Doublet Group distance statistics: 49801

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 5, 2, 6, 17, 20, 9, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.016, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.025, 0.037, 0.049, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.043, 0.065, 0.086, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.065 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.027, 0.050, 0.074, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.050 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.030, 0.060, 0.090, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.060 std_dev=0.030
C4 B 0, 0.248, 0.401, 0.554, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.401 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.270, 0.479, 0.687, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.479 std_dev=0.208
N1 B 0, 0.317, 0.529, 0.742, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.529 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.212, 0.430, 0.647, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.430 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.310, 0.570, 0.830, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.570 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.403, 0.676, 0.950, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.676 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.682, 1.003, 1.324, 1.490 max_d=1.490 avg_d=1.003 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.219, 0.562, 0.906, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.562 std_dev=0.343
N6 B 0, 0.435, 0.816, 1.197, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.816 std_dev=0.381
C2' A 0, 0.301, 0.719, 1.137, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.719 std_dev=0.418
O4' A 0, 0.310, 0.728, 1.145, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.728 std_dev=0.418
C2' B 0, 0.990, 1.412, 1.834, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.412 std_dev=0.422
O4' B 0, 0.771, 1.226, 1.680, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.226 std_dev=0.455
N7 B 0, 0.215, 0.720, 1.224, 2.336 max_d=2.336 avg_d=0.720 std_dev=0.505
C8 B 0, 0.205, 0.749, 1.294, 2.399 max_d=2.399 avg_d=0.749 std_dev=0.545
C4' A 0, 0.497, 1.088, 1.679, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.088 std_dev=0.591
O2' A 0, 0.349, 0.942, 1.534, 3.455 max_d=3.455 avg_d=0.942 std_dev=0.593
C3' A 0, 0.555, 1.204, 1.854, 3.678 max_d=3.678 avg_d=1.204 std_dev=0.650
C4' B 0, 1.038, 1.690, 2.341, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.690 std_dev=0.651
C3' B 0, 0.588, 1.427, 2.265, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.427 std_dev=0.839
O2' B 0, 1.699, 2.593, 3.488, 3.789 max_d=3.789 avg_d=2.593 std_dev=0.895
O3' A 0, 0.844, 1.748, 2.651, 4.360 max_d=4.360 avg_d=1.748 std_dev=0.903
C5' B 0, 1.781, 2.748, 3.714, 4.898 max_d=4.898 avg_d=2.748 std_dev=0.967
C5' A 0, 0.705, 1.711, 2.718, 6.182 max_d=6.182 avg_d=1.711 std_dev=1.006
O5' B 0, 1.764, 2.917, 4.069, 5.785 max_d=5.785 avg_d=2.917 std_dev=1.152
O3' B 0, 0.466, 1.751, 3.035, 4.346 max_d=4.346 avg_d=1.751 std_dev=1.284
O5' A 0, 0.660, 2.067, 3.474, 6.858 max_d=6.858 avg_d=2.067 std_dev=1.407
P B 0, 2.412, 4.018, 5.625, 7.527 max_d=7.527 avg_d=4.018 std_dev=1.606
OP2 B 0, 2.431, 4.119, 5.808, 8.353 max_d=8.353 avg_d=4.119 std_dev=1.688
P A 0, 0.655, 2.442, 4.230, 9.139 max_d=9.139 avg_d=2.442 std_dev=1.787
OP1 B 0, 2.581, 4.567, 6.553, 7.747 max_d=7.747 avg_d=4.567 std_dev=1.986
OP2 A 0, 0.977, 3.017, 5.057, 11.053 max_d=11.053 avg_d=3.017 std_dev=2.040
OP1 A 0, 0.612, 2.655, 4.698, 9.162 max_d=9.162 avg_d=2.655 std_dev=2.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.28 0.32 0.29 0.18
C2 0.03 0.00 0.26 0.33 0.01 0.21 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.37 0.21 0.57 0.60 0.68 0.49
