ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49804

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 3, 3, 1, 5, 12, 9, 3, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.018, 0.027, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.026, 0.044, 0.061, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.044 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.028, 0.051, 0.075, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.051 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.069, 0.105, 0.142, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.105 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.051, 0.088, 0.126, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.088 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.046, 0.089, 0.132, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.089 std_dev=0.043
C6 B 0, 0.371, 0.604, 0.836, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.604 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.358, 0.631, 0.903, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.631 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.490, 0.800, 1.109, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.800 std_dev=0.309
N6 B 0, 0.540, 0.867, 1.193, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.867 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.509, 0.888, 1.267, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.888 std_dev=0.379
N1 B 0, 0.565, 0.994, 1.423, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.994 std_dev=0.429
N7 B 0, 0.728, 1.162, 1.597, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.162 std_dev=0.435
C1' B 0, 0.756, 1.220, 1.684, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.220 std_dev=0.464
C8 B 0, 0.671, 1.141, 1.612, 1.797 max_d=1.797 avg_d=1.141 std_dev=0.471
N3 B 0, 0.665, 1.297, 1.929, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.297 std_dev=0.632
O4' A 0, 0.594, 1.248, 1.902, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.248 std_dev=0.654
C2' A 0, 0.627, 1.289, 1.951, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.289 std_dev=0.662
C2 B 0, 0.697, 1.376, 2.055, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.376 std_dev=0.679
C3' A 0, 1.113, 1.838, 2.562, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.838 std_dev=0.725
C2' B 0, 1.032, 1.815, 2.598, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.815 std_dev=0.783
C4' A 0, 1.069, 1.910, 2.751, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.910 std_dev=0.841
O4' B 0, 0.444, 1.448, 2.452, 3.653 max_d=3.653 avg_d=1.448 std_dev=1.004
O2' B 0, 0.754, 1.800, 2.846, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.800 std_dev=1.046
O3' A 0, 1.244, 2.345, 3.447, 3.285 max_d=3.285 avg_d=2.345 std_dev=1.102
O2' A 0, 0.833, 1.942, 3.051, 4.625 max_d=4.625 avg_d=1.942 std_dev=1.109
C3' B 0, 1.206, 2.354, 3.502, 4.459 max_d=4.459 avg_d=2.354 std_dev=1.148
C4' B 0, 0.718, 2.007, 3.295, 4.772 max_d=4.772 avg_d=2.007 std_dev=1.288
O3' B 0, 1.578, 2.948, 4.317, 5.049 max_d=5.049 avg_d=2.948 std_dev=1.370
O5' B 0, 1.235, 2.658, 4.081, 5.592 max_d=5.592 avg_d=2.658 std_dev=1.423
C5' A 0, 1.151, 2.630, 4.108, 6.103 max_d=6.103 avg_d=2.630 std_dev=1.478
C5' B 0, 0.875, 2.487, 4.100, 5.987 max_d=5.987 avg_d=2.487 std_dev=1.613
OP2 B 0, 1.758, 3.385, 5.012, 6.387 max_d=6.387 avg_d=3.385 std_dev=1.627
P B 0, 1.672, 3.323, 4.974, 6.595 max_d=6.595 avg_d=3.323 std_dev=1.651
O5' A 0, 0.594, 2.399, 4.204, 7.225 max_d=7.225 avg_d=2.399 std_dev=1.805
OP1 B 0, 2.016, 3.934, 5.852, 7.744 max_d=7.744 avg_d=3.934 std_dev=1.918
P A 0, 0.230, 2.923, 5.616, 10.256 max_d=10.256 avg_d=2.923 std_dev=2.693
OP2 A 0, 1.519, 4.263, 7.007, 11.787 max_d=11.787 avg_d=4.263 std_dev=2.744
OP1 A 0, 0.336, 3.168, 6.000, 11.242 max_d=11.242 avg_d=3.168 std_dev=2.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.24 0.58 0.41 0.32
