ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49805

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 9, 8, 4, 8, 3, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.017, 0.050, 0.084, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.050 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.020, 0.059, 0.098, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.059 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.035, 0.085, 0.135, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.085 std_dev=0.050
N7 A 0, 0.036, 0.095, 0.153, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.095 std_dev=0.058
C8 A 0, 0.040, 0.112, 0.185, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.112 std_dev=0.072
C6 B 0, 0.235, 0.423, 0.611, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.423 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.286, 0.508, 0.731, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.508 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.387, 0.613, 0.838, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.613 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.251, 0.515, 0.779, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.515 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.309, 0.603, 0.898, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.603 std_dev=0.294
N6 B 0, 0.206, 0.520, 0.834, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.520 std_dev=0.314
C2 B 0, 0.335, 0.693, 1.052, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.693 std_dev=0.358
N9 B 0, 0.376, 0.753, 1.130, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.753 std_dev=0.377
C1' B 0, 0.394, 0.793, 1.191, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.793 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.451, 0.906, 1.361, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.906 std_dev=0.455
O2' B 0, 0.469, 1.013, 1.556, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.013 std_dev=0.543
N7 B 0, 0.339, 0.974, 1.609, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.974 std_dev=0.635
C8 B 0, 0.377, 1.037, 1.697, 2.839 max_d=2.839 avg_d=1.037 std_dev=0.660
C2' A 0, 0.007, 0.673, 1.340, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.673 std_dev=0.666
O4' A 0, -0.009, 0.663, 1.336, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.663 std_dev=0.673
O4' B 0, 0.389, 1.069, 1.749, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.069 std_dev=0.680
C3' B 0, 0.474, 1.229, 1.984, 3.614 max_d=3.614 avg_d=1.229 std_dev=0.755
C4' B 0, 0.467, 1.285, 2.104, 3.582 max_d=3.582 avg_d=1.285 std_dev=0.819
C3' A 0, 0.043, 0.975, 1.907, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.975 std_dev=0.932
C4' A 0, 0.036, 0.995, 1.954, 2.827 max_d=2.827 avg_d=0.995 std_dev=0.959
O2' A 0, -0.002, 1.006, 2.014, 4.375 max_d=4.375 avg_d=1.006 std_dev=1.008
O3' B 0, 0.459, 1.481, 2.503, 4.444 max_d=4.444 avg_d=1.481 std_dev=1.022
C5' B 0, 0.406, 1.654, 2.901, 4.924 max_d=4.924 avg_d=1.654 std_dev=1.248
O5' B 0, 0.430, 1.728, 3.025, 4.874 max_d=4.874 avg_d=1.728 std_dev=1.298
O3' A 0, 0.000, 1.356, 2.712, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.356 std_dev=1.356
C5' A 0, -0.049, 1.419, 2.887, 5.637 max_d=5.637 avg_d=1.419 std_dev=1.468
O5' A 0, -0.250, 1.357, 2.963, 6.939 max_d=6.939 avg_d=1.357 std_dev=1.606
OP1 B 0, 0.553, 2.243, 3.934, 6.617 max_d=6.617 avg_d=2.243 std_dev=1.690
P B 0, 0.222, 2.028, 3.835, 6.284 max_d=6.284 avg_d=2.028 std_dev=1.807
P A 0, -0.622, 1.634, 3.889, 10.000 max_d=10.000 avg_d=1.634 std_dev=2.255
OP2 B 0, 0.255, 2.527, 4.800, 8.562 max_d=8.562 avg_d=2.527 std_dev=2.273
OP1 A 0, -0.483, 1.907, 4.297, 10.822 max_d=10.822 avg_d=1.907 std_dev=2.390
OP2 A 0, -0.510, 2.234, 4.979, 10.844 max_d=10.844 avg_d=2.234 std_dev=2.745