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.03 0.08 0.19 0.13 0.13 0.21 0.26 0.11 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.54 0.52 0.72 0.53
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.26 0.01 0.33 0.03 0.35 0.36 0.34 0.29 0.38 0.38 0.22 0.02 0.01 0.03 0.31 0.40 0.33 0.24
C4 0.02 0.01 0.14 0.26 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.19 0.11 0.50 0.53 0.61 0.40
C4' 0.01 0.21 0.03 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.14 0.17 0.17 0.20 0.14 0.16 0.08 0.28 0.03 0.01 0.02 0.21 0.18 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.33 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.22 0.05 0.62 0.70 0.85 0.58
C5' 0.09 0.34 0.19 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.20 0.28 0.27 0.31 0.22 0.26 0.13 0.10 0.19 0.02 0.01 0.25 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.27 0.10 0.64 0.74 0.90 0.61
C8 0.01 0.02 0.13 0.36 0.01 0.17 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.28 0.12 0.70 0.73 0.84 0.65
N1 0.03 0.01 0.21 0.34 0.01 0.17 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.32 0.16 0.60 0.67 0.79 0.54
N3 0.03 0.01 0.26 0.29 0.01 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.35 0.21 0.50 0.54 0.57 0.42
N6 0.02 0.01 0.11 0.38 0.02 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.35 0.31 0.07 0.71 0.87 1.06 0.72
N7 0.01 0.02 0.08 0.38 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.30 0.07 0.75 0.85 1.03 0.75
N9 0.00 0.02 0.03 0.22 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.08 0.01 0.47 0.47 0.53 0.36
O2' 0.02 0.40 0.01 0.02 0.29 0.28 0.29 0.10 0.35 0.21 0.39 0.36 0.35 0.25 0.17 0.00 0.05 0.19 0.37 0.37 0.74 0.43
O3' 0.22 0.37 0.02 0.01 0.19 0.03 0.22 0.19 0.27 0.28 0.32 0.35 0.31 0.30 0.08 0.05 0.00 0.18 0.22 0.46 0.30 0.24
O4' 0.01 0.21 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.12 0.16 0.21 0.07 0.07 0.01 0.19 0.18 0.00 0.15 0.32 0.20 0.21
O5' 0.28 0.57 0.54 0.31 0.50 0.02 0.62 0.01 0.64 0.70 0.60 0.50 0.71 0.75 0.47 0.37 0.22 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.60 0.52 0.40 0.53 0.21 0.70 0.25 0.74 0.73 0.67 0.54 0.87 0.85 0.47 0.37 0.46 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.68 0.72 0.33 0.61 0.18 0.85 0.26 0.90 0.84 0.79 0.57 1.06 1.03 0.53 0.74 0.30 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.49 0.53 0.24 0.40 0.09 0.58 0.02 0.61 0.65 0.54 0.42 0.72 0.75 0.36 0.43 0.24 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.14 0.27 0.34 0.14 0.25 0.15 0.49 0.15 0.16 0.14 0.14 0.18 0.18 0.14 0.37 0.37 0.26 0.49 1.21 1.35 1.02
C2 0.13 0.16 0.50 0.44 0.11 0.21 0.10 0.41 0.10 0.11 0.11 0.16 0.15 0.12 0.11 0.52 0.60 0.37 0.49 1.13 1.23 0.97
C2' 0.19 0.14 0.31 0.39 0.17 0.35 0.22 0.65 0.20 0.27 0.13 0.14 0.27 0.29 0.21 0.33 0.37 0.32 0.68 1.49 1.56 1.29
C3' 0.47 0.48 0.55 0.48 0.45 0.32 0.42 0.35 0.40 0.44 0.44 0.48 0.36 0.42 0.45 0.64 0.50 0.38 0.53 1.20 1.34 0.97
C4 0.12 0.14 0.37 0.36 0.11 0.20 0.11 0.43 0.11 0.12 0.12 0.13 0.15 0.13 0.11 0.42 0.45 0.30 0.48 1.15 1.28 0.98
C4' 0.25 0.24 0.32 0.39 0.25 0.30 0.27 0.47 0.26 0.30 0.24 0.24 0.28 0.31 0.26 0.40 0.40 0.28 0.51 1.18 1.34 0.97
C5 0.11 0.14 0.38 0.36 0.11 0.20 0.10 0.42 0.10 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.42 0.45 0.31 0.46 1.10 1.25 0.95
C5' 0.44 0.38 0.48 0.57 0.43 0.53 0.48 0.69 0.46 0.53 0.40 0.39 0.50 0.54 0.46 0.52 0.57 0.49 0.67 1.29 1.45 1.10
C6 0.12 0.16 0.48 0.42 0.11 0.20 0.10 0.40 0.10 0.11 0.11 0.15 0.16 0.12 0.11 0.49 0.55 0.36 0.46 1.06 1.19 0.92
C8 0.14 0.15 0.26 0.33 0.14 0.25 0.16 0.47 0.15 0.16 0.15 0.14 0.19 0.17 0.15 0.35 0.35 0.25 0.47 1.14 1.31 0.97
N1 0.14 0.17 0.54 0.46 0.12 0.22 0.10 0.41 0.10 0.12 0.12 0.17 0.16 0.13 0.12 0.55 0.64 0.39 0.48 1.09 1.18 0.94
N3 0.12 0.15 0.43 0.39 0.11 0.20 0.10 0.43 0.10 0.11 0.11 0.14 0.14 0.12 0.11 0.46 0.52 0.33 0.49 1.17 1.28 0.99
