ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49800

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 16, 30, 23, 12, 6, 15, 14, 13, 7, 8, 2, 2, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.024, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.022, 0.037, 0.053, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.026, 0.043, 0.060, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.043 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.037, 0.056, 0.075, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.056 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.055, 0.079, 0.102, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.079 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.044, 0.068, 0.092, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.068 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.041, 0.069, 0.097, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.069 std_dev=0.028
N1 B 0, 0.264, 0.504, 0.744, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.504 std_dev=0.240
O4' A 0, 0.047, 0.294, 0.541, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.294 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.315, 0.565, 0.815, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.565 std_dev=0.250
C2' A 0, 0.104, 0.363, 0.621, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.363 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.471, 0.748, 1.024, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.748 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.461, 0.748, 1.036, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.748 std_dev=0.287
N6 B 0, 0.482, 0.772, 1.062, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.772 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.467, 0.821, 1.174, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.821 std_dev=0.354
C4' A 0, 0.139, 0.508, 0.877, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.508 std_dev=0.369
C4 B 0, 0.327, 0.705, 1.083, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.705 std_dev=0.378
O2' A 0, 0.069, 0.460, 0.850, 4.005 max_d=4.005 avg_d=0.460 std_dev=0.391
N7 B 0, 0.690, 1.085, 1.480, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.085 std_dev=0.395
C8 B 0, 0.732, 1.137, 1.542, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.137 std_dev=0.405
N9 B 0, 0.521, 0.929, 1.337, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.929 std_dev=0.408
C3' A 0, 0.164, 0.613, 1.062, 3.447 max_d=3.447 avg_d=0.613 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.491, 1.045, 1.599, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.045 std_dev=0.554
C5' A 0, 0.214, 0.833, 1.453, 5.523 max_d=5.523 avg_d=0.833 std_dev=0.620
O3' A 0, 0.295, 0.978, 1.662, 4.306 max_d=4.306 avg_d=0.978 std_dev=0.684
O4' B 0, 0.697, 1.383, 2.069, 2.798 max_d=2.798 avg_d=1.383 std_dev=0.686
C2' B 0, 0.295, 1.205, 2.116, 3.952 max_d=3.952 avg_d=1.205 std_dev=0.910
O2' B 0, 0.442, 1.430, 2.418, 4.837 max_d=4.837 avg_d=1.430 std_dev=0.988
C4' B 0, 0.518, 1.550, 2.583, 4.431 max_d=4.431 avg_d=1.550 std_dev=1.033
C3' B 0, 0.343, 1.449, 2.555, 4.813 max_d=4.813 avg_d=1.449 std_dev=1.106
O5' B 0, 0.865, 2.128, 3.392, 6.149 max_d=6.149 avg_d=2.128 std_dev=1.263
O5' A 0, 0.435, 1.772, 3.109, 7.130 max_d=7.130 avg_d=1.772 std_dev=1.337
C5' B 0, 0.652, 2.018, 3.383, 6.122 max_d=6.122 avg_d=2.018 std_dev=1.366
O3' B 0, 0.404, 1.790, 3.176, 6.403 max_d=6.403 avg_d=1.790 std_dev=1.386
P B 0, 1.182, 2.693, 4.204, 7.949 max_d=7.949 avg_d=2.693 std_dev=1.511
OP2 B 0, 0.976, 2.741, 4.506, 9.066 max_d=9.066 avg_d=2.741 std_dev=1.765
P A 0, 0.661, 2.430, 4.199, 10.239 max_d=10.239 avg_d=2.430 std_dev=1.769
OP1 B 0, 1.752, 3.683, 5.614, 9.930 max_d=9.930 avg_d=3.683 std_dev=1.931