C2 0.03 0.00 0.35 0.31 0.01 0.39 0.01 0.86 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.22 0.31 0.60 0.90 0.53 0.66
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.24 0.18 0.15 0.28 0.34 0.14 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.39 0.71 0.44 0.46
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.23 0.00 0.33 0.02 0.33 0.42 0.30 0.29 0.39 0.44 0.23 0.02 0.01 0.02 0.25 0.32 0.25 0.16
C4 0.02 0.01 0.18 0.23 0.00 0.16 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.12 0.17 0.21 0.70 0.41 0.23
C4' 0.01 0.39 0.02 0.00 0.16 0.00 0.08 0.01 0.13 0.31 0.27 0.38 0.10 0.24 0.08 0.29 0.02 0.00 0.02 0.14 0.36 0.07
C5 0.02 0.01 0.11 0.33 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.11 0.08 0.40 0.86 0.84 0.49
C5' 0.10 0.86 0.24 0.02 0.40 0.01 0.20 0.00 0.36 0.40 0.66 0.81 0.25 0.29 0.08 0.08 0.21 0.02 0.01 0.31 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.33 0.01 0.13 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.14 0.14 0.30 0.78 0.67 0.29
C8 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.31 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.33 0.13 0.17 0.93 1.25 1.36 1.11
N1 0.03 0.01 0.28 0.30 0.02 0.27 0.01 0.66 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.16 0.24 0.39 0.77 0.34 0.35
N3 0.03 0.01 0.34 0.29 0.01 0.38 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.25 0.30 0.55 0.82 0.52 0.59
N6 0.03 0.01 0.14 0.39 0.02 0.10 0.02 0.25 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.31 0.20 0.11 0.42 0.87 0.99 0.50
N7 0.01 0.01 0.09 0.44 0.01 0.24 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.35 0.17 0.09 0.84 1.24 1.44 1.06
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01 0.41 0.79 0.66 0.50
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.20 0.29 0.28 0.08 0.28 0.33 0.25 0.23 0.31 0.35 0.19 0.00 0.04 0.20 0.32 0.69 0.46 0.40
O3' 0.33 0.22 0.03 0.01 0.12 0.02 0.11 0.21 0.14 0.13 0.16 0.25 0.20 0.17 0.10 0.04 0.00 0.24 0.29 0.50 0.25 0.26
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.17 0.00 0.08 0.02 0.14 0.17 0.24 0.30 0.11 0.09 0.01 0.20 0.24 0.00 0.17 0.32 0.45 0.25
O5' 0.24 0.60 0.39 0.25 0.21 0.02 0.40 0.01 0.30 0.93 0.39 0.55 0.42 0.84 0.41 0.32 0.29 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.58 0.90 0.71 0.32 0.70 0.14 0.86 0.31 0.78 1.25 0.77 0.82 0.87 1.24 0.79 0.69 0.50 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.53 0.44 0.25 0.41 0.36 0.84 0.39 0.67 1.36 0.34 0.52 0.99 1.44 0.66 0.46 0.25 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.66 0.46 0.16 0.23 0.07 0.49 0.02 0.29 1.11 0.35 0.59 0.50 1.06 0.50 0.40 0.26 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.15 0.39 0.49 0.16 0.17 0.22 0.28 0.20 0.27 0.14 0.14 0.29 0.31 0.19 0.28 0.24 0.24 0.45 0.79 1.06 0.70
C2 0.15 0.16 0.46 0.37 0.14 0.30 0.19 0.36 0.20 0.20 0.13 0.17 0.31 0.25 0.15 0.43 0.33 0.48 0.27 0.49 0.72 0.37
C2' 0.20 0.16 0.43 0.51 0.20 0.27 0.30 0.42 0.26 0.37 0.15 0.14 0.38 0.42 0.25 0.29 0.29 0.31 0.53 0.82 1.08 0.75
C3' 0.46 0.42 0.42 0.49 0.44 0.48 0.47 0.60 0.45 0.51 0.41 0.42 0.49 0.53 0.46 0.42 0.32 0.58 0.66 0.89 1.14 0.80
C4 0.12 0.15 0.41 0.41 0.14 0.16 0.20 0.25 0.20 0.23 0.13 0.14 0.31 0.27 0.15 0.31 0.18 0.33 0.32 0.60 0.87 0.51
C4' 0.33 0.23 0.40 0.55 0.31 0.40 0.36 0.54 0.33 0.43 0.24 0.24 0.40 0.45 0.35 0.40 0.43 0.41 0.66 0.99 1.21 0.88
C5 0.11 0.14 0.40 0.39 0.13 0.16 0.20 0.26 0.20 0.22 0.12 0.13 0.31 0.26 0.15 0.31 0.17 0.33 0.30 0.54 0.80 0.46
C5' 0.51 0.32 0.56 0.73 0.47 0.64 0.56 0.82 0.50 0.66 0.36 0.36 0.61 0.70 0.54 0.58 0.69 0.60 0.93 1.27 1.46 1.15
C6 0.13 0.16 0.43 0.35 0.13 0.26 0.19 0.34 0.20 0.21 0.12 0.15 0.30 0.25 0.15 0.39 0.27 0.44 0.26 0.44 0.67 0.35
C8 0.16 0.15 0.37 0.49 0.16 0.19 0.23 0.29 0.20 0.28 0.14 0.13 0.29 0.31 0.20 0.25 0.24 0.22 0.45 0.74 1.01 0.67
N1 0.16 0.17 0.47 0.35 0.14 0.33 0.19 0.41 0.19 0.20 0.12 0.17 0.30 0.24 0.16 0.46 0.37 0.51 0.27 0.44 0.64 0.33
N3 0.12 0.15 0.43 0.39 0.13 0.21 0.20 0.28 0.20 0.22 0.13 0.15 0.31 0.26 0.15 0.37 0.24 0.39 0.29 0.56 0.83 0.46
