ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49802

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 7, 6, 6, 2, 0, 4, 8, 2, 3, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.019, 0.057, 0.094, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.057 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.013, 0.051, 0.089, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.051 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.019, 0.062, 0.105, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.062 std_dev=0.043
C6 B 0, 0.119, 0.367, 0.615, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.367 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.139, 0.445, 0.750, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.445 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.135, 0.457, 0.780, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.457 std_dev=0.322
N6 B 0, 0.077, 0.429, 0.781, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.429 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.122, 0.487, 0.852, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.487 std_dev=0.365
N3 B 0, 0.150, 0.527, 0.904, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.527 std_dev=0.377
C2 B 0, 0.133, 0.565, 0.998, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.565 std_dev=0.432
N9 B 0, 0.177, 0.636, 1.094, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.636 std_dev=0.458
O4' A 0, -0.193, 0.319, 0.831, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.319 std_dev=0.512
C2' A 0, -0.186, 0.336, 0.858, 2.570 max_d=2.570 avg_d=0.336 std_dev=0.522
C1' B 0, 0.171, 0.703, 1.235, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.703 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.233, 0.837, 1.441, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.837 std_dev=0.604
N7 B 0, 0.126, 0.769, 1.412, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.769 std_dev=0.643
C8 B 0, 0.179, 0.842, 1.505, 2.693 max_d=2.693 avg_d=0.842 std_dev=0.663
C3' A 0, -0.187, 0.517, 1.221, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.517 std_dev=0.704
O4' B 0, 0.212, 0.937, 1.661, 3.319 max_d=3.319 avg_d=0.937 std_dev=0.724
C4' A 0, -0.238, 0.491, 1.221, 3.324 max_d=3.324 avg_d=0.491 std_dev=0.729
O2' A 0, -0.251, 0.588, 1.428, 4.397 max_d=4.397 avg_d=0.588 std_dev=0.840
C4' B 0, 0.260, 1.194, 2.127, 4.005 max_d=4.005 avg_d=1.194 std_dev=0.934
O2' B 0, 0.260, 1.239, 2.217, 3.539 max_d=3.539 avg_d=1.239 std_dev=0.978
C3' B 0, 0.258, 1.260, 2.262, 3.846 max_d=3.846 avg_d=1.260 std_dev=1.002
O3' A 0, -0.302, 0.756, 1.813, 3.179 max_d=3.179 avg_d=0.756 std_dev=1.058
C5' A 0, -0.384, 0.711, 1.806, 6.153 max_d=6.153 avg_d=0.711 std_dev=1.095
O5' A 0, -0.407, 0.713, 1.832, 7.261 max_d=7.261 avg_d=0.713 std_dev=1.119
C5' B 0, 0.228, 1.547, 2.866, 5.765 max_d=5.765 avg_d=1.547 std_dev=1.319
O3' B 0, 0.243, 1.641, 3.039, 4.958 max_d=4.958 avg_d=1.641 std_dev=1.398
P A 0, -0.565, 0.936, 2.436, 10.326 max_d=10.326 avg_d=0.936 std_dev=1.501
O5' B 0, 0.048, 1.570, 3.092, 7.734 max_d=7.734 avg_d=1.570 std_dev=1.522
OP1 A 0, -0.424, 1.363, 3.150, 11.234 max_d=11.234 avg_d=1.363 std_dev=1.787
P B 0, -0.049, 1.836, 3.721, 9.422 max_d=9.422 avg_d=1.836 std_dev=1.885
OP2 A 0, -0.404, 1.508, 3.420, 11.225 max_d=11.225 avg_d=1.508 std_dev=1.912
OP1 B 0, -0.019, 2.049, 4.118, 10.944 max_d=10.944 avg_d=2.049 std_dev=2.069
OP2 B 0, -0.125, 2.116, 4.357, 8.871 max_d=8.871 avg_d=2.116 std_dev=2.241

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.28 0.53 0.48 0.28
C2 0.03 0.00 0.30 0.23 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.36 0.20 0.34 0.63 0.85 0.42