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.34 0.01 0.34 0.62 0.46 0.31
C2 0.03 0.00 0.39 0.35 0.01 0.22 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.33 0.31 0.54 0.88 0.50 0.43
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.20 0.03 0.11 0.21 0.20 0.20 0.32 0.38 0.15 0.10 0.03 0.01 0.05 0.02 0.61 0.78 0.64 0.53
C3' 0.02 0.35 0.00 0.00 0.30 0.01 0.36 0.03 0.39 0.32 0.39 0.30 0.42 0.37 0.23 0.01 0.01 0.01 0.30 0.35 0.52 0.24
C4 0.02 0.01 0.20 0.30 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.18 0.21 0.16 0.40 0.81 0.60 0.34
C4' 0.02 0.22 0.03 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.13 0.23 0.17 0.21 0.14 0.20 0.09 0.29 0.05 0.00 0.02 0.30 0.33 0.07
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.17 0.09 0.49 0.98 0.87 0.55
C5' 0.08 0.36 0.21 0.03 0.19 0.01 0.25 0.00 0.25 0.41 0.29 0.33 0.29 0.40 0.18 0.11 0.20 0.02 0.01 0.35 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.39 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.22 0.16 0.47 0.94 0.83 0.47
C8 0.02 0.01 0.20 0.32 0.00 0.23 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.41 0.13 0.18 0.68 1.22 1.05 0.85
N1 0.03 0.00 0.32 0.39 0.01 0.17 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.25 0.48 0.87 0.63 0.37
N3 0.03 0.01 0.38 0.30 0.00 0.21 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.34 0.31 0.50 0.81 0.45 0.40
N6 0.03 0.01 0.15 0.42 0.02 0.14 0.02 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.24 0.13 0.53 1.05 1.01 0.61
N7 0.01 0.01 0.10 0.37 0.00 0.20 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.18 0.10 0.66 1.26 1.14 0.86
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.14 0.02 0.43 0.85 0.67 0.46
O2' 0.01 0.28 0.01 0.01 0.18 0.29 0.26 0.11 0.23 0.41 0.22 0.27 0.28 0.39 0.21 0.00 0.09 0.21 0.41 0.71 0.54 0.42
O3' 0.34 0.33 0.05 0.01 0.21 0.05 0.17 0.20 0.22 0.13 0.27 0.34 0.24 0.18 0.14 0.09 0.00 0.25 0.42 0.67 0.68 0.51
O4' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.16 0.00 0.09 0.02 0.16 0.18 0.25 0.31 0.13 0.10 0.02 0.21 0.25 0.00 0.26 0.54 0.48 0.31
O5' 0.34 0.54 0.61 0.30 0.40 0.02 0.49 0.01 0.47 0.68 0.48 0.50 0.53 0.66 0.43 0.41 0.42 0.26 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.62 0.88 0.78 0.35 0.81 0.30 0.98 0.35 0.94 1.22 0.87 0.81 1.05 1.26 0.85 0.71 0.67 0.54 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.50 0.64 0.52 0.60 0.33 0.87 0.37 0.83 1.05 0.63 0.45 1.01 1.14 0.67 0.54 0.68 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.43 0.53 0.24 0.34 0.07 0.55 0.02 0.47 0.85 0.37 0.40 0.61 0.86 0.46 0.42 0.51 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.22 0.27 0.37 0.17 0.19 0.15 0.25 0.16 0.16 0.20 0.20 0.15 0.17 0.16 0.39 0.41 0.20 0.67 1.18 1.68 1.00
C2 0.31 0.30 0.48 0.51 0.27 0.34 0.24 0.33 0.23 0.25 0.25 0.31 0.23 0.24 0.27 0.50 0.61 0.35 0.54 0.97 1.34 0.77
C2' 0.24 0.24 0.32 0.48 0.23 0.31 0.27 0.44 0.23 0.33 0.22 0.22 0.30 0.36 0.26 0.34 0.48 0.28 0.95 1.38 2.05 1.31
C3' 0.46 0.54 0.43 0.33 0.46 0.34 0.42 0.28 0.43 0.39 0.51 0.52 0.39 0.37 0.43 0.63 0.37 0.48 0.58 1.29 1.62 0.98
C4 0.23 0.25 0.36 0.42 0.21 0.24 0.19 0.25 0.19 0.19 0.22 0.25 0.19 0.19 0.21 0.43 0.48 0.26 0.59 1.06 1.49 0.86
C4' 0.34 0.36 0.35 0.37 0.33 0.28 0.33 0.30 0.33 0.34 0.35 0.35 0.34 0.35 0.33 0.50 0.42 0.37 0.59 1.22 1.61 0.95
C5 0.24 0.25 0.37 0.42 0.22 0.25 0.21 0.26 0.20 0.21 0.22 0.25 0.22 0.21 0.22 0.42 0.47 0.28 0.57 1.02 1.43 0.82
C5' 0.69 0.64 0.70 0.73 0.67 0.69 0.69 0.72 0.66 0.72 0.64 0.65 0.68 0.73 0.69 0.77 0.77 0.73 0.85 1.40 1.71 1.13
C6 0.30 0.28 0.46 0.48 0.27 0.33 0.25 0.33 0.24 0.27 0.24 0.29 0.25 0.26 0.28 0.47 0.56 0.35 0.54 0.94 1.30 0.74
C8 0.17 0.21 0.25 0.33 0.16 0.16 0.14 0.22 0.15 0.15 0.19 0.19 0.14 0.15 0.15 0.38 0.35 0.19 0.65 1.14 1.62 0.95
N1 0.33 0.30 0.50 0.52 0.29 0.37 0.26 0.36 0.24 0.28 0.25 0.32 0.25 0.27 0.30 0.52 0.63 0.38 0.53 0.92 1.26 0.73