N6 0.14 0.18 0.44 0.33 0.14 0.30 0.20 0.39 0.20 0.22 0.13 0.16 0.28 0.25 0.16 0.41 0.30 0.48 0.27 0.40 0.58 0.30
N7 0.14 0.14 0.37 0.44 0.15 0.15 0.22 0.25 0.20 0.25 0.13 0.13 0.31 0.29 0.18 0.25 0.17 0.24 0.37 0.62 0.89 0.56
N9 0.14 0.15 0.38 0.46 0.15 0.15 0.22 0.26 0.20 0.26 0.13 0.13 0.30 0.30 0.18 0.27 0.20 0.25 0.41 0.71 0.99 0.63
O2' 0.56 0.55 0.76 0.81 0.56 0.58 0.59 0.64 0.57 0.65 0.53 0.55 0.61 0.66 0.59 0.65 0.66 0.56 0.71 0.92 1.18 0.90
O3' 0.29 0.26 0.31 0.38 0.26 0.29 0.28 0.44 0.25 0.33 0.24 0.26 0.29 0.34 0.29 0.29 0.18 0.42 0.47 0.65 0.97 0.60
O4' 0.21 0.20 0.39 0.54 0.20 0.28 0.24 0.39 0.21 0.30 0.18 0.19 0.28 0.32 0.23 0.38 0.37 0.25 0.57 0.95 1.18 0.83
O5' 1.11 0.88 1.08 1.19 1.08 1.22 1.17 1.36 1.11 1.26 0.95 0.94 1.21 1.29 1.15 1.09 1.18 1.20 1.44 1.71 1.84 1.59
OP1 1.81 1.45 1.87 2.01 1.74 2.00 1.84 2.17 1.74 1.99 1.51 1.56 1.84 2.01 1.85 1.85 2.02 1.89 2.25 2.51 2.59 2.40
OP2 2.29 1.82 2.23 2.37 2.21 2.45 2.34 2.64 2.21 2.52 1.90 1.96 2.33 2.55 2.34 2.18 2.36 2.43 2.74 2.96 3.10 2.88
P 1.65 1.26 1.65 1.80 1.58 1.82 1.71 2.01 1.60 1.86 1.34 1.37 1.73 1.90 1.70 1.63 1.81 1.76 2.12 2.40 2.53 2.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.14 0.31 0.27 0.17
C2 0.05 0.00 0.42 0.29 0.01 0.18 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.35 0.18 0.36 0.18 0.27 0.44 0.20
C2' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.23 0.01 0.12 0.19 0.21 0.20 0.34 0.42 0.15 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.40 0.73 0.67 0.57
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.27 0.01 0.34 0.02 0.36 0.29 0.34 0.25 0.39 0.35 0.22 0.02 0.01 0.02 0.14 0.50 0.22 0.23
C4 0.03 0.01 0.23 0.27 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.09 0.19 0.18 0.24 0.42 0.21
C4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.07 0.26 0.11 0.18 0.11 0.22 0.09 0.28 0.02 0.00 0.02 0.23 0.09 0.05
C5 0.02 0.02 0.12 0.34 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.10 0.09 0.27 0.36 0.59 0.36
C5' 0.06 0.25 0.19 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.15 0.29 0.19 0.24 0.19 0.28 0.09 0.09 0.20 0.02 0.01 0.17 0.12 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.36 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.11 0.16 0.27 0.40 0.66 0.38
C8 0.02 0.02 0.20 0.29 0.01 0.26 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.46 0.15 0.21 0.36 0.32 0.51 0.37
N1 0.04 0.01 0.34 0.34 0.02 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.12 0.28 0.21 0.33 0.57 0.29
N3 0.05 0.01 0.42 0.25 0.01 0.18 0.02 0.24 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.36 0.21 0.36 0.18 0.26 0.36 0.17
N6 0.03 0.01 0.15 0.39 0.02 0.11 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.24 0.17 0.11 0.33 0.52 0.79 0.49
N7 0.02 0.02 0.10 0.35 0.01 0.22 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.43 0.18 0.11 0.39 0.45 0.69 0.48
N9 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.01 0.18 0.20 0.35 0.18
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.13 0.28 0.22 0.09 0.18 0.46 0.23 0.36 0.24 0.43 0.19 0.00 0.06 0.20 0.32 0.74 0.81 0.56
O3' 0.29 0.18 0.03 0.01 0.09 0.02 0.10 0.20 0.11 0.15 0.12 0.21 0.17 0.18 0.08 0.06 0.00 0.21 0.24 0.39 0.22 0.21
O4' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.19 0.00 0.09 0.02 0.16 0.21 0.28 0.36 0.11 0.11 0.01 0.20 0.21 0.00 0.12 0.16 0.22 0.16
O5' 0.14 0.18 0.40 0.14 0.18 0.02 0.27 0.01 0.27 0.36 0.21 0.18 0.33 0.39 0.18 0.32 0.24 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.27 0.73 0.50 0.24 0.23 0.36 0.17 0.40 0.32 0.33 0.26 0.52 0.45 0.20 0.74 0.39 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.44 0.67 0.22 0.42 0.09 0.59 0.12 0.66 0.51 0.57 0.36 0.79 0.69 0.35 0.81 0.22 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.20 0.57 0.23 0.21 0.05 0.36 0.02 0.38 0.37 0.29 0.17 0.49 0.48 0.18 0.56 0.21 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00