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.19 0.14 0.17 0.24 0.29 0.10 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.51 0.77 0.43 0.46
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.20 0.01 0.26 0.02 0.27 0.29 0.25 0.20 0.30 0.31 0.17 0.02 0.01 0.01 0.21 0.46 0.22 0.22
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.11 0.32 0.70 0.76 0.38
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.17 0.12 0.15 0.09 0.14 0.06 0.25 0.03 0.01 0.02 0.27 0.28 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.26 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.12 0.07 0.40 0.87 0.92 0.50
C5' 0.07 0.35 0.19 0.02 0.17 0.01 0.12 0.00 0.18 0.18 0.29 0.32 0.16 0.15 0.06 0.08 0.19 0.01 0.01 0.29 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.16 0.12 0.38 0.84 0.97 0.48
C8 0.02 0.01 0.17 0.29 0.01 0.17 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.34 0.15 0.10 0.54 1.02 0.90 0.66
N1 0.02 0.00 0.24 0.25 0.01 0.12 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.26 0.17 0.35 0.72 0.93 0.44
N3 0.03 0.00 0.29 0.20 0.00 0.15 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.37 0.19 0.31 0.58 0.75 0.36
N6 0.02 0.01 0.10 0.30 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.27 0.15 0.10 0.42 0.93 1.07 0.55
N7 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.15 0.05 0.52 1.07 1.02 0.67
N9 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.01 0.37 0.74 0.69 0.42
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.16 0.25 0.25 0.08 0.23 0.34 0.19 0.19 0.27 0.34 0.19 0.00 0.06 0.17 0.37 0.70 0.34 0.36
O3' 0.30 0.36 0.03 0.01 0.21 0.03 0.12 0.19 0.16 0.15 0.26 0.37 0.15 0.15 0.13 0.06 0.00 0.21 0.21 0.46 0.30 0.27
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.10 0.17 0.19 0.10 0.05 0.01 0.17 0.21 0.00 0.16 0.38 0.49 0.23
O5' 0.28 0.34 0.51 0.21 0.32 0.02 0.40 0.01 0.38 0.54 0.35 0.31 0.42 0.52 0.37 0.37 0.21 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.53 0.63 0.77 0.46 0.70 0.27 0.87 0.29 0.84 1.02 0.72 0.58 0.93 1.07 0.74 0.70 0.46 0.38 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.85 0.43 0.22 0.76 0.28 0.92 0.28 0.97 0.90 0.93 0.75 1.07 1.02 0.69 0.34 0.30 0.49 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.42 0.46 0.22 0.38 0.10 0.50 0.02 0.48 0.66 0.44 0.36 0.55 0.67 0.42 0.36 0.27 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.24 0.20 0.38 0.17 0.20 0.16 0.32 0.16 0.18 0.21 0.22 0.19 0.20 0.16 0.50 0.23 0.18 0.59 0.52 1.41 0.68
C2 0.23 0.25 0.31 0.32 0.19 0.26 0.15 0.30 0.14 0.16 0.16 0.26 0.22 0.17 0.18 0.46 0.42 0.33 0.47 0.51 1.09 0.58
C2' 0.21 0.25 0.28 0.51 0.20 0.32 0.25 0.48 0.22 0.32 0.21 0.21 0.29 0.35 0.23 0.43 0.32 0.23 0.78 0.77 1.61 0.90
C3' 0.33 0.36 0.32 0.48 0.33 0.35 0.33 0.45 0.33 0.35 0.34 0.34 0.34 0.36 0.33 0.56 0.30 0.35 0.68 0.60 1.61 0.82
C4 0.18 0.25 0.24 0.31 0.17 0.18 0.15 0.25 0.15 0.16 0.19 0.23 0.21 0.17 0.16 0.46 0.26 0.24 0.47 0.44 1.21 0.57
C4' 0.19 0.21 0.26 0.54 0.19 0.32 0.22 0.45 0.20 0.26 0.20 0.19 0.23 0.27 0.21 0.51 0.41 0.22 0.73 0.69 1.60 0.83
C5 0.18 0.26 0.25 0.30 0.17 0.19 0.16 0.25 0.15 0.17 0.19 0.23 0.22 0.19 0.16 0.43 0.26 0.25 0.45 0.43 1.15 0.54
C5' 0.30 0.26 0.40 0.72 0.29 0.50 0.32 0.63 0.29 0.38 0.26 0.26 0.33 0.39 0.32 0.51 0.66 0.33 0.92 0.91 1.76 1.02
C6 0.21 0.26 0.31 0.30 0.18 0.24 0.16 0.29 0.15 0.18 0.16 0.25 0.24 0.19 0.18 0.42 0.38 0.32 0.44 0.48 1.05 0.55
C8 0.17 0.25 0.20 0.38 0.17 0.21 0.18 0.32 0.17 0.20 0.22 0.21 0.21 0.21 0.17 0.47 0.22 0.19 0.56 0.49 1.34 0.64
N1 0.24 0.25 0.34 0.33 0.19 0.29 0.16 0.33 0.15 0.18 0.15 0.26 0.23 0.19 0.20 0.45 0.47 0.36 0.47 0.54 1.04 0.59
N3 0.20 0.25 0.26 0.30 0.17 0.20 0.14 0.26 0.14 0.15 0.18 0.25 0.20 0.17 0.16 0.47 0.32 0.28 0.47 0.46 1.18 0.57
N6 0.22 0.27 0.34 0.32 0.19 0.28 0.18 0.33 0.17 0.21 0.16 0.25 0.25 0.22 0.20 0.41 0.43 0.35 0.44 0.52 0.98 0.56
