 0.29 0.35 0.16 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00
OP2 0.40 0.54 0.31 0.21 0.54 0.22 0.60 0.13 0.62 0.57 0.59 0.53 0.51 0.63 0.50 0.25 0.16 0.35 0.00 0.64 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.21 0.08 0.07 0.22 0.02 0.29 0.01 0.31 0.27 0.27 0.19 0.18 0.32 0.19 0.05 0.13 0.12 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.17 0.06 0.07 0.21 0.05 0.16 0.06 0.13 0.13 0.22 0.18 0.05 0.10 0.24 0.05 0.06 0.10 0.07 0.06
C2 0.03 0.05 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.03 0.06 0.09 0.07 0.06
C2' 0.15 0.24 0.14 0.14 0.28 0.13 0.25 0.13 0.21 0.20 0.28 0.24 0.11 0.15 0.31 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14
C3' 0.10 0.22 0.08 0.08 0.27 0.06 0.22 0.07 0.18 0.17 0.28 0.23 0.05 0.08 0.31 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09
C4 0.03 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.08 0.07 0.12 0.08 0.05 0.08 0.11 0.08 0.08
C4' 0.11 0.25 0.08 0.08 0.31 0.06 0.24 0.07 0.19 0.18 0.31 0.25 0.06 0.10 0.35 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08
C5 0.10 0.04 0.12 0.15 0.03 0.14 0.06 0.15 0.08 0.07 0.03 0.05 0.13 0.18 0.02 0.13 0.15 0.17 0.15 0.15
C5' 0.03 0.20 0.04 0.08 0.27 0.08 0.19 0.10 0.12 0.12 0.27 0.21 0.08 0.15 0.33 0.03 0.07 0.15 0.07 0.09
C6 0.15 0.10 0.16 0.19 0.10 0.18 0.13 0.18 0.15 0.13 0.09 0.08 0.16 0.20 0.09 0.17 0.18 0.19 0.18 0.18
C8 0.07 0.05 0.09 0.14 0.05 0.13 0.01 0.15 0.03 0.03 0.07 0.08 0.11 0.18 0.07 0.10 0.14 0.18 0.13 0.14
N1 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.09 0.11 0.12 0.08 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11
N2 0.09 0.08 0.13 0.14 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.16 0.09 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10
N3 0.05 0.10 0.06 0.07 0.11 0.05 0.09 0.06 0.08 0.08 0.12 0.11 0.05 0.10 0.12 0.04 0.06 0.09 0.06 0.06
N7 0.12 0.04 0.14 0.18 0.03 0.18 0.07 0.19 0.10 0.08 0.02 0.04 0.14 0.22 0.01 0.15 0.18 0.22 0.18 0.19
N9 0.03 0.09 0.05 0.09 0.11 0.07 0.07 0.09 0.04 0.05 0.12 0.11 0.07 0.13 0.13 0.04 0.08 0.12 0.07 0.08
O2' 0.28 0.38 0.26 0.26 0.43 0.25 0.39 0.26 0.35 0.34 0.42 0.36 0.23 0.25 0.45 0.27 0.27 0.27 0.28 0.27
O3' 0.17 0.29 0.14 0.13 0.35 0.12 0.30 0.12 0.25 0.24 0.35 0.28 0.09 0.10 0.39 0.15 0.14 0.14 0.17 0.15
O4' 0.05 0.17 0.05 0.08 0.22 0.06 0.16 0.07 0.12 0.11 0.22 0.18 0.06 0.12 0.25 0.03 0.06 0.11 0.06 0.07
O5' 0.05 0.16 0.05 0.08 0.18 0.08 0.12 0.10 0.08 0.09 0.20 0.18 0.07 0.14 0.22 0.05 0.09 0.14 0.07 0.09
O6 0.22 0.16 0.23 0.26 0.18 0.26 0.21 0.26 0.23 0.20 0.15 0.13 0.22 0.27 0.17 0.25 0.26 0.26 0.25 0.26
OP1 0.17 0.11 0.23 0.33 0.17 0.35 0.07 0.40 0.08 0.07 0.20 0.14 0.28 0.44 0.25 0.25 0.35 0.50 0.33 0.38
OP2 0.63 0.46 0.66 0.71 0.40 0.74 0.48 0.77 0.55 0.55 0.39 0.45 0.70 0.76 0.34 0.69 0.72 0.80 0.69 0.74
P 0.27 0.12 0.32 0.39 0.08 0.40 0.13 0.44 0.19 0.19 0.09 0.12 0.36 0.46 0.09 0.34 0.40 0.50 0.38 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.10 0.12 0.16 0.13
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.13 0.16 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.10 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.14 0.18 0.14
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.05 0.12 0.03 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.05 0.05 0.08 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.02 0.03 0.16 0.01 0.16 0.00 0.12 0.10 0.14 0.09 0.01 0.07 0.18 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.00 0.13 0.00 0.10 0.07 0.10 0.06 0.01 0.05 0.14 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00