ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49806

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 3, 1, 7, 0, 3, 10, 7, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.020, 0.040, 0.059, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.040 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.016, 0.037, 0.057, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.024, 0.047, 0.070, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.047 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.024, 0.049, 0.074, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.023, 0.050, 0.076, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.050 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.025, 0.063, 0.100, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.063 std_dev=0.037
N1 B 0, 0.401, 0.667, 0.933, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.667 std_dev=0.266
N9 B 0, 0.437, 0.712, 0.987, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.712 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.149, 0.452, 0.756, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.452 std_dev=0.304
C1' B 0, 0.243, 0.555, 0.866, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.555 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.457, 0.858, 1.259, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.858 std_dev=0.401
C6 B 0, 0.548, 0.965, 1.381, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.965 std_dev=0.416
O4' B 0, 0.565, 1.003, 1.441, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.003 std_dev=0.438
C2 B 0, 0.510, 0.955, 1.401, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.955 std_dev=0.445
C5 B 0, 0.570, 1.037, 1.503, 1.731 max_d=1.731 avg_d=1.037 std_dev=0.466
C2' B 0, 0.581, 1.061, 1.542, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.061 std_dev=0.480
C4' B 0, 0.411, 0.902, 1.393, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.902 std_dev=0.491
C3' B 0, 0.673, 1.264, 1.854, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.264 std_dev=0.590
C8 B 0, 0.724, 1.471, 2.218, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.471 std_dev=0.747
N6 B 0, 0.716, 1.513, 2.310, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.513 std_dev=0.797
O2' B 0, 0.683, 1.535, 2.387, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.535 std_dev=0.852
C5' B 0, 0.840, 1.722, 2.604, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.722 std_dev=0.882
N7 B 0, 0.740, 1.693, 2.646, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.693 std_dev=0.953
O3' B 0, 0.940, 1.920, 2.900, 3.748 max_d=3.748 avg_d=1.920 std_dev=0.980
O4' A 0, 0.427, 1.477, 2.528, 2.503 max_d=2.503 avg_d=1.477 std_dev=1.050
C2' A 0, 0.446, 1.574, 2.702, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.574 std_dev=1.128
C4' A 0, 0.581, 1.815, 3.050, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.815 std_dev=1.235
O5' B 0, 1.030, 2.376, 3.721, 5.617 max_d=5.617 avg_d=2.376 std_dev=1.345
C3' A 0, 0.554, 2.096, 3.638, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.096 std_dev=1.542
O2' A 0, 0.732, 2.481, 4.230, 4.576 max_d=4.576 avg_d=2.481 std_dev=1.749
O3' A 0, 0.661, 2.506, 4.352, 4.353 max_d=4.353 avg_d=2.506 std_dev=1.845
P B 0, 1.336, 3.297, 5.259, 6.572 max_d=6.572 avg_d=3.297 std_dev=1.961
OP2 B 0, 1.489, 3.719, 5.950, 5.992 max_d=5.992 avg_d=3.719 std_dev=2.230
OP1 B 0, 1.414, 3.678, 5.942, 7.967 max_d=7.967 avg_d=3.678 std_dev=2.264
C5' A 0, 1.144, 3.664, 6.183, 6.008 max_d=6.008 avg_d=3.664 std_dev=2.520
O5' A 0, 1.164, 4.504, 7.844, 7.485 max_d=7.485 avg_d=4.504 std_dev=3.340
P A 0, 1.622, 6.397, 11.171, 10.578 max_d=10.578 avg_d=6.397 std_dev=4.775
OP1 A 0, 2.174, 7.220, 12.267, 11.489 max_d=11.489 avg_d=7.220 std_dev=5.047
OP2 A 0, 2.172, 7.315, 12.459, 11.899 max_d=11.899 avg_d=7.315 std_dev=5.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.38 0.01 0.23 0.32 0.42 0.23