N7 0.17 0.26 0.22 0.34 0.17 0.19 0.17 0.27 0.17 0.19 0.22 0.22 0.23 0.21 0.17 0.43 0.20 0.20 0.50 0.44 1.23 0.57
N9 0.17 0.25 0.21 0.35 0.17 0.18 0.16 0.28 0.16 0.17 0.20 0.22 0.20 0.19 0.16 0.48 0.21 0.20 0.54 0.47 1.32 0.62
O2' 0.45 0.43 0.46 0.63 0.43 0.52 0.48 0.65 0.45 0.55 0.41 0.42 0.51 0.57 0.47 0.51 0.47 0.48 0.91 0.90 1.64 1.01
O3' 0.30 0.30 0.28 0.43 0.29 0.30 0.30 0.39 0.28 0.34 0.28 0.29 0.30 0.34 0.30 0.54 0.23 0.33 0.61 0.48 1.55 0.74
O4' 0.17 0.24 0.23 0.45 0.17 0.24 0.16 0.35 0.16 0.19 0.22 0.21 0.17 0.19 0.17 0.55 0.33 0.17 0.62 0.57 1.43 0.69
O5' 0.66 0.60 0.73 0.94 0.65 0.79 0.69 0.89 0.67 0.72 0.62 0.61 0.71 0.74 0.68 0.81 0.89 0.68 1.15 1.18 1.90 1.25
OP1 1.32 1.23 1.37 1.60 1.32 1.50 1.36 1.62 1.34 1.40 1.26 1.26 1.38 1.42 1.34 1.36 1.57 1.37 1.89 1.96 2.44 1.98
OP2 1.41 1.36 1.51 1.88 1.40 1.64 1.41 1.72 1.38 1.42 1.34 1.39 1.36 1.42 1.41 1.20 1.86 1.44 1.93 1.85 2.66 1.98
P 0.93 0.83 1.02 1.30 0.92 1.13 0.96 1.25 0.93 1.01 0.85 0.86 0.97 1.02 0.96 0.95 1.28 0.97 1.51 1.56 2.24 1.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.01 0.12 0.18 0.24 0.14
C2 0.03 0.00 0.34 0.28 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.25 0.23 0.21 0.27 0.28 0.72 0.31
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.16 0.15 0.19 0.26 0.34 0.10 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.33 0.29 0.36 0.35
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.34 0.28 0.32 0.24 0.36 0.32 0.20 0.02 0.01 0.02 0.26 0.41 0.17 0.20
C4 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.11 0.26 0.25 0.64 0.24
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.11 0.22 0.08 0.08 0.15 0.21 0.10 0.28 0.02 0.00 0.01 0.16 0.22 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.31 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.11 0.04 0.37 0.32 0.85 0.34
C5' 0.04 0.13 0.16 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.18 0.27 0.14 0.11 0.24 0.28 0.11 0.11 0.18 0.02 0.01 0.21 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.34 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.13 0.09 0.39 0.34 0.95 0.38
C8 0.01 0.01 0.19 0.28 0.01 0.22 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.39 0.18 0.15 0.40 0.31 0.65 0.29
N1 0.03 0.00 0.26 0.32 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.17 0.16 0.34 0.32 0.88 0.36
N3 0.03 0.00 0.34 0.24 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.24 0.21 0.22 0.25 0.59 0.25
N6 0.02 0.02 0.10 0.36 0.01 0.15 0.01 0.24 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.34 0.17 0.06 0.45 0.40 1.09 0.45
N7 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.19 0.09 0.45 0.37 0.89 0.39
N9 0.00 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.10 0.02 0.23 0.23 0.47 0.17
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.20 0.28 0.30 0.11 0.29 0.39 0.24 0.24 0.34 0.40 0.20 0.00 0.04 0.20 0.26 0.28 0.42 0.29
O3' 0.26 0.23 0.02 0.01 0.12 0.02 0.11 0.18 0.13 0.18 0.17 0.24 0.17 0.19 0.10 0.04 0.00 0.16 0.34 0.74 0.29 0.39
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.11 0.00 0.04 0.02 0.09 0.15 0.16 0.21 0.06 0.09 0.02 0.20 0.16 0.00 0.14 0.20 0.28 0.17
O5' 0.12 0.27 0.33 0.26 0.26 0.01 0.37 0.01 0.39 0.40 0.34 0.22 0.45 0.45 0.23 0.26 0.34 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.18 0.28 0.29 0.41 0.25 0.16 0.32 0.21 0.34 0.31 0.32 0.25 0.40 0.37 0.23 0.28 0.74 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.72 0.36 0.17 0.64 0.22 0.85 0.32 0.95 0.65 0.88 0.59 1.09 0.89 0.47 0.42 0.29 0.28 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.31 0.35 0.20 0.24 0.03 0.34 0.02 0.38 0.29 0.36 0.25 0.45 0.39 0.17 0.29 0.39 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00