OP2 A 0, 0.867, 2.948, 5.028, 11.629 max_d=11.629 avg_d=2.948 std_dev=2.081
OP1 A 0, 0.604, 2.993, 5.382, 10.903 max_d=10.903 avg_d=2.993 std_dev=2.389

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.31 0.26 0.30 0.18
C2 0.04 0.00 0.22 0.25 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.33 0.11 0.59 0.48 0.80 0.48
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.09 0.12 0.12 0.17 0.22 0.11 0.10 0.04 0.01 0.03 0.02 0.40 0.46 0.42 0.33
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.19 0.01 0.22 0.03 0.24 0.24 0.25 0.23 0.26 0.25 0.14 0.02 0.01 0.03 0.37 0.56 0.27 0.28
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.18 0.06 0.62 0.48 0.75 0.46
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.19 0.32 0.11
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.19 0.04 0.79 0.70 1.03 0.67
C5' 0.05 0.20 0.09 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.18 0.21 0.19 0.19 0.20 0.22 0.10 0.08 0.13 0.02 0.01 0.40 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.06 0.80 0.71 1.11 0.69
C8 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.20 0.08 0.85 0.77 0.96 0.71
N1 0.03 0.01 0.17 0.25 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.29 0.09 0.70 0.59 0.98 0.59
N3 0.04 0.01 0.22 0.23 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.31 0.11 0.52 0.41 0.66 0.40
N6 0.02 0.01 0.11 0.26 0.02 0.11 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.19 0.25 0.06 0.89 0.86 1.30 0.83
N7 0.01 0.01 0.10 0.25 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.18 0.22 0.06 0.92 0.89 1.20 0.84
N9 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.02 0.60 0.47 0.63 0.42
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.14 0.16 0.16 0.08 0.18 0.16 0.18 0.18 0.19 0.18 0.10 0.00 0.06 0.11 0.16 0.29 0.43 0.24
O3' 0.15 0.33 0.03 0.01 0.18 0.03 0.19 0.13 0.24 0.20 0.29 0.31 0.25 0.22 0.09 0.06 0.00 0.10 0.24 0.60 0.39 0.26
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.11 0.10 0.00 0.17 0.22 0.23 0.19
O5' 0.31 0.59 0.40 0.37 0.62 0.02 0.79 0.01 0.80 0.85 0.70 0.52 0.89 0.92 0.60 0.16 0.24 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.26 0.48 0.46 0.56 0.48 0.19 0.70 0.40 0.71 0.77 0.59 0.41 0.86 0.89 0.47 0.29 0.60 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.80 0.42 0.27 0.75 0.32 1.03 0.41 1.11 0.96 0.98 0.66 1.30 1.20 0.63 0.43 0.39 0.23 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.48 0.33 0.28 0.46 0.11 0.67 0.02 0.69 0.71 0.59 0.40 0.83 0.84 0.42 0.24 0.26 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.19 0.24 0.29 0.18 0.25 0.19 0.36 0.17 0.22 0.17 0.18 0.18 0.23 0.20 0.32 0.30 0.29 0.58 1.54 1.05 0.87
C2 0.19 0.20 0.39 0.36 0.17 0.22 0.18 0.34 0.18 0.18 0.17 0.20 0.24 0.20 0.17 0.44 0.46 0.29 0.52 1.33 0.97 0.78
C2' 0.22 0.18 0.24 0.28 0.17 0.27 0.19 0.43 0.17 0.24 0.16 0.17 0.22 0.25 0.20 0.30 0.26 0.30 0.66 1.60 1.18 0.99
C3' 0.37 0.34 0.35 0.37 0.33 0.37 0.32 0.48 0.30 0.36 0.32 0.34 0.32 0.34 0.35 0.41 0.34 0.41 0.68 1.61 1.15 0.96
C4 0.17 0.18 0.30 0.29 0.16 0.19 0.16 0.30 0.15 0.17 0.16 0.18 0.19 0.19 0.16 0.35 0.34 0.25 0.52 1.41 0.99 0.79
C4' 0.30 0.25 0.28 0.35 0.26 0.36 0.26 0.47 0.24 0.31 0.25 0.25 0.25 0.30 0.29 0.36 0.34 0.37 0.65 1.63 1.12 0.94
C5 0.17 0.19 0.31 0.30 0.15 0.18 0.16 0.28 0.16 0.17 0.15 0.18 0.21 0.19 0.16 0.36 0.35 0.24 0.49 1.35 0.95 0.76
C5' 0.43 0.37 0.42 0.48 0.39 0.50 0.40 0.60 0.38 0.45 0.37 0.38 0.39 0.44 0.42 0.49 0.49 0.50 0.74 1.68 1.18 1.01
C6 0.18 0.19 0.38 0.36 0.17 0.21 0.19 0.31 0.20 0.19 0.17 0.19 0.27 0.21 0.17 0.42 0.43 0.27 0.49 1.27 0.93 0.74
C8 0.21 0.20 0.25 0.30 0.19 0.24 0.19 0.33 0.18 0.22 0.19 0.20 0.19 0.22 0.20 0.32 0.30 0.27 0.55 1.48 1.00 0.82
N1 0.20 0.21 0.43 0.39 0.19 0.24 0.20 0.35 0.21 0.20 0.19 0.21 0.27 0.22 0.19 0.47 0.50 0.31 0.51 1.27 0.95 0.76