C2 0.07 0.00 0.28 0.28 0.01 0.52 0.01 1.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.28 0.41 1.04 1.19 1.10 1.06
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.14 0.02 0.06 0.23 0.11 0.17 0.20 0.29 0.08 0.12 0.03 0.00 0.04 0.03 0.43 0.71 0.58 0.49
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.13 0.01 0.32 0.02 0.24 0.62 0.16 0.31 0.34 0.58 0.27 0.02 0.01 0.02 0.29 0.65 0.37 0.31
C4 0.03 0.01 0.14 0.13 0.00 0.18 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.17 0.21 0.33 0.35 0.44 0.17
C4' 0.02 0.52 0.02 0.01 0.18 0.00 0.10 0.01 0.13 0.50 0.34 0.52 0.11 0.40 0.13 0.33 0.02 0.01 0.02 0.26 0.37 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.32 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.41 0.12 0.07 0.54 0.62 1.06 0.69
C5' 0.08 1.05 0.23 0.02 0.40 0.01 0.22 0.00 0.33 0.81 0.73 1.00 0.25 0.67 0.20 0.14 0.22 0.02 0.01 0.29 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.24 0.01 0.13 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.44 0.12 0.17 0.37 0.43 0.77 0.37
C8 0.02 0.02 0.17 0.62 0.01 0.50 0.01 0.81 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.35 0.22 0.27 1.39 1.43 1.98 1.65
N1 0.05 0.01 0.20 0.16 0.02 0.34 0.01 0.73 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.17 0.31 0.63 0.70 0.58 0.51
N3 0.07 0.00 0.29 0.31 0.00 0.52 0.01 1.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.30 0.32 0.42 1.00 1.11 1.00 0.98
N6 0.03 0.02 0.08 0.34 0.02 0.11 0.02 0.25 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.48 0.16 0.11 0.56 0.73 1.21 0.76
N7 0.02 0.01 0.12 0.58 0.01 0.40 0.01 0.67 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.42 0.23 0.16 1.27 1.44 2.06 1.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.13 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.25 0.15 0.02 0.53 0.49 0.84 0.61
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.33 0.33 0.41 0.14 0.44 0.35 0.41 0.30 0.48 0.42 0.25 0.00 0.07 0.24 0.32 0.72 0.67 0.44
O3' 0.38 0.28 0.04 0.01 0.17 0.02 0.12 0.22 0.12 0.22 0.17 0.32 0.16 0.23 0.15 0.07 0.00 0.25 0.27 0.62 0.38 0.23
O4' 0.01 0.41 0.03 0.02 0.21 0.01 0.07 0.02 0.17 0.27 0.31 0.42 0.11 0.16 0.02 0.24 0.25 0.00 0.20 0.26 0.46 0.31
O5' 0.23 1.04 0.43 0.29 0.33 0.02 0.54 0.01 0.37 1.39 0.63 1.00 0.56 1.27 0.53 0.32 0.27 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 1.19 0.71 0.65 0.35 0.26 0.62 0.29 0.43 1.43 0.70 1.11 0.73 1.44 0.49 0.72 0.62 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 1.10 0.58 0.37 0.44 0.37 1.06 0.34 0.77 1.98 0.58 1.00 1.21 2.06 0.84 0.67 0.38 0.46 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.06 0.49 0.31 0.17 0.09 0.69 0.02 0.37 1.65 0.51 0.98 0.76 1.62 0.61 0.44 0.23 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.20 0.14 0.20 0.18 0.19 0.19 0.28 0.19 0.21 0.19 0.19 0.22 0.22 0.19 0.29 0.19 0.27 0.42 0.59 0.72 0.50
C2 0.17 0.17 0.20 0.22 0.15 0.26 0.16 0.34 0.15 0.20 0.15 0.16 0.21 0.20 0.17 0.25 0.24 0.34 0.42 0.69 0.69 0.58
C2' 0.34 0.22 0.20 0.21 0.31 0.36 0.37 0.48 0.33 0.45 0.22 0.24 0.42 0.47 0.36 0.30 0.19 0.47 0.60 0.85 0.92 0.76
C3' 0.96 0.65 0.76 0.78 0.88 0.99 0.96 1.12 0.87 1.09 0.69 0.74 0.95 1.10 0.98 0.80 0.67 1.10 1.23 1.39 1.47 1.37
C4 0.16 0.19 0.14 0.19 0.16 0.20 0.16 0.27 0.17 0.16 0.17 0.18 0.21 0.17 0.15 0.25 0.16 0.27 0.39 0.61 0.68 0.50
C4' 0.72 0.48 0.62 0.65 0.67 0.78 0.74 0.92 0.67 0.85 0.51 0.54 0.76 0.87 0.75 0.70 0.60 0.83 1.06 1.20 1.33 1.17
C5 0.16 0.19 0.14 0.19 0.15 0.20 0.16 0.27 0.17 0.15 0.17 0.18 0.22 0.16 0.15 0.25 0.16 0.26 0.38 0.58 0.67 0.48
C5' 1.21 0.81 1.14 1.22 1.13 1.35 1.25 1.55 1.13 1.43 0.87 0.92 1.27 1.47 1.25 1.16 1.19 1.35 1.71 1.91 2.03 1.88
C6 0.16 0.18 0.18 0.21 0.15 0.23 0.16 0.30 0.16 0.18 0.16 0.17 0.22 0.19 0.16 0.24 0.21 0.31 0.39 0.62 0.66 0.52
C8 0.21 0.21 0.14 0.20 0.20 0.20 0.22 0.28 0.21 0.24 0.20 0.20 0.25 0.25 0.21 0.31 0.20 0.28 0.43 0.57 0.72 0.49