N6 0.13 0.18 0.52 0.44 0.12 0.21 0.11 0.39 0.12 0.13 0.13 0.16 0.18 0.13 0.12 0.52 0.59 0.39 0.45 0.99 1.12 0.87
N7 0.13 0.14 0.30 0.33 0.13 0.22 0.13 0.44 0.13 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14 0.13 0.36 0.37 0.27 0.45 1.09 1.27 0.93
N9 0.13 0.14 0.30 0.34 0.13 0.23 0.14 0.46 0.14 0.15 0.13 0.13 0.17 0.16 0.13 0.37 0.38 0.27 0.48 1.17 1.32 0.99
O2' 0.36 0.30 0.35 0.51 0.35 0.59 0.38 0.88 0.37 0.40 0.33 0.31 0.40 0.41 0.37 0.28 0.46 0.56 0.91 1.69 1.72 1.51
O3' 0.58 0.49 0.62 0.55 0.51 0.42 0.47 0.36 0.42 0.53 0.44 0.52 0.37 0.49 0.54 0.70 0.56 0.50 0.58 1.15 1.33 0.93
O4' 0.20 0.20 0.26 0.37 0.20 0.28 0.22 0.47 0.21 0.23 0.20 0.20 0.23 0.24 0.21 0.38 0.39 0.27 0.46 1.13 1.30 0.92
O5' 0.92 0.90 0.91 0.92 0.92 0.95 0.93 1.05 0.93 0.94 0.90 0.91 0.94 0.95 0.93 0.97 0.92 0.96 1.05 1.30 1.72 1.33
OP1 1.36 1.28 1.38 1.33 1.33 1.37 1.31 1.42 1.27 1.35 1.25 1.31 1.23 1.33 1.35 1.46 1.32 1.40 1.42 1.52 1.90 1.60
OP2 1.53 1.43 1.50 1.47 1.53 1.52 1.56 1.57 1.53 1.59 1.44 1.47 1.55 1.60 1.55 1.56 1.46 1.55 1.60 1.67 2.13 1.77
P 1.15 1.06 1.15 1.15 1.13 1.20 1.15 1.29 1.12 1.19 1.06 1.10 1.13 1.19 1.16 1.22 1.14 1.20 1.29 1.48 1.90 1.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.15 0.35 0.46 0.19
C2 0.04 0.00 0.46 0.33 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.45 0.42 0.34 0.36 0.70 0.96 0.68
C2' 0.00 0.46 0.00 0.01 0.25 0.03 0.15 0.10 0.24 0.20 0.38 0.45 0.19 0.09 0.04 0.01 0.06 0.01 0.37 0.66 0.44 0.41
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.24 0.00 0.27 0.03 0.30 0.29 0.32 0.29 0.32 0.30 0.18 0.02 0.01 0.02 0.35 0.64 0.21 0.32
C4 0.02 0.01 0.25 0.24 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.25 0.18 0.28 0.54 0.84 0.49
C4' 0.01 0.15 0.03 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.22 0.12 0.14 0.14 0.20 0.09 0.21 0.06 0.01 0.01 0.27 0.33 0.07
C5 0.01 0.01 0.15 0.27 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.27 0.09 0.38 0.70 1.00 0.60
C5' 0.06 0.32 0.10 0.03 0.23 0.01 0.28 0.00 0.31 0.33 0.32 0.28 0.33 0.34 0.18 0.12 0.11 0.02 0.01 0.30 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.30 0.01 0.11 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.33 0.17 0.38 0.80 1.09 0.70
C8 0.02 0.02 0.20 0.29 0.01 0.22 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.34 0.28 0.19 0.58 0.69 0.84 0.59
N1 0.03 0.00 0.38 0.32 0.01 0.12 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.39 0.27 0.37 0.79 1.06 0.73
N3 0.04 0.01 0.45 0.29 0.00 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.36 0.33 0.30 0.57 0.83 0.56
N6 0.03 0.02 0.19 0.32 0.02 0.14 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.34 0.12 0.44 0.91 1.19 0.77
N7 0.01 0.01 0.09 0.30 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.29 0.09 0.55 0.80 1.03 0.67
N9 0.01 0.02 0.04 0.18 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.15 0.01 0.30 0.45 0.68 0.36
O2' 0.02 0.45 0.01 0.02 0.22 0.21 0.21 0.12 0.25 0.34 0.36 0.43 0.26 0.30 0.15 0.00 0.10 0.16 0.18 0.58 0.44 0.32
O3' 0.10 0.42 0.06 0.01 0.25 0.06 0.27 0.11 0.33 0.28 0.39 0.36 0.34 0.29 0.15 0.10 0.00 0.08 0.30 0.75 0.20 0.35
O4' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.18 0.01 0.09 0.02 0.17 0.19 0.27 0.33 0.12 0.09 0.01 0.16 0.08 0.00 0.13 0.27 0.48 0.21
O5' 0.15 0.36 0.37 0.35 0.28 0.01 0.38 0.01 0.38 0.58 0.37 0.30 0.44 0.55 0.30 0.18 0.30 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.70 0.66 0.64 0.54 0.27 0.70 0.30 0.80 0.69 0.79 0.57 0.91 0.80 0.45 0.58 0.75 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.96 0.44 0.21 0.84 0.33 1.00 0.39 1.09 0.84 1.06 0.83 1.19 1.03 0.68 0.44 0.20 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.68 0.41 0.32 0.49 0.07 0.60 0.02 0.70 0.59 0.73 0.56 0.77 0.67 0.36 0.32 0.35 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00