N3 0.17 0.19 0.33 0.31 0.16 0.19 0.16 0.32 0.16 0.17 0.16 0.18 0.20 0.19 0.16 0.39 0.38 0.27 0.52 1.39 0.99 0.80
N6 0.20 0.21 0.42 0.39 0.20 0.23 0.23 0.32 0.25 0.23 0.20 0.20 0.31 0.25 0.20 0.45 0.48 0.29 0.49 1.20 0.89 0.71
N7 0.18 0.20 0.26 0.29 0.17 0.19 0.17 0.28 0.16 0.19 0.18 0.19 0.19 0.20 0.17 0.32 0.30 0.24 0.51 1.39 0.96 0.76
N9 0.20 0.19 0.26 0.29 0.17 0.22 0.18 0.33 0.16 0.20 0.17 0.18 0.18 0.21 0.19 0.32 0.30 0.27 0.55 1.48 1.02 0.83
O2' 0.27 0.24 0.29 0.34 0.25 0.35 0.26 0.50 0.24 0.30 0.23 0.24 0.27 0.30 0.27 0.34 0.34 0.38 0.71 1.62 1.23 1.06
O3' 0.40 0.34 0.38 0.38 0.34 0.39 0.33 0.50 0.31 0.38 0.33 0.35 0.33 0.37 0.37 0.44 0.35 0.42 0.69 1.60 1.17 0.97
O4' 0.27 0.24 0.26 0.33 0.24 0.32 0.24 0.41 0.22 0.29 0.23 0.24 0.22 0.28 0.26 0.35 0.33 0.34 0.62 1.61 1.05 0.89
O5' 1.33 1.22 1.28 1.29 1.28 1.34 1.25 1.34 1.21 1.28 1.19 1.26 1.17 1.25 1.30 1.32 1.27 1.37 1.41 1.98 1.62 1.52
OP1 1.77 1.45 1.68 1.72 1.62 1.85 1.59 1.90 1.46 1.73 1.39 1.56 1.39 1.66 1.72 1.71 1.68 1.88 1.95 2.41 2.17 2.06
OP2 2.02 1.80 1.96 1.97 1.94 2.00 1.92 1.97 1.82 1.99 1.75 1.89 1.75 1.96 1.99 1.97 1.93 2.05 2.01 2.39 2.05 2.00
P 1.53 1.31 1.47 1.51 1.44 1.58 1.42 1.60 1.32 1.51 1.26 1.39 1.27 1.47 1.50 1.49 1.48 1.61 1.68 2.21 1.86 1.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.14 0.38 0.43 0.21
C2 0.04 0.00 0.32 0.24 0.01 0.13 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.28 0.24 0.39 0.85 0.78 0.55
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.16 0.03 0.08 0.09 0.14 0.18 0.25 0.32 0.10 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.26 0.44 0.44 0.29
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.17 0.01 0.19 0.03 0.21 0.20 0.23 0.22 0.22 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.27 0.39 0.35 0.24
C4 0.02 0.01 0.16 0.17 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.13 0.35 0.80 0.68 0.47
C4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.15 0.10 0.12 0.09 0.13 0.05 0.17 0.03 0.00 0.03 0.35 0.33 0.11
C5 0.02 0.02 0.08 0.19 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.06 0.42 1.06 0.78 0.57
C5' 0.05 0.25 0.09 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.20 0.24 0.23 0.23 0.22 0.23 0.12 0.10 0.11 0.02 0.01 0.41 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.21 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.18 0.11 0.44 1.14 0.85 0.63
C8 0.02 0.02 0.18 0.20 0.01 0.15 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.19 0.15 0.46 0.95 0.67 0.52
N1 0.03 0.01 0.25 0.23 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.24 0.19 0.42 1.02 0.84 0.61
N3 0.04 0.01 0.32 0.22 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.26 0.24 0.34 0.71 0.70 0.48
N6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.18 0.08 0.48 1.31 0.91 0.69
N7 0.01 0.02 0.11 0.20 0.01 0.13 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.18 0.08 0.49 1.19 0.80 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.30 0.67 0.57 0.37
O2' 0.02 0.32 0.01 0.02 0.16 0.17 0.16 0.10 0.18 0.27 0.25 0.31 0.19 0.24 0.11 0.00 0.05 0.11 0.16 0.43 0.41 0.22
O3' 0.11 0.28 0.03 0.01 0.14 0.03 0.14 0.11 0.18 0.19 0.24 0.26 0.18 0.18 0.07 0.05 0.00 0.08 0.25 0.56 0.38 0.25
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.15 0.19 0.24 0.08 0.08 0.02 0.11 0.08 0.00 0.12 0.32 0.50 0.22
O5' 0.14 0.39 0.26 0.27 0.35 0.03 0.42 0.01 0.44 0.46 0.42 0.34 0.48 0.49 0.30 0.16 0.25 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.38 0.85 0.44 0.39 0.80 0.35 1.06 0.41 1.14 0.95 1.02 0.71 1.31 1.19 0.67 0.43 0.56 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.78 0.44 0.35 0.68 0.33 0.78 0.35 0.85 0.67 0.84 0.70 0.91 0.80 0.57 0.41 0.38 0.50 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.55 0.29 0.24 0.47 0.11 0.57 0.02 0.63 0.52 0.61 0.48 0.69 0.62 0.37 0.22 0.25 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00