N1 0.18 0.17 0.22 0.23 0.15 0.27 0.18 0.35 0.16 0.22 0.15 0.16 0.22 0.23 0.19 0.26 0.26 0.36 0.43 0.68 0.69 0.59
N3 0.15 0.17 0.16 0.20 0.15 0.23 0.15 0.30 0.15 0.16 0.16 0.17 0.20 0.17 0.15 0.24 0.18 0.29 0.40 0.65 0.69 0.54
N6 0.17 0.18 0.21 0.22 0.16 0.25 0.19 0.31 0.17 0.22 0.15 0.17 0.24 0.23 0.18 0.24 0.23 0.33 0.38 0.60 0.65 0.51
N7 0.19 0.21 0.13 0.19 0.18 0.19 0.19 0.26 0.19 0.20 0.19 0.20 0.24 0.21 0.19 0.28 0.17 0.26 0.40 0.55 0.69 0.46
N9 0.18 0.20 0.13 0.19 0.18 0.20 0.19 0.27 0.19 0.20 0.18 0.19 0.23 0.21 0.18 0.28 0.17 0.27 0.41 0.59 0.71 0.49
O2' 0.48 0.64 0.65 0.67 0.49 0.53 0.43 0.53 0.45 0.41 0.57 0.60 0.40 0.40 0.45 0.66 0.78 0.48 0.53 0.80 0.82 0.67
O3' 0.68 0.37 0.42 0.45 0.58 0.68 0.63 0.81 0.52 0.78 0.37 0.46 0.57 0.77 0.68 0.47 0.31 0.84 0.90 1.07 1.14 1.04
O4' 0.35 0.27 0.32 0.34 0.33 0.38 0.37 0.49 0.34 0.42 0.28 0.29 0.41 0.44 0.36 0.46 0.34 0.40 0.65 0.76 0.93 0.71
O5' 1.92 1.38 1.84 2.00 1.83 2.11 2.00 2.32 1.85 2.21 1.49 1.54 2.03 2.26 1.99 1.77 1.94 2.08 2.52 2.73 2.88 2.72
OP1 2.86 1.95 2.77 3.00 2.64 3.19 2.85 3.52 2.56 3.27 2.04 2.22 2.73 3.28 2.92 2.68 2.93 3.13 3.75 4.12 4.21 4.07
OP2 3.47 2.57 3.39 3.64 3.32 3.79 3.59 4.10 3.32 3.95 2.73 2.85 3.56 4.01 3.58 3.24 3.58 3.72 4.35 4.62 4.84 4.61
P 2.77 1.98 2.71 2.93 2.62 3.06 2.85 3.36 2.61 3.18 2.11 2.22 2.83 3.23 2.86 2.60 2.89 2.99 3.59 3.90 4.06 3.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.14 0.32 0.25 0.12
C2 0.03 0.00 0.21 0.20 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.11 0.13 0.23 0.44 0.45 0.28
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.12 0.10 0.12 0.16 0.22 0.07 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.28 0.36 0.38 0.29
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.24 0.21 0.23 0.17 0.26 0.24 0.15 0.02 0.01 0.01 0.20 0.23 0.16 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.18 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.07 0.23 0.41 0.40 0.21
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.06 0.07 0.08 0.11 0.05 0.19 0.02 0.00 0.02 0.12 0.17 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.23 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.04 0.30 0.47 0.47 0.24
C5' 0.06 0.10 0.12 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.09 0.10 0.12 0.14 0.07 0.09 0.14 0.02 0.01 0.11 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.13 0.07 0.29 0.48 0.51 0.26
C8 0.01 0.02 0.12 0.21 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.22 0.16 0.09 0.38 0.48 0.39 0.26
N1 0.03 0.00 0.16 0.23 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.10 0.11 0.25 0.46 0.49 0.28
N3 0.04 0.01 0.22 0.17 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.13 0.21 0.40 0.41 0.25
N6 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.18 0.06 0.32 0.50 0.57 0.28
N7 0.01 0.02 0.08 0.24 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.19 0.05 0.39 0.51 0.50 0.29
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.02 0.24 0.39 0.33 0.17
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.12 0.19 0.17 0.09 0.17 0.22 0.15 0.16 0.19 0.22 0.12 0.00 0.05 0.13 0.22 0.34 0.38 0.25
O3' 0.17 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.13 0.14 0.13 0.16 0.10 0.12 0.18 0.19 0.06 0.05 0.00 0.13 0.20 0.30 0.18 0.19
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.11 0.13 0.06 0.05 0.02 0.13 0.13 0.00 0.08 0.30 0.28 0.15
O5' 0.14 0.23 0.28 0.20 0.23 0.02 0.30 0.01 0.29 0.38 0.25 0.21 0.32 0.39 0.24 0.22 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.44 0.36 0.23 0.41 0.12 0.47 0.11 0.48 0.48 0.46 0.40 0.50 0.51 0.39 0.34 0.30 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.45 0.38 0.16 0.40 0.17 0.47 0.18 0.51 0.39 0.49 0.41 0.57 0.50 0.33 0.38 0.18 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.28 0.29 0.16 0.21 0.04 0.24 0.02 0.26 0.26 0.28 0.25 0.28 0.29 0.17 0.25 0.19 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00