N3 0.26 0.28 0.41 0.46 0.24 0.28 0.21 0.28 0.20 0.21 0.23 0.28 0.20 0.21 0.23 0.46 0.54 0.29 0.57 1.04 1.44 0.83
N6 0.34 0.29 0.49 0.50 0.30 0.37 0.29 0.37 0.26 0.31 0.24 0.31 0.28 0.30 0.32 0.49 0.58 0.39 0.54 0.88 1.21 0.70
N7 0.19 0.22 0.29 0.35 0.18 0.19 0.17 0.23 0.16 0.18 0.20 0.21 0.19 0.18 0.18 0.38 0.38 0.22 0.61 1.07 1.52 0.88
N9 0.19 0.23 0.29 0.37 0.18 0.19 0.16 0.23 0.16 0.16 0.20 0.21 0.15 0.16 0.17 0.40 0.41 0.21 0.64 1.13 1.60 0.94
O2' 0.62 0.42 0.63 0.83 0.57 0.73 0.64 0.87 0.57 0.74 0.44 0.47 0.65 0.76 0.64 0.51 0.81 0.68 1.33 1.60 2.37 1.64
O3' 0.42 0.41 0.40 0.39 0.39 0.41 0.38 0.44 0.34 0.44 0.37 0.40 0.33 0.43 0.41 0.55 0.43 0.50 0.71 1.41 1.69 1.10
O4' 0.27 0.30 0.33 0.40 0.27 0.26 0.27 0.28 0.26 0.29 0.29 0.29 0.27 0.30 0.27 0.46 0.44 0.29 0.58 1.16 1.54 0.89
O5' 1.00 0.88 0.99 1.04 0.97 1.06 0.98 1.10 0.94 1.04 0.88 0.92 0.94 1.03 1.00 1.03 1.06 1.07 1.36 1.65 2.23 1.60
OP1 1.83 1.49 1.87 2.03 1.75 2.00 1.82 2.12 1.70 1.97 1.50 1.60 1.75 1.97 1.85 1.79 2.05 1.91 2.41 2.69 3.16 2.65
OP2 1.83 1.66 1.86 1.90 1.78 1.90 1.78 1.93 1.72 1.86 1.64 1.72 1.69 1.84 1.83 1.88 1.95 1.89 2.05 2.19 2.66 2.18
P 1.49 1.22 1.51 1.59 1.42 1.60 1.46 1.68 1.36 1.58 1.22 1.31 1.38 1.57 1.50 1.51 1.62 1.57 1.88 2.15 2.62 2.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.18 0.55 0.35 0.25
C2 0.03 0.00 0.32 0.28 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.32 0.20 0.42 0.86 0.97 0.60
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.08 0.09 0.15 0.17 0.25 0.32 0.11 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.34 0.56 0.41 0.36
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.22 0.00 0.23 0.02 0.27 0.20 0.29 0.25 0.27 0.22 0.15 0.02 0.01 0.01 0.32 0.58 0.21 0.30
C4 0.02 0.01 0.17 0.22 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.19 0.11 0.41 0.85 0.90 0.56
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.17 0.07 0.09 0.10 0.16 0.07 0.19 0.02 0.00 0.01 0.24 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.19 0.05 0.53 1.00 1.18 0.72
C5' 0.03 0.14 0.09 0.02 0.11 0.00 0.18 0.00 0.17 0.26 0.14 0.13 0.21 0.26 0.12 0.11 0.11 0.01 0.01 0.28 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.27 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.24 0.10 0.55 1.04 1.29 0.77
C8 0.01 0.01 0.17 0.20 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.16 0.13 0.56 0.96 0.99 0.67
N1 0.02 0.00 0.25 0.29 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.16 0.50 0.97 1.18 0.71
N3 0.03 0.00 0.32 0.25 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.29 0.20 0.36 0.77 0.80 0.50
N6 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.25 0.07 0.61 1.13 1.46 0.87
N7 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.28 0.18 0.07 0.62 1.08 1.26 0.80
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.10 0.01 0.37 0.77 0.73 0.47
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.15 0.19 0.21 0.11 0.21 0.27 0.21 0.24 0.24 0.28 0.14 0.00 0.06 0.14 0.18 0.41 0.31 0.22
O3' 0.15 0.32 0.04 0.01 0.19 0.02 0.19 0.11 0.24 0.16 0.29 0.29 0.25 0.18 0.10 0.06 0.00 0.09 0.28 0.76 0.24 0.32
O4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.16 0.20 0.07 0.07 0.01 0.14 0.09 0.00 0.08 0.49 0.24 0.19
O5' 0.18 0.42 0.34 0.32 0.41 0.01 0.53 0.01 0.55 0.56 0.50 0.36 0.61 0.62 0.37 0.18 0.28 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.55 0.86 0.56 0.58 0.85 0.24 1.00 0.28 1.04 0.96 0.97 0.77 1.13 1.08 0.77 0.41 0.76 0.49 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.97 0.41 0.21 0.90 0.22 1.18 0.33 1.29 0.99 1.18 0.80 1.46 1.26 0.73 0.31 0.24 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.60 0.36 0.30 0.56 0.05 0.72 0.01 0.77 0.67 0.71 0.50 0.87 0.80 0.47 0.22 0